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Charge peptidique et pKa



  1. #1
    Didie13

    Charge peptidique et pKa


    ------

    Bonsoir à tous,

    Je suis devant mon TD de biochimie avec la question suivante:

    Après avoir dit à quel groupement correspondent les pKs ci-dessous, calculez la charge de ce peptide à pH 7 :

    A.A pK1 pK2 pK3
    Lys 2,16 9,06 10,54
    Val 2,39 9,74
    Asp 1,99 3,90 9,90
    Gly 2,35 9,78


    Comment savoir à partir de ce tableau, pour l'Asp par exemple, quel valeur représente le αCOOH, le αNH2, ou encore le NH2 et COOH de la chaine latérale?

    Niveau L2 SV

    Merci d'avance
    Didie

    -----
    Dernière modification par Didie13 ; 17/10/2007 à 16h54.

  2. #2
    jgiovan

    Re : Charge peptidique et pKa

    a priori l'acide alpha a un pKa d'environ 2-2.4 et l'amine alpha d'environ 10.

    Les acides au bout d'une chaine aliphatique (asp) ont un pKa un peu plus élevé (3.90).

    Les amines au bout d'une chaine aliphatique auront également un pKa un peu plus élevé (10.54 pour la lysine).

    J'espère que ca t'aide...

  3. #3
    Didie13

    Re : Charge peptidique et pKa

    Ah ok! On réfléchit alors en terme d'ordre d'idée.

    Je vais me pencher à nouveau sur cette partie, mais je pense que j'ai la réponse à ma question!

    Merci pour ta réponse jgiovan

  4. #4
    Didie13

    Re : Charge peptidique et pKa

    Citation Envoyé par jgiovan Voir le message
    Les acides au bout d'une chaine aliphatique (asp) ont un pKa un peu plus élevé (3.90).

    Les amines au bout d'une chaine aliphatique auront également un pKa un peu plus élevé (10.54 pour la lysine).
    Quelque chose m'intrigue.

    Dans un TD, on a pris l'exemple d'un aa comme la lysine avec deux groupements NH3+:
    -dans le cas où celui ci est seul, le pKa du NH3+ de la chaine latérale est plus faible que celui du αNH3+.
    -dans le cas où celui ci est lié à une chaine polypeptidique (en début de chaine donc, pour qu'il reste les deux NH3+), le pKa du Nh3+ de la chaine latérale devient plus important que celui du αNH3+ (c'est apparement l'exemple que tu donnais)

    Maintenant mon problème intervient plutot dans le cas d'un aa comme l'acide aspartique:

    On m'a dit en cours, que peu importe si l'aa était compris dans une chaine ou non, le pKa du COOH de la chaine latérale était plus faible que celui du αCOOH.

    Le soucis c'est que tu me dis, le contraire, tout comme certains exemple internet que j'ai pu trouver.

    Quelqu'un peut-il alors me confirmer que le pKa du groupement COOH de la chaine latérale est toujours plus important que celui du αCOOH?

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