BIOCHIMIE : déterminer la séquence d’un peptide

[Oraneeeh]

Bonjour je me permets de vous demandez de l’aide . Voilà j’ai un exercices à faire pour m’entraîner mais j’ai du mal je ne comprend pas comment je peut déterminer la séquence du peptide . Si vous pouvez m’éclaircir ou m’aider se serai très gentil . Merci à vous tous

La composition brute en acides aminés d'un peptide P est :
1 K, 1 R, 1 N (ou D), 1 S, 1 Q (ou E), 1 P, 1 G, 1 A, 1 V, 2 M, 1 I, 1 F, 1 W
La charge nette de P est +1 à pH 6,4.
Après traitement de P par le DNFB isothiocyanate de phényle puis par acide trifluoroacétique (TFA), on obtient DNP-A PTH-A.
L'hydrolyse de P par la trypsine donne 3 peptides dont la composition brute en AA est :
T1 : 1 K, 1 Q (ou E), 1 P, 1 G, 1 V, 1 W, 1 M
T2 : 1 R, 1 S, 1 A, 1 M, 1 F
T3 : 1 N (ou D), 1 I
T1 absorbe à 280 nm. La charge nette de T3 est de –1 à pH 6.4.
L'hydrolyse de P par la chymotrypsine donne 3 peptides dont la composition brute en AA est :
CT1 :
CT2 :
1 R, 1 V, 1 M, 1 W
1 K, 1 N (ou D), 1 Q (ou E), 1 P, 1 G, 1 M, 1 I
CT3 :
1 S, 1 F, 1 A

L'hydrolyse de P par le bromure de cyanogène donne 3 peptides BC1, BC2 et BC3. La composition brute en acides aminés de deux de ces peptides est :
BC1 : 1 R, 1 Q (ou E), 1 W, 1 V, 1 homoséryl lactone.
BC2 : 1 K, 1 N (ou D), 1 P, 1 G, 1 I
(rem. : les méthionines se transforment en homoséryl lactones suite au traitement avec bromure de cyanogène)
Traité par le DNFB isothiocyanate de phényle puis hydrolysé par HCl par acide trifluoroacétique (TFA), BC2 donne le DNP-G PTH-G. Le traitement de BC2 par la carboxypeptidase donne d'abord D.
Quelle est la séquence de P ?
Justifier votre réponse
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[Kemiste]

Bonsoir.

Merci de commencer par nous présenter ce que tu as fait : https://forums.futura-sciences.com/c...ces-forum.html

[Oraneeeh]

Justement je ne sais pas comment procéder , donc je n’est rien fait .

[Kemiste]

Tu as bien du tenter des choses ? Le but du forum est d'apporter des indictions par rapport au travail qui a été fait, pas de donner des solutions...

[A voir en vidéo sur Futura]

[kjvbermq]

Bonjour, moi j'ai testé pas mal de trucs mais jsp quoi en penser :

On sait que la tyrosine coupe les peptides après une lysine ou une K ou une R on a donc :
T1 : Q(ou E)PGVWMK
T2 : ASMFR
T3 : N (ou D)I
Ensuite, puisque T1 absorbe à 280 nm on est sûr qu'il y a bien un W.
De plus, puisque T3 possède une charge +1 on sait qu'il s'agit d'un D et non d'une I car à pH=6,4 seul le D est négatif.

Ensuite on sait que le peptide possède une charge positive donc si on a un D on sait qu'on a un E car le peptide peut posséder une charge positive seulement si on a de l'acide aspartique et pas une asparagine à pH=6,4.

On sait également d'après l'énoncé que le peptide P commence par une A.

A partir de là je ne suis plus sûr de rien :

On sait que la chymotrypsine coupe un peptide après : Y W F M ou L (ici on n'a ni Y ni L) donc :

CT1 : RVMW ou RVWM
CT2 : KDEPIM
CT3 : ASF

Ensuite on sait que le bromure de cyanogène coupe le peptide après M et la transforme en homoséryl lactone donc on a :

BC1 : REWV+(1 homoséryl lactone)
BC2 : KDPGI
Et on en déduit BC3 : ASF (1 homoséryl lactone)

Or je ne suis pas sûr de ces infos et je suis bloqué car je ne sais que faire de toutes ces infos et je n'arrive pas à remonter au peptides car il y a toujours un problème quelque part.
Si vous pouviez m'aider ce ne serait pas de refus ...

Merci d'avance.

[JPL]

Je suppose que tu voulais dire trypsine et pas tyrosine ?

[kjvbermq]

Oui pardon (trop de mots se ressemblent en biochimie)

[kjvbermq]

Bonjour, je me demandais s’il était possible de me donner une ligne directive qui pourrait me diriger vers un possible peptide de départ ?
Merci

[Garroum]

Bonjour,

D'après toi, tu as dit que le Peptide P commence par un A. Cherche toutes les combinaisons possibles qui commencent avec un A. Puis essaye de trouver les combinaisons qui peuvent suivre la combinaison comportant un A.

Cordialement

Garroum

[Garroum]

Bonjour,

Sur ton explication tu as faits quelques fautes que je vais reprendre:

Le charge de D est négative à pH= 6.4 Du coup pour l'instant, la charge globale du Peptide P vaut -1,.
Ensuite, si tu mets E t'as charge globale va passer de -1 à -2 car E est chargée négativement.
De plus, tu t'aperçois que le peptide contient un lysine (K) qui est chargée +1. à pH=6.4.
Aussi, tu peux voir que le Peptide P contient aussi une arginine ( R) qui est chargée +1 à pH=6.4.
Les autres acides aminés ne sont pas chargées.
Si tu additionne toutes les charges des aides animés présent dans le peptide P, tu te rends compte que la charge globale est nulle donc le problème vient de E.
Si tu places Q à la place de E ta charge globale sera de +1.

Cordialement

Garroum