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carte de plasmide



  1. #1
    vanessa25

    carte de plasmide

    bonjour à tous,

    connaitriez vous des sites qui permettent d'avoir les cartes de plasmide, afin de connaitre les enzymes de restriction ainsi que la taille des plasmides...pour ceux qui n'ont pas DNA strider.

    bonne soirée

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    Yoyo

    Re : carte de plasmide

    salut

    Oui en voici un tres bien : http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php
    il permet de tout faire.

    Yoyo

  4. #3
    vanessa25

    Re : carte de plasmide

    malheureusement les 2 plasmides qui m'interessent ne sont pas dans la liste

  5. #4
    Yoyo

    Re : carte de plasmide

    ah zut, désolé j'avais mal compris ta question!
    Je croyais que tu cherchais un logiciel permettant de visualiser un plasmide a partir de sa sequence d'ADN.

    Malheureusement il n'existe pas de base de données pour les plasmides. mais c'est quoi le nom de tes plasmides ?
    Yoyo

  6. #5
    vanessa25

    Re : carte de plasmide

    ce que je recherche c'est la carte de restriction de plasmide...pRS425 et pAE30

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Yoyo

    Re : carte de plasmide

    J'ai rien trouvé pour le pAE30, en revanche voici la sequence du pRS425, tu n'as plus qu'a la copié/collé dans le site que je te donnais dans mon message 2 et tu auras ta carte de restriction (a moins que tu n'es strider).

