Biochimie structurale: Les phospholipides (suite)

[inviteb9d69db3]

Bonsoir à toutes et à tous,

toujours dans l'étude des phospholipides, je n'en ai pas fini avec l'exercice pour lequel je vous avais déjà demandé de l'aide. Je l'avais mis de côté quelques temps pour me reposer un peu le cerveau.
Voici mon énoncé:

enonce.jpg

(*) Il s'agissait, dans un premier temps, de donner la structure chimique développée de l'acide phosphatidique.
Cette première partie (l'obtention de l'acide phosphatidique à partir de mon diacylglycérol et de l'acide phosphatidique) est «à peu près» rentrée.
Mais, ensuite, on me demande la formule de:
- la phosphatidylcholine;
- la phosphatidyléthanolamine;
- la phosphatidylsérine;
- le phosphatidylinositol;

Et là, gros bug dans mon petit cerveau... Si vous pouviez m'expliquer comment, par exemple, à partir de l'acide phosphatidique de départ, c'est à dire de ça:

acide_phosphatidique.jpg


et de ça:

ethanolamine.jpg

j'obtiens ça:

phosphatydilethanolamine.jpg

Je ne vois notamment pas, (si nous sommes bien dans une réaction d'estérification) la perte de la molécule d'eau. Et comment expliquer la disparition «pure et simple» de l'électron porté par un des O de l'acide phosphatidique? En outre, d'où provient le H+ qui s'est ajouté au NH2? S'agirait-il d'une réaction acido-basique qui fait que NH2 «récupère un proton» (mais alors d'où sort-il celui-là??? )

Ma question est valable pour chacune des molécules dont je dois construire la formule. (Je n'ai pas pu vous mettre les autres car je ne sais comment mettre plus d'images...)
Comme vous le voyez, ce sont notamment tous les transferts d'ions mais aussi ma molécule d'eau que je ne retrouve pas qui me posent de réels soucis et je suis réellement en train de me noyer...

J'ai cherché sur internet mais on me donne toujours la formule du phospholipide final sans jamais expliquer la réaction. Et c'est ça que je ne comprends pas.

Je vous remercie d'avance pour vos explications (il faudra impérativement que je cite cet endroit dans ma présentation de rapport de stage l'année prochaine! ).
Bien cordialement.
Clark.
-----

[HarleyApril]

Bonsoir

Tu as dû voir l'équation suivante :
acide + alcool = ester + eau

Ceci reste vrai si tu as un acide phosphorique.
Il existe des esters de l'acide phosphorique.
Comme il a trois fonctions acide, il peut faire un monoester, un diester ou un triester.

Par ailleurs, comme tu dois te situer à pH physiologique, il est logique de noter les produits dans leur état de protonation à ce pH.
Les acides seront donc sous forme d'anions (sauf ceux qui ont un pKa supérieur à 7.4, bien évidemment).
Les bases seront sous forme d'ammonium (sauf celles qui ont un pKb inférieur à 14 - 7.4)

Cordialement

[inviteb9d69db3]

Bonsoir HarleyApril,

merci pour votre réponse.

En effet, je connais l'équation d'estérification d'un alcool par un acide carboxylique. J'ai bien compris, également, que cette équation était valable pour l'acide phosphorique. Et nous sommes ici dans le cas d'un diester, si je ne me trompe...
Mais je crois, ceci dit, que vous venez de «m'enlever une fière chandelle du pied»

Si je prends donc l'exemple de la phosphatydilsérine (ci-dessous),

phosphatydilserine.jpg

je peux donc dire que COOH à perdu un proton car le pH physiologique est supérieur au sien et que NH2 en a gagné un car le pH physiologique est inférieur au sien (Tout ceci étant des échanges acides-bases).

En surfant sur votre réponse et en allant plus loin, la question que je me posais au sujet de la molécule d'eau que je ne «voyais» pas, me paraît trouver une réponse.
Mais dîtes-moi si je me trompe:
Ce n'est pas H20 qui disparaît, mais sa forme déprotonée OH- (car H20 a un PH inférieur au pH physiologique). D'où la disparition du signe (-) porté par le O situé entre P et CH2. Est-ce une grosse bétise ce que je dis là?

Mais alors à ce moment-là, pourquoi lors de la formation de mon acide phosphatidique

acide_phosphatidique.jpg

à partir de l'acide phosporique

79412451tpe-5-jpg.jpg

et de mon diacylglycérol

709700SX.jpg

, qui se déroule elle aussi à pH physiologique, j'ai bien disparition de H2O et pas de OH- ?... Ca aurait été trop simple, évidemment...

Si vous pouviez encore une fois éclairer ma lanterne...

Je vous remercie grandement!

Cordialement.

