Covid-19 : discussion générale

[Nicophil]

Vous connaissez ce site ?
https://www.eficiens.com/coronavirus-statistiques/
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[pm42]

Vous connaissez ce site ?
https://www.eficiens.com/coronavirus-statistiques/

Non. C'est en français ce qui est sympa mais je préfère :
http://www.cidrap.umn.edu/covid-19/maps-visuals
qui pointe sur : https://gisanddata.maps.arcgis.com/a...23467b48e9ecf6 qui est aussi sur ton site.

Mais mon favori est : https://ourworldindata.org/coronavirus

avec notamment : https://ourworldindata.org/grapher/c...nce-100th-case
que je trouve intéressant pour suivre les évolutions par pays sur une base commune.

[Jean4259]

Sur les graphiques eficiens, on constate avec surprise que le nombre de décès est 10 fois moins élevé en Allemagne ???

[pm42]

Sur les graphiques eficiens, on constate avec surprise que le nombre de décès est 10 fois moins élevé en Allemagne ???

Oui. Il est possible qu'ils soient un peu décalés par rapport à nous mais si quelqu'un a une explication factuelle, je prends. J'ai cherché un peu et ils testent plus, ont beaucoup de ventilateurs mais cela ne suffit pas à expliquer l'énorme différence par rapport à l'Italie du Nord par exemple.
Actuellement, il semble qu'il n'y a pas d'explication qui fasse consensus.

[yves95210]

Sur les graphiques eficiens, on constate avec surprise que le nombre de décès est 10 fois moins élevé en Allemagne ???

C'est probablement qu'ils testent plus de cas suspects qu'en France, et que la proportion de cas grave parmi les cas confirmés est plus faible.

Mais pour l'Allemagne on n'a pas la donnée du nombre de tests, donc pas facile de vérifier cette hypothèse.
(j'ai lu ailleurs que c'est le fonctionnement fédéral du pays qui rend difficile la consolidation des données, chaque Land gérant la crise à sa façon)

Mais tu aurais pu faire la même remarque par exemple au sujet de la Norvège (proportionnellement à sa population). Et la on voit bien sur le graphique que c'est lié au nombre de cas testés (plus élevé qu'en France pour une population 12 fois plus petite).

Bref ça ne sert à rien de comparer les données par pays quand elles ne sont pas produites de manière homogène.
C'est triste à dire, mais pour comparer la progression de l'épidémie dans les différents pays, le seul indicateur fiable est le nombre de morts.

Ou alors il faut se contenter de comparer la forme des courbes, normalisées par pays, comme dans le lien donné par pm42 ci-dessus (pour tout les pays le point de départ est la date où les 100 cas confirmés ont été atteints). A condition que la politique de test de chaque pays n'évolue pas trop, c'est assez représentatif de l'évolution de l'épidémie.

[Nicophil]

Pour mémoire, le communiqué lénifiant de l'ARS Grand Est du dimanche 15 mars (oui oui, même en Alsace les élections ont bien eu lieu):
https://www.grand-est.ars.sante.fr/s...003%202020.pdf

[pm42]

C'est probablement qu'ils testent plus de cas suspects qu'en France, et que la proportion de cas grave parmi les cas confirmés est plus faible.

Bonne remarque en effet.

Pour mémoire, le communiqué lénifiant de l'ARS Grand Est du dimanche 15 mars (oui oui, même en Alsace les élections ont bien eu lieu):

Quel intérêt à part de la polémique stérile ? De plus le communiqué rappelle surtout les règles à respecter ce qui est logique.

[Nicophil]

C'est triste à dire, mais pour comparer la progression de l'épidémie dans les différents pays, le seul indicateur fiable est le nombre de morts.

Non, malheureusement...
https://www.estrepublicain.fr/edition-besancon/2020/03/18/les-morts-fantomes-de-l-ehpad-de-thise

Les cas graves/hospitalisés ? difficile de trouver des données précises.
Reste la réanimation, qui s'étale à partir de J+10 après contamination jusqu'à... J+20, J+25 ??

[Nicophil]

Quel intérêt à part de la polémique stérile ? De plus le communiqué rappelle surtout les règles à respecter ce qui est logique.

Commence pas à me chauffer, c'est pas le moment !

