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Calcul de la charge nette d'un AA



  1. #1
    NebraskaChicken

    Calcul de la charge nette d'un AA


    ------

    Bonjour,

    Je viens de rentrer en PACES et essayant de prendre un peu d'avance sur les cours, j'ai bloqué sur des items qui demandent de définir la charge globale d'un certain AA à un pH donné. Je n'ai trouvé dans le cours aucune information concernant ce calcul, mais l'item précise le pKa1, le pKa2 et le pKar.
    Ex 1 : à pH = 4, l'acide glutamique (pKa1 = 2.2 ; pKa2 = 9.7 ; pKar = 4.2) a majoritairement une charge globale de -2. Vrai ou faux ?
    Ex 2 : à pH = 6, la lysine (pKa1 = 2.2 ; pKa2 = 9 ; pKar = 10.5) a majoritairement une charge globale de +1. Vrai ou faux ?

    Plusieurs questions, donc :
    - Qu'est-ce que le pKar ?
    - Faut-il au préalable calculer le pHi ?
    - Des explications pour les 2 exemples, tout simplement ?

    Merci d'avance ^^

    -----

  2. #2
    Resartus

    Re : Calcul de la charge nette d'un AA

    Pour les acides aminés le pka1 est l'acidité de l'acide, le pka2 l'acidité de l'amine. le pkar est le pka de l'acidité de la chaîne latérale (ou R), pour les AA qui en ont une.
    Ensuite, un acide aminé sans pkaR est neutre (en fait un zwitterion avec COO- vs NH3+)) entre pka1 et pka2, chargé +1 en dessous de pka1 (l'acide reprend son proton) et -1 au dessus de pka2 (l'amine repasse à NH2 : perd son H+). Inutile de calculer le pki, puisque les points de bascule sont Pka1 et Pka2

    S'il y a une acidite de la chaine latérale, il faut additionner la charge de cette chaine
    Dans le cas de l'acide glutamique la chaine latérale est chargée négativement au dessus du PkaR et neutre en dessous. Donc je dirais qu'à pH=4 il a une charge de 0 (AA)+0 (R) =0 (et pas -2, a moins qu'il ne faille lire pH=14?)
    Dans le cas de la lysine la chaine latérale est chargée positivement en dessous de pkaR et neutre au dessus. Donc à Ph=6 on a 0(RR)+1(R)=1 (OK)

    Dans le cas où le ph serait pile l'un des pka, on compte la charge pour la moitié (ou la moyenne entre les deux valeurs au dessus et au dessous)
    Dernière modification par Resartus ; 20/09/2015 à 18h25.

  3. #3
    jeanne08

    Re : Calcul de la charge nette d'un AA

    Je complète rapidement ce que t'a expliqué Resartus
    Un couple acide base est caractérisé par son pKa . Si pH > pKa la forme basique prédomine et si pH<pKa la forme acide du couple prédomine
    Il faut bien faire correspondre le pKa et le couple acide/base et ensuite cela va tout seul ...et tu compteras la charge globale de l'acide aminé à un pH donné.
    ex : pour la glycine pKa = 2.4 correspond au couple -COOH/-COO- donc si pH<2.4 on aura la forme -COOH et pour pH >2.4 on aura -COO-
    pKa =9.7 correspond au couple -NH3+/-NH2 donc si pH>9.7 on aura -NH2 et si pH <9.7 on aura -NH3+

  4. #4
    NebraskaChicken

    Re : Calcul de la charge nette d'un AA

    Merci beaucoup pour vos réponses précises !

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