la norme du gradient

[invite3be140b0]

comment on peux calculer la norme du gradient dans une image en 3D , la troisieme dimension c'est le nombre des coupes
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[yoda1234]

Rappel de la charte que tu as acceptée en t'inscrivant ici:

La courtoisie est de rigueur sur ce forum : pour une demande de renseignements bonjour et merci devraient être des automatismes.

Merci d"en tenir compte à l'avenir.

Pour la modération.

[bzh_nicolas]

Bonjour.
Qu'est-ce que tu appelles image 3D ? Tu parles de coupes donc je pense qu'il s'agit d'une superposition d'images mais j'aimerais en être sûr.
Quel est le format de ton image ? As-tu des données 3D dans ton format ou est-ce vraiment une simple superposition d'images classiques ?
Tu veux mesurer le gradient de quoi ? Dans la totalité de l'image (ensemble des coupes) ou séparément pour chaque coupe ?

[invite3be140b0]

bonjour
mon image est une image médicale de type IRM, et comme vous savez que l'image IRM est une image definie par des coupes, et chaque coupe est une image 2D.
alors je necessiterai à calculer le gradient de l'image et les dérivées partielles(premier ordre et seconde ordre) sur cette image

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite79d10163]

Bonjour image2010,

Je n'ai malheureusement pas terminé la lecture de l'article sur les filtres particulaires, j'ai pas trop de temps ces derniers jours....

Apparemment tu as de problèmes plus basique à résoudre. Alors pour le gradient, c'est très simple tu peux l'estimer soit:
- dans chaque coupe avec une convolution 2D (avec un filtre de Sobel par exemple)
- Soit directement en 3D, si les coupes ne sont pas trop espacés, toujours à l'aide d'une convolution 3D http://en.wikipedia.org/wiki/Sobel_operator

[invite3be140b0]

bONSOIR
écoute , oui j'ai quelque problème dans les notions basic mais le problème c'est que je connais que le gradient a été calculé par les dérivées partielles
attendez j'ai besoin de calculer méme les dérivées partielles afin de calculer l'opérateur géométrique MLvv c'est un opérateur exprimé en 2D par Florck, mais aprés il a été estimé par LeGaulher en 3D
à propos vous m'avez dit si les coupes ne sont pas trop séparés, comment je peux le connais?

[invite3be140b0]

pour n'oublie pas la formule de l'opérateur géométrique qui je vais calculer est
= (Uxx*(Uy*Uy+Uz*Uz) + Uyy*(Ux*Ux+Uz*Uz) + Uzz*(Ux*Ux+Uy*Uy) - 2*(Uxy*Ux*Uy + Uxz*Ux*Uz + Uyz*Uy*Uz))/(Ux*Ux+Uy*Uy+Uz*Uz)

where Ux, Uy, and Uz are first-order partial derivatives and Uxx, Uxy, Uxz, Uyy, Uyz, and Uzz are second-order partial derivatives of the intensity function
et

[invite3be140b0]

bonjour skydancer si vous avez disponible essayer de me répondre sur ma question qui concerne la méthode de calcule des dérivées partielles par la méthode de différences finie, tel que j'ai besoin de calaculer (les dérivées) sur l'image IRM, c.a.dire Ix,Iy,Iz qui sont les dérivées partielles de première ordre de point p(x,y,z) et les dérivées de seconde ordre Ixx,Iyy,Izz et les dérivées Ixy,Ixz,Iyz
j'ai besoin des formules sur chaque dérivée par la méthode de différence finie mais je vous indiqué que sur l'image IRM alors c'est pas une image 2D, et meme l'opérateur qui j'ai besoin de calculer c'est un opérateur définie en 3D.

[invite79d10163]

bonjour skydancer si vous avez disponible essayer de me répondre sur ma question qui concerne la méthode de calcule des dérivées partielles par la méthode de différences finie, tel que j'ai besoin de calaculer (les dérivées) sur l'image IRM, c.a.dire Ix,Iy,Iz qui sont les dérivées partielles de première ordre de point p(x,y,z) et les dérivées de seconde ordre Ixx,Iyy,Izz et les dérivées Ixy,Ixz,Iyz
j'ai besoin des formules sur chaque dérivée par la méthode de différence finie mais je vous indiqué que sur l'image IRM alors c'est pas une image 2D, et meme l'opérateur qui j'ai besoin de calculer c'est un opérateur définie en 3D.

Bonjour,
Pour le calcul des dérivées : http://en.wikipedia.org/wiki/Finite_difference

J'ai bien compris que l'image irm est 3D. Comme beaucoup d'image médicale, il est fort probable que la résolution de l'image ne soit pas isotrope. Souvent les images médicales 3D ont une résolution dans le plan supérieure à la résolution inter coupes. Lorsque tu calcule les dérivées, tu dois prendre en compte ce pas échantillonnage non isotrope.

[invite3be140b0]

alors qu'est doit faire dans ce cas la?