[SK69202]

Ce n'est que mon avis, mais la contamination initiale en Allemagne a du être différente de celle de l'Italie et de la France, en particulier sur le nombre de porteurs.
Un en Allemagne, plusieurs en France et beaucoup en Italie, ce qui avec le retard de quelques semaines pour le basculement vers la forme grave et la réaction initiale, fait la différence.

[papy-alain]

Visiblement, certains se débrouillent mieux que d'autres : https://www.lesoir.be/288048/article...rs-la-belgique

[Nicophil]

La comparaison avec l'Allemagne si on enlève région parisienne (dont l'Oise) et Alsace-Moselle sera peut-être intéressante d'ici quelques jours ?

[SK69202]

Excellent.... 29/01/20 !

[papy-alain]

Excellent.... 29/01/20 !

Merci pour cette vidéo. Elle m'a vraiment ému.

[Ikhar84]

Sur les graphiques eficiens, on constate avec surprise que le nombre de décès est 10 fois moins élevé en Allemagne ???

J'ai lu, outre le fait que les test sont fait relativement tôt, et leur nombre de lit en réa impressionnant, les chiffres anormalement bas sont en grande partie dû au fait qu'ils ne font pas de tests post-mortem, les cas non dépistés avant le décès passent donc sous radars...

lien recherche Google pour ne pas favoriser les sites de news

Ce n'est pas beaucoup plus précis chez nous, les cas de décès hors milieu hospitalier ne sont pas spécialement testés. Mais quand même...

[Nicophil]

Ce n'est pas beaucoup plus précis chez nous, les cas de décès hors milieu hospitalier ne sont pas spécialement testés.

Ok, je pensais que si.
Et en Italie alors ?
Et en Chine, Iran ?

[invite04716616]

Les Ains doivent tjs etre associes à un antibiotique dans le traitement des syndromes inflammatoires dentaires car dans la plupart des cas les douleurs dentaires symptomatiques non accompagnées d'un cliché radio montrant un élargissement apical ou un foyer infectieux d'origine parodontal on peut raisonnablement penser que l'etiologie est infectieuse même si d'autres signes accompagnant l'infection ne sont pas présent comme température (rare en odonto stomatologie), cellulite trismus etc... et surtout si les tests de vitalité sont négatifs et que toute autre cause a été éliminée.
Dans la plupart des cas le patient etait réticent pour prendre les abts c'est pour cela que dans la pratique quotidienne je leur conseillais toujours s'ils voulaient seulement prendre les Ains, de ne pas poursuivre plus de 24 heures leur prise s'il n'y avait pas d'améliorations sans engager de suite la couverture abt car on sait pertinemment que les Ains pris seuls en cas d'infections aggravent TOUJOURS le cas!!
Idem pour les AIS.
Donc je ne suis pas étonné que le même problème soit soulevé dans le cadre de cette pandémie.

[mizambal]

Personne ne s’étonne que dans les bilans européens des décès l'on ne prenne pas également en compte les vie sauvés par la diminution de la pollution ?
En Chine ça monterait (au subjonctif donc) à 77 000 vies sauvées heu 'grâce' au méchant pas beau coronavirus, soit un bilan très largement positif en terme de vies humaines !!!!! (4 000 enfants de moins de 5 ans ont été sauvés c tout de mm assez cool ça)
Visiblement dans un système néo-libérale hyperproductif, et bien ... Les pandémies sauvent des vies :O
Etonnant non ? Ou une preuve de plus qu'on vit dans un monde de tarés ?
https://dailygeekshow.com/coronavirus-chute-pollution/

[JPL]

Entre des morts bien réels et des vies sauvées supputées je préfère prendre en compte ce qui est bien réel. Sans compter que ça ne tient pas debout, la pollution tue sur le long terme et ce ne sont pas 2 à 3 mois avec une pollution plus faible qui vont vraiment changer les statistiques.

[FabiFlam]

Mais je remarque aussi qu'on n'a pas vraiment entendu d'appels à ce genre de choses avant que le gouvernement ne le décide : donc une grande partie des gens qui disent actuellement "il aurait fallu" sont sans doute ceux qui auraient expliqué pourquoi "il n'aurait pas fallu" si cela avait été fait.

Je ne suis pas d'accord. Beaucoup de gens font finalement confiance aux décisions des dirigeants même s'ils ont des arguments pour penser que ce ne sont peut-être pas les bonnes décisions ils ont la retenue de penser que c'est parce que les têtes dirigentes sont mieux informées qu'eux qu'ils n'ont pas le même point de vue.

