Bonjour à tous
Je suis étudiant en Master 2 Dynamique des Ecosystèmes Aquatiques. Je réalise actuellement mon stage de fin en étude en Guