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couplage peptidique



  1. #1
    nabotdechimie

    couplage peptidique


    ------

    Bonjour.

    Je suis à la recherche d'informations concernant le couplage peptidique réalisé sur une amine secondaire.

    Pour ma part, j'utilise pour cela une combinaison DCC/NHS dans le THF, pour coupler la Boc-Glycine sur une amine secondaire de type dibutylamine.
    Les rendements oscillent entre 20 et 40%.

    Quelqu'un connaît-il une méthode plus intéressante?

    Merci d'avance pour vos réponses.

    -----

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  3. #2
    shaddock91

    Re : couplage peptidique

    Bonjour

    Effectivement, les agents et méthodes de couplage sont légion...

    Ton rendement est de 20-40%, que se forme-t-il d'autre ?
    Est-ce que tu as laissé le temps à l'ester activé de se former en totalité (Boc-Gly-OSuc), avant d'ajouter l'amine (souvent çà aide..)

    As-tu laissé la réaction évoluer assez longtemps ? Les esters activés du type O-Suc sont assez "mou" et peut-être que ton amine n'est pas très réctive non plus (type dibutylamine ?).

    Pourqoui ne pas utiliser le classique CDI (avec un CDI de bonne qualité tf>110).

    Ou remplacer le NHS par de l'HOBt (plus réactif) !

  4. #3
    nabotdechimie

    Re : couplage peptidique

    D'une part, il semblerait qu'il reste de l'ester activé en CCM, cependant comme je l'introduis en excès (1,25eq de Gly et de NHS), il est dur d'apprécier la quantité effective restante. Mais le suivi de réaction montre la disparition de l'amine de départ. Une autre perte de rendement est due à la faible stabilité de l'amine vis à vis de la lumière et de traces d'eau ( facilement hydrolysable à chaud). Enfin, la pureté de l'amine de départ est relative (difficile séparation des sous produits dans l'étape précédente sur colonne), d'où calculs de rendements possiblement un peu erronés.

    Pour ce qui est de la formation de l'ester activé, je suis sa formation en CCM, sur la disparition de Boc-Gly, sur 5 heures, contre 3H dans la littérature.

    Je laisse la réaction tourner 5jours, donc pour le temps de réaction ça devrait aller. Et je n'observe plus d'évolution visible durant le suivi CCM.

    Pour le CDI, qu'est ce qui ce cache sous ce sigle?

    Enfin, pour le HOBT, je sais que c'est une option, mais pas encore testée.

  5. #4
    Fajan

    Re : couplage peptidique

    Et sur scifinder, il n'y a pas des bonnes idées?

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    nabotdechimie

    Re : couplage peptidique

    Malheureusement, je n'ai pas accès à scifinder en ce moment (fac fermée un mois ).

  8. #6
    shaddock91

    Re : couplage peptidique

    Effectivement, les protocoles ont l'air corrects. Si BoC-Gly et NHS sont en excès par rapport à la DCC, on ne peut pas envisager une réaction de l'amine de l'amine de départ sur la DCC (formation d'urée).

    Alors il semble bien que le problème vienne de l'amine et si, je le devine, c'est elle qui coûte cher...

    Ta manip est forcément en milieu anhydre, donc pas d'hydrolyse de l'amine, tu peux te mettre aussi sous argon, si ton amine est oxydable et envelopper la fiole de ta réaction dans du papier (abri de la lumière). As-tu vérifié la pureté de l'amine avant, si cela se trouve tu es en dessous de la stoechiométrie ? Ajouter 20 % d'amine en + et voir si l'ester activé restant est consommé.

    Si il s'agit d'une dégradation de l'amine de départ en solution causée par un temps de réaction trop long, essayer le CDI comme agent de couplage (carbonyle diimidazole), je pense que l'imidazolide intermédiaire formé sera plus réactif que l'ester activé. Il ya encore des agents de couplage plus musclés, tel que le PyBrop par exemple, utilisé dans des des cas rebels...(voir catalogue Novabiochem)

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  10. #7
    nabotdechimie

    Re : couplage peptidique

    Merci shaddock pour tes précisions.

  11. #8
    shaddock91

    Re : couplage peptidique

    Autre méthode classique en formant un anhydride mixte avec l'acide de départ et un chloroformiate.

    A 1.1 equiv. "d'acide à coupler", en solution dans CH2Cl2 ou DMF par exemple, on introduit 1.1 equiv. de N-Methyl morpholine. A -10°C, on introduit goutte à goutte 1.15 equiv. de chloroformiate d'isobutyle, en contrôlant la température (exothermique). On laisse remonter la température vers -5°C et on maintient pendant 15 mn. entre -5 et O°C. On refroidit de nouveau vers -10°C, introduit l'amine en maintenant la température. On laisse pendant la nuit à température ambiante.

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