Variant anglais plus contagieux: explication ????

[yves95210]

euh ben meme pas, c'est tout à fait en accord avec ce que je disais que le rapport entre deux courbes de contaminations ne dépendait que du ∆(lnR) = ∆R/R

ce qui est évident puisque si tu as une courbe en (R1)^t/T et une autre en (R2)^t/T, le rapport des deux est évidemment en (R1/R2)^t/T donc ne dépend que du rapport des R et pas de la valeur de l'un ou de l'autre ...

Ce que tu dis est effectivement évident, dans le cas d'une population homogène; c'est bien pour ça que je disais que "c'est insensible à un changement de la valeur de Reff(variant historique) puisque ce changement affecte les deux progressions de la même façon".

Mais si tu tiens compte des hétérogénéités (par exemple le nombre de contacts moyen de chaque catégorie de la population, voire un nombre de contact par individu, avec une distribution différente suivant la catégorie à laquelle il appartient), et que, au début de l'épidémie du nouveau variant tu introduis un aspect aléatoire (par ex. tirage au sort des 100 premiers cas dans cette population hétérogène, ainsi que de la date à laquelle ils deviennent infectieux), la dynamique peut être différente.
Ou (peut-être, je n'y ai pas trop réfléchi) si tu tiens compte d'hétérogénéités entre les régions sur l'évolution du Reff (même avec un Reff moyen constant), avec par exemple quelques régions où Reff(variant historique) passe de 1 à 1,2 pendant la période considérée alors que dans les autres (la plupart) il passe de 1 à 0,9.
Mais là, pour s'en rendre compte, il faut faire tourner une simu un peu (euphémisme) plus complexe.
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[Archi3]

faudrait faire une simulation plus complexe si on connaissait la valeur de tous ces paramètres
Mais comme on ne les connait pas de toutes façons, on en est réduit à guère plus (et meme pas plus) que les estimations simples qui donnent déjà des résultats assez valables. L'incertitude sur les paramètres simples genre la valeur de R est déjà suffisante pour fournir des fourchettes d'erreur , la complexité du modele ne rajoute rien.

[yves95210]

faudrait faire une simulation plus complexe si on connaissait la valeur de tous ces paramètres
Mais comme on ne les connait pas de toutes façons,

Nous, non. Les épidémiologistes qui planchent sur le sujet depuis longtemps, déjà mieux (même si avec des barres d'erreur importantes).

on en est réduit à guère plus (et meme pas plus) que les estimations simples qui donnent déjà des résultats assez valables.

en tendance, oui, quand on peut appliquer la loi des grands nombres sans trop se tromper. Ce n'est pas pour rien que les gens qui veulent comparer sérieusement les évolutions de l'épidémie de différents pays [par exemple pour estimer les Ro dans ces pays] prennent comme point de départ par exemple le dixième décès, correspondant peut-être au millième cas.

Mais par exemple, même dans ce cas (et sans parler du nouveau variant), rien que le fait de séparer la population en deux groupes, vulnérables et non vulnérables, avec des taux de transmission intra- et inter-groupe différents (et si on s'intéresse aux nombres d'hospitalisations, de réa ou de décès, des risques trèès différents), conduit à des résultats assez différents. Ce n'est pas pour rien que le taux d'immunité collective va aujourd'hui de 10% à plus de 25% suivant les tranches d'âge.

Ceci dit, dans le cas dont on parle ici (la rapidité de propagation du variant anglais), il est probable que le fait de partir d'une situation où il représente déjà plus de 1% des cas (plusieurs milliers par semaine, donc plusieurs milliers dans le compartiment I d'un modèle SEIR), les aspects aléatoires doivent commencer à s'effacer.

L'incertitude sur les paramètres simples genre la valeur de R est déjà suffisante pour fournir des fourchettes d'erreur , la complexité du modele ne rajoute rien.

Pour des calculs à la louche (ou pour être plus poli : pour des ordres de grandeur) sur un ou deux mois, peut-être.
Mais c'est vrai que, même avec des modèles plus sophistiqués, c'est illusoire de vouloir faire des projections à plus long terme.

