PS : je viens de jeter un coup d’œil à l'autre article (celui en lien dans le message de GBo). Il ne parle pas de test positif dans le cas des enfants. Le médecin dit simplement qu'ils ont été contaminés - autrement dit ils ont dû avoir des symptômes même si moins graves que ceux de leur père.Envoyé par yves95210
C'est déjà plus logique, mais à défaut de test sérologique il n'y a pas de certitude.
Ah oui vu, mais moi je ne poste jamais de liens "secs", je prends au moins la peine de recopier le titre, souvent un extrait, pour que le lecteur puisse juger de l'utilité de cliquer ou pasSalut,
tu t'es fait griller : FabiFlam avait déjà posté cette info plus tôt dans la soirée
même si on a confirmation que l'épouse et les enfants ont été infectés on ne saura jamais lequel des quatre l'a refilé aux trois autres.
Absolument.
Oui mais il y a une question que j'ai déjà posé ici il y a quelques temps, mais je n'ai pas eu de réponse, je la repose:
N'est-il pas concevable qu'une variante transmissible à l'humain se répande d'abord dans le réservoir animal, ce qui impliquerait qu'ensuite plusieurs humains aient pris le virus à partir d'un contact animal, et il y aurait donc plusieurs patients 0 ?
FabiFlam
Dernière modification par FabiFlam ; 04/05/2020 à 10h02.
Je ne sais pas répondre à la question sur le plan scientifique. Mais logiquement c'est plausible. Là il s'agirait des (plusieurs) patients 0 du premier foyer d'infection, en contact avec la population animale concernée, donc probablement en Chine.
Et on sait déjà que ce premier foyer d'infection n'est probablement pas à Wuhan en décembre, mais bien avant, et selon l'étude phylogénétique dont on avait parlé plus tôt dans cette discussion, plutôt dans une autre région de Chine (celle où vivent les chauves-souris porteuses de la souche originale du virus).
C'est sûr qu'avant de diffuser des informations aussi "spectaculaires" il conviendrait sûrement de pousser l'analyse un peu plus loin ... mais bon si les journalistes n'écrivent pas, ils ne sont pas payés ...
Cepndant, même si il ne s'agit pas du patient 0 (je dois dire qu'aussi intéressante que soit cette quête, son impact sur la gestion de l'épidémie me paraît de plus en plus dérisoire), cela confirme le réalisme (j'ai bien dit réalisme) de ce que je pensais mi février: il était quasiment impossible que la contamination sur notre territoire (en particulier en IdF et encore plus dans mon département) se limite à quelques cas isolés officiellement reconnus.
FabiFlam
Je ne sais pas. En l'absence d'une investigation à grande échelle (nationale) à l'aide de tests sérologiques, on n'a en fait qu'une idée assez vague du pourcentage de la population qui a rencontré le virus et est maintenant immunisé. Et j'ai l'impression qu'on n'est pas près d'en avoir une idée plus précise, alors que c'est quand-même quelque-chose de déterminant.
Si on arrive à retracer l'histoire de l'épidémie et qu'on trouve des chaînes de contamination continues remontant à décembre, il n'est pas possible que le nombre de personnes infectées entre décembre et aujourd'hui (et pour la plupart maintenant immunisées) ne soit pas beaucoup plus élevé que celui estimé dans l'étude épidémiologique publiée par l'institut Pasteur.
Accessoirement il faudrait aussi que le pourcentage d'asymptomatiques et pauci-symptomatiques soit très élevé pour que l'épidémie n'ait pas fait plus de dégâts : même si des décès dus au Covid ont été attribués à d'autres causes jusqu'en février, en l'absence de mesures visant à freiner l'épidémie on aurait dû observer une surmortalité importante toutes causes confondues dès février.
Autant d'aspects dont l'impact sur la gestion de l'épidémie ne me semble pas dérisoire. Mais pour en avoir le cœur net il faudrait évidemment qu'une étude sérologique soit menée sur un échantillon beaucoup plus large et plus représentatif que ce qui a été fait à Crépy-en-Valois (et continue d'être fait, puisque j'ai appris la semaine dernière que ce sont maintenant les enfants, profs et parents d'élèves des écoles qui sont testés).
