Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.
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Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.



  1. #1
    invitea5d6eedc

    Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.


    ------

    Bonjour,

    Je suis actuellement en stage et on m’a demandé de faire une étude rétrospective des données sur un test qu’ils réalisent. On m’a parlé d’analyse en composantes principales, de plan d’expériences, seulement je n’y connais rien du tout et je rame un peu. Une personne devait m’aider mais celle-ci étant en vacances, je me retrouve un peu toute seule.

    J’en appelle donc à votre aide, si quelqu’un sait la démarche à suivre pour m’aiguiller un peu dans ce projet.

    L’idée est d’étudier les différents paramètres pouvant influer sur les résultats, voir si tel ou tel paramètre à plus d’impact qu’un autre etc.
    J’ai donc dans un premier temps listé les paramètres influant et j’ai ensuite construit une base de données avec pour chaque manip les résultats et les paramètres.

    Et je me suis arrêtée là pour le moment.

    La personne qui m’aidait m’a montré rapidement le logiciel nemrodW pour la construction de plan d’expériences. J’ai fait quelques recherches sur le net mais je ne sais pas trop dans quel but je pourrais l’utiliser étant donné que mes expériences sont déjà réalisées.

    Par ailleurs, si quelqu’un pouvait m’expliquer (simplement !) ce qu’est une analyse en composantes principales.

    Merci d’avance !

    -----

  2. #2
    invite986312212
    Invité

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    bonjour, tu parles d'étude rétrospective des données et de plan d'expérience, c'est un peu contradictoire, puisqu'un plan d'expérience précède par définition la collecte des données.

  3. #3
    invitea5d6eedc

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    Bonjour,

    Oui c'est pour cela que je me demande à quoi me servirait le logiciel nemrodw puisque je possède déjà les données.

    Par contre je ne sais pas comment les traiter ou comment en dégager quelque chose...

  4. #4
    invite986312212
    Invité

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    Citation Envoyé par Poww Voir le message
    Par contre je ne sais pas comment les traiter ou comment en dégager quelque chose...
    mais là pour te conseiller il faudrait en savoir un peu plus, sur le problème et sur les données.

  5. A voir en vidéo sur Futura
  6. #5
    invitea5d6eedc

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    En fait j’ai les résultats des manips (on obtient un pourcentage de viabilité cellulaire) et avec ça j’ai les caractéristiques du système d'essai (il s’agit de peau : age, traitement, origine etc.), j'ai un tableau excel qui réuni toutes ces infos et j’aimerais pouvoir essayer de dégager quelque chose de tout ça, voir si on peut corréler certains paramètres. Mais je ne sais pas comment m'y prendre, si il y a des tests statistiques que je pourrais utiliser.

  7. #6
    invite986312212
    Invité

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    ok, donc j'essaie d'interpréter, tu me dis si je me trompe:
    tu as réalisé des expériences sur un certain nombre de cellules et ta réponse est un nombre de cellules survivantes?

    si c'est le cas tu devrais faire de la régression logistique. Je ne sais pas si c'est possible avec Excel, je ne connais pas ce logiciel. Mais c'est possible avec la plupart des logiciels de stats.

  8. #7
    invite6f25a1fe

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    ta fonction de sortie n'est donc pas continue c'est ca ?

    Dans le cas continue, une idée rapide et facile pour trouver les influences peut être de créer une équation analytique de ta réponse par une régression (donc ici plutôt régression logistique a priori) puis de calculer les indices de sensibilité des paramètres (cf. indices de Sobol). Pour ce faire, je passerais par un changement de variables en utilisant des polynômes orthogonaux. Cependant, je ne sais pas si c'est possible pour une sortie non continue (discrete)

    Pour ce qui est de la planification, j'ai également du mal à voir l'utilité ici, sauf si plus tard tu es amené à refaire des expériences pour obtenir les infos manquantes. Dans ce cas, tu pourras constuire un plan basé sur tes premières expériences qui optimisera le résultat.

  9. #8
    invitea5d6eedc

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    Citation Envoyé par ambrosio Voir le message
    ok, donc j'essaie d'interpréter, tu me dis si je me trompe:
    tu as réalisé des expériences sur un certain nombre de cellules et ta réponse est un nombre de cellules survivantes?

    si c'est le cas tu devrais faire de la régression logistique. Je ne sais pas si c'est possible avec Excel, je ne connais pas ce logiciel. Mais c'est possible avec la plupart des logiciels de stats.
    En fait les expériences sont réalisés à partir d'explants de peau et pas de cellules, et la viabilité obtenues par un test MTT

  10. #9
    invitea5d6eedc

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    Citation Envoyé par Scorp Voir le message
    ta fonction de sortie n'est donc pas continue c'est ca ?

    Dans le cas continue, une idée rapide et facile pour trouver les influences peut être de créer une équation analytique de ta réponse par une régression (donc ici plutôt régression logistique a priori) puis de calculer les indices de sensibilité des paramètres (cf. indices de Sobol). Pour ce faire, je passerais par un changement de variables en utilisant des polynômes orthogonaux. Cependant, je ne sais pas si c'est possible pour une sortie non continue (discrete)

    Pour ce qui est de la planification, j'ai également du mal à voir l'utilité ici, sauf si plus tard tu es amené à refaire des expériences pour obtenir les infos manquantes. Dans ce cas, tu pourras constuire un plan basé sur tes premières expériences qui optimisera le résultat.
    C'est quoi la fonction de sortie ?!
    Je suis désolée je suis vraiment une quiche en stat ^^

  11. #10
    invite986312212
    Invité

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    Citation Envoyé par Poww Voir le message
    En fait les expériences sont réalisés à partir d'explants de peau et pas de cellules, et la viabilité obtenues par un test MTT
    qu'est-ce que tu mesures au juste?