[jiherve]

bonsoir

Mais c'est vrai que, même avec des modèles plus sophistiqués, c'est illusoire de vouloir faire des projections à plus long terme.

surtout qu'ayant déjà eu 3 mutations d'importance en 1 ans on peut en attendre d'autres qui se produiront sans doute encore et peut être plus vite avec l'augmentation du nombre de malades.
Souhaitons que l'on ne récolte pas une version plus contagieuse et beaucoup plus agressive.
JR

[Archi3]

les tests trouvent une proportion de 1% de la variante anglaise en France :

https://www.sudouest.fr/2021/01/12/c...9832-10861.php

Pour le moment c'est trop faible pour affecter le R global, mais on peut faire des estimations de son taux de croissance. Actuellement le nombre de contaminations est sur un plateau (légèrement croissant mais très peu) en France, ce qui signifie que R est proche de 1, juste un peu supérieur. Si on adopte l'estimation d'une contagiosité environ 50 % supérieur, celui du variant B117 serait donc 1,5 environ. A noter qu'au tout début de l'épidémie, on estimait R à environ 3 et on avait un temps de doublement de 3 ou 4 jours et une multiplication par 4 en une semaine. Avec 1,5 , on aurait un temps de doublement de une semaine. Ca correspond pile poil au temps de doublement observé en GB quand le virus a commencé à etre dominant, c'est donc tout à fait plausible.

Un temps de doublement d'une semaine signifie une multiplication par 16 en 1 mois et par 256 en 2 mois. On aurait donc un mois devant nous avant que ça passe à environ 15 % et six semaines avant de se retrouver dans la situation anglaise, si on ne prend pas de mesure supplémentaire maintenant.

Attendons de voir combien de temps nos politiques vont mettre pour prendre la mesure du problème ....

j'ai posté ça le 13 janvier, on est le 7 février, et on annonce que le variant anglais représenterait 14 % des contaminations fin janvier

https://www.ladepeche.fr/2021/02/07/...et-9358705.php

pas trop mal, "l'amateur incompétent" a eu du bol on dirait

Sur la dernière proposition, j'ai hésité à m'avancer sur le fait que les politiques réagiraient quand il représenterait environ 50 % des contaminations, mais j'ai l'impression qu'on est bien parti pour .

[yves95210]

Salut Archi3,

J'avais failli poster un message allant dans le même sens ce matin. Effectivement, selon les résultats des enquêtes flash, la part du variant anglais serait passée de ~3,3% le 7/1 à ~14% le 27/1.
D'ailleurs l'estimation au 7/1 a été nettement revue à la hausse par rapport à celle figurant dans l'avis du conseil scientifique, qui était de 1% (IC 95% : 0.7%, 1.3%), sans que ça ait été mentionné et encore moins expliqué…

A ce rythme le nouveau variant sera dominant mi-février. J'ai du mal à comprendre le discours de Bruno Lina (le virologue membre conseil scientifique) selon qui la circulation est "linéaire et continue", mais "pas explosive".
La rapidité de sa progression indique que la transmissibilité du nouveau variant est 50 à 60% supérieure à celle du variant historique. A mesures inchangées, R(t) atteindra probablement 1,3 à 1,4 après les vacances scolaires. Seul un confinement pourra éviter la saturation des hôpitaux dans les quelques semaines suivantes car la proportion des personnes vulnérables qui aura été vaccinée d'ici-là sera loin d'y suffire : environ 2 millions sur les 15 millions considérées comme vulnérables auront reçu leur deuxième injection début mars, essentiellement des plus de 75 ans (mais ce ne sont pas les plus âgés qui occupent le plus les lits de réa). Au mieux ça réduira de 10 à 15% le nombre de lits de réa occupés à nombre de cas équivalent.

[FabiFlam]

Bonsoir,

D'après ce que j'ai vu hier à la télévision la part du variant britannique était de plus de 20% en moyenne, (26% en IdF, 33% en Bretagne ...)

En effet Archi3, j'ai l'impression que -malheureusement- tes calculs fonctionnent ...

FabiFlam

[yves95210]

Bonjour,

L'INSERM vient de publier un nouveau rapport à propos de l'impact des mesures de distanciation sociale de janvier 2021 sur la circulation du SARS-CoV-2 B.1.1.7 en France. Voici son résumé en français (le reste du document est en anglais), et le graphique présentant les résultats attendus :

Compte tenu de nouveaux variants et de l’incidence élevée enregistrée en France, les mesures de distanciation sociale ont été progressivement renforcées en janvier 2021. En utilisant un modèle mathématique à 2 souches calibré sur les estimations de la première enquête Flash pour la circulation du variant britannique (B.1.1.7), nous avons estimé que ces mesures ont conduit à la stabilisation des hospitalisations, résultante d’un équilibre entre le recul de la souche historique (celle en circulation avant l’arrivé du variant; taux de reproduction effectif estimé <1) et la croissance rapide du variant britannique.
Ces estimations sont validées par les résultats préliminaires de la deuxième enquête Flash du 27 janvier. Le variant britannique est attendu devenir majoritaire fin février-début mars en France, avec une grande hétérogénéité géographique (mi-février en Île-de-France). Dans l'absence de mesures de contrôle renforcée, une croissance rapide des cas est attendue dans les semaines à venir.

