Trouver charge peptide

[invite44a88b73]

Bonjour, je voudrais savoir si lorsque on doit trouver la charge d'un peptide, et que l'on a dans ce peptide de la tyrosine ou encore de la cystéine, on doit mettre une charge nulle quelque soit le pH pour la tyrosine ou la cystéine ?

Merci
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[Resartus]

Bonjour,
La chaîne principale d'un peptide ne se charge qu'aux deux extrémités. Si les acides aminés intermédiaires n'ont pas de chaine latérale ionisable, ils n'auront en effet aucune charge. C'est le cas des deux acides que vous citez, mais aussi de plusieurs autres...
Mais quel que soit l'acide aminé, s'il est en bout de chaîne, le coté libre va bien avoir une charge dépendant du ph : soit positif en dessous d'un certain ph si c'est le coté amine qui est libre, soit négatif au dessus d'un certain ph si c'est le coté acide...

[invite44a88b73]

Parmi les acides aminée intermédiaires (c'est-à-dire pas en bout de chaîne), ceux qui sont chargés sont : l'arginine, la lysine, l'histidine, l'acide glutamique et l'acide aspartique, soit au total 6 acides aminés ?

[invitec0b62935]

La tyrosine hors cas rares est toujours neutre.

La cystéine c'est plus complexe. Si elle est engagée dans un pont disulfure, elle est toujours neutre. Si elle n'est pas engagée, le pK d'une cystéine libre est de 8,5 ce qui est très proche des conditions biologiques. La majorité est neutre mais une minorité a une charge (-). Cette minorité est importante puisque dans beaucoup d'enzymes à cystéines, c'est la forme chargée qui est biologiquement active parce que plus réactive.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite44a88b73]

Oui mais on considérera que c'est dans une protéine et que par conséquent il y a présence de pont disulfure ^^

Mais du coup, si je reviens à mon message posté précédemment est-ce vrai que, parmi les acides aminée intermédiaires (c'est-à-dire pas en bout de chaîne), ceux qui sont chargés sont : l'arginine, la lysine, l'histidine, l'acide glutamique et l'acide aspartique, soit au total 6 acides aminés ?

[invitec0b62935]

Les cystéines ne sont pas toutes engagées dans des ponts disulfure, loin de là. Ca dépend de l'état oxydo-réducteur de l'environnement et donc du compartiment dans lequel la protéine se trouve.

En général les cystéines sont dans des ponts disulfures si
- Elles sont exposées à l'espace extra-cellulaire, ce qui inclut toutes les protéines secrétées ainsi que la face externe des protéines membranaires
- Elles sont localisées dans la lumière du RE/Golgi/peroxysome/vésicules/mitochondries

Par contre on n'a en général pas de pont disulfure
- Dans le cytoplasme, hors des organelles
- Dans le noyau
- Dans les bactéries

Après ce sont des règles générales, il y a des exceptions dans les deux sens.

Donc les résidus chargés sont D, E, K, R (très majoritairement chargés en conditions biologiques, à 99% et plus), H et S (minoritairement chargés, pour S seulement si on est dans un compartiment sans ponts disulfure).

[vpharmaco]

Oui mais on considérera que c'est dans une protéine et que par conséquent il y a présence de pont disulfure ^^

Mais du coup, si je reviens à mon message posté précédemment est-ce vrai que, parmi les acides aminée intermédiaires (c'est-à-dire pas en bout de chaîne), ceux qui sont chargés sont : l'arginine, la lysine, l'histidine, l'acide glutamique et l'acide aspartique, soit au total 6 acides aminés ?

Bah non, puisqu'il faut rajouter à cette liste la cystéine (toutes les cysteines ne sont engagés dans des ponts disulfures, même dans les proteines) et la tyrosine (à pH >10 elle sera majoritairement sous forme phénolate)

[invite44a88b73]

Dans les questions, le prof nous précise rien du tout, il nous dit juste "trouver la charge de ce peptide", dans ce cas pour la cystéine je la mets chargée ou pas ?
A ph = 1
A ph = 7
A ph = 13

[invite44a88b73]

d'une façon générale si rien est précisé

[invite44a88b73]

Quelle est la charge de ce peptide s'il vous plait : Nterm - Trp- Cys - His - Tyr - Ser - Cterm

[jeanne08]