Sinon, je crois que les stratégies de lutte contre l'épidémie peuvent être diverses en fonction des pays mais que l'OMS se charge quand même de recadrer ceux qui sont à côté de la plaque non ?

FabiFlam

[FabiFlam]

Personne ne s’étonne que dans les bilans européens des décès l'on ne prenne pas également en compte les vie sauvés par la diminution de la pollution ?
En Chine ça monterait (au subjonctif donc) à 77 000 vies sauvées heu 'grâce' au méchant pas beau coronavirus, soit un bilan très largement positif en terme de vies humaines !!!!! (4 000 enfants de moins de 5 ans ont été sauvés c tout de mm assez cool ça)
Visiblement dans un système néo-libérale hyperproductif, et bien ... Les pandémies sauvent des vies :O
Etonnant non ? Ou une preuve de plus qu'on vit dans un monde de tarés ?
https://dailygeekshow.com/coronavirus-chute-pollution/

Bah ... votre lien m'a plutôt l'air d'une putaclic que d'un article scientifiquement fondé.

[mizambal]

Entre des morts bien réels et des vies sauvées supputées je préfère prendre en compte ce qui est bien réel. Sans compter que ça ne tient pas debout, la pollution tue sur le long terme et ce ne sont pas 2 à 3 mois avec une pollution plus faible qui vont vraiment changer les statistiques.

oui sur une personne saine une pollution n'est pas létale de suite mais sur une personne fragile ? ... Je pensait surmortalité / comorbidité donc ciblant des personnes déjà malades au niveau respiratoire comme par exemple des personnes asthmatiques ou sous assistances respiratoires. Sur une population en centaines de millions ces chiffres ne me paraissent pas si délirant. La pollution en Chine est de plus extrême dans les agglomérations, rien à voir avec ce que tu peux rencontrer en Europe.

@FabiFlam nope c'est pas le problème je pense mais tu as raison sur un point, ça reste une thèse personnel (blog d'origine : http://www.g-feed.com/) , et non pas une étude plus sérieuse que ça, donc très loin d'une véritable publication scientifique .. A suivre donc on va dire ^^

[Archi3]

Entre des morts bien réels et des vies sauvées supputées je préfère prendre en compte ce qui est bien réel. Sans compter que ça ne tient pas debout, la pollution tue sur le long terme et ce ne sont pas 2 à 3 mois avec une pollution plus faible qui vont vraiment changer les statistiques.

Il me semble au contraire que c'est justement parce que l'effet de la pollution est presque instantané qu'on a pu mesurer et prouver ses effets, en corrélant le nombre de décès aux pics de pollution dans les villes, au jour près - si c'était du long terme, ça aurait été bien plus difficile à mesurer. Donc il est pratiquement certain qu'il y a eu plein de morts évités à cause de la pollution : néanmoins, plus que de morts du au virus, mais beaucoup moins que le nombre de morts qui auraient été dus au virus sans prendre ces mesures !

Donc il faut remettre les choses à l'endroit : ce n'est pas le virus qui a évité la pollution, ce sont les mesures prises contre lui ! si on n'avait pas pris ces mesures, et laissé le virus se répandre, on aurait eu les morts de la pollution PLUS les morts du virus, le virus n'a aucune action protectrice.

donc la question ce n'est pas sur le virus, mais sur les mesures de confinement : pourquoi n'instituerait on pas alors les mesures de confinement à vie finalement , puisque ça évite autant de morts, non seulement du virus mais aussi de la pollution (et des accidents de voiture, et peut etre d'autres maladies contagieuses, etc ...) ?

et la pour le coup, la réponse elle est dans le long terme ! parce que si ça évite des morts "rapides", en revanche, sur le long terme, la société n'y résisterait pas et finalement le coût humain serait bien plus lourd à la fin !

[yves95210]

Salut,

Suite à la demande insistante d'Archi3, et malgré mes doutes sur l'intérêt que ça présente compte-tenu du côté boule de cristal de l'exercice, j'ai fait un essai avec les moyens du bord pour modéliser l'évolution de l'épidémie à partir du début du confinement.