Figure 1. Projection des hospitalisations hebdomadaires dues à la souche historique du SRAS-CoV-2 et au variant B.1.1.7 en France et en Île-de-France. De gauche à droite : scénario supposant un renforcement des mesures de distanciation sociale (DD) à partir de S06, compatible avec la situation vécue dans la dernière semaines du deuxième confinement ; scénario basé sur les estimations jusqu'à S05 et supposant aucun changement supplémentaire ; scénario supposant un assouplissement de mesures de distanciation sociale à partir à la S06, compatibles avec la situation de début janvier. Les points correspondent aux données d'hospitalisation hebdomadaires utilisées pour l'ajustement du modèle. La courbe noire pleine fait référence à la trajectoire globale due à la circulation simultanée de la souche historique (pointillés courbe verte) et du variant B.1.1.7 (courbe verte pleine), en supposant une augmentation de 50% de la transmissibilité (...). La zone ombrée autour de la courbe correspond à l'intervalle de confiance à 95 % ; elle n'est pas indiquée pour les souches individuelles, pour faciliter la visualisation. La deuxième vague est présentée à titre de référence, ainsi que des indications sur le calendrier des mesures de distanciation sociale.

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)

En annexe à la fin du document, un graphique représente la même projection mais tenant compte de l'impact de la vaccination, qui sera encore limité fin mars même dans l'hypothèse optimiste d'une forte augmentation du rythme de la campagne.

[obi76]

Si on multiplie ces courbes par l'IFR en fonction de l'âge (en prenant en compte les vaccins), je serai curieux de voir l'allure des admissions en réa. Pas dit que ce soit si explosif...

[yves95210]

Si on multiplie ces courbes par l'IFR en fonction de l'âge (en prenant en compte les vaccins), je serai curieux de voir l'allure des admissions en réa. Pas dit que ce soit si explosif...

Je suppose qu'ils en ont tenu compte :

[The model] is based on a stochastic age-stratified transmission model, integrating demographic, age profile, and social contact data to account for age specific contact activity and role in COVID-19 transmission. It integrates mobility data to account for control measures and individual response over time. Disease progression is specific to COVID-19 and parameterized with current knowledge to include presymptomatic transmission, asymptomatic and symptomatic infections with different degrees of severity (paucisymptomatic, with mild symptoms, with severe symptoms requiring hospitalization). Four age classes are considered: [0-11), [11-19), [19-65), and 65+ years old (children, adolescents, adults, seniors). A reduced susceptibility was considered for children and adolescents, along with a reduced relative transmissibility of children, following available evidence.

D'autre part la proportion d'admissions en réa parmi les patients hospitalisés de 75 ans et plus (les seuls qui auront été vaccinés massivement avant avril) est nettement plus faible que celles des autres classes d'âge. Ce n'est pas ça qui va soulager les services de réa.

[yves95210]

En revanche il me semble que la simulation de l'INSERM ne tient pas suffisamment compte de la baisse de R(t), qui semble se stabiliser à ~0,9 depuis une semaine. Et l'effet des vacances scolaires est encore inconnu (effet positif de la fermeture des écoles vs. effet négatif des brassages de population, en particulier pendant les vacances des parisiens).

Avec une hypothèse sur R(t) sous couvre-feu à 18h un poil plus optimiste que celle retenue dans la simulation de l'INSERM (R~0,9 aujourd'hui pour le variant historique), la vague arrive plus tard, ce qui entraîne un effet plus important de la campagne de vaccination (je n'ai pas estimé le nombre d'hospitalisations, mais seulement le nombre d'infectés parmi les 65+, et il reste nettement inférieur à celui de la deuxième vague).
Mais ça ne permet pas d'assouplir les mesures avant juin.

Remarque : je ne sais pas comment ils rendent compatible une estimation à +50% de la transmissibilité du variant anglais avec la multiplication par 4 de sa part des infections entre le 7 et le 27 janvier (environ 3 temps de génération).

[obi76]

En revanche il me semble que la simulation de l'INSERM ne tient pas suffisamment compte de la baisse de R(t), qui semble se stabiliser à ~0,9 depuis une semaine. Et l'effet des vacances scolaires est encore inconnu (effet positif de la fermeture des écoles vs. effet négatif des brassages de population, en particulier pendant les vacances des parisiens).