Je ne sais pas ce qu'on attend pour lancer une telle étude. Les tests sont prêts (surtout si comme à Crépy il est possible d'en associer plusieurs pour augmenter la fiabilité du résultat), et pour établir des statistiques on n'a pas besoin qu'ils soient homologués de la même façon que pour donner un résultat fiable à 99,..% à un individu.
Bonjour à tous,
Je suis tombé sur cet article :
https://www.medrxiv.org/content/10.1...MuDlMFGw8GsvcU
Ce n'est pas tout récent (22 avril, du coup, désolé si ça a déjà été posté ici, mais je ne crois pas que ce soit le cas...)), et pas encore relu pour validation il me semble, mais si je comprends bien (c'est un peu technique) ça suggère que le fait d'avoir été exposé à des coronavirus du rhume aurait une action protectrice par rapport au COVID-19. Est-ce que certains connaisseurs du domaine auraient des commentaires à faire à ce sujet ?
Notamment :
- Si c'est confirmé, est-ce que ça pourrait vouloir dire que le taux d'immunité grégaire à atteindre serait nettement plus bas que celui dont on parle habituellement ?
- Si c'est confirmé, est-ce qu'une stratégie de "variolisation" avec des coronavirus du rhume pourrait être une solution ?
Merci d'avance de vos réponses.
des pathogènes qui circulent dans la faune sauvage ou domestique, et que l'homme attrape de temps à autre on en connaît : la rage, la fièvre aphteuse, la brucellose, la peste, la toxoplasmose, le ténia, pour prendre des exemples d'organismes très divers. Des maladies que j'ai citées seule la peste est ensuite capable de se transmettre d'homme à homme.
Merci pour la réponse Minushabens, j'en conclus qu'il y a des pathogènes, comme la bactérie Yersinia qui sont à la fois adaptés au réservoir animal et au réservoir humain. Je suppose que cela demande une certaine proximité génétique avec les animaux en question (est-ce pour cela que ce n'est pas le cas des grippes aviaires ?).
FabiFlam
Non en fait si tu fais le calcul avec un temps de doublement de 3 jours, il faut environ 1 mois pour passer de 1 infecté à 1000. Et avec un taux de mortalité de 5 pour mille (il semble que ça soit un ordre de grandeur réaliste, les 5 premiers morts de COVID peuvent très bien avoir été attribués à la grippe (surtout qu'on ne disposait d'aucun test à l'époque en France). Donc entre fin décembre et fin janvier, ça ne change pas grand chose.
Y compris si au lieu de 1 patient initial ayant introduit le virus dans le pays il y en avait plus, ça rentrait tout à fait dans le cas des "étranges et nombreuses pneumopathies" décrites cet hiver dans plusieurs pays européens (e tout cas la France et l'Italie si je me rappelle bien).
Ce qui n'est par contre pas très réaliste, sauf si comme tu dis il y a un taux bien plus imporrtant d'asymptomatiques, c'est de penser que les premier cas ont commencé beaucoup plus tôt: en septembre ou octobre, là on aurait dû avoir une contamination bien plus large déjà en janvier sans doute, mais à un mois près, on ne voit pas la différence.
Mais si mi-février on avait déjà ne serait-ce que 5000 infectés, au lieu des quelques uns officiellement déclarés, ça explique très bien l'explosion de cas entre fin février et début mars.
FabiFlam
Bonjour,
Je pensais plutôt au nombre d'infectés fin février : avec un patient zéro contaminé mi-décembre (pour être hospitalisé une douzaine de jours après) et un temps de doublement de 3 j, il y en aurait eu 30 millions! Et plusieurs milliers de morts. Pour le coup, ça ne serait pas passé inaperçu, même avec un fort pourcentage d'asymptomatiques.
