Covid-19 : discussion générale

[yves95210]

juste de mesure de l'impact réel de l'épidémie (à noter qu'on peut penser que les mesures de confinement ont pu baisser le nombre de certains décès, accidentels en particulier.

et augmenter le nombre de certains autres décès. Voir par exemple la forte baisse du recours aux soins d’urgence pour pathologies cardio et neuro-vasculaires depuis la mi-mars (environ 50%), dans le dernier point épidémiologique hebdomadaire :

Ces résultats peuvent suggérer un retard de la prise en charge pour des patients ayant attendu pour se rendre aux urgences compte tenu de la crainte de la contamination. Il sera nécessaire de documenter la sévérité des cas hospitalisés pour maladies cardiovasculaires aigües ainsi que la fréquence de survenue de complications pour s’assurer que le retard de recours au soin n’est pas associé à une (...)

(NB: la phrase est tronquée dans le document, mais la suite paraît claire.)
-----

[Nicophil]

Sur un autre fil :

faut quand meme se rappeler que le Ro en l'absence de mesures de confinement n'était "que" de 3, et pas de plus de 10 comme la rougeole; La plupart des malades n'ont contaminé que peu de gens autour d'eux, à l'exception notable de certains "superspreaders".

J'espère bien avoir mis un stop à la chaîne de contaminations...

Tu es un héros !
Tu as fait comment ? tu t'es confiné dès janvier ?

Quelle est la proportion des contaminés qui ne contaminent personne ? peut-être pas 50% mais... Beaucoup d'essais du virus pour "percer dans le milieu" se terminent en impasse, en quelques semaines grand max.

C'est ce qui s'est passé en février en Chine hors Hubei pour toutes ses très nombreuses tentatives, sans exception.
Un certain nombre de tentatives en France tout au long du mois de janvier mais il n'est pas impossible qu'une seule et unique de toutes ces tentatives ait prospéré, en tout cas soit à l'origine d'une bonne proportion des décès en France.

[Nicophil]

Je n'ai lu que l'abstract de la publication.

Elle est mieux décryptée ici, avec en sus des précisions par un des auteurs :
https://www.lemonde.fr/blog/realites...-janvier-2020/

Par ailleurs, les chercheurs ont déterminé que la très grande majorité des séquences génétiques virales appartiennent toutes à un même ensemble. En d’autres termes, ces virus présentent entre eux une très faible diversité génétique. Les caractéristiques communes à ces virus permettent de les regrouper au sein de ce que les biologistes moléculaires appellent un clade ou lignage, en l’occurrence le « lignage G »* dans la base de données GISAID.

Les chercheurs estiment que le virus SARS-CoV-2, appartenant au lignage G, a été introduit en France « aux alentours de la mi-janvier ». Cette estimation est cependant quelque peu fragile dans la mesure où la diversité observée entre les souches virales séquencées est très faible et que les chercheurs ne disposent à ce jour que d’un faible nombre d’échantillons représentatifs des différentes régions françaises. Du fait de cette représentativité imparfaite, cette estimation est susceptible d’être affinée à l’avenir, « dans un sens comme dans l’autre, soit plus tôt en janvier, soit tout début février », me déclare Étienne Simon-Lorière.

Aujourd’hui, les virus du SARS-CoV-2 circulant en France appartiennent à 95 % à ce clade (lignage G). « En France, on ne voit pratiquement que des virus qui sont des représentants de ce clade alors qu’aux Pays-Bas ou en Angleterre, les virus circulants n’appartiennent pas tous à ce clade. Ils font partie des clades G, S et V », souligne Étienne Simon-Lorière.

[papy-alain]

Concernant l'essai Discovery, les premiers résultats partiels devaient être publiés fin avril. Où en est on ?

[pascelus]

Concernant l'essai Discovery, les premiers résultats partiels devaient être publiés fin avril. Où en est on ?

Resultats repoussés mi-mai...

L'Europe de la santé ne fonctionne pas bien. Discovery n'est pas suivi correctement par les états, c'est le chacun pour soi malheureusement.
https://www.lemonde.fr/sciences/arti...3_1650684.html

[papy-alain]

Resultats repoussés mi-mai...