Si on fait une analogie avec les vacances de l'été dernier, le brassage a homogénéisé une situation à ce moment très hétérogène. Actuellement vu que c'est relativement homogène on peut espérer que l'impact sera moindre.

Avec une hypothèse sur R(t) sous couvre-feu à 18h un poil plus optimiste que celle retenue dans la simulation de l'INSERM (R~0,9 aujourd'hui pour le variant historique), la vague arrive plus tard, ce qui entraîne un effet plus important de la campagne de vaccination (je n'ai pas estimé le nombre d'hospitalisations, mais seulement le nombre d'infectés parmi les 65+, et il reste nettement inférieur à celui de la deuxième vague).

Ca, c'est intéressant (et ça m'étonne quand même pas mal). L'IFR utilisé depuis mars dernier était de l'ordre de 0.65 %. Si on enlève parmi les cas graves l'ensemble des 75+ ça sera nettement plus faible. De là à saturer les services de réa (je n'ai pas fait le calcul), je suis étonné.

Remarque : je ne sais pas comment ils rendent compatible une estimation à +50% de la transmissibilité du variant anglais avec la multiplication par 4 de sa part des infections entre le 7 et le 27 janvier (environ 3 temps de génération).

Pour le moment c'est surtout qu'avec 40% de variant en région parisienne théoriquement 50% plus transmissible, on n'observe pas encore de variation mesurable du R(t) dû à son arrivée. J'ai posé la question il y a une semaine, j'aurai peut-être des réponses d'ici peu sur ce point.

[yves95210]

Ca, c'est intéressant (et ça m'étonne quand même pas mal). L'IFR utilisé depuis mars dernier était de l'ordre de 0.65 %. Si on enlève parmi les cas graves l'ensemble des 75+ ça sera nettement plus faible. De là à saturer les services de réa (je n'ai pas fait le calcul), je suis étonné.

Cf. mon message précédent, que tu n'as peut-être pas vu car j'en ai posté deux successivement : les 75+ et surtout les 80+ sont beaucoup plus fréquemment hospitalisés mais beaucoup moins en réa. Comme d'ici fin mars ce sont essentiellement eux qui auront été vaccinés (et au rythme actuel seule une minorité d'entre eux aura eu ses deux doses), cela limitera sans-doute le nombre d'hospitalisations mais pas forcément l'occupation des lits de réa.

Mais la simu de l'INSERM n'estime que le nombre d'admissions à l'hôpital, pas le nombre d'admissions en réa.

[obi76]

Cf. mon message précédent, que tu n'as peut-être pas vu car j'en ai posté deux successivement : les 75+ et surtout les 80+ sont beaucoup plus fréquemment hospitalisés mais beaucoup moins en réa.

Ha oui, c'est juste que dans les modèles l'IFR croit selon l'âge, et qu'ils passent nécessairement en réa avant décès/rémission. Dans ce cas peut-être oui...

Mais la simu de l'INSERM n'estime que le nombre d'admissions à l'hôpital, pas le nombre d'admissions en réa.

Là dessus je ne saurai dire.

Par contre pour le variant j'ai trouvé, c'est tout chaud ça sort du four : http://covid-ete.ouvaton.org/VOC2.html

[yves95210]

Par contre pour le variant j'ai trouvé, c'est tout chaud ça sort du four : http://covid-ete.ouvaton.org/VOC2.html

Merci pour ce lien.

[Archi3]

oui c'est intéressant mais du coup on doit pouvoir tenter une extrapolation du R(t) moyen en combinant le R(t) des variants avec le R(t) de la souche initiale ? ça donnerait quoi ?

[obi76]

oui c'est intéressant mais du coup on doit pouvoir tenter une extrapolation du R(t) moyen en combinant le R(t) des variants avec le R(t) de la souche initiale ? ça donnerait quoi ?

ben justement : à ce jour pas ce qu'on observe...

Du coup 2 solutions :
- l'effet n'est pas encore perceptible mais ça va venir (et là la crainte serait justifiée)
- le R(t) plus élevé est au moins en partie dû à du comportemental (le R(t) en France de ce variant étant considéré comme le même que celui mesuré en Angleterre, ce qui n'est pas forcément vrai, par exemple parce qu'il me semble que lors de cette mesure les pubs étaient ouverts en Angleterre, ou parce que les gestes barrières sont plus ou moins bien respectés en moyenne, par exemple)

[yves95210]

Je reviens sur ce point :

Ha oui, c'est juste que dans les modèles l'IFR croit selon l'âge, et qu'ils passent nécessairement en réa avant décès/rémission.

