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Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?



  1. #1
    zyket

    Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?


    ------

    Bonjour,

    en marge d'une discussion sur un article de O. Lovejoy à propos du réexamen des origines de l'homme à la lumière de Ardipithecus ramidus, je viens vous faire part d'une réflexion qui me chagrine depuis quelques temps.

    Quand on parle d'évolution on est amené à utiliser le concept de Dernier Ancêtre Commun (DAC) qui semble correspondre à la traduction de Last Common Ancestor.

    La terminologie Dernier Ancêtre Commun m'a toujours paru mal adaptée. En effet le DAC de deux espèces, A et B par exemple, correspond à un organisme (hypothétique ?) qui correspond à l'ancêtre le plus récent commun à ces deux espèces, nommons le C. Or si je parcours l'arbre phylogénétique en partant à la recherche des ascendants d'une des deux espèces A ou B, cet organisme (le DAC) sera le Premier ancêtre commun à ces deux espèces rencontré sur ce parcours. Si je continue mon parcours à la recherche des ancêtres je rencontrerais l'ancêtre de C, ce sera le deuxième ancêtre commun à A et B et ainsi de suite jusqu'à LUCA, the Last Universal Common Ancestor qui lui même avait une maman, qui elle même avait une maman et ainsi de suite jusqu'à l'un des premiers organismes vivants.

    Cet organisme (le DAC) serait le dernier si je partais d'un ancêtre à C, et pour peu que cet ancêtre soit assez ancestral, je pourrais rencontrer une multitude de descendants consécutifs menant à C. Tous ces organismes ancêtres de C et menant à lui sont aussi des ancêtres de A et B. Ce sont donc des ancêtres communs à A et B, mais ni les derniers ni les premiers. Seul C serait le dernier, si je partais d'un ancêtre à C.

    Les termes "dernier ancêtre", "premier ancêtre" dépendent donc du sens dans lequel on parcourt l'arbre phylogénétique. Il me semble que le sens de parcours qui permet de ne pas se perdre consiste à prendre comme point de départ un organisme et de chercher ses ancêtres. En partant de l'organisme A il n'y a qu'un seul chemin pour chercher ses ancêtres. Et on finit immanquablement par rencontrer l'organisme C et par la suite ses ancêtres : nous n'avons tous qu'une seule mère.

    Par contre en partant d'un organisme et en explorant l'arbre phylogénétique à la recherche de ses descendants je risque de me perdre. Si je pars d'un ancêtre à C, il existe bien un seul chemin menant à A et passant par C, mais comme une mère peut avoir plusieurs enfants, je peux très bien prendre un chemin passant par un descendant qui n'est pas un ancêtre de A et ne jamais rencontrer C, et à fortiori ne pas arriver sur A.

    Peut-on imaginer que ce terme de Dernier Ancêtre Commun vienne de la traduction approximative de Last Common Ancestor ? Dans cette expression anglophone "last" a été traduit par "dernier". Mais de quel "dernier" parle-t-on ? Je pense qu'on parle de celui qu'on utilise dans l'expression : "Jeudi dernier, je suis allé à la piscine". C'est à dire le jeudi passé le plus récent. Celui que l'on rencontrerait en premier si on remontait le temps.
    Ce "dernier" n'a rien à voir avec celui de :"Je vais à la piscine le dernier jeudi de ce mois". Or dans l'expression "le dernier ancêtre commun" c'est la valeur du "dernier jeudi de ce mois" que je perçois. Le fait de placer l'adjectif "dernier" avant ou après le nom en change totalement le sens.

    Pour ma part, puisque je préfère découvrir une lignée phylogénétique en partant à la recherche des ascendants, j'utilise volontiers l'expression de "ancêtre commun le plus récent" que je vais de ce pas proposer à l'Académie des Sciences sous l'acronyme breveté ACPR.

    Mise à part cette plaisanterie et toutes ces possibles élucubrations, quelqu'un a-t-il une idée de la date de la première utilisation de cette expression tant en français (DAC) qu'en anglais (LCA) ?

    Merci.