  12. #11
    invitea5d6eedc

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    une DO grace à un test MTT, qu'on converti ensuite en pourcentage de viabilité

  13. #12
    invite986312212
    Invité

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    oui mais DO et test MTT c'est du Chinois pour moi.

    Si tu ne peux pas expliquer en détail, ce que je veux savoir c'est: est-ce que ta mesure est numérique? (un nombre "réel") est-elle discrète? (un nombre entier) ou ordonnée (une classification comme "bas", "moyen","haut") ou même catégorique non ordonnée ?

  14. #13
    invitea5d6eedc

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    Citation Envoyé par ambrosio Voir le message
    oui mais DO et test MTT c'est du Chinois pour moi.

    Si tu ne peux pas expliquer en détail, ce que je veux savoir c'est: est-ce que ta mesure est numérique? (un nombre "réel") est-elle discrète? (un nombre entier) ou ordonnée (une classification comme "bas", "moyen","haut") ou même catégorique non ordonnée ?
    C'est une mesure numérique

  15. #14
    invite986312212
    Invité

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    en ce cas, pour relier cette mesure à d'autres variables enregistrées sur les mêmes expériences, tu vas faire une régression, c'est-à-dire choisir un modèle g(Y)=f(X,theta)+epsilon où Y est ta réponse (=mesure, et je pense que c'est ce que Scorp appelle fonction de sortie), g une fonction à choisir, X le vecteur des variables "explicatives", f une forme fonctionnelle que tu choisis, theta un vecteur de paramètres à estimer et epsilon les écarts au modèle.
    en général on prend g=identité ou g=log (si Y est une proportion, ce que j'ai cru comprendre)

    la forme la plus simple est la régression linéaire Y=theta*X+epsilon, c'est-à-dire g=identite et f fonction linéaire de theta.

    maintenant, cette démarche de modélisation, on ne peut pas la faire à ta place. il faudrait je pense que tu te procures un logiciel de stats, quoiqu'avec Excel je pense que tu peux faire de la régression linéaire.

  16. #15
    invitea5d6eedc

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    je suis en train de regarder quelques exemples sur internet avec excel mais si j'ai bien compris il faut que j'ai des valeurs numériques ?
    genre si pour un paramètre c'est oui ou non, mettre 1 et 0 ?

  17. #16
    invite986312212
    Invité

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    je ne connais pas Excel. franchement tu devrais te procurer un logiciel dédié aux stats.
    enfin, dans tous les cas, coder oui/non comme 0/1 ça marche. Ce qu'il ne faut pas faire, c'est coder numériquement une variable qualitative à plus de deux niveaux.

  18. #17
    invitea5d6eedc

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    Merci pour les réponses,

    j'ai regardé quelques tutoriels et je vais essayer de me lancer sur xlstats quand je pourrais avoir les droits d'accès.

    Une question, comment je fais pour les paramètres à plus de deux niveaux, pour les coder numériquement ?

  19. #18
    inviteae4072e1

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    Sinon logiciel R gratuit et très fourni : http://cran.r-project.org/

  20. #19
    invite986312212
    Invité

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    ça dépend du logiciel. Ce qui importe ce n'est pas tant le codage que la façon de traiter ces variables. Si tu as une variable qualitative à trois niveaux, tu peux les coder A,B,C ou 0,1,2 mais dans ce dernier cas, il ne faut pas laisser le logiciel penser que 1 est la moitié de 2. En général il y a un moyen de spécifier qu'une variable est qualitative (on dit aussi en Anglais "nominal"), sous R par exemple on en fait un "factor". Sous xlstat je ne sais pas.

  21. #20
    invitea5d6eedc

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    Bonjour c'est encore moi,

    j'ai commencé à traiter mes données et j'ai (normalement) réussi à faire un début d'analyse de corrélation des paramètres après avoir réduit et centré mes valeurs.

    Je voudrais calculer la somme des valeurs propres et des vecteurs propres mais je ne sais pas comment faire, help !

  22. #21
    invite986312212
    Invité

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    bonjour,

    j'avais compris que tu avais un problème de régression. Que viennent faire des vecteurs propres là dedans?

  23. #22
    invitea5d6eedc

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    Ben je regarde quelques tutoriels sur le net, là c’était pour des analyses en composantes principales.
    Et comme je cherche à savoir si des paramètres sont plus influents que d’autres ou si ils sont liés entre eux, je me suis dis que faire une analyse de corrélation entre les paramètres pouvait ne pas être une mauvaise idée.

  24. #23
    invite986312212
    Invité

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    si tu veux faire une analyse en composante principales, il te faut utiliser un logiciel adéquat. Ce logiciel te donnera les valeurs propres, que tu pourras toujours additionner (mais je ne sais pas pourquoi faire). La somme de vecteurs propres n'a pas d'intérêt.

  25. #24
    invitea5d6eedc

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    Merci, je vais voir ce que je peux faire.

    Ah ah ah je suis trop à la ramasse quand même.

  26. #25
    invite986312212
    Invité

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    attention au fait que ton ensemble de données résulte probablement d'un certain plan d'échantillonnage et que les corrélations que tu vas mesurer ne reflètent peut-être pas les corrélations entre variables dans la population échantillonnée.

  27. #26
    invitea5d6eedc

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    Euh c'est à dire ?

  28. #27
    invitea5d6eedc

    Re : Analyse des paramètres influant une expérience, ACP etc.

    Bonjour,

    si je n'arrive pas à avoir de résultats satisfaisant avec une analyse APC (seulement 55% d'inertie cumulée au 3ème axe), cela signifie quoi ?

    Quel autre type d'analyse je pourrais faire ?

    J'ai également tenté une ANCOVA mais pour l'interprétation c'est bof bof

    Merci d'avance!

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