[invite3be140b0]

meme le lien que m'envoyer il contient les dérivées d'une fonction 2D seulement
j'ai trés intéressant par cette partie

[invite79d10163]

Et bien, comme indiqué dans les formules sur wikipedia, le pas d'échantillonage h n'est pas le même selon les dimensions.

[invite3be140b0]

j'ai fixé h=1 sa march comme ca

[invite3be140b0]

alors si je fixe h=1 pour la direction de x et pour y aussi je fixe h=1
mais reste en direction de z

[invite3be140b0]

skydancer merci pour votre remarque sur les dérivées , et vous avez terminé la lecture de l'article que je vous indiqué

[invite3be140b0]

skydanser si vous avez le temps explique moi comment je peux intégrer la bibliotheque mitk dans le Cvisuel

[invite3be140b0]

skydancer vous avez connaissez la méthode de contour actif?
par ce que j'ai besoin de connaitre si j'ai besoin d'intialiser un contour sur le cerveau est ce que je necessite d'un rendu 3D du cerveau

[yoda1234]

skydancer est sans doute très occupé, ce n'est pas la peine de le relancer ainsi.
À sa place cela aurait plutôt tendance a m'agacer au plus haut point.

[invite3be140b0]

bonjour
skydancer je vous demande de m'envoyer quelque liens sur des articles utilisent les filtre particulaires comme un moyen de segmentation des vaisseaux singuins et je sais que vous avez occupé ces jours, merci

[invite79d10163]

Salut imade,

Je n'ai toujours pas eu le temps de me plonger dans l'article mais voici quelques liens qui devraient t'occuper un moment:

Le plus ancien:
http://certis.enpc.fr/publications/p...05certis03.pdf

Puis ensuite:
http://www2.wiau.man.ac.uk/caws/Conf...nMIUAFinal.pdf

et un des plus récents:
http://perso.telecom-paristech.fr/~b...BI08_David.pdf

Bonne lecture

[invite3be140b0]

merci pour les documents skydancer, j'ai un probleme dans la méthode qui je l'implémentée, c'est une méthode basée sur les snakes, vous connaissez que l'IRM est une ensemble des coupes alors la visualization en 2.5D
mais quand j'ai besoin dune étape d'intialiser du snake(le snake peut occuper plusieur coupes) alors a partir de votre connaissance est ce que j'ai besoin d'un rendu 3D?
les images IRM qui j'ai manipulées sont téléchergées depuit le site BrainWeb

[invite79d10163]

Salut imade,

Je pense que c'est toujours mieux d'avoir un rendu 3D pour visualiser les images 3D et avoir une impression générale sur le résultat. Cependant pour vérifier la précison de la segmentation il faut quand même regarder coupe par coupe le résultat.

[invite3be140b0]

salut skydancer
et quand je fais un rendu 3D, les autres calcules doivent etre appliqués sur le rendu 3D ou bien sur l'image d'origine(les coupes)?

[invite79d10163]

Salut,

Je crois qu'on a un problème sur le vocabulaire. POur moi, le rendu 3D s'appelle en anglais "volume rendering". C'est une technique de visualisation.

Alors pour ta question, je réponds oui, le calcul doit être mené directement en 3D. Si tu le calcule coupe par coupe, sans liens, tu ne peux pas être assuré que le résultat est cohérent en 3D.

[invite3be140b0]

merci skydancer
écoute, oui le rendu 3D c'est une technique de visualisation, est ce que tu signifie que les calcules ne sont pas fait sur les coupes, ils sont fait sur le rendu 3D?

d'accord merci

[invite79d10163]

Je ne suis pas sur de comprendre ce que tu veux dire. En tout cas on ne fait pas de calcul sur le rendu 3D. C'est juste utilisé pour visualiser. On fait les calcul sur l'image, soit coupe par coupe, soit en considérant que ces directement un tableau 3D.

[invite3be140b0]

skydancer merci je comprends, mais j'ai une autre question.
mon méthode nécessite l'initialization d'un contour sur la trace externe des sillons
ce contour doit etre évoluer jusque la détection du fond des sillons par l'influence d'un ensemble des forces, alors je voudrais faire l'initialisation du contour automatiquement, cette initialisation faite par le calcul de l'opérateur MLvv et on prend des valeurs positives de cet opérateur.
mon probleme c'est que quand j'ai calculé l'opérateur MLvv, je tombe dans le que le MLvv a calculé sur toute l'image, alors comment je peut prend les points de MLvv positives mais en meme temps sont des points n'appartient que à la trace externe c'est à dire sans preds des points à l'intérieur?

[invite3be140b0]

bonjour skydancer
je voudrais calculer les dérivées partielles sur l'image IRM, mais vous connaissez que les dérivées nécessite que la fonction continue, et l'image IRM est une fonction discrète pour faire face à ce problème il faut utiliser une convolution entre l'image et la fonction gaussienne et ses dérivatifs. mais je ne trouve pas comment?