Dans ce cas les modèles ont un problème.
Bien sûr l'IFR croît avec l'âge, ça ressemble même à une exponentielle. Mais pas la proportion de passages en réa, qui croît mais beaucoup moins vite, jusqu'à la tranche 60-69 ans pour laquelle elle avoisine 30%, puis décroît : ~25% pour les 70-79 ans et <6% pour les 80+ (alors que 30% des 80+ hospitalisés décèdent).
Cf. l'annexe "supplementary material" de https://science.sciencemag.org/content/369/6500/208,
et le dernier point épidémiologique :

[obi76]

Je reviens sur ce point :

Dans ce cas les modèles ont un problème.

Non non, justement parce que ça a été recalibré en fonction des données réelles. On considère qu'avant décès, il y a passage en réa. Le passage en réa est obligatoire [dans les modèles] pour qu'il y ait un décès. Les décès et l'IFR ont été mesurée, l'accès en réa lui est une conséquence. Donc il peut y avoir un écart avec les réas (surtout au début avec les décès en EHPAD), mais plus trop maintenant (sauf évolution de l'IFR dans le temps).

Et je ne parle que de quelques modèles bien précis.

Et le graphique que vous donnez me réconforte un peu, la tendance 75+ est à priori plus faible que celle qu'on pouvait voir avant le vaccin. Reste à voir avec le cumulé...

[yves95210]

Et le graphique que vous donnez me réconforte un peu, la tendance 75+ est à priori plus faible que celle qu'on pouvait voir avant le vaccin. Reste à voir avec le cumulé...

Pas évident. Selon les points épidémiologiques, le 5 janvier 28% des patients en réa étaient des 75+ pour 63% des hospitalisés. Et le 1er décembre, 26% vs. 61%. Le ratio est comparable avec le 9 février (24% vs. 59%), c'est juste l'âge médian des hospitalisés qui évolue.

Remarque, c'est plutôt rassurant : je ne vois pas comment la vaccination pourrait avoir un effet important sur les hospitalisations début février, correspondant à des infections entre mi- et fin janvier, alors que seule une minorité des 75+ avaient reçu leur première dose (essentiellement des résidents d'EHPAD, dont seulement un tiers des cas graves sont hospitalisés, puisque deux sur trois décèdent dans leur établissement) et quasiment aucun la deuxième.
Donc a priori ça ne peut que s'améliorer. Mais ça n'aura qu'un effet limité sur le nombre total d'admissions en réa, puisque les trois-quarts de celles-ci concernent les 45-74 ans. En revanche ça aura un impact important sur la létalité.

[yves95210]

Non non, justement parce que ça a été recalibré en fonction des données réelles. On considère qu'avant décès, il y a passage en réa. Le passage en réa est obligatoire [dans les modèles] pour qu'il y ait un décès. Les décès et l'IFR ont été mesurée, l'accès en réa lui est une conséquence. Donc il peut y avoir un écart avec les réas (surtout au début avec les décès en EHPAD), mais plus trop maintenant (sauf évolution de l'IFR dans le temps).

Et je ne parle que de quelques modèles bien précis.

J'avais bien compris

Mais ça pose quand-même un problème puisque pour les 80+, et probablement les 75+, le nombre de décès à l'hôpital (même sans parler de ceux dans les EHPAD) est (très) supérieur au nombre d'admissions en réa.
Comme les 75+ représentent 75% des décès à l'hôpital depuis le début de l'épidémie, supposer que tous passent par la réa peut fortement impacter les résultats d'une simulation basée sur un tel modèle, si son objectif est d'évaluer le nombre de lits de réa occupés.

[obi76]

J'avais bien compris

Mais ça pose quand-même un problème puisque pour les 80+, et probablement les 75+, le nombre de décès à l'hôpital (même sans parler de ceux dans les EHPAD) est (très) supérieur au nombre d'admissions en réa.
Comme les 75+ représentent 75% des décès à l'hôpital depuis le début de l'épidémie, supposer que tous passent par la réa peut fortement impacter les résultats d'une simulation basée sur un tel modèle, si son objectif est d'évaluer le nombre de lits de réa occupés.

Alors une méthode : on regarde le taux de mortalité en fonction de l'âge (l'IFR dépend de l'âge) et la proba de décès en sortie de réa. On divise l'un par l'autre et on obtient la probabilité d'entrée en réa en fonction de l'âge (sous réserve que tout le monde y va avant décès, j'insiste pour les autres au cas où)
Sans vaccination et avec une contamination indépendante de l'âge, ça marche bien. Ce n'est évidement plus le cas (en tous cas ça le sera de moins en moins, au moins grâce aux vaccins).