Clark

[inviteb9d69db3]

Bonsoir à toutes et à tous,

Oui je sais, je suis vraiment pénible... Cependant si vous aviez une réponse à ma question, ou au moins une piste, ce serait super gentil de votre part! Ca fait un moment que je bloque sur tout ça, et je perds beaucoup de temps par rapport à mon programme.

Je vous remercie.

Bonne soirée.

Clark, votre obligé.

[A voir en vidéo sur Futura]

[HarleyApril]

Bonsoir

Désolé, je ne suis pas connecté à temps plein ...
Futura Sciences, ce n'est pas mon boulot non plus.

Ne te pose pas trop de question sur l'équilibrage des équations chimiques pour les protons en biochimie. On considère qu'on est dans un milieu tamponné et qu'il y a pratiquement toujours assez de H+ pour venir protonner ce qui doit l'être et assez de OH- pour venir déprotonner ce qui doit l'être.
Idem pour l'eau, ça s'en va et ça revient (comme une chanson populaire).
Ne t'occupe que des carbones et hétéroatomes.

Cordialement

[inviteb9d69db3]

Bonsoir HarleyApril,

je suis navré que vous ayez mal pris mon intervention... Je vous présente mes excuses.
Je suis trèèèèès bête, mais je me doute bien que ce forum n'est pas votre travail...

En tout cas merci pour votre réponse, même si elle me laisse sur ma faim (je n'aime pas trop ne pas comprendre).

Je vous souhaite une bonne soirée.

Avec, encore une fois, mes excuses.

Cordialement.

Clark

[HarleyApril]

Pas de souci, mais tu n'auras pas toujours des réponses rapidement.

Les réactions biochimiques se font dans l'eau.
Le milieu est tamponné.
Jusque là, tu es d'accord ?

On a donc autant de H+ et de OH- en réserve qu'on en veut.
On écrit les réactions comme en chimie, puis on ajuste les charges pour tenir compte du pH physiologique.
Cet ajustement n'est pas détaillé dans les mécanismes, c'est sous-entendu.

J'espère que c'est plus clair ainsi.

Cordialement

[inviteb9d69db3]

Bonsoir à toutes et à tous,

Merci HarleyApril pour votre dernière explication.
J'ai travaillé une autre matière depuis votre message, car mes cheveux commençaient à tomber... Déjà que j'en ai peu...
Cependant une de mes questions (que je vous propose ici de reformuler) reste toujours sans réponse. Ou alors c'est que je n'ai pas compris vos explications (ce qui est aussi fort probable).

La synthèse de l'acide phosphatidique qui est le produit d'une estérification se déroule de la façon suivante (selon le principe Acide + Alcool -> Ester + Eau) :

acide_phosphatidique (2).jpg

On voit nettement les produits de la réaction, la molécule d'eau accompagnant mon ester.

Ce qui m'ennuie c'est que lors de la synthèse de la phosphatidylcholine (par exemple) qui est également le produit d'une estérification qui se déroule donc aussi selon le principe (Acide + Alcool -> Ester+Eau)

On voit, dans mes produits de réaction, non pas une molécule H2O accompagnant mon ester mais une molécule OH-.

phosphatydilcholine.jpg

Alors je comprends bien que ma molécule OH- n'est rien d 'autre que ma molécule H20 déprotonnée. Mais comment expliquer que lors de ma première synthèse (de l'acide phosphatidique) j'ai bien "disparition" (qui n'en est pas une) de ma molécule d'H2O et que lors de ma seconde synthèse (de la phosphatidycholine) j'ai une "disparition d'une molécule d' OH-? Qu'est ce qui a changé? Sachant que mon pH est dans les deux cas un pH physiologique qui ne change pas? Pour moi, il serait logique que dans les deux cas, j'ai une "disparition" de OH- compte tenu du pH du milieu...

Merci pour votre réponse.

Je serai patient cette fois-ci car j'ai bien compris que vous ne viviez pas sur le forum de Futura Sciences.

Bonne fin de journée et bon début de week-end.

Cordialement.

Clark.

[HarleyApril]

Bonsoir

Dans le deuxième cas, on a mis OH- pour avoir conservation de la charge et équilibrer correctement la réaction.
Tu as raison, la première équation n'est pas équilibrée (compte les H et les charges, tu verras que ça ne colle pas).

Ce qui est important dans ces réactions, ce sont les transformations qui conduisent aux phospholipides. Équilibrer correctement les réactions est accessoire.

Cordialement

[inviteb9d69db3]

Bonsoir HarleyApril,

je tenais à vous remercier pour votre patience et votre gentillesse.
J'ai enfin réussi à me décoincer en biochimie!!!

Je vous souhaite une bonne soirée.

Bien cordialement.

Clark, votre obligé.

[HarleyApril]

Nous sommes tous contents que tu sois décoincé.
N'hésite pas à décoincer d'autres participants à ton tour !

Cordialement