    Yoyo
    Citation Envoyé par pRS425 sequence
    1 tcgcgcgttt cggtgatgac ggtgaaaacc tctgacacat gcagctcccg gagacggtca
    61 cagcttgtct gtaagcggat gccgggagca gacaagcccg tcagggcgcg tcagcgggtg
    121 ttggcgggtg tcggggctgg cttaactatg cggcatcaga gcagattgta ctgagagtgc
    181 accatatcga ctacgtcgta aggccgtttc tgacagagta aaattcttga gggaactttc
    241 accattatgg gaaatgcttc aagaaggtat tgacttaaac tccatcaaat ggtcaggtca
    301 ttgagtgttt tttatttgtt gtattttttt ttttttagag aaaatcctcc aatatcaaat
    361 taggaatcgt agtttcatga ttttctgtta cacctaactt tttgtgtggt gccctcctcc
    421 ttgtcaatat taatgttaaa gtgcaattct ttttccttat cacgttgagc cattagtatc
    481 aatttgctta cctgtattcc tttactatcc tcctttttct ccttcttgat aaatgtatgt
    541 agattgcgta tatagtttcg tctaccctat gaacatattc cattttgtaa tttcgtgtcg
    601 tttctattat gaatttcatt tataaagttt atgtacaaat atcataaaaa aagagaatct
    661 ttttaagcaa ggattttctt aacttcttcg gcgacagcat caccgacttc ggtggtactg
    721 ttggaaccac ctaaatcacc agttctgata cctgcatcca aaaccttttt aactgcatct
    781 tcaatggcct taccttcttc aggcaagttc aatgacaatt tcaacatcat tgcagcagac
    841 aagatagtgg cgatagggtc aaccttattc tttggcaaat ctggagcaga accgtggcat
    901 ggttcgtaca aaccaaatgc ggtgttcttg tctggcaaag aggccaagga cgcagatggc
    961 aacaaaccca aggaacctgg gataacggag gcttcatcgg agatgatatc accaaacatg
    1021 ttgctggtga ttataatacc atttaggtgg gttgggttct taactaggat catggcggca
    1081 gaatcaatca attgatgttg aaccttcaat gtagggaatt cgttcttgat ggtttcctcc
    1141 acagtttttc tccataatct tgaagaggcc aaaagattag ctttatccaa ggaccaaata
    1201 ggcaatggtg gctcatgttg tagggccatg aaagcggcca ttcttgtgat tctttgcact
    1261 tctggaacgg tgtattgttc actatcccaa gcgacaccat caccatcgtc ttcctttctc
    1321 ttaccaaagt aaatacctcc cactaattct ctgacaacaa cgaagtcagt acctttagca
    1381 aattgtggct tgattggaga taagtctaaa agagagtcgg atgcaaagtt acatggtctt
    1441 aagttggcgt acaattgaag ttctttacgg atttttagta aaccttgttc aggtctaaca
    1501 ctaccggtac cccatttagg accagccaca gcacctaaca aaacggcatc aaccttcttg
    1561 gaggcttcca gcgcctcatc tggaagtggg acacctgtag catcgatagc agcaccacca
    1621 attaaatgat tttcgaaatc gaacttgaca ttggaacgaa catcagaaat agctttaaga
    1681 accttaatgg cttcggctgt gatttcttga ccaacgtggt cacctggcaa aacgacgatc
    1741 ttcttagggg cagacatagg ggcagacatt agaatggtat atccttgaaa tatatatata
    1801 tattgctgaa atgtaaaagg taagaaaagt tagaaagtaa gacgattgct aaccacctat
    1861 tggaaaaaac aataggtcct taaataatat tgtcaacttc aagtattgtg atgcaagcat
    1921 ttagtcatga acgcttctct attctatatg aaaagccggt tccggcctct cacctttcct
    1981 ttttctccca atttttcagt tgaaaaaggt atatgcgtca ggcgacctct gaaattaaca
    2041 aaaaatttcc agtcatcgaa tttgattctg tgcgatagcg cccctgtgtg ttctcgttat
    2101 gttgaggaaa aaaataatgg ttgctaagag attcgaactc ttgcatctta cgatacctga
    2161 gtattcccac agttaactgc ggtcaagata tttcttgaat caggcgcctt agaccgctcg
    2221 gccaaacaac caattacttg ttgagaaata gagtataatt atcctataaa tataacgttt
    2281 ttgaacacac atgaacaagg aagtacagga caattgattt tgaagagaat gtggattttg
    2341 atgtaattgt tgggattcca tttttaataa ggcaataata ttaggtatgt ggatatacta
    2401 gaagttctcc tcgaccgtcg atatgcggtg tgaaataccg cacagatgcg taaggagaaa
    2461 ataccgcatc aggaaattgt aaacgttaat attttgttaa aattcgcgtt aaatttttgt
    2521 taaatcagct cattttttaa ccaataggcc gaaatcggca aaatccctta taaatcaaaa
    2581 gaatagaccg agatagggtt gagtgttgtt ccagtttgga acaagagtcc actattaaag
    2641 aacgtggact ccaacgtcaa agggcgaaaa accgtctatc agggcgatgg cccactacgt
    2701 gaaccatcac cctaatcaag ttttttgggg tcgaggtgcc gtaaagcact aaatcggaac
    2761 cctaaaggga gcccccgatt tagagcttga cggggaaagc cggcgaacgt ggcgagaaag
    2821 gaagggaaga aagcgaaagg agcgggcgct agggcgctgg caagtgtagc ggtcacgctg
    2881 cgcgtaacca ccacacccgc cgcgcttaat gcgccgctac agggcgcgtc gcgccattcg
    2941 ccattcaggc tgcgcaactg ttgggaaggg cgatcggtgc gggcctcttc gctattacgc
    3001 cagctggcga aagggggatg tgctgcaagg cgattaagtt gggtaacgcc agggttttcc
    3061 cagtcacgac gttgtaaaac gacggccagt gagcgcgcgt aatacgactc actatagggc
    3121 gaattgggta ccgggccccc cctcgaggtc gacggtatcg ataagcttga tatcgaattc
    3181 ctgcagcccg ggggatccac tagttctaga gcggccgcca ccgcggtgga gctccagctt
    3241 ttgttccctt tagtgagggt taattgcgcg cttggcgtaa tcatggtcat agctgtttcc
    3301 tgtgtgaaat tgttatccgc tcacaattcc acacaacata ggagccggaa gcataaagtg
    3361 taaagcctgg ggtgcctaat gagtgaggta actcacatta attgcgttgc gctcactgcc
    3421 cgctttccag tcgggaaacc tgtcgtgcca gctgcattaa tgaatcggcc aacgcgcggg
