Tryptophane

[Kavey]

Bonjour, pourrait-on me dire si l'amine secondaire du noyau indol du tryptophane est protonable ou déprotonable? Si non pourquoi? Est-ce dû à l'effet mésomère du noyau qui est aromatique?
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[vpharmaco]

J'ai un peu de mal avec le terme "d'amine secondaire"... qui n'est pas tres approprie pour decrire un azote aromatique.
Le tryptophane n'est pas protonable car effectuer la protonation supposerait de casser l'aromaticite du cycle ce qui coute tres tres cher en energie.
Par contre, il est deprotonable avec un pKa qui doit etre autour de 20. C'est un pka inferieur a celui d'une amine non-aromatique, car dans le cas de l'indole, la charge moins est delocalisable sur le cycle.

Cordialement

[Kavey]

D'accord merci pour votre réponse, par contre si par exemple on dit qu'il est mit dans un milieu à pH très basique est-ce que l'azote sera déprotoné?

[vpharmaco]

Ca depend ce qu'on appelle "tres basique" !
Dans l'eau il ne sera jamais deprotonne.
Par contre, si tu le fait reagir dans un solvant approprie avec une base dont le pKa est superieur a 20, alors on pourra le deprotonne sans diffculte

[A voir en vidéo sur Futura]

[vpharmaco]

NB: au sujet de la protonation de l'indole, le pka du couple indoleH₂⁺/indoleH est -3.6

[Kavey]

Ben en fait c'est dans un exercice de biochimie où on nous dit :
Quelle sera la charge nette du peptide suivant, à pH très basique et à pH physiologique :
Lys-Leu-Pro-Glu-Arg-Trp.

D'après moi à pH très basique, ce peptide sera seulement déprotoné au niveau des fonction carboxyle du C terminal et du Glutamate.
Et à pH physiologique, pour nous 7,2, ce peptide présentera des azotes positif au niveau de l'azote de l'Arginine et de la Lysine, ainsi que les fonctions carboxyle déprotoné pour le C terminal et le Glutamate.

Ai-je bon? =S

[Kavey]

Le pKa de l'indol est négatif? Et ce n'est donc pas au alentour de 20 comme vous me l'aviez dit tout à l'heure?

[vpharmaco]

Oui, c'est tout bon (rq: la lysine porte 2 charges positives a pH7.2 : une sur sa chaines laterale, et une au niveau de la fonction amine N-terminale)


Si, si, l'indole a deux pka :
pour le couple (indoleH2+/indoleH) pka -3.6
pour le couple (indoleH/indole-) pka aux alentours de 20.

Dans tous les cas, ces couples acido-basiques n'interviennent pas en solution aqueuse. Entre pH=0-14, on n'a que la forme indoleH.

[Kavey]

D'accord donc le noyau indol reste sous sa forme protoné si je comprend bien? Parce-qu'on ne travaille qu'entre pH=0-14.

Pourriez-vous me dire s'il y a une méthode pour connaître les pKa des chaînes latérales des Acide-aminés, sans les apprendre par coeur?

[shaddock91]

D'accord donc le noyau indol reste sous sa forme protoné si je comprend bien? Parce-qu'on ne travaille qu'entre pH=0-14.

Pourriez-vous me dire s'il y a une méthode pour connaître les pKa des chaînes latérales des Acide-aminés, sans les apprendre par coeur?

Bonjour. En milieu physiologique, l'indole va rester sous sa forme -NH, oublie-le.

[Kavey]

C'est à dire "oublie-le"?

[HarleyApril]

ça veut dire que tu n'as pas à t'en occuper, à en tenir compte
tu fais comme s'il n'était pas là

cordialement

[vpharmaco]

Il n'y a pas tant de pka a connaitre...
Les amines (N-terminale, lysine) et l'arginine auront des pka autour de 9-12
Les acides carboxyliques (C-term, Glu, Asp) des pKa autour de 3-5
L'Histidine un pka de 7.
Cysteine et Tyrosine : pka chaine laterale aux alentours de 8-10.

On a fait le tour

[Kavey]

Ah d'accord merci.

Et au sujet des pKa des chaînes latérales, quelqu'un aurait-il une méthode? =S

[HarleyApril]

vpharmaco a répondu pendant que tu tapais ta question

trop fort il est !

[vpharmaco]

vpharmaco a répondu pendant que tu tapais ta question

trop fort il est !

(des fois, on a vraiment pas envie de bosser un vendredi soir, d'autant plus au'on est contraint de passer durant le we)

[Kavey]

Merci pour votre aide.

Est ce que l'histidine ne se protonne pas comme le tryptophane, dû à son aromaticité?

[vpharmaco]

Le cycle imidazole de l'histidine peut exister sous deux formes en solution aqueuse :
*une forme acide, chargée positivement (chaque azote est lié à un hydrogene)
*une forme basique, non chargée (seul un azote est lié à un hydrogene).

Dans ces deux formes, le cycle est aromatique.

[Kavey]

Ah d'accord mais je veux dire que l'aromaticité de son cycle imidazole lui confère-t-il des propriétés semblables à celles du tryptophane, c'est-à-dire, son cycle aromatique impose-t-il un pKa très grand tel que celui du tryptophane pour le déprotonner?

[shaddock91]

L'azote de l'indole du tryptophane n'est pas basique ------>pKa~16
Pour le système azoté de l'imidazole dans l'histidine -------> pKa~6 (base faible)