L'Europe de la santé ne fonctionne pas bien. Discovery n'est pas suivi correctement par les états, c'est le chacun pour soi malheureusement.
https://www.lemonde.fr/sciences/arti...3_1650684.html

Cet article du Monde est consternant. Aucune coopération infra-européenne.

[pascelus]

Cet article du Monde est consternant. Aucune coopération infra-européenne.

Oui effectivement! Meme dans une situation aussi exceptionnelle et aussi grave que cette pandémie, ne pas obtenir de collaboration des états est... inqualifiable. N'en parlons pas plus ici si ce n'est que Discovery semble se préparer à conclure avec insuffisances de donnees...

[Mickey-l.ange]

Il s’agit d’un essai randomisé ouvert : le choix du traitement pour chaque patient a lieu de façon aléatoire, mais patients et médecins savent quel traitement est utilisé.
https://www.lemonde.fr/sciences/arti...3_1650684.html

Bonjour,

Quel est l'intérêt d'un tel choix ?

Si j'ai bien compris un article présenté il y a un jour ou deux, ce point fiche plutôt la pagaille.

[yves95210]

Je n'ai pas pu lire l'article du Monde (accessible aux abonnés), mais les explications trouvées ici montrent une situation est plus nuancée que ce qu'affirme le titre du Monde. En particulier,

Ce que le responsable de l'essai clinique Discovery oublie de mentionner, c'est un problème de financement. L'essai Discovery coûte environ 5000 euros par patient. Si la France a su dégager les quatre millions nécessaires à l'inclusion de ses 800 malades, ailleurs en Europe, les financements n'ont semblent-il pas été anticipés.

La France, peut-être un peu rapidement, a promu Discovery comme un "essai européen" mais en associant ses partenaires un peu tard. Résultat, même si certaines équipes étaient pour l'idée d'y participer, les arbitrages budgétaires ne leur ont pas forcément été favorables.

D'autre part (je résume), Discovery est d'une certaine façon en concurrence avec l'essai Solidarity lancé à la même date par l'OMS à l'échelle mondiale, moins coûteux et plus simple à mettre en oeuvre pour chaque pays ; en particulier parce que la totalité des 5 bras prévus ne sont pas obligatoirement mis en oeuvre, chaque pays pouvant choisir un seul ou plusieurs des traitements à l'essai, et parce que la collecte et la remontée des données sont moins exigeante que dans Discovery, ce qui explique que "Pour des équipes médicales débordées au moment du pic épidémique, la sollicitation était donc moindre et plus simple à gérer, ce qui a incité certains pays comme l'Espagne à choisir cette option".

Je ne sais pas qui a raison et qui à tort (aussi bien à propos de la qualité de l'essai qu'à propos de la manière dont il a été organisé), mais mettre sur le dos de l'Europe les difficultés de Discovery est peut-être un peu rapide. Les responsables français qui ont promu cet essai ne s'y sont pas forcément pris de la manière idéale pour en faire un projet européen... Et on peut se demander pourquoi ils ont jugé nécessaire d'organiser un essai parallèle à celui de l'OMS, a priori sur les mêmes traitements - il y a peut-être de bonnes raisons à ça, mais il faudrait les connaître.

[pm42]

Je n'ai pas pu lire l'article du Monde (accessible aux abonnés), mais les explications trouvées ici montrent une situation est plus nuancée

Je suis abonné et je confirme que leur couverture du sujet est tout sauf nuancée et plutôt constituée de titres racoleurs passant de "scandales" en "polémiques" sur tout.
L'article que tu cites est intéressant à cet égard.

[FabiFlam]

Elle est mieux décryptée ici, avec en sus des précisions par un des auteurs :
https://www.lemonde.fr/blog/realites...-janvier-2020/

Merci, j'ai bien lu l'article, mais je ne comprends pas bien l'apport. Je lis "le virus a vraisemblablement été importé à plusieurs reprises en France", tu parles d'un scoop ...