    3481 gagaggcggt ttgcgtattg ggcgctcttc cgcttcctcg ctcactgact cgctgcgctc
    3541 ggtcgttcgg ctgcggcgag cggtatcagc tcactcaaag gcggtaatac ggttatccac
    3601 agaatcaggg gataacgcag gaaagaacat gtgagcaaaa ggccagcaaa aggccaggaa
    3661 ccgtaaaaag gccgcgttgc tggcgttttt ccataggctc cgcccccctg acgagcatca
    3721 caaaaatcga cgctcaagtc agaggtggcg aaacccgaca ggactataaa gataccaggc
    3781 gtttccccct ggaagctccc tcgtgcgctc tcctgttccg accctgccgc ttaccggata
    3841 cctgtccgcc tttctccctt cgggaagcgt ggcgctttct catagctcac gctgtaggta
    3901 tctcagttcg gtgtaggtcg ttcgctccaa gctgggctgt gtgcacgaac cccccgttca
    3961 gcccgaccgc tgcgccttat ccggtaacta tcgtcttgag tccaacccgg taagacacga
    4021 cttatcgcca ctggcagcag ccactggtaa caggattagc agagcgaggt atgtaggcgg
    4081 tgctacagag ttcttgaagt ggtggcctaa ctacggctac actagaagga cagtatttgg
    4141 tatctgcgct ctgctgaagc cagttacctt cggaaaaaga gttggtagct cttgatccgg
    4201 caaacaaacc accgctggta gcggtggttt ttttgtttgc aagcagcaga ttacgcgcag
    4261 aaaaaaagga tctcaagaag atcctttgat cttttctacg gggtctgacg ctcagtggaa
    4321 cgaaaactca cgttaaggga ttttggtcat gagattatca aaaaggatct tcacctagat
    4381 ccttttaaat taaaaatgaa gttttaaatc aatctaaagt atatatgagt aaacttggtc
    4441 tgacagttac caatgcttaa tcagtgaggc acctatctca gcgatctgtc tatttcgttc
    4501 atccatagtt gcctgactcc ccgtcgtgta gataactacg atacgggagg gcttaccatc
    4561 tggccccagt gctgcaatga taccgcgaga cccacgctca ccggctccag atttatcagc
    4621 aataaaccag ccagccggaa gggccgagcg cagaagtggt cctgcaactt tatccgcctc
    4681 catccagtct attaattgtt gccgggaagc tagagtaagt agttcgccag ttaatagttt
    4741 gcgcaacgtt gttgccattg ctacaggcat cgtggtgtca cgctcgtcgt ttggtatggc
    4801 ttcattcagc tccggttccc aacgatcaag gcgagttaca tgatccccca tgttgtgcaa
    4861 aaaagcggtt agctccttcg gtcctccgat cgttgtcaga agtaagttgg ccgcagtgtt
    4921 atcactcatg gttatggcag cactgcataa ttctcttact gtcatgccat ccgtaagatg
    4981 cttttctgtg actggtgagt actcaaccaa gtcattctga gaatagtgta tgcggcgacc
    5041 gagttgctct tgcccggcgt caatacggga taataccgcg ccacatagca gaactttaaa
    5101 agtgctcatc attggaaaac gttcttcggg gcgaaaactc tcaaggatct taccgctgtt
    5161 gagatccagt tcgatgtaac ccactcgtgc acccaactga tcttcagcat cttttacttt
    5221 caccagcgtt tctgggtgag caaaaacagg aaggcaaaat gccgcaaaaa agggaataag
    5281 ggcgacacgg aaatgttgaa tactcatact cttccttttt caatattatt gaagcattta
    5341 tcagggttat tgtctcatga gcggatacat atttgaatgt atttagaaaa ataaacaaat
    5401 aggggttccg cgcacatttc cccgaaaagt gccacctgaa cgaagcatct gtgcttcatt
    5461 ttgtagaaca aaaatgcaac gcgagagcgc taatttttca aacaaagaat ctgagctgca
    5521 tttttacaga acagaaatgc aacgcgaaag cgctatttta ccaacgaaga atctgtgctt
    5581 catttttgta aaacaaaaat gcaacgcgag agcgctaatt tttcaaacaa agaatctgag
    5641 ctgcattttt acagaacaga aatgcaacgc gagagcgcta ttttaccaac aaagaatcta
    5701 tacttctttt ttgttctaca aaaatgcatc ccgagagcgc tatttttcta acaaagcatc
    5761 ttagattact ttttttctcc tttgtgcgct ctataatgca gtctcttgat aactttttgc
    5821 actgtaggtc cgttaaggtt agaagaaggc tactttggtg tctattttct cttccataaa
    5881 aaaagcctga ctccacttcc cgcgtttact gattactagc gaagctgcgg gtgcattttt
    5941 tcaagataaa ggcatccccg attatattct ataccgatgt ggattgcgca tactttgtga
    6001 acagaaagtg atagcgttga tgattcttca ttggtcagaa aattatgaac ggtttcttct
    6061 attttgtctc tatatactac gtataggaaa tgtttacatt ttcgtattgt tttcgattca
    6121 ctctatgaat agttcttact acaatttttt tgtctaaaga gtaatactag agataaacat
    6181 aaaaaatgta gaggtcgagt ttagatgcaa gttcaaggag cgaaaggtgg atgggtaggt
    6241 tatataggga tatagcacag agatatatag caaagagata cttttgagca atgtttgtgg
    6301 aagcggtatt cgcaatattt tagtagctcg ttacagtccg gtgcgttttt ggttttttga
    6361 aagtgcgtct tcagagcgct tttggttttc aaaagcgctc tgaagttcct atactttcta
    6421 gagaatagga acttcggaat aggaacttca aagcgtttcc gaaaacgagc gcttccgaaa
    6481 atgcaacgcg agctgcgcac atacagctca ctgttcacgt cgcacctata tctgcgtgtt
    6541 gcctgtatat atatatacat gagaagaacg gcatagtgcg tgtttatgct taaatgcgta
    6601 cttatatgcg tctatttatg taggatgaaa ggtagtctag tacctcctgt gatattatcc
    6661 cattccatgc ggggtatcgt atgcttcctt cagcactacc ctttagctgt tctatatgct
    6721 gccactcctc aattggatta gtctcatcct tcaatgctat catttccttt gatattggat
    6781 catactaaga aaccattatt atcatgacat taacctataa aaataggcgt atcacgaggc
    6841 cctttcgtc
    D'apres ce lien: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/v...ide&val=416323

