Chimie / biochimie incompréhensible !

[cappppppa]

bonjour a tous j'ai un exercice incomprehensible en biochimie a rendre mais je suis bloquée
enoncé: a ph 7.7 et 25 °C les cinétiques d hydrolyse de l o-nitrophényl galactose par la beta galactosidase ont été étudiées en absence ou presence d'inhibiteurs.
la variation d absorbance est à 410 nm

tableau

(S) en M v en absence d'inhibiteur v en présence de ONPTG 3x10-4 M v0 en présence de maltose 0,26 M v en présence de mélibiose 0,17M
2,5 x 10-5 0.033 0,018 0,0165 0,027
5,0 x 10-5 0.055 0,033 0,0275 0,041
10,0 x 10-5 0,0825 0,055 0,041 0,055
25,0 x 10-5 0,118 0,091 0,059 0,069
50,0 x 10-5 0,138 0,118 0,059 0,075
100,0x 10-5 0,150 0,138 0,075 0,079

1) déterminer vmax et Km pour l expérience sans inhibiteur
je pense que l on trace le graphique s en fonction de v et que l on détermine graphiquement km et v max
ou doit on utiliser un calcul ?

2) calculer k2 en sec-1 sachant que [Eo]= 1.19 x 10 ^-9 M et epsilon 410 nm = 3300M-1.cm-1
je ne comprend pas comment faire car dans mon cours j ai la formule seulement de K2 = Vmax/ [Et]
ici il nous donne que Eo donc je suis bloquée

3) determiner la nature de l inhibition et la valeur ki pour chaque inhibiteur
j'ai trouvé :
* onptg (inhibiteur compétitif) mais je ne sais pas calculé KI
* maltose (inhibiteur non compétitif)
* mélibiose (inhibiteur incompétitif)

pouvez vous m aider a résoudre cette exercice. merci d avance
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[Neon20]

1) Toujours la même chose. Tu prends les Vi de la première colonne(sans inhibiteur) et tu entres tes 1/[S] et tes 1/Vi dans ta calculette pour trouver Km/Vmax (la pente) et 1/Vmax (l'ordonnée à l'origine) et en déduire Km et Vmax.

Ce n'est pas très clair: ce sont des absorbances ou des Vi qui sont données? Si ce sont des absorbances, il faut utiliser les formules que je t'ai données dans l'exo précédent.

2) J'ai toujours appris que K2 = Kcat= turn-over= constante catalytique= Vmax/ [E0].

3) Faire la même chose que dans 1) avec chaque inhibiteur( les trois colonnes restantes de ton tableau) pour trouver tous les Kmapp et Vmapp pour chaque inhibiteur.
Vérifier que tes résultats sont cohérents avec les types d' inhibition indiquées.

Pour un inhibiteur compétitif: Kmapp = Km(1 + [I]/Ki)
Tu isoles le Ki.

Ki= [I]/((Kmapp/Km) - 1)

Pour un inhibiteur incompétitif et un inhibiteur non compétitif: Vmapp= Vm /(1 + [I]/Ki)

Ki= [I]/((Vm/Vmapp) -1)

[cappppppa]

merci beaucoup pour ta reponse mais a la question 3 ca signifie quoi Kmapp?

[Neon20]

merci beaucoup pour ta reponse mais a la question 3 ca signifie quoi Kmapp?

Km apparent. C'est le Km en présence d'un inhibiteur. C'est la concentration en substrat pour laquelle la vitesse initiale(Vi) est égale à la moitié de la vitesse maximale(Vmax) en présence d'un inhibiteur.

Dans ton exercice, tu devras en trouver 3: 1 Kmapp pour chaque inhibiteur. Idem pour les Vmaxapp.

Tes exos ne sont pas très durs mais longs, j'espère que tu n'as pas à faire tout ça pour demain.

[A voir en vidéo sur Futura]

[cappppppa]

je n y arrive pas
cela me semble très bizarre pour la premiere question pour le rapport km/ vmax pente = 800
en prenant A ( 20000, 30) et B(40000.55) j ai fait yb-ya/xb-xa = 800
puis 1/v max = ordonnée a l origine = 0.16 donc vmax= 1/6 = 0.16
donc comme j ai km/vmax = 800 j obtiens km= 800 * v max= 800*0.16 = 128

2) k2= vmax/ [Eo] = 0.16/ 1.19 * 10 ^-9= 1.3 *10 ^8 ca me semble beaucoup !!

3) je suis bloqué car onptg est inhibiteur compétitif donc ki = I/ Kmapp/km -1 mais il me manque km app et km. est ce que km je dois retracer la droite et faire comme ala question et comment obtenir le km app ? je ne comprend pas

[Neon20]

cela me semble très bizarre pour la premiere question pour le rapport km/ vmax pente = 800
en prenant A ( 20000, 30) et B(40000.55) j ai fait yb-ya/xb-xa = 800

Elles sont en quelle unité tes Vi?

3) je suis bloqué car onptg est inhibiteur compétitif donc ki = I/ Kmapp/km -1 mais il me manque km app et km. est ce que km je dois retracer la droite et faire comme ala question et comment obtenir le km app ? je ne comprend pas

Alors là, je te l'ai déjà expliqué plus haut. Il ne te reste plus qu'à relire ton cours.

[cappppppa]

ce n est pas marqué dans l enoncé mais une vitesse initiale est m.s -1 non ?

[Neon20]

ce n est pas marqué dans l enoncé

Oui, et c'est bien le problème^^. Cet exo ne peut pas être résolu.

une vitesse initiale est m.s -1 non ?

En général, en Katal/L ((mol/s) /L) ou en UI/L ((µmol/min) /L). Mais ça ne se devine pas.

[cappppppa]

donc si je comprend bien l exo est infaisable

[Neon20]

En réalité: non, on ne peut pas le faire.

Mais d'après cette énoncé tordu, on te donne epsilon 410 nm = 3300M-1.cm-1 (qui est une unité fausse pour epsilon, mais passons) et des V sans unité. Je suppose qu'on veut que tu transformes les V sans unité en V en M.
Pour cela, il suffit de diviser les V donnés dans le tableau par epsilon*l (en prenant l= 1 cm).


Le problème c'est que si tu fais cette opération, ça coince pour la question d'après car on te demande de calculer k2 en sec-1 (alors qu'il n'y aucune notion de temps nul part ailleurs dans l'exercice).