    -----

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  3. #2
    Xoxopixo

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    bonjour,

    The last one, c'est le dernier en date.
    Donc le premier en partant de maintenant.
    http://www.linguee.fr/anglais-franca.../last+one.html

    Donc on admet de maniere phylogenetique qu'il y a eu une descendance. pour être précis, qui a divergé depuis l'ancetre de la branche en cours.
    Les deux nouvelles branches en cours peuvent être distinguées. Par les fossiles ou par l'ADN si possible.
    Mais c'est le cladisme qui produit une espece. L'interfecondité éffective d'un nouveau clade.
    Citation Envoyé par Wikipedia
    Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parentés entre des entités supposées avoir un ancêtre commun. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer. L'arbre peut être enraciné ou pas, selon qu'on est parvenu à identifier l'ancêtre commun à toutes les feuilles. Charles Darwin fut un des premiers scientifiques à proposer une histoire des espèces représentée sous la forme d'un arbre, voir Arbre évolutionnaire.
    http://fr.wikipedia.org/wiki/Arbre_p...A9n%C3%A9tique

    Mais cette notion d'interfecondité n'est pas necessairement brutale, ce qui rend difficile l'appreciation de la part genetique des groupes de population, des population alleliques, il n'y a pas qu'un seul ADN en cause.

    Repartir avec une seule partie des genes d'une population, soit l'equivalent d'1 à 2 copies au mieux pour des organismes complexes, c'est impossible.
    A moins d'être homozygote, et pourtant "mutant"
    http://fr.wikipedia.org/wiki/Homozygote

    Ne considerer qu'un seul couple, comme etant le descendant d'une fraterie au pire. Cela revient à produire multes malformations. Et diminue donc grandement la capacité de survie.

    Il m'avait d'ailleur à ce sujet semblé entendre qu'il fallait un certain taux de regeneration allelique dans une population sous peine de disparition pure et simple. Maladies etc.
    Dernière modification par Xoxopixo ; 29/04/2011 à 01h58.

  4. #3
    Amanuensis

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Il y a une subtilité importante, bien décrite dans des textes scientifiques, mais rarement dans la vulgarisation.

    Si je cherche le plus ancien ancêtre commun à deux espèces c'est à l'origine de la vie

    Donc le "premier ancêtre commun" vu comme cela n'a pas d'utilité.

    La notion de premier ancêtre commun que décrit Zyket est autre chose, et fait intervenir trois groupes (trois clades). Notons les A, B, C, avec B groupe soeur de C, et A groupe soeur de B union C. Je me limite à trois groupes actuels.

    Si on suit la lignée menant à un individu α actuel de C, en partant du présent, on trouve :

    - des membres de C non ancêtres de B;
    - un individu ancêtre de B et C (notons le β)
    - des ancêtres de β qui ne sont pas ancêtres de A
    - un individu ancêtre de β dont la mère est ancêtre de A, notons la γ
    - un individu ancêtre de A+B+C, la mère de γ

    Toute la lignée qui va de β à γ, celles-ci incluses, sont des "ancêtres communs à B et C qui ne sont pas ancêtres de A". On appelle en anglais cette lignée la 'stem' (tige, tronc) de B+C, et on appelle 'crown' (couronne, au sens couronne d'un arbre) de B+C les descendants de β (et il y là encore une ambiguïté, 'crown' pourrait être l'ensemble des individus actuels de B+C, les feuilles).

    Le dernier ancêtre commun à un individu actuel de B et un individu actuel de C réfère en toute rigueur à β. Ses descendants (actuels et éventuellement passés, selon) sont le 'crown group' de B+C. Les descendants (actuels et passés) de γ forment le 'stem group' de B+C.

    Quand on parle du 'dernier ancêtre commun de B+C', il y a ambiguïté. Non pas sur 'dernier', mais sur B+C. On ne sait pas s'il s'agit du 'crown group' ou du 'stem group'. Autrement dit, c'est soit β soit γ.

    Quand on ne s'occupe que d'espèces actuelles, la distinction entre le stem group et le crown group n'a pas d'utilité. Ce qui est dans le stem group et pas dans le crown group ne sont que des branches éteintes.

    Par contre, dès qu'on parle de fossiles, donc très souvent de branches éteintes, l'ambiguïté peut être gênante.

    En paléontologie humaine, l'ambiguïté est levée par l'usage. Le 'DAC' des hominines est bien celle à l'origine du stem group de homo sapiens, c'est à dire le plus ancien ancêtre de homo qui n'est pas un ancêtre de pan, d'une certaine manière le premier ancêtre commun aux hominines (que ce soit stem ou crown) qui n'est pas ancêtre de pan...

    Le dernier ancêtre commun de homo sapiens (qui forme à elle seule le crown group des hominines) serait l'individu à l'origine du crown group de l'espèce, en prenant comme groupe soeur le groupe éteint homo neanderthalensis.
    Dernière modification par Amanuensis ; 29/04/2011 à 07h39.