Remarque, c'est plutôt rassurant : je ne vois pas comment la vaccination pourrait avoir un effet important sur les hospitalisations début février, correspondant à des infections entre mi- et fin janvier, alors que seule une minorité des 75+ avaient reçu leur première dose (essentiellement des résidents d'EHPAD, dont seulement un tiers des cas graves sont hospitalisés, puisque deux sur trois décèdent dans leur établissement) et quasiment aucun la deuxième.
Donc a priori ça ne peut que s'améliorer. Mais ça n'aura qu'un effet limité sur le nombre total d'admissions en réa, puisque les trois-quarts de celles-ci concernent les 45-74 ans. En revanche ça aura un impact important sur la létalité.

Première injection ça donne toujours un peu d'immunité. Mais effectivement on est encore dans l'épaisseur du trait...

[yves95210]

Alors une méthode : on regarde le taux de mortalité en fonction de l'âge (l'IFR dépend de l'âge) et la proba de décès en sortie de réa. On divise l'un par l'autre et on obtient la probabilité d'entrée en réa en fonction de l'âge (sous réserve que tout le monde y va avant décès, j'insiste pour les autres au cas où)

Sauf qu'une proba supérieure à 1 ça n'existe pas
Pour les 80+ (selon l'étude datant de la première vague), l'IFR (hors EHPAD) est de 8,3% alors que la proba d'entrée en réa est de 5,6%. Il faudrait que la proba de décès en réa soit de 1,5 pour arriver à ce résultat. Peut-être que le calcul fonctionne à condition de ne pas limiter ce facteur à 1, mais évitons de l'appeler "proba"...

[obi76]

Sauf qu'une proba supérieure à 1 ça n'existe pas

La proba de décès en sortie de réa c'était 56 %. L'IFR divisé par 0.56 n'a jamais dépassé 1... (l'intégrale de l'IFR(age) * proportion de personne par age = 0.64 %, la mortalité initiale quoi). 0.64 % / 0.56 ça donne la proba de finir en réa, et ça fait pas 1, loin de là

[yves95210]

Bonjour,

ben justement : à ce jour pas ce qu'on observe...

Du coup 2 solutions :
- l'effet n'est pas encore perceptible mais ça va venir (et là la crainte serait justifiée)
- le R(t) plus élevé est au moins en partie dû à du comportemental (le R(t) en France de ce variant étant considéré comme le même que celui mesuré en Angleterre, ce qui n'est pas forcément vrai, par exemple parce qu'il me semble que lors de cette mesure les pubs étaient ouverts en Angleterre, ou parce que les gestes barrières sont plus ou moins bien respectés en moyenne, par exemple)

On n'observe toujours pas d'effet du variant anglais sur le R(t) moyen (qui reste ~0,9), alors qu'il doit maintenant représenter pas loin de la moitié des infections au niveau national (36% il y a quelques jours) et beaucoup plus localement.
J'ai effectivement vu que certains spécialistes commencent à douter de l'estimation d'une transmissibilité 40 à 70% plus élevée.

En revanche selon une nouvelle étude, la durée d'infection serait plus élevée et donc probablement aussi celle durant laquelle un patient est contagieux, mais le pic concentration virale ne serait pas plus élevé qu'avec le variant historique. A probabilité égale qu'un patient infecté contamine un contact, si la durée de contagiosité est supérieure ça devrait aussi contribuer à augmenter la transmissibilité.
Mais les mesures limitant le nombre de contacts à risque (en particulier l'isolement des patients dès les premiers symptômes, limitant la durée pendant laquelle ils risquent de contaminer d'autres personnes; mais aussi, plus généralement, la limitation des interactions sociales) auraient un effet plus important sur la circulation du nouveau variant que sur celle du variant historique, ce qui pourrait expliquer la différence de dynamique de l'épidémie entre l'Angleterre (où les mesures de contrôle de l'épidémie étaient moins strictes) et la France (sous couvre-feu).
Sauf que, dans ce cas, je ne vois pas ce qui permet que la part du nouveau variant augmente aussi vite.

Une idée ?

[obi76]

On n'observe toujours pas d'effet du variant anglais sur le R(t) moyen (qui reste ~0,9), alors qu'il doit maintenant représenter pas loin de la moitié des infections au niveau national (36% il y a quelques jours) et beaucoup plus localement.
J'ai effectivement vu que certains spécialistes commencent à douter de l'estimation d'une transmissibilité 40 à 70% plus élevée.

