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Amorce sens et antisens



  1. #1
    Eprel

    Amorce sens et antisens


    ------

    Bonjour, j'ai du mal à comprendre le principe des amorce sens et antisens et j'ai vraiment besoin d'aide:

    Soit la séquence suivante d’un brin 5’-->3’ d’une région d’ADN dont on voudrait amplifier par PCR
    la région représentée en gras. Proposez un couple d’amorces de 18 nucléotides chacune qu’on
    pourrait utiliser avec succès (pensez à orienter les amorces).
    1 ATATAATTCT GGCCGATTCG TGCGCGGAAA ATGCCGCCAA AGGGACGGAA
    51 AATGAGCGGC CGAAGAAGTG GAGGCCAGCG CCGACACCGT CCCACAGGTG
    101 GTGCCAGCAC GGCCACCGAA AGAGAGCGCG TTTATCTGGA AGGCGGGCTG
    151 AATGAGCGGC CGAAGAAGTG GAGGCCAGCG CCGACACCGT CCCACAGGTG
    201 AGTTGCAGCG ATCGTACATG CGAATGCACG TACTGAATCG TTGCATGAGC

    Amorce sens :
    Amorce antisens:
    Taille des produits de PCR:

    -----

  2. #2
    Liniark

    Re : Amorce sens et antisens

    Bonjour,

    On ne voit pas la séquence en gras, il faudrait la rajouter svp

    Le principe ici est de choisir 2 amorces, une sens (de 5' vers 3') et une antisens (de 3' vers 5'). Pour amplifier par PCR la région en gras. Il faut placer ces amorces de part et d'autre de cette séquence. La donnée de l'exercice ne dit pas s'il faut respecter un Tm compatible pour les 2 amorces... j'imagine donc que ce n'est pas le cas.

    L'amorce sens 5' --> 3' aura une séquence identique à celle de votre brin modèle ici présent. L'amorce antisens se trouvera de l'autre coté de la zone à amplifier et aura une séquence complémentaire à votre brin modèle ici présent....

    Avec un exemple c'est toujours mieux, je défini moi même au hasard une zone en gras vu que je ne l'ai pas dans la donnée.

    5'--ATATAATTCT GGCCGATTCG TGCGCGGAAA ATGCCGCCAA AGGGACGGAA AATGAGCGGC CGAAGAAGTG GAGGCCAGCG [CCGACACCGT CCCACAGG]TG GTGCCAGCAC GGCCACCGAA AGAGAGCGCG TTTATCTGGA AGGCGGGCTG AATGAGCGGC CGAAGAAGTG GAGGCCAGCG CCGACACCGT CCCACAGGTG AGTTGCAGCG AT[CGTACATG CGAATGCACG] TACTGAATCG TTGCATGAGC--3'

    Ici j'ai choisi deux séquence, entre crochets, chacune de 18pb, de part et d'autre de ma zone d'intérêt.
    Celle qui se trouve avant la séquence en gras est mon amorce sens, dans le sens 5' --> 3' et est identique à ma séquence de référence que j'observe et se fixera donc sur le brin complémentaire que je ne vois pas ici.
    Celle qui se trouve après la séquence en gras est mon amorce anti-sens, dans le sens 3' --> 5' et doit être complémentaire à ma séquence de référence que j'observe ici, elle passe donc de [CGTACATG CGAATGCACG] à [GCATGTAC GCTTACGTGC].

    J'ai donc :
    Amorce sens : 5'--CCGACACCGT CCCACAGG--3'
    Amorce antisens: 3'--GCATGTAC GCTTACGTGC--5'

    Taille des produits de PCR: Le nombre total de pb que je compte en prenant également en compte le nombre de pb de mes amorces. soit ici (2*18) + 114 = 150

    Mes amorces n'ont pas des Tm proche l'un de l'autre (72°C et 64°C) donc elles ne sont pas terrible dans la pratique mais elles illustrent suffisamment pour l'exercice je pense.

    J'ai volontairement mis la zone en gras au bord en espérant que celle de l'exercice soit plus au centre et que ceci ne soit qu'un exemple et qu'il vous serve à trouver vous même la réponse au problème.

    J'espère que ça va aider Bonne nuit !
    Liniark

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