  5. #4
    invite986312212
    Invité

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    en génétique des populations, on raisonne effectivement "à l'envers" i.e. en remontant dans le temps. Ainsi, au lieu de parler de divergence entre deux populations, on parle plutôt de coalescence : quand les deux branches qu'on remonte jonctionnent. Pour le dernier ancêtre commun, le terme anglais est moins ambigu, c'est "most recent common ancestor" (MRCA pour les intimes)

  6. #5
    zyket

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Bonjour,

    merci à amanuensis que je sollicite derechef sur un point :


    Toute la lignée qui va de β à γ, celles-ci incluses, sont des "ancêtres communs à B et C qui ne sont pas ancêtres de A".
    Si je modifie par : "Toute la lignée qui va de β à γ, β inclus et γ exclus, sont des "ancêtres communs à B et C qui ne sont pas ancêtres de A".
    Suis-je dans l'erreur ? Puisque :

    - un individu ancêtre de β dont la mère est ancêtre de A, notons la γ
    γ est-il le DAC francophone ou MRCA anglophone entre A et B ? et par là même celui entre A et C ?

    Cordialement

    PS
    en pièce jointe mon interprétation graphique des propos d'amanuensis
    Fichiers attachés Fichiers attachés

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Amanuensis

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Citation Envoyé par zyket Voir le message
    PS
    en pièce jointe mon interprétation graphique des propos d'amanuensis
    Merci de l'effort, je dois avouer que c'est par flemme que je ne l'ai pas fait.

    (Je réfléchis au reste du message avant d'y répondre.)

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  10. #7
    Amanuensis

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Citation Envoyé par zyket Voir le message
    Si je modifie par : "Toute la lignée qui va de β à γ, β inclus et γ exclus, sont des "ancêtres communs à B et C qui ne sont pas ancêtres de A".
    C'est bien "inclus". La faute est mienne, en partie due à mon jeu sur les genres (je conçois les filiations d'abord de mère en fille, pour diverses raisons).

    - un individu ancêtre de β dont la mère est ancêtre de A, notons la γ
    voulait être compris comme

    "- un individu, que l'on va noter γ, ancêtre de β, non ancêtre de A et dont la mère est ancêtre de A"

    Au passage la restriction à mère peut être vue comme inutile ; mais c'est plus simple de raisonner uniquement sur les filiations mère/fille. En prenant toutes les filiations, faut parler de populations ancestrales, plus compliqué.
    Dernière modification par Amanuensis ; 29/04/2011 à 10h48.

  11. #8
    Amanuensis

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Autre caveat : ma présentation n'est valable que si on comprend "ancêtre" par "ancêtre materno-maternelle", c'est à dire en ne suivant que les filiations de mère en fille.

    Cela a l'énorme avantage qu'on peut parler d'individus : quand j'écris individu, ce n'est pas une figure de style pour "petite population", mais bien un être vivant bien particulier.

    Cela a un sens biologique clair : c'est la lignée des cellules, et non pas de l'ADN.

  12. #9
    quetzal

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    pourquoi pas "espèce source" au lieu de DAC, puisqu'il faut bien qu'il y en est une à la base..

  13. #10
    zyket

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    En pièce jointe ma nouvelle interprétation graphique des précisions d'amanuensis.

    Si cette représentation graphique illustre bien les propos d'amanuensis, je comprends qu'il existe donc des ancêtres
    singuliers à B et C :
    - l'individu β, ancêtre commun le plus récent à B et C
    - l'individu γ, fille de l'ancêtre commun le plus récent à A et ( B ou C)
    - l'individu "mère de γ", ancêtre de A, de B et de C

    En quoi l'individu γ d'amanuensis est-il intéressant ? Pourquoi l'insérer dans un arbre phylogénétique ? Je trouve la mère de γ bien plus intéressante puisque ancêtre commun le plus récent à A et ( B ou C).

    ???
    Fichiers attachés Fichiers attachés

  14. #11
    Amanuensis

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Citation Envoyé par zyket Voir le message
    En quoi l'individu γ d'amanuensis est-il intéressant ?
    Il est essentiel en paléontologie. C'est très exactement de l'ensemble des descendants du γ fille côté homo du DAC homo+pan dont il est question par exemple dans la page que j'ai citée sur l'autre fil, http://www.talkorigins.org/faqs/homs/species.html.

    Un clade incluant les espèces disparues se définit précisément comme γ et sa descendance exhaustive.

