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Calcul de la charge d'un peptide



  1. #1
    mopio

    Exclamation Calcul de la charge d'un peptide

    Bonjour, je bloque pour le calcul de la charge d'un peptide a un pH donné. Par exemple pour celui la: CGEVK (cysteine, glycine, acide glutamique, valine, lysine). Voila comment je procède: je rajoute les 2 extrémités de ce peptide, on obtient ainsi:
    NH3+ - CGEVK - COOH. Je rajoute le pkr de chaque acide aminé avec un groupement ionisable. Ce que je ne comprends pas, c'est comment choisir le pka de ces 2 extrémités. Comment sait-on si on doit prendre le pka1 ou le pka2 de la cysteine pour l'extremité NH3+? De même pour le COOH: doit on prendre le pka1 ou le pka2 de la lysine?

    Puis, j'ai une deuxième question: en supposant qu'on a déterminée les pka et les pkr pour notre peptide, je sais qu'il faut qu'on calcule le phi de l'AA avec le groupement ionisable et le comparer avec le pH demandée. Si ph<phi alors on aura une charge + et si ph>phi alors charge - et enfin si ph=phi on aura une charge = 0. La formule du phi est la suivante: (pka1+pka2)/2. Mais est ce qu'on prends toujours le pka1 et pka2 pour calculer le phi? ou doit-on se servir des pkr pour le calcul?? Désolé pour ce post assez long et j'espère avoir été claire. Merci de votre aide!

    -----


  2. #2
    mopio

    Lightbulb Re : Calcul de la charge d'un peptide

    J'ai compris la première partie: apparemment on met toujours le pkA2 pour l'AA en N-term et le pkA1 pour celui en C term

  3. #3
    mopio

    Re : Calcul de la charge d'un peptide

    Personne pour m'aider?

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