Comme dit dans le message cité, j'ai dû séparer la population en deux partie, les "confinés" (90%) et les "non confinés" (10%), tous ceux qui continuent de se rendre quotidiennement sur leur lieu de travail. Et considérer qu'il n'y a pas d'interaction entre les deux populations (sauf bien sûr lorsqu'un confiné tombé malade est emmené à l'hôpital et y reste jusqu'à guérison - ou décès. Mais statistiquement ça ne change rien).

Pour le nombre de cas réels à la date de début du confinement, j'ai appliqué le ratio issue de l'étude de l'épidémie en Chine, en supposant que seulement 14% des cas étaient détectés (les cas "confirmés" dans les stats publiées). Et j'ai estimé le nombre de personnes contaminées en supposant que les cas confirmés à une date j correspondent à des contaminations à j-12, et en appliquant le temps de doublement constaté jusqu'à ce début de semaine (3 jours).

Pour la progression du nombre de cas dans la semaine suivant le confinement, j'ai conservé ce temps de doublement (en fait il est en train d'augmenter selon les stats publiées). Ensuite j'ai traité différemment les deux parties de la population :
D'une part j'ai considéré que chaque personne contaminée avant le début de son confinement va contaminer les autres membres de son foyer dans les 3 semaines suivantes (en moyenne un foyer français comprend 2,2 personnes). Et que dans les foyers ne comptant aucun membre contaminé au début, aucun ne le sera jusqu'à la fin du confinement (on peut toujours rêver).
D'autre part, pour la sous-population non confinés, j'ai considéré que la progression exponentielle se poursuit, mais avec un temps de doublement (optimiste) de 6 jours (correspondant à un R₀=1,34) , grâce aux mesures barrière et au fait que à part les soignants, les travailleurs non confinés auront dans l'ensemble moins de contacts à l'extérieur de leur domicile. J'ai laissé la progression exponentielle se poursuivre jusqu'à atteindre la totalité de la sous-population, ce qui n'est pas correct (le R₀ doit diminuer et donc l'épidémie ralentir lorsqu'une partie significative de cette population a été infectée, réduisant la probabilité pour un contagieux d'entrer en contact avec une personne pas encore infectée). Mais cela n'affecte que légèrement les résultats.

Enfin, j'ai considéré que le pourcentage de cas critiques parmi les malades de la population confinée était de 5% des 14% de cas confirmés. Mais qu'il n'est que de 2% parmi les malades de la population non confinée, car celle-ci est constituée de personnes actives, dans la tranche 20-60 ans.
Et je n'ai laissé les patients en réa qu'une semaine, ce qui n'est probablement pas suffisant en moyenne.

J'obtiens les résultats ci-dessous (j'ai mis en grisé la partie qu'il faudrait améliorer pour tenir compte de la baisse du R₀ lorsqu'une grande partie de la population concernée est infectée, ce qui aurait pour effet d'aplatir le pic et de le prolonger dans le temps).
On observe un premier pic 2 semaines après le début du confinement, dû aux contaminations au sein du foyer des confinés, puis un deuxième plus important 6 et 7 semaines après le début, quand la majorité des non confinés aura été infectée. C'est ce deuxième pic qui serait plus progressif si le modèle était plus réaliste, comme dit plus haut.

En conclusion : il y a bien endiguement de l'épidémie, après contamination et guérison (ou décès) de 8,2 millions d'individus. Dont la totalité de la population non confinée. Pour éviter un rebond, il faut continuer d'isoler les personnes malades / contagieuses au moins jusqu'à la 9e semaine après le début de la période (probablement plus compte-tenu de remarque au sujet du second pic). Ce qui nous amène à mi-mai.
Tout ça ne tient pas compte du nombre réel de lits en réa, de la durée réelle passée par chaque patient en réa, ni du fait que les soignants vont tomber comme des mouches dans les prochaines semaines. Donc c'est une vision plutôt (très) optimiste des choses.

[Archi3]

Salut Yves

je ne comprends pas, tu t'arrêtes avec 6,7 millions de contaminés parmi les non confinés, mais c'est juste un dixième de la population, il ne te manque pas un zéro dans tes chiffres ?

[mh34]

Apparemment l'Afrique ne devrait pas être épargnée ;
lu ça ce matin ; https://www.lemonde.fr/afrique/artic...3644_3212.html

[yves95210]

Salut Yves

je ne comprends pas, tu t'arrêtes avec 6,7 millions de contaminés parmi les non confinés, mais c'est juste un dixième de la population, il ne te manque pas un zéro dans tes chiffres ?