Si réellement le virus circulait déjà en décembre à Bondy, soit cette chaîne de transmission s'est interrompue naturellement (les quelques personnes infectées n'en ayant plus contaminé d'autres). Pas impossible (peut-être grâce aux vacances scolaires si parmi ces personnes il y avait des enfants), mais il faudrait vraiment qu'il n'y ait eu initialement qu'un seul cas.
Une autre hypothèse est que le temps de doublement "naturel" (sans intervention visant à freiner l'épidémie) a été sous-estimé :
en fait quand on regarde la courbe du nombre de cas confirmés à partir de début mars, on constate que ça commence à s'infléchir avant le 20 mars alors que le confinement n'a pas pu avoir d'effet sur cette courbe avant le 27 ou 28 compte-tenu du temps nécessaire pour l'incubation et l'aggravation des symptômes (puisque, à cette époque, seuls les cas graves étaient testés). Et dans la période entre le 20 et le 28 mars, la progression est exponentielle avec une augmentation régulière de 15% par jour, correspondant en fait à un doublement en 5 jours.
La pente de la courbe dans les premières semaines de mars aurait conduit à sous-estimer le temps de doublement : en effet, il y a certainement eu un effet de "rattrapage" après qu'on ait découvert les premiers foyers d'infection, de nombreux patients qui auparavant n'auraient pas été diagnostiqués Covid-19 l'ont été à partir de début mars.
Si on prolonge vers le passé la tendance constatée à partir du 20 mars, le 1er mars il y aurait eu environ 400 cas correspondant aux mêmes critères de gravité, contaminés avant le 20 février (et en ordre de grandeur, probablement 10 à 15 fois plus de personnes contaminées dans la même période, asymptomatiques ou peu symptomatiques, soit 4000 à 6000). Et en remontant encore 2 mois plus tôt (12x5 jours), c'est compatible avec un unique patient zéro contaminé avant le 20 décembre...
Cela n'empêche pas qu'il y ait eu d'autres chaînes de transmission démarrant à partir de cas importés après la mi-janvier, mais le nombre de cas qu'elles auraient produit serait négligeable par rapport à celui produit par la première.
Et ça serait compatible avec le fait que ces cas (minoritaires) auraient été contaminés par la variante du virus originaire de Wuhan, alors que la majorité des cas en France seraient issus d'une contamination par une variante antérieure du virus, introduite dès décembre - comme les études phylodynamiques semblent l'indiquer.
Si le temps de doublement "naturel" est de 5 jours au lieu de 3, ça veut dire que la valeur de R0 est plus petite que celle estimée par les épidémiologistes en France et/ou la durée moyenne de la période contagieuse plus grande. En supposant que celle-ci ait été estimée correctement (les données accumulées depuis trois mois doivent permettre de le faire), ce serait plutôt le R0 "naturel" qu'il faudrait revoir à la baisse - ce qui serait évidemment une bonne nouvelle.
Accessoirement, mi-mars on aurait excessivement dramatisé l'impact de l'épidémie, puisqu'un doublement en 5 jours (x64 en un mois), ce n'est évidemment pas la même chose qu'un doublement en 3 jours (x1000 en un mois). Et cela me semble plus cohérent avec par exemple le fait que les Suédois arrivent à contrôler l'épidémie avec des mesures bien moins contraignantes que partout ailleurs.
proximité génétique pas si grande puisque par exemple la bactérie mycobacterium marinum qui peut infecter l'homme est surtout présente chez certains poissons. Quant au virus de la rage, il peut infecter tous les mammifères. Il y a par exemple des vétérinaires qui ont attrapé la rage (et en sont morts) après avoir soigné une vache infectée.
là tu raisonnes comme si la transmission du virus était un phénomène déterministe: 1 patient au jour 1 => 2 cas au jour 3 => 4 au jour 6, etc. En fait on peut faire cette approximation dès que le nombre de cas est suffisamment grand (et avant qu'une part substantielle de la population ne soit immunisée) mais au début de l'épidémie on a un phénomène aléatoire. Il est bien possible que le patient zéro n'ait infecté personne pendant 10 jours par exemple.