Tu vas trouver tout seul ... je ne suis absolument pas spécialiste de biochimie ...
1) tu répertories les NH2 et les COOH et plus généralement tous les groupements acides et basiques libres sur le peptide et tu notes les pKa
2) si pH<pKa alors la forme acide du groupement prédomine (-NH3 + ,- COOH ...) et si pH >pKa la forme basique prédomine (-NH2, COO- ... ) et si pH = pKa on a autant de forme acide que de forme basique du groupement
3) tu comptes les charges + ( comme NH3+ ) et les charges - ( comme COO- ) et tu fgais le bilan ! et ceci pour chacun des pH proposé

[invite44a88b73]

A pH = 1 : Nterm chargé +, Trp chargé 0, Cystéine chargé 0, l'Histidine chargé +, Tyrosine chargé 0, Serine chargé 0 et Cterm chargé 0
A pH = 7 : Nterm chargé +, Trp chargé 0, Cystéine chargé 0, Histidine chargé 0, Tyrosine chargé 0, Serine chargé 0 et Cterm chargé -
A pH = 13 : Nterm chargé 0, Trp chargé 0, Cystéine chargé 0, Histidine chargé 0, Tyrosine chargé 0, Sérine chargé 0 et Cterm chargé -

Est-ce correct s'il vous plait ?

[invite44a88b73]

y a quelqu'un s'il vous plait ?

[invite44a88b73]

s'il vous plait je vous demande juste cet exemple car ça me tracasse... !

Merci.

[vpharmaco]

On t'a déjà expliqué que les chaînes latérales de la cystéine et de la tyrosine sont sous forme déprotonées, lorsque le pH de la solution est supérieur à leur pKa respectif... Donc, non, indiquer une charge nulle pour ces résidus à pH 13 n'est pas correct.

[invite44a88b73]

Pourtant Svenn a indiqué dans son premier message que la tyrosine était toujours neutre et là vous me dites qu'elle est chargée négativement à pH=13.

Et puis comment on peut savoir si la cystéine et la tyrosine seront chargés positivement ou négativement, alors que l'une possède respectivement un groupe souffré et un groupe OH sur leur chaînes latérales. Alors que pour savoir, il faut voir si y a du NH2/NH3 ou du COOH dans les chaînes latérales des acides aminés pour savoir si ils seront chargés ou pas.

[invite44a88b73]

s'il vous plait, y a quelqu'un ?

[invitec0b62935]

J'ai dit qu'en "conditions biologiques" la tyrosine était quasiment toujours neutre. Cependant elle a un pKa d'environ 10, ce qui signifie qu'à pH 13 qui n'a plus rien de conditions biologiques ...

[invite44a88b73]

Ah dac autant pour moi...

Mais alors, comment peut on connaitre quelle sera la charge de la tyrosine et de la cystéine à pH=1 , pH=7 et pH=13 lorsqu'elle sont dans une protéine ou peptide ? Car il n'y a pas de groupement acide carboxylique ou amine pour prévoir leur charge.

[invite44a88b73]

Comment on fait pour connaitre leurs charges alors svp ?

[invite44a88b73]

Est-ce que quelqu'un peut lire mon message posté le 23/01/2017 à 17h13 et me répondre svp !!

Merci.

[Resartus]

Bonjour,

Les acides suivants ont une chaine latérale ionisable :
A) Neutre en dessous du pka, négative au dessus
Asp : pka=3,86
Cys : pka=8.33
Glu : pka=4,25
Tyr : Pka=10,67
B) Positive au dessous du Pka, neutre au dessus
Arg : pKa=12,48
His : pka= 6,0
Lys : pka=10,53

C) Les terminaisons ont des pka variables, mais, pour simplifier, on peut considérer une valeur moyenne : pka de 9,7 pour la terminaison N (+ en dessous, neutre au dessus), et 2,3 pour la terminaison C (neutre au dessous, - au dessus)

En faisant un tableau de charge des deux terminaisons et de chaque peptide avec chaine latérale ionisable avec les divers pka, on peut reconstituer la charge totale selon le ph

Pour affiner, on peut aussi mettre une charge égale à -0,5 ou +0,5 quand le ph est égal à un des pka. Cela rajoutera quelques points à la courbe de variation

[invite44a88b73]

Merci infiniment Resartus !

Vous avez dit tout ce que je voulais savoir ))