    YOyo

  9. Publicité
  10. #7
    vanessa25

    Re : carte de plasmide

    merci yoyo

  11. #8
    ananda

    Re : carte de plasmide

    Citation Envoyé par vanessa25 Voir le message
    ce que je recherche c'est la carte de restriction de plasmide...pRS425 et pAE30
    Yo

    J'ai trouvé un article décrivant la mise au point du plasmide pAE30 : il résulte apparemment d'une succession de sous-clonages via différents vecteurs...faudra faire des petits calculs pour retrouver la séquence finale !

    Lien de l'article ici (in english)

    a+

  12. #9
    Jean-Luc P

    Re : carte de plasmide

    Juste histoire de faire de la pub pour un beerware bien sympa sur PC :
    pDRAW32 est un utilitaire de design de plasmides bien sympa. http://www.acaclone.com/

    Snon APe http://www.biology.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/ se défend aussi.
    Jean-Luc
    La violence est le dernier refuge de l'incompétence.
    Salvor Hardin

  13. #10
    ananda

    Re : carte de plasmide

    Citation Envoyé par Jean-Luc P Voir le message
    Juste histoire de faire de la pub pour un beerware bien sympa sur PC :
    pDRAW32 est un utilitaire de design de plasmides bien sympa. http://www.acaclone.com/

    Snon APe http://www.biology.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/ se défend aussi.

    Yes je confirme !!!
    Je l'utilise depuis plusieurs années, et il est vraiment facile de prise en main (comme d'autres choses). Bref, on peut designer des plasmides, faire des cartes de restriction avec une enzyme ou un lot d'enzymes, définition d'amorces PCR, etc.

    pDRAW32 est vraiment top pour gérer (sans prise de tête) ses constructions...en plus il est beerware (contrairement à d'autres logiciels, certes plus perfectionnés, mais très chers...)

    tchuussssssss

  14. #11
    Akïn

    Re : carte de plasmide


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