Par contre vers Dunkerque ça a vraiment explosé (90% de variants il me semble)... Il y a quand même des choses difficilement compréhensibles.

[ba2175]

- Si j'ai bien compris, avec ces mutations, le virus est de plus en plus puissant et se renforce de jour en jour. C'est ça?

- Est ce qu'avec ces variants, est il possible qu'on reste à 10 000 cas par jours même en été qu'on passse avec des restrictions plus sévères qu'en 2020? Est il possible qu'on reste en couvre feu à cette période là? Surtout si on a pas confiné avant

- Est ce qu'au niveau des doses de vaccins, va on arriver à un rythme qui peut permettre de vacciner suffisament pour calmer l'épidémie pour l'été? Ou est ce qu'on doit partir du principe qu'on ait que les versions 1 des vaccins Pfizer, Moderna et Astra et d'autres vaccins mais qu'on ne les a au compte goutte comme actuellement? A t'on une projection sur les doses que peuvent fournir les labos à la France ? Est ce qu'il y a des risques qu'on ait que 1 millions de vaccinés par mois et qu'on ne pourra pas atteindre plus, surtout pour les vaccins arn ?

- Y a il des risques que le variant sud africain sera majoritaire (plus que le britannique)?
- Est ce que les pfizer et Moderna ont déjà commencé à créer leurs versions 2 du vaccin afin que s'il s'avère que leur vaccin V1 ne marche pas contre le variant Sud Africain, on ne perd pas de temps, on sort la version 2 tout de suite? Sinon, comment Pfizer peut rattraper son retard?
- Est ce que Pfizer et Moderna pourraient à terme être prets à fournir un vaccin à tout un continent? Surtout s'il s'avère que les vacci s Astra sont mois efficaces qu'eux?

- Est ce qu'il pourrait avoir un variant qui peut resister aux méthodes de confinement actuel qui nous ferait passer à l'Etat de Siège Sanitaire? Le régime au dessus de l'état d'Urgence Sanitaire qui pourrait nous confiner plus sévèrement qu'en Mars avec l'assignation à domicile sans sortir comme à Wuhan?

A mon avis, vu que le virus est de plus en plus puissisant, j'ai du mal à croire qu'après, il puisse perdre de sa virulence.

[invite7a0a8d2e]

C'est peut-être tout simplement que :
1. C'est le virus "anglais", qui est probablement adapté à la météorologie du royaume unis.
Et
2. Le temps a un effet plus important qu'on ne le pense sur la propagation du virus (au moins pour celui-là).

[Gyrocompas]

Bjr,
''Par contre vers Dunkerque ça a vraiment explosé (90% de variants il me semble)... Il y a quand même des choses difficilement compréhensibles.''

Il se dit que le carnaval officiel étant interdit, des réunions privées ont quand même eu lieu.

Idem en Martinique, des centaines de personnes ne respectant aucunes des consignes de base.
A suivre.

[yves95210]

- Si j'ai bien compris, avec ces mutations, le virus est de plus en plus puissant et se renforce de jour en jour. C'est ça?

il faudrait traduire "plus puissant" et "se renforce" en langage scientifique.
Si par "plus puissant" tu veux dire qu'il provoque plus de cas graves ou de décès, a priori ce n'est pas le cas avec les variants identifiés.
Les variants qui prennent le dessus sont ceux qui possèdent un avantage évolutif. Le fait de tuer les personnes infectées n'en est en général pas un; en revanche, le fait d'être plus transmissible et donc (en l'absence de mesures adaptées) de pouvoir contaminer plus de personnes dans un même intervalle de temps permet à certains variants de devenir prédominants, comme actuellement le variant anglais.

Mais, pour répondre à ta question suivante :

- Est ce qu'avec ces variants, est il possible qu'on reste à 10 000 cas par jours même en été qu'on passse avec des restrictions plus sévères qu'en 2020? Est il possible qu'on reste en couvre feu à cette période là? Surtout si on a pas confiné avant

Selon l'étude que j'ai citée, le variant anglais serait plus transmissible non pas parce qu'il se multiplie plus dans l'organisme d'un patient infecté (et produit une charge virale plus importante) mais plutôt parce que les personnes infectées par ce variant restent contagieuses plus longtemps (mettent plus de temps à éliminer le virus).