    Pour les espèces actuelles seules, on peut définir un clade par l'individu beta (presque...).
    Dernière modification par Amanuensis ; 29/04/2011 à 14h58.

  15. #12
    Amanuensis

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Même si l'anglais rend le lien plus difficile, l'article http://en.wikipedia.org/wiki/Crown_group explique tout cela en détails, et corrige au passage certaines de mes définitions (stem group paraît être plutôt les disparus descendants d'individus entre gamma compris et beta non compris).

    L'article insiste sur l'importance de bien distinguer les notions en paléontologie.

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  17. #13
    zyket

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Merci amanuensis,

    en précisant mon arbre (cf pièce jointe), j'ai réalisé qu'effectivement γ est essentiel si l'on s'intéresse aux espèces fossiles.
    Mais une nouvelle interrogation apparaît : β ne fait plus parti ni de la stem ni de la crown ! Le voilà tout seul, intégré dans aucun groupe si ce n'est la clade dont il paraît être au centre de toutes les préoccupations.

    Merci encore et je m'en vais de ce pas me pencher sur les liens proposés.

    Cordialement
    Fichiers attachés Fichiers attachés

  18. #14
    Amanuensis

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Citation Envoyé par zyket Voir le message
    Mais une nouvelle interrogation apparaît : β ne fait plus parti ni de la stem ni de la crown ! Le voilà tout seul, intégré dans aucun groupe si ce n'est la clade dont il paraît être au centre de toutes les préoccupations.
    Oui, mais je vais même plus loin. J'ai l'impression que la notion de dernier ancêtre commun (béta) a pris son importance dans des cercles qui s'intéressaient surtout à classer les espèces actuelles, et que le défaut de l'approche pour les paléontologues n'est apparue qu'après (dans le site anglais il est même dit que si l'idée de stem group était bien dans les textes des 1970 d'un des acteurs clé dans le domaine de la classification phylogénétique, W. Hennig, elle n'a vraiment été utilisée que dans les 2000).

    Avec recul, la position "gamma" est plus "riche" conceptuellement, la position beta a moins d'intérêt (trop contingente au présent, en fait).

    Dans le même genre, la notation homo/pan (ou même chez l'auteur où j'ai découvert cette notation des usages genre "Nixon/pan"(1)), plus généralement a/b où a et b peuvent désigner aussi bien un clade (une espèce ou un genre par exemple) ou un individu, et signifie "tous les descendants du plus ancien ancêtre à a et b qui n'est pas ancêtre de b" correspond explicitement à un "gamma". Et est bien moins ambiguë et moins difficile à mémoriser que "hominines", et résiste parfaitement aux traduction. Elle ne marche que pour les clades, et donc est plus limitée d'emploi que les noms de taxons (comme "genre homo", "hominines", "hominidés", "primates", etc.) qui peuvent désigner autre chose qu'un clade quand la phylogénie est mal établie.

    (1) Pas fichu de retrouver ce texte, il y avait des usages bien plus amusants.

  19. #15
    zyket

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Ma petite interprétation graphique de la notation a/b en pièce jointe.

    Où l'on voit que B/A est équivalente à C/A et serait équivalente à Ziket/chimpanzés en attribuant à la lettre A l'ensemble des chimpanzés et à B ou C n'importe quel homme actuel

    Une première remarque :

    la définition
    a/b="tous les descendants du plus ancien ancêtre à (a) et (b) qui n'est pas ancêtre de (b)"
    me semble entachée d'une incohérence. Si on parle du plus ancien ancêtre à (a) et (b), forcément ce plus ancien ancêtre est un ancêtre de (b) : il ne peut pas, ne pas être un ancêtre de (b).
    En reformulant cette définition en : a/b="tous les descendants du plus ancien ancêtre à (a) qui n'est pas ancêtre de (b)" , γ reste cet ancien ancêtre et ainsi a/b correspond bien à toute sa descendance. On remarquera tout de même que formulé sous cette forme γ n'est pas élément de a/b. (γ ne peut pas être son propre descendant)

    Une deuxième remarque :
    On voit aussi que B/A est équivalent à β/A

    Démonstration :
    En effet la définition,
    a/b="tous les descendants du plus ancien ancêtre à (a) qui n'est pas ancêtre de (b)"
    ,
    parle de tous les descendants.
    Dans mon exemple d'arbre, B/A est (une lignée, non, pas une lignée,) un ensemble d'individus dont γ est à l'origine. Or ''β/A = tous les descendants du plus ancien ancêtre à β et A qui n'est pas ancêtre de A'' et ''le plus ancien ancêtre à β et A qui n'est pas ancêtre de A'' est γ. Donc β/A est l'ensemble de tous les individus dont γ est à l'origine.

