Détermination de la charge d'une protéine

[smack44]

Bonjour,

J'ai besoin de vous pour comprendre un exercice que je n'arrive plus à refaire.

Déterminer la charge de la protéine suivante :

NH2-Ala-Lys-Glu-Asp-COOH

à pH 2,09 ; 3,86 ; 4,25 ; 9,69 ; 10,53

Je commence à déterminer les ions ionisables
AA acide nous avons le Glu et Asp
AA basique Lys

Je différencie la chaine latérale de la chaine principale (Nter NH2 et Cter COOH)

Qui peut me donner une méthode à suivre pour bien comprendre et m'expliquer pourquoi dans ce cas je me retrouve avec des 1/2 à chaque pH

En vous remerciant par avance de votre aide
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[gts2]

Bonjour,

Pour la méthode à suivre, voir par ex. : https://p1.asso2atp.fr/wp-content/up...un-peptide.pdf

Vous vous retrouvez avec des 1/2 parce que les pH donnés correspondent à l'un des pKa et si pH=pKa il y a autant d'acide que de base, donc autant d'espèce neutre que d'espèce chargée, ce qui fait 1/2 en moyenne.

[smack44]

Ok je viens de comprendre effectivement les PKA correspondent au pH d'où le 1/2.

J'ai fait un tableau mais je me retrouve avec des charges + ou - ou 0 et on me demande de déterminer la charge.

pH 2,09 ; 3,86 ; 4,25 ; 9,69 ; 10,53
COOH (2,09) 1/2 - - - -
COOH (3,86) 0 1/2 - - -
COOH (4,25) 0 0 1/2 - -
NH2 (9,69) + + + 1/2 0
NH2 (10,63) + + + + 1/2

[gts2]

J'ai fait un tableau mais je me retrouve avec des charges + ou - ou 0 et on me demande de déterminer la charge.

Il suffit d'aditionner.

J'ai du mal avec vos schémas : je lis dans l'ordre par exemple à pH=2,09

Le NH2 est sous forme NH3+ donc +1
Lysine idem donc +1
Glutamate pH<pKa, COOH donc 0
Asp NH3+ donc +1
COOH -1/2

[A voir en vidéo sur Futura]

[smack44]

Bonsoir

Désolée je vous joins mon tableau, vous avez raison.
Exo.pdf

Je ne comprends toujours pas la méthode de calcul. Par rapport au tableau joint qui est la correction de l'exercice la charge de la protéine est de combien?

[gts2]

Je n'avais pas compris votre tableau (en texte pur sans tabulation c'est difficile à lire) mais sous forme de "vrai" tableau, c'est mieux.

Il suffit d'additionner les charges des colonnes pour avoir la charge de la molécule.
1ère colonne -1/2+1+1=3/2

[smack44]

ok merci, si j'ai bien compris la charge totale de la protéine est de -2,5

[gts2]

-2,5=3/2 ?

[smack44]

oui vous avez raison pour le pH 2,09 la charge totale de la protéine est de 3/2

[smack44]

Je reviens vers vous concernant ce même exercice voici la méthode que j'applique

Chaîne latérale

COOH<4<COO- Acide
0 -1
NH3+<10<NH2
+1 0


Chaîne principale

COOH<2<COO- CTER
0 -1

NH3<9<NH2 NTER
+1 0


Quand j'ai un pKA de 4,25 je n'arrive pas a retrouver en appliquant la méthode ci-dessus

[gts2]

Bonjour,

Si je comprends bien pH=4,25 et pKa latéral=4

Donc +1 pour les deux NH3+/NH2 ; -1 pour le COOH/COO- de la chaine principale

Ensuite il faut couper les cheveux en quatre : soit ici ou ... Vous êtes sûr de la question ?

[smack44]

La consigne de l'exercice est la suivante :

Déterminer la charge de la protéine

NH2-Ala-Lys-Glu-Asp-COOH

à pH 2,09 ; 3,86 ; 4,25 ; 9,69 ; 10,53

Je commence à déterminer les ions ionisables
AA acide nous avons le Glu et Asp
AA basique Lys

Je différencie la chaine latérale de la chaine principale (Nter NH2 et Cter COOH)

Chaîne latérale

COOH<4<COO- Acide
0 -1
NH3+<10<NH2
+1 0


Chaîne principale

COOH<2<COO- CTER
0 -1

NH3<9<NH2 NTER
+1 0

Mais je ne sais pas si la méthode que j'applique est correcte

[gts2]

C'est correct, mais je ne suis pas sur qu'on vous demande de couper les cheveux en quatre.

Calcul à la louche : pH=4,25 est la moyenne de pKa(Glu) et pKa(Asp), il doit être possible de considérer que vous deux groupements sont au pKa donc deux fois (-1/2) soit -1.
pH=3,86=pKa(Asp) donc -1/2 et suffisamment loin de pKa(Glu) pour considérer qu'on a -1 ?

Mais c'est interprétation/point de vue ...

[smack44]

Merci de votre retour.

Pourriez-vous m'indiquer quel est la méthode pour positionner correctement les pKa sur une chaîne peptidique.
Je m'explique si je reprends mon exemple NH2-Ala-Lys-Glu-Asp-COOH

les pKa sont les suivants 2,09 ; 3,86 ; 4,25 ; 9,69 ; 10,53

J'avais fait l'erreur de mettre le N-Ter à un pka de 10,53 au lieu de 9,69

[gts2]

Pourriez-vous m'indiquer quel est la méthode pour positionner correctement les pKa sur une chaîne peptidique.

Je ne comprends pas trop la question : vous dessinez la molécule et vous indiquez sur chaque groupement son pKa, je ne vois pas trop quoi faire d'autre.

[smack44]

En fait j'ai dû mal à positionner les PKA sur chaque groupement de la chaîne peptidique parfois j'inverse et le résultat de la charge est faussé quand j'inverse les PKA de la chaine principale avec la chaine latérale. Un peu compliqué à expliquer

[gts2]

En dehors des deux extrémités, c'est un uniquement la chaine latérale qui intervient et si, sur une extrémité, vous inversez cela ne change pas le résultat.

[smack44]

ok merci je pensais que cela modifiait la charge globale de la protéine