Représentation 3D de molécules chimiques

[invitef571c687]

Bonjour,

Je cherche à faire de la modélisation moléculaire.
Pour cela j'ai besoin de générer un fichier de données avec la liste des atomes présents dans ma molécule avec leurs coordonnées cartésiennes respectives.

Ce fichier j'arrive à le créer en dessinant ma molécule sur chemdraw, et en envoyant le fichier sur Chem3D...

Seulement voilà, la molécule qui m'intéresse présente un fullerène C60 qui n'est pas du tout pris en compte lors du passage de chemdraw à Chem3D.

Ma question : quelqu'un aurait-il une solution pour que je puisse avoir un beau C60 en 3D ? ou en tout cas pour obtenir la liste de coordonnées des atomes de cette molécule ?

Je ne sais pas si je suis très claire... je ne suis pas spécialisée dans le domaine ; cela fait quelques jours que j'essaie de me plonger dans cette chimie théorique, et je patauge encore un peu...


L'idée est d'utiliser par la suite un logiciel comme MOPAC pour optimiser la géométrie et faire un calcul d'orbitale moléculaire et avoir in fine une représentation 3D des HOMO LUMO et autres états intermédiaires

Quelqu'un serait en mesure de me donner quelques pistes?

Merci
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[invite38235eee]

Tu pourrais peut-être te servir du logiciel Gaussian si tu l'as sous la main. Par contre, je sais qu'il enregistre l'emplacement des atomes sous forme de matrice Z en indiquant leur connectivité, la distance entre-eux ainsi que les angles et les angles dièdres. Cependant, il est probablement assez facile d'enregistrer aussi les coordonnées cartésienne.

[invitef571c687]

Si je comprends bien, Gaussian permettrait aussi de dessiner une molécule ?
Je pensais que comme MOPAC, il ne fonctionnait qu'à partir d'un fichier de données créé à partir d'un autre logiciel...

[invite38235eee]

En fait je ne veux pas t'induire en erreur. Gaussian vient avec un utilitaire qui s'appelle GaussView qui permet facilement de dessiner des molécules et de les envoyer vers Gaussian qui s'occupe de la partie calcul.

Comme les deux viennent ensembles, je suis souvent porter à les appeler tous les deux "Gaussian" (désolé :P)

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitef571c687]

Ok, merci pour la précision.

Je vais essayer de voir ça avec qqn qui à une version "non officielle" de gaussian... je pourrais au moins générer ma matrice de coordonnées et l'utiliser sur MOPAC... mais pas utiliser les résultats obtenus pour mes discussions de thèse :-S

[invite0b8d234b]

Bonjour,

Je connais un logiciel qui pourrait faire ce type de représentation en 3D et même en 4D, ce qui signifie que les composants de la représentation 3D pourraient varier en fonction de certaines variables préalablement calculées, notamment grâce au moteur de dynamique des système qu'il intègre.
Ce logiciel s'appelle TRUE (Temporal Reasoning Universal Elaboration)

Cordialement