Si ça se confirme, certaines mesures peuvent être adaptées (par exemple, comme cela a déjà été annoncé, la durée d'isolement préconisée pour les cas confirmés passe à 10 jours au lieu de 7) sans forcément nécessiter de restrictions plus sévères pour l'ensemble de la population. Mais pour que ça suffise, il faudrait que tout le monde joue le jeu et s'isole dès la moindre suspicion d'infection ou de contact à risque avec une personne infectée, en attendant le résultat du test - et reste bien sûr isolé pour la durée préconisée en cas de résultat positif, se refasse tester à la fin de cette durée et ne rompe l'isolement qu'après un test négatif.

Au fond, rien de changé sous le soleil : si tout le monde jouait le jeu des mesures barrière, suivait les recommandations de limiter le nombre de ses contacts, en particulier dans des occasions où le port du masque est impossible (repas...), de s'isoler et se faire tester en cas de suspicion de Covid, etc., on n'aurait probablement pas besoin d'imposer des contraintes plus lourdes à l'ensemble de la population.

Donc, oui, le couvre-feu (et le télétravail le plus généralisé possible) pourrait suffire puisque son but est essentiellement de limiter le nombre de contacts sociaux, mais à condition que les autres mesures (dont la plupart ne peuvent pas donner lieu à un contrôle strict de la part des autorités) soient elles aussi respectées.

- Est ce qu'au niveau des doses de vaccins, va on arriver à un rythme qui peut permettre de vacciner suffisament pour calmer l'épidémie pour l'été? Ou est ce qu'on doit partir du principe qu'on ait que les versions 1 des vaccins Pfizer, Moderna et Astra et d'autres vaccins mais qu'on ne les a au compte goutte comme actuellement? A t'on une projection sur les doses que peuvent fournir les labos à la France ? Est ce qu'il y a des risques qu'on ait que 1 millions de vaccinés par mois et qu'on ne pourra pas atteindre plus, surtout pour les vaccins arn ?

Oui il y a des prévisions de livraisons des différents labos, étalées sur toute l'année (et allant bien au-delà du nombre de doses nécessaire pour vacciner toute la population, qui devrait être atteint au début de l'automne).
Mais dans un premier temps, l'essentiel est de vacciner les personnes les plus vulnérables (âgées ou souffrant de diverses pathologies les prédisposant à des formes graves du Covid). Quand la grande majorité des plus de 65 ans et des personnes plus jeunes mais à risque auront été vaccinées, l'épidémie prendra un autre aspect : le nombre de cas pourra être bien plus élevé sans que les nombres de lits de réa occupés ou de décès explosent. Et pour ça, normalement, on devrait disposer du nombre nécessaire au premier semestre, avec une augmentation du rythme des livraisons à partir de mars.

- Y a il des risques que le variant sud africain sera majoritaire (plus que le britannique)?

On n'en sait encore rien. C'est possible car il échappe partiellement à la réponse immunitaire acquise suite à une première infection et probablement à celle procurée par les vaccins, et favorise donc les réinfections ou les infections de personnes vaccinées. Il pourrait donc toucher une plus grande partie de la population, ce qui constitue évidemment un avantage évolutif par rapport au variant britannique.
Actuellement près de 20% de la population française ont déjà été infectés, ça pourrait être entre 25 et 30% au début de l'été, plus autant de vaccinés, ce qui au total devrait permettre de diviser par 2 le taux de reproduction par rapport à sa valeur initiale Ro dans une population entièrement "naïve" (susceptible d'être infectée). Mais cela ne vaut que pour le(s) variant(s) historique(s) ou le variant britannique; le variant sud-africain (ou le brésilien) pourraient alors devenir prédominants.

- Est ce que les pfizer et Moderna ont déjà commencé à créer leurs versions 2 du vaccin afin que s'il s'avère que leur vaccin V1 ne marche pas contre le variant Sud Africain, on ne perd pas de temps, on sort la version 2 tout de suite? Sinon, comment Pfizer peut rattraper son retard?

A ma connaissance ils ont seulement annoncé être capables de le faire en 6 semaines. Mais je suppose qu'avant cela ils font des essais pour mesurer l'efficacité des vaccins actuels contre les variants. Et les essais vont d'ailleurs se faire grandeur nature puisque des dizaines de millions de personnes ont été vaccinées dans le monde. Donc on devrait rapidement avoir des données plus précises concernant cette efficacité.

- Est ce que Pfizer et Moderna pourraient à terme être prets à fournir un vaccin à tout un continent? Surtout s'il s'avère que les vacci s Astra sont mois efficaces qu'eux?

Pas forcément tout seuls. Mais (poussés par les Etats ?), d'autres labos pourraient prendre le relai en utilisant leur capacité de production pour fournir des vaccins qu'ils n'ont pas développés eux-mêmes. Mais là on rentre dans une problématique qui n'a plus rien de scientifique...