Par ailleurs, sur la diversité génétique l'article dit qu'elle est faible, mais j'ai lu que les mutations sont bien plus nombreuses que ce que l'on croyait au départ mais comme je n'y connais vraiment rien je pose la question: ces mutations peuvent-elles brouiller l'origine d'un virus ou bien on la reconnaît même après mutation ?

FabiFlam

[FabiFlam]

Sur un autre fil :
Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
faut quand meme se rappeler que le Ro en l'absence de mesures de confinement n'était "que" de 3, et pas de plus de 10 comme la rougeole; La plupart des malades n'ont contaminé que peu de gens autour d'eux, à l'exception notable de certains "superspreaders".

Il me semblait au contraire qu'il y avait des arguments pour dire que vu que la charge virale était plus élevée avant l'apparition des symptômes, le R0 naturel était bien plus élevé: entre 5 et 8.

Ce R0, ne peut de toute façon pas être homogène partout et dépend bien sur des modes de vie des populations.

FabiFlam

[Nicophil]

Merci, j'ai bien lu l'article, mais je ne comprends pas bien l'apport. Je lis "le virus a vraisemblablement été importé à plusieurs reprises en France", tu parles d'un scoop...

J'avais d'abord écrit "bien mieux" puis j'ai effacé le "bien" car il y a des phrases bizarres, en effet.

Par ailleurs, sur la diversité génétique l'article dit qu'elle est faible, mais j'ai lu que les mutations sont bien plus nombreuses que ce que l'on croyait au départ

Globalement c'est un domaine de recherches qui est encore dans sa jeunesse et "toutes les inconnues ne sont pas connues"...

[minushabens]

Et on peut se demander pourquoi ils ont jugé nécessaire d'organiser un essai parallèle à celui de l'OMS, a priori sur les mêmes traitements - il y a peut-être de bonnes raisons à ça, mais il faudrait les connaître.

ça n'est pas forcément un problème. Sous réserve que les traitements dans les divers essais soient sufisamment similaires, il y a des méthodes qui permettent de regrouper les résultats et donc pas vraiment de perte d'efficacité.

[yves95210]

ça n'est pas forcément un problème. Sous réserve que les traitements dans les divers essais soient sufisamment similaires, il y a des méthodes qui permettent de regrouper les résultats et donc pas vraiment de perte d'efficacité.

C'est ce qu'il me semblait aussi, et que c'était le raisonnement de l'OMS, avec une étude qui n'impose pas à chaque pays participant de tester l'ensemble des traitements. Raison pour laquelle je posais la question de la motivation qui a poussé l'INSERM à promouvoir Discovery : soit c'est redondant et dans ce cas autant participer à Solidarity (ce qui aurait limité le problème du recrutement d'un nombre élevé de patients), soit c'est censé faire mieux qualitativement, et dans ce cas j'aimerais savoir en quoi.

[Archi3]

Sur un autre fil :
Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
faut quand meme se rappeler que le Ro en l'absence de mesures de confinement n'était "que" de 3, et pas de plus de 10 comme la rougeole; La plupart des malades n'ont contaminé que peu de gens autour d'eux, à l'exception notable de certains "superspreaders".

Il me semblait au contraire qu'il y avait des arguments pour dire que vu que la charge virale était plus élevée avant l'apparition des symptômes, le R0 naturel était bien plus élevé: entre 5 et 8.

Ce R0, ne peut de toute façon pas être homogène partout et dépend bien sur des modes de vie des populations.

FabiFlam

justement, le Ro, c'est une moyenne sur une population, et sur la durée de la maladie (il est probable que tu contamines plus de gens avant d'avoir diagnostiqué ton état, parce qu'après , tu es mieux confiné). J'ai cité le chiffre de 3 parce que c'est en général ce qui est cité, mais de toutes façons, je veux dire que tu es loin de contaminer toutes les personnes que tu croises !