Ben oui, j'ai considéré que les non confinés représentent un dixième de la population. C'est donc logique que dans cette sous-population, il ne puisse pas y avoir plus de 6,7 millions de contaminés = la totalité. Non ?

[invite9dc7b526]

Apparemment l'Afrique ne devrait pas être épargnée ;
lu ça ce matin ; https://www.lemonde.fr/afrique/artic...3644_3212.html

je suis de près les chiffres de l'épidémie en Afrique, parce que les virologues avec qui j'ai parlé soutiennent que l'épidémie devrait s'arrêter avec le printemps. Selon eux les virus respiratoires ont besoin d'un climat froid pour se répandre (il y a plusieurs arguments en faveur de cette hypothèse). Mais ils ne font jamais qu'une analogie avec les virus qu'ils connaissent.

L'un de leurs arguments est le fait qu'on n'a jamais vu d'épidémie de grippe ou de rhume en Afrique subsaharienne. Donc je guette ce qui s'y passe. Et pour le moment c'est vrai qu'il n'y a pas énormément de cas dans les pays chauds. En Inde par exemple il y a très peu de cas. En Afrique au sud du Sahara idem. Une exception est la Malaisie. Si l'épidémie démarre vraiment en Afrique ce sera une très mauvaise nouvelle, pour les Africains bien sûr mais aussi pour nous. Ca signifiera que ça ne va pas s'arrêter de sitôt.

[yves95210]

Apparemment l'Afrique ne devrait pas être épargnée ;
lu ça ce matin ; https://www.lemonde.fr/afrique/artic...3644_3212.html

Pour le moment ce n'est qu'une alerte. Seulement 600 cas sur l'ensemble du continent, ça fait rêver...
Dans la plupart des pays concernés il pourrait s'agir essentiellement de cas importés, comme en Egypte avec les touristes sur les bateaux de croisière du Nil. Et peut-être de contamination uniquement à l'intérieur de lieux confinés (et souvent climatisés).
Mais évidemment il peut aussi s'agir d'une sous-détection massive, ce qui justifie l'alerte.

Est-ce qu'on a vraiment une idée de la transmissibilité du virus dans les pays d'Afrique ? Autrement dit, y a-t-il des preuves de transmission locale à assez grande échelle (au moins plusieurs dizaines de personnes dans un cluster) ?

[Archi3]

Ben oui, j'ai considéré que les non confinés représentent un dixième de la population. C'est donc logique que dans cette sous-population, il ne puisse pas y avoir plus de 6,7 millions de contaminés = la totalité. Non ?

ah ok, tous les non confinés c'est 10 % de la population et ils sont tous contaminés, donc 6,7 M personnes.

Et les confinés c'est 90 % de la population mais seule 1 500 000 ont été contaminés à la fin grâce au succès du confinement.

Mais ce que tu décris là comme scénario, c'est bien le succès de la stratégie de suppression sur la population confinée (soit 60 M de personnes), dont seule 1,5 M ont été contaminés, et donc 98 % reste non immunisée. C'est exactement ce que je décrivais : on limite fortement le nombre de décès , et on rapproche le pic à 2 semaines. La population non confinée elle a une stratégie d'immunité, elle est entièrement contaminée, avec un pic plus lointain, et le nombre de morts est limité parce que tu la réduis à 10 % de la population. Le pic est retardé uniquement parce que tu as doublé le temps de doublement, en le mettant à 6 jours, je vois pas bien pourquoi si les non contaminés se contaminent entre eux, il vont le faire aussi vite qu'avant : si tu gardais 3 jours, il arriverait aussi en avril et le total excéderait largement les capacités.

Mais globalement la population reste non immunisée, c'est le problème de la stratégie de suppression, même si c'est essentiellement grâce à elle qu'on a limité le nombre de cas et donc de besoins de soins.

Merci de l'effort que tu as fait pour mettre ça en chiffre , ça a été très utile pour que je comprenne ce que tu avais en tête : une stratégie de suppression pour 90 % de la population, et d'immunité pour 10 %. Ce qui revient globalement à une stratégie de suppression, avec les avantages et les inconvénients, puisque globalement la population reste à près de 90 % non immunisée . le scénario que tu décris est donc bien ce que j'espère, un succès relatif de la stratégie de suppression , qui limite le nombre de décès, mais qui laisse pour avenir la question de se prémunir contre des résurgences.