Liaisons H avec TRIPOS

[inviteb79b6ae1]

Bonjour à tous,

Je ne suis pas un habitué du salon de chimie mais dans le cadre de mon master de biologie j'ai dû faire un TP de mécanique moléculaire sur les purines et les pyrimidines.

Dans une de mes questions on me demande quel paramètre non-liant n'est pas présent dans le champ de force TRIPOS (ça j'ai trouvé, c'est les liaisons H) mais on me demande auusi, de quelle manière l'énergie des liaisons H est appréhendée? Je pense que c'est avec les interactions électrostatiques mais je n'en suis pas sure. Quelqu'un pourrais me le confirmer ou me corriger.

Merci d'avance de votre aide,
RwG.
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[inviteb836950d]

Bonjour

je ne comprends pas bien : si la liaison hydrogène n'est pas prise en compte dans TRIPOS comment cette énergie d'interaction peut-elle être appréhendée ?

[inviteb79b6ae1]

Si les liaisons hydrogènes sont prises en compte par TRIPOS mais pas de manière explicite il me semble. Je suis très loin de connaitre ce champ de force et c'est pourquoi j'ai besoin d'aide car je ne trouve pas d'information sur le net.

[inviteb836950d]

Je ne connais pas les formes analytiques utilisées dans ce champ de forces. Il est possible que les liaisons H soient prises en compte avec un potentiel de type Lennard Jones 6-12.

[A voir en vidéo sur Futura]

[inviteb79b6ae1]

C'est quand même étrange que se soit pris dans le potentiel de Lennard Jones. Du moins je ne comprend pas, vous pourriez m'expliquer votre idée. C'est la première année que je fais de la modélisation moléculaire donc il y a une forte chance que je n'ai pas bien compris le cours.

[inviteb79b6ae1]

Je suis en train de faire ma dernière question et j'ai ma réponse.
Dans les complexes AT et CG toutes les énergies sont très proche sauf pour l'énergie 1-4 électrostatique. La différence entre les deux est de environ 16 kcal/mol.

Il me reste toujours cette question: est-ce juste de dire que l'énergie des liaisons H peuvent être assimilée à l'énergie électrostatique.

[inviteb836950d]

C'est quand même étrange que se soit pris dans le potentiel de Lennard Jones. Du moins je ne comprend pas, vous pourriez m'expliquer votre idée. C'est la première année que je fais de la modélisation moléculaire donc il y a une forte chance que je n'ai pas bien compris le cours.

Désolé, je ne suis pas sûr de moi ...

généralement les liaisons H sont prises en compte par exemple par un potentiel de type 10-12 (ie A/r^-12-B/^-10) avec une modélisation directionnelle sur la partie attractive de type cos(thêta) thêta étant l'angle de la liaison H.

Dans le cas de TRIPOS il est possible que la liaison H ne soit prise en compte que par un potentiel 6-12 non directionnel

faudrait voir sur le net ...
ou mieux sur le mode d'emploi de TRIPOS...

[inviteb79b6ae1]

Le problème c'est que je le trouve pas ou alors je suis pas très doué pour ne pas dire bête. Car sur le site Sybil (le logiciel qui utilise le champ de force TRIPOS) je ne trouve pas le mode d'emploi.
C'est vrai que dans une liaison hydrogène l'angle est important mais je me rapelle que lorsqu'on lui demandait d'afficher les liaisons hydrogènes il en mettait plus que dans la réalité. Il ne prenait en compte la distance et pas l'angle.