[pascelus]

C'est ce qu'il me semblait aussi, et que c'était le raisonnement de l'OMS, avec une étude qui n'impose pas à chaque pays participant de tester l'ensemble des traitements. Raison pour laquelle je posais la question de la motivation qui a poussé l'INSERM à promouvoir Discovery : soit c'est redondant et dans ce cas autant participer à Solidarity (ce qui aurait limité le problème du recrutement d'un nombre élevé de patients), soit c'est censé faire mieux qualitativement, et dans ce cas j'aimerais savoir en quoi.

Malgré pas mal de recherches je n'ai trouvé aucune critique de Solidarity de la part des promoteurs de Discovery ni réciproquement, qui motiveraient d'autres orientations. Il faut noter de plus que ces études (et il y en a d'autres) ont démarré quasiment simultanément vers le 20 mars. En l'état ce n'est que confirmation d'une désorganisation et de précipitations qu'autre chose. Chaque état, chaque organisation lance son etude parce que l'urgence fait rogner les temps de la concertation. Cette démultiplication ne serait pas gênante en soi si elle ne privait pas d'une cohorte suffisante et donc laisser encore place au doute par des conclusions limitées. C'est en cela que manque une entente Europeenne de la sante voire une OMS digne de ce nom. Le coronavirus, notre ennemi, n'a pas de frontières lui, alors que nous intervenons en ordre tres dispersé, au minimum des états mais aussi des régions, des départements, des communes, des organisations en desorganisation...

Autre remarque dans le même sens: plusieurs études notamment américaines ont conclu à l'inefficacité de certains traitements anti-viraux. Or ces mêmes médicaments continuent d'être testés par les autres études toujours en cours comme Discovery. Puisqu'il n'y a plus assez de patients pour mener à bien les 5 bras prévus, pourquoi ne pas en abandonner certains?

Aucune critique ni polemique dans mes mots. C'est un simple constat, d'autant qu'agir autrement est sans doute trop complexe et long dans ces circonstances et sans anticipation possible. Mais malheureusement il laisse de la place à beaucoup de doutes.

[pascelus]

Comme le précise l'OMS, "nous avons dû choisir entre le poids de la rigueur scientifique et celui de l'urgence".
https://www.vidal.fr/actualites/2453...herapeutiques/

[FabiFlam]

https://actu.fr/ile-de-france/bondy_..._33395743.html

Il doit y avoir un bon nombre de patients 0 à présent ...
FabiFlam

[agitateur]

Et cet hospitalisé ne serait pas le patient zéro, puisque sa femme aurait été "proche" de chinois du stand de suhi. Hum, forcément, des chinois ( qui peut être ne sont pas allé depuis des mois au pays), c'est suspect. Bonjour le cliché....

[yves95210]

https://actu.fr/ile-de-france/bondy_..._33395743.html

Il doit y avoir un bon nombre de patients 0 à présent ...
FabiFlam

Ce qui est quasiment certain c'est que le virus circulait en France en janvier (en particulier entre l'Oise et l'Ile de France, que l'origine soit dans l'une ou dans l'autre). Et pas seulement à partir de cas "importés" mi-janvier.
Mais ça serait intéressant de savoir si la souche du virus trouvé dans les prélévements du patient de Bondy est la même que celle du foyer d'infection de Crépy-en-Valois, qui remonte au moins à mi-janvier - et de là, celle de la majorité des cas en France depuis.

(ça fait un moment que je me demande si la "grippe" que mon épouse et moi avons eu vers le 20 janvier, elle avant moi et alors qu'elle est vaccinée, en était vraiment une - mais nous ne le saurons probablement jamais à moins d'avoir l'occasion de faire un test sérologique.)

En tout cas, ça s'est passé avant la découverte du virus à Wuhan - et bien avant que les autorités chinoise (et l'OMS) consentent à donner l'alerte.