    Donc B/A =β/A

    De même B/A =γ/A . En fait B/A=(n'importe quel individu de l'ensemble B/A)/A

    Je sens que je viens d'inventer l'eau tiède.
    Fichiers attachés Fichiers attachés

  20. #16
    Amanuensis

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Citation Envoyé par zyket Voir le message
    la définition me semble entachée d'une incohérence.
    Oui, belle bourde de ma part

    En reformulant cette définition en : a/b="tous les descendants du plus ancien ancêtre à (a) qui n'est pas ancêtre de (b)"
    C'est bien ça.

    On remarquera tout de même que formulé sous cette forme γ n'est pas élément de a/b. (γ ne peut pas être son propre descendant)
    Oui, on doit pouvoir améliorer pour l'inclure. Problème typique du '0' dans le langage commun...

    Je sens que je viens d'inventer l'eau tiède.
    C'est toujours utile de "jouer" avec les concepts pour les apprivoiser.

  21. #17
    Amanuensis

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Citation Envoyé par zyket Voir le message
    en précisant mon arbre (cf pièce jointe)
    Je ne l'avais pas encore regardé (attente de l'autorisation...). C'est bien cela, cela capture bien les idées.

    Un petit complément peut être montré, ce sont des branches mortes qui partent quelque part du "stem" quelque part entre beta et gamma, elles sont dans le clade. En paléo elles sont d'ailleurs importantes, parce que nombre de fossiles y appartiennent, point pas toujours perçu (cf. le wiki anglais cité pour des exemples).

  22. #18
    zyket

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Un petit complément peut être montré, ce sont des branches mortes qui partent quelque part du "stem" quelque part entre beta et gamma, elles sont dans le clade.
    et aussi des branches mortes qui partent entre β et B ou C ?

    cf pièce jointe

    Situation, qui je crois, correspond à la situation actuellement admise pour le genre (le clade ? ) Homo, avec par ordre d'apparition (toujours d'après Au commencement était l'homme P. Picq Odile Jacob 2009 p 71) : Homo habilis et Homo rudolfensis (plus vieux fossiles vers -2,4 millions d'années); Homo ergaster (-2 Ma) ; Homo erectus (-1,5 Ma) ; Homo heidelbergensis (-0,8 Ma); Homo soloensis (-30 000 ans p166 ou -0,3 Ma comme le suggère la figure p71 ?); Homo neanderthalensis (-0,35 Ma); Homo sapiens (-0,2 Ma).
    P. Picq se gardant bien de proposer un quelconque arbre phylogénétique. Il nous propose une figure montrant :
    La position chronologique des hominidés. Les positions relatives des espèces fossiles les unes par rapport aux autres correspond(ant) aux relations d'ancêtres à descendants les plus probables, mais avec bien des incertitudes. p70

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  24. #19
    zyket

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    j'ai oublié la pièce jointe
    Fichiers attachés Fichiers attachés

  25. #20
    Cendres

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Citation Envoyé par zyket Voir le message
    Situation, qui je crois, correspond à la situation actuellement admise pour le genre (le clade ? ) Homo, avec par ordre d'apparition (toujours d'après Au commencement était l'homme P. Picq Odile Jacob 2009 p 71) : Homo habilis et Homo rudolfensis (plus vieux fossiles vers -2,4 millions d'années); Homo ergaster (-2 Ma) ; Homo erectus (-1,5 Ma) ; Homo heidelbergensis (-0,8 Ma); Homo soloensis (-30 000 ans p166 ou -0,3 Ma comme le suggère la figure p71 ?); Homo neanderthalensis (-0,35 Ma); Homo sapiens (-0,2 Ma).
    P. Picq se gardant bien de proposer un quelconque arbre phylogénétique. Il nous propose une figure montrant :
    A ce sujet, une autre figure: http://www.hominides.com/html/ancetres/ancetres.php
    N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)

  26. #21
    Amanuensis

    Re : Dernier Ancêtre Commun ? Pourquoi pas Premier Ancêtre Commun ?

    Citation Envoyé par zyket Voir le message
    et aussi des branches mortes qui partent entre β et B ou C ?
    Oui, mais celles-là peuvent se comprendre comme étant dans le triangle. Mais ça ne coûte pas grand chose de les montrer

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