Quand je pense que des gens achètent des rats vivants pour les manger, il ne faut plus s'étonner de rien...
https://www.lesechos.fr/monde/chine/...ivants-1165640
Les météorites ne peuvent exister car il n'y a pas de pierres dans le ciel. Lavoisier.
On a un point de vue assez différent sur le sujet. Si tu regardes cette carte :
https://ourworldindata.org/grapher/t...®ion=Europe
Tu vois que la Suède contrôle mieux que les pays touchés en 1er et le plus fort comme l'Italie, l'Espagne, la France et la Belgique.
Et que le Royaume-Uni qui avait fait au début le pari de l'immunité collective. Un poil mieux que les Pays-Bas qui ont aussi choisi d'être "coulants".
Mais moins bien que tous les autres pays.
Il y a clairement un prix à payer en terme de mortalités à ne pas confiner strictement.
La question est de savoir si les pays qui vont déconfiner maintenant vont éviter une 2nde vague avec du test et de la remontée des chaines de contamination. Si c'est le cas, ils auront eu raison en terme de morts.
Il y aussi l'aspect économique et là aussi, il va falloir attendre pour voir et c'est hors-charte.
OK Merci. Donc c'est plutôt un hasard si les grippes aviaires ne se transmettent pas d'humain à humain ?
Tout à fait et de plus Yves 95210, il ne faut pas prendre le temps de doublement moyen de 3 jours comme une certitude, si c'est plutôt 4 ça suffit à allonger le délai, Fin février quelques dizaines de milliers d'infectés donc quelques dizaines de morts attribués à la grippe saisonnière, d'autant plus que si c'est dans le 93, les cas modérés n'allaient pas tous consulter loin de là ...
FabiFlam
je ne sais pas si on peut le dire comme ça. Je dirais plutôt que ça résulte de leur évolution. Parmi les parasites, certains sont très spécialisés et d'autres sont généralistes. Je ne suis pas certain qu'il y ait une explcation unique au pourquoi de ces différentes stratégies. Remarque que ça n'est pas propre au parasitisme. Les prédateurs aussi peuvent être spécialisés dans un seul type de proie, alors que d'autres sont opportunistes. Les larves d'insectes xylophages sont souvent spécialisées elles aussi, mais pas toutes.
Quand je parlais de contrôler l'épidémie, c'était sans jugement sur la stratégie choisie, qui est bien sûr différente en Suède. Mais si la stratégie suédoise est possible (au prix d'une mortalité importante - au moins dans un premier temps - que les Suédois ont acceptée), c'est peut-être parce que le R0 naturel n'est pas si élevé qu'estimé par certains, ce qui permet de faire tomber R(t), puis de le maintenir, à une valeur proche de 1 sans avoir besoin de prendre des mesures aussi contraignantes que celles adoptées par les pays que tu cites.
Quant à la mortalité à long terme (sur une période d'au moins 1 an), on ne peut pas savoir aujourd'hui si elle sera plus élevée en Suède que dans les pays européens qui ont confiné (et ruiné leur économie) : ça dépendra de la capacité de ces derniers à éviter ou aplanir une deuxième vague et de l'arrivée de traitements permettant de réduire la létalité du Covid, à défaut de stopper l'épidémie.
Je suis d'accord (et c'est pour ça que j'avais aussi évoqué la possibilité que certaines chaînes de transmission se soient éteintes naturellement, se réduisant finalement à quelques cas isolés et passés inaperçus). Mais à partir de quelques dizaines de patients infectés, l'aspect aléatoire est de moins en moins important, et il suffit d'une chaîne de transmission active pour que ce nombre soit atteint en quelques semaines.
Et en l'occurrence l'hypothèse d'une chaîne de transmission remontant à un patient zéro contaminé avant le 20 décembre et d'un temps de doublement de 5 jours conduit à des valeurs correspondant bien à celles observées dans la courte période où le nombre de cas confirmés croissait exponentiellement - car, à mon avis, l'évolution du nombre de cas confirmés jusqu'à au moins la mi-mars ne représente pas la réalité, et à partir de fin mars elle reflète les premiers effets du confinement.
Merci c'est très intéressant.
Publi scientifique sur le malade du 27 décembre:
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0924857920301643
Ils ne disent pas si c'est ou non la souche G, je suis fort déçu !
Dernière modification par Nicophil ; 05/05/2020 à 14h43.
La réalité, c'est ce qui reste quand on cesse de croire à la matrice logicielle.
Effectivement, c'est fort dommage.
PS : je cite la conclusionça me rassure de voir qu'il n'y a pas que moi qui le dis.Two recent studies suggested that around 18 to 23% infected with SARS-COV-2 were asymptomatic16 and that around 55% of infected were caused by unidentified infected persons.17 Our results strongly support these two assumptions, suggesting that many asymptomatic patients were not diagnosed during January 2020 and contributed to the spread of this epidemic.
Furthermore, since these results change our understanding of the dynamic of the epidemic, it also means that several models used to predict the evolution and outcomes of the SARS-COV-2 propagation might be based on biased data and would need to be adjusted to the actual profile of the epidemic.
Dernière modification par yves95210 ; 05/05/2020 à 14h57.
Cela fait partie des bonnes nouvelles qui ont du mal à émerger alors que c'est open bar pour la moindre suspicion catastrophiste, voilà mon avis mais qui n'est que celui d'un béotien !Dans la modélisation de l'évolution d'une épidémie à coronavirus, la durée de l'immunité spécifique n'est pas le seul facteur à considérer. Parmi les autres facteurs à prendre en compte figure l'impact de l'immunité croisée entre les divers coronavirus humains.
En effet, des études ont montré diverses immunités croisées.
La possibilité d'un certain degré d'immunité croisée entre SARS-CoV-2 et les coronavirus OC43, 229E ou HKU1 ne relève pas de la science-fiction et elle devra être intégrée dans les travaux de modélisation de l'évolution de la pandémie de COVID-19.
Dernière modification par Nicophil ; 05/05/2020 à 15h03.
La réalité, c'est ce qui reste quand on cesse de croire à la matrice logicielle.
Est-il raisonnable d'envisager que l'immunité croisée de populations (je pense notamment à l'Asie) ayant eu davantage de contacts avec des coronavirus soit plus efficace et puissent expliquer des taux de létalité plus faibles ?
FabiFlam
Salut,
La courbe des décès quotidiens en Suède (source). Instructif...
Le pic est visiblement passé, sans confinement, et l'immunité de groupe en vue (annoncée en mai dans l'agglomération de Stockholm, un peu plus tard dans les autres régions).
Avec une mortalité totale en pourcentage de la population inférieure à celles de la France, de l'Italie, de l'Espagne, de la Belgique, etc. Et qui le restera puisque les Suédois n'auront pas craindre une deuxième vague dans les prochains mois.
(et encore, les autorités de santé suédoises reconnaissent qu'elles n'ont pas suffisamment bien géré le problème des maisons de retraite, qui représentent la moitié des décès).
Une réflexion à propos de l'immunité de groupe :
on considère qu'elle est atteinte lorsque le pourcentage de la population ayant été en contact avec le virus est égal à 1-1/R0, où R0 est le taux de reproduction de base (celui qu'on constate sans intervention visant à contenir l'épidémie).
Avec un taux de létalité L, on en déduit que le pourcentage de la population qui va mourir durant l'épidémie est L.(1-1/R0). Et avec par exemple R0=2,5 et L=0,5%, on se fait peur : on n'atteindrait l'immunité de groupe en France qu'avec 200000 décès - et bien pire si les hôpitaux sont débordés.
Mais c'est faux.