[GBo]

NEWS: Le professeur Yves Cohen (chef de service de réa dans le 93) affirme qu'un premier cas positif avait été détecté dès le 27 décembre 2019 :
« On a repris toutes les PCR testées chez des patients atteints de pneumonie en décembre et janvier dont les résultats étaient négatifs. Les PCR ne sont pas faites pour le Covid-19, mais pour la grippe et d'autres coronavirus. Et sur les 24 patients, nous avons eu un cas positif au Covid-19, le 27 décembre, quand il était hospitalisé chez nous, à Jean Verdier »
https://www.lepoint.fr/sante/coronav...2373963_40.php

[papy-alain]

Quel est l'intérêt de procéder à une enquête pour savoir qui était le patient 0 ?

[invite01508956]

Voir ici par exemple:
https://www.la-croix.com/France/Le-p...-01-1201081346

[papy-alain]

Voir ici par exemple:
https://www.la-croix.com/France/Le-p...-01-1201081346

Je ne suis toujours pas convaincu, après quatre ou cinq mois, de l'utilité de connaître le patient 0 d'un pays. Pour le même prix, on pourrait aussi rechercher le patient 0 d'un département, d'une ville, d'un quartier...
Par contre, cette remarque me paraît plus judicieuse :

« En principe, il n’y a qu’un patient zéro par épidémie et non pas un patient zéro par territoire contaminé », confirme le professeur Pierre Tattevin, chef du service des maladies infectieuses au CHU de Rennes. Dans le cas de ce virus, le patient zéro désigne le premier humain contaminé, en l’occurrence une personne qui travaillait au marché aux animaux de Wuhan, en Chine, le foyer de l’épidémie. »

Là, c'est important, car cela pourrait contribuer à déterminer l'origine de la première contamination, de quel animal cela provient et dans quelle condition.

[myoper]

Je ne suis toujours pas convaincu, après quatre ou cinq mois, de l'utilité de connaître le patient 0 d'un pays. Pour le même prix, on pourrait aussi rechercher le patient 0 d'un département, d'une ville, d'un quartier...
Par contre, cette remarque me paraît plus judicieuse :

« En principe, il n’y a qu’un patient zéro par épidémie et non pas un patient zéro par territoire contaminé », confirme le professeur Pierre Tattevin, chef du service des maladies infectieuses au CHU de Rennes. Dans le cas de ce virus, le patient zéro désigne le premier humain contaminé, en l’occurrence une personne qui travaillait au marché aux animaux de Wuhan, en Chine, le foyer de l’épidémie. »

Là, c'est important, car cela pourrait contribuer à déterminer l'origine de la première contamination, de quel animal cela provient et dans quelle condition.

En effet, la recherche du patient zéro permet de refaire la chaine de contamination et déterminer celles qui sont en cours pour pouvoir les isoler pour les casser et théoriquement mettre fin à l'épidémie. Mais à partir d'un certain moment de la contagion, le nombre de cas et de contaminés potentiels est tout simplement trop important pour pouvoir les individualiser et les isoler et on isole toute la population: on confine.
Au dé-confinement, on retrouve théoriquement un nombre de cas d'infection suffisamment bas pour pouvoir être suivis par le même genre d'enquête et pour les confiner de nouveau ou les surveiller, eux et leur contacts, au sein d'un dé confinement plus général. L'usage des tests devant permettre d'être plus sélectif dans les contacts à isoler et pouvoir laisser libre les sujets sains (et donc dé-confiner de façon optimale en préservant au maximum ses effets bénéfiques).
Le plan mis en place avec une gestion fine des tests au sein de d'une organisation générale bien structurée devient maintenant évident et prend tout son sens.

[yves95210]

NEWS: Le professeur Yves Cohen (chef de service de réa dans le 93) affirme qu'un premier cas positif avait été détecté dès le 27 décembre 2019 : (...)

Salut,

tu t'es fait griller : FabiFlam avait déjà posté cette info plus tôt dans la soirée

[minushabens]

Je ne suis toujours pas convaincu, après quatre ou cinq mois, de l'utilité de connaître le patient 0 d'un pays.

ça peut être intéressant d'avoir une chaîne de transmission la plus longue et la plus complète possible pour caler les modèles de transmission ou par exemple pour estimer le taux de mutation du virus. Mais c'est surtout utilie à mon avis quand on a une introduction unique d'un pathogène dans une population, ce qui n'est certainement pas le cas à l'échelle du pays.

