calculer logp
comment peut-on calculer le log p de cette molécule , je suis vraiment bloqué :
4-Methyl-N-(2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl)benzenesulfonamide
il y'a beaucoup d'interactions entre les heteroatomes !!!
merci d'avance
ps:vous trouverez la molécule (structure) avec les fichiers joints
Si pour toi le log P est bien le coefficeint de partage octanol eau ou log Kow il y a différentes méthodes. Le logP ne se calcule pas il se mesure.
La plus simple méthode celle du flacon agité: tu mets une certaine quantité connue de soluté un volume connue d'octanol et d'eau tu agites bien et tu mesures la quantité dans chaque phase ca marche pour de nombreux composé mais nécessite un temps long pour l'équilibrage du mélange octanol-eau et il faut attendre la solubilisation complète du composé.
Après il existe la méthode par HPLC. Le logP d'un soluté peut être déterminé par corrélation entre son temps de rétention et celui de composés similaires avec un logP connu c'est une méthode rapide mais nécessite d'avoir une HPLC (20 000€ pour les moins chère) et ca nécessite une connaissance de log P de plusieurs composé similaires (donc nécessité de connaitre la formule avant ce qui n'est pas le cas du flaocn agité) pour effectuer une regression linéaire. cette méthode est moins précise.
Il existe aussi des logiciels de simulations qui utilise d'autres méthodes comme celle des fragments: le LogP de ton composé est égal à la somme des logP de ses fragments, et si tu as donné à ton programme un ensemble de composés avec des logP connus il peut arriver a éstimer le logP de ton composé.
On trouve aussi des trucs sur gogol essaye ce logiciel par exemple il a trouvé 1,862 pour log P
http://www.molinspiration.com/cgi-bin/properties
merci SEP12 pour ta réponse ,je connais les deux méthodes de la détermination expérimentale mais je voudrais savoir comment appliquer les méthodes d'estimation, c'est plus difficile ! par exemple la méthode de Hansch elle nécessite de savoir les interactions entre les hétéroatomes pour leur attribuer des valeurs (fragmentales) qu'on doit les ajouté à la valeur de base qui est le paramète π de Hansch ,,,, c'est ici que je trouve des problèmes , comment peut-on savoir toutes ces intéracions avec beaucoup d'hétéroatomes!
dommage ,je peux pas t'aider ... c'est difficile pour moi aussi
je pense qu'on peut classer les méthodes d'estimation du coefficient de partage en deux grandes catégories :
1- estimation par contribution de groupe
2- en utilisant les constantes fragmentales , comme celle de Hansch ,Rekker etc