Avec une politique prudente - et constante - consistant à recommander aux personnes âgées (ou plus jeunes mas à risque élevé) de rester autant que possible à l'abri des risques de contamination, et aux autres de privilégier le télétravail, de limiter les déplacements non essentiels, de ne pas se réunir trop nombreux dans un même lieu, de respecter des règles d'hygiène, et bien sûr de s'isoler dès les premiers symptômes, d'une part le taux de reproduction moyen baisse (et il baisse plus fortement parmi la population à risque que dans le reste de la population), d'autre part la majorité des infectés appartiennent la partie de la population pour laquelle le taux de létalité est beaucoup plus faible - puisque ce taux croît exponentiellement avec l'âge.
C'est ce qui explique qu'en Suède, sans mesures excessivement contraignantes (pas de confinement, pas de fermeture des écoles, pas de fermeture des restaurants et bars), le R(t) moyen soit resté inférieur à 1,5 constamment depuis près de deux mois, et que le nombre de morts soit bien inférieur à ce à quoi on pourrait s'attendre avec une létalité de 0,5% alors que 25% de la population du comté de Stockholm a été infecté (600000 personnes, ce qui avec une létalité de 0,5% aurait causé 3000 décès, alors qu'il y en a eu moins de la moitié malgré la mauvaise gestion de l'épidémie dans les maisons de retraite, qui représentent la moitié des décès).
Cela explique aussi que les Suédois n'aient pas eu besoin de pratiquer un grand nombre de tests virologiques, puisque, sans chercher à stopper la transmission du virus, ils pouvaient se contenter de tester les cas graves; ce qui fait que le pourcentage de "cas confirmés" dans la population suédoise est sensiblement le même qu'en France alors que le pourcentage d'infectés est nettement plus élevé.
Et, cette politique pouvant être maintenue durablement grâce à son impact négatif limité sur le plan économique et social, c'est aussi ce qui explique que les Suédois espèrent atteindre prochainement l'immunité de groupe : en effet, avec R=1,5, celle-ci est atteinte dès qu'un peu plus de 30% de la population a été en contact avec le virus.
Et en fait, on peut constater que R(t) diminue progressivement, puisque quand on s'approche de l'immunité de groupe, la progression de l'épidémie a cessé depuis longtemps d'être exponentielle - entre mi-mars et début mai, le temps de doublement est passé de 3 jours à 6 (rapidement suite à l'acceptation par la population des recommandations) et a continué d'augmenter pour atteindre maintenant 3 semaines.
Merci pour le graphique. Ils ont déjà leur taux d'immunité collective ?
Je pense que la Suède (comme d'autre pays scandinaves et d'autres dont on parle moins parce qu'ils ne sont pas en Europe) a été largement favorisée par les habitudes de vie (vie institutionnelle comprise) et de circulation dans le pays.
Si tu compares avec la Suisse, qui entame son déconfinement, il y a encore beaucoup moins de décès en Suisse pour une population un petit peu moins nombreuse. Là-bas, le pouvoir décisionnel des cantons est très fort et les citoyens sont associés aux décisions (donc elles sont généralement suivies). Les gens sont très fortement tournés vers la vie politique et sociale de leur région (le canton de Vaud ce n'est pas celui de Genève, attention ...). Et les suisses sont très très pragmatiques, ils ont un cadre juridique bien maîtrisé et savent évoluer librement à l'intérieur de ce cadre.
De plus là-bas, c'est déjà très propre en temps normal !
Ajouté à ça un niveau de vie plutôt élevé et un nombre de médecins par habitants autour de 4/1000 (Comme en Suède, en Espagne et en Italie par ailleurs, la Grèce fait mieux avec plus de 6/1000 !).
Ce dernier critère n'est peut-être pas très déterminant (mais néanmoins indicateur de tensions possibles), car à mon avis plus que le nombre moyen de médecins pour 1000 habitants, c'est peut-être plus la répartition qui est cruciale (on le voit en France 3/1000, mais sans doute avec des régions très bien pourvues: la côte d'azur par exemple et d'autres où on peine à trouver un médecin).
FabiFlam
Dernière modification par FabiFlam ; 06/05/2020 à 08h08.