[gunthiern]

Quel est l'intérêt de procéder à une enquête pour savoir qui était le patient 0 ?

Cela est très intéressant
Dans l'oise vers le 27 janvier

Un achat de sushi dans un magasin chinois

https://actu.fr/ile-de-france/bondy_..._33395743.html

[yves95210]

Un achat de sushi dans un magasin chinois

https://actu.fr/ile-de-france/bondy_..._33395743.html

Ne pas oublier les conditionnels présents dans le passage :

Le patient en question aurait été malade pendant 15 jours et ses deux enfants ont été testés positifs au coronavirus. La famille aurait été contaminée par la mère qui travaille dans un supermarché, tout près de la vente de sushis où des gens d’origine chinoise travaillent. Elle a sans doute été contaminée mais elle n’a pas développé le virus, elle est un patient asymptomatique.

C'est une hypothèse, et certainement pas la seule. En particulier, elle suppose que la mère de famille ait été contaminée mais soit restée asymptomatique. Si cette hypothèse n'a pas été vérifiée (par exemple à l'aide d'un test sérologique positif), il n'y a aucune preuve.

Et il ne s'agit pas d'"un achat de sushi" (qui n'aurait donné lieu qu'à un contact bref - et si ça suffisait il est probable que d'autres clients auraient été contaminés de la même manière), mais d'une présence continue à proximité du lieu de vente de sushis, ce qui rend la contamination plus probable même si encore hypothétique.

Bref ce sont des ragots, à défaut d'une enquête épidémiologique sérieuse : ça ne doit pas être compliqué de retrouver les personnes qui travaillaient dans le stand de vente de sushis et de vérifier si au moins l'une d'entre elles a eu des symptômes ou de toutes les tester sérologiquement. Et si effectivement une de ces personnes était infectée, il faut remonter plus loin pour identifier le patient zéro de cette chaîne de contamination (vérifier si elle ou quelqu'un de son entourage est venu de Chine dans les semaines précédentes).
De plus, pour pouvoir prétendre que c'est le patient zéro français, il faudrait au moins comparer la variante du virus avec celle présente dans les prélèvements faits sur les patients du foyer d'infection de l'Oise à partir de fin février - puisqu'il semble que la grande majorité des personnes infectées en France l'ont été à partir de cette dernière (des références ont été données plus haut dans cette discussion); qui d'ailleurs n'a pas évolué à partir de celle présente à Wuhan depuis décembre, mais probablement à partir d'une variante antérieure - probablement importée de Chine aussi, mais on ne sait pas précisément d'où ni quand.
Ce qui rendrait d'ailleurs intéressant de savoir si c'est bien cette variante qui a été trouvée sur le patient de Bondy, et si oui, de remonter à l'origine de la chaîne de contamination.

Qui plus est, quand l'article dit "ses deux enfants ont été testés positifs au coronavirus" c'est forcément faux(*) : s'ils ont été contaminés c'est fin décembre, et ils n'auraient pu "être testés positifs au coronavirus" que dans la première quinzaine de janvier, avant que les premiers tests soient disponibles en France et surtout avant qu'ils soient pratiqués sur les cas suspects autres que des voyageurs arrivant de Chine ou leurs contacts proches. A moins que des prélèvements aient été effectués sur eux pour y chercher autre chose, et aient été ré-analysés plus récemment (comme cela a été fait pour leur père - mais lui a été hospitalisé pour une pneumonie, ce qui explique que cette recherche ait été faite; sauf si on nous explique pourquoi, je ne vois pas pourquoi des prélèvements auraient aussi été faits sur les enfants).

(*) ou au moins très imprécis : éventuellement ils ont pu être testé sérologiquement pour vérifier la présence d'anticorps, et seulement récemment puisque les premiers tests sérologiques ne sont disponibles que depuis la mi-avril. Et dans ce cas, dans un département où plus de 10% de la population a été en contact avec le virus entre février et avril, rien ne prouve qu'ils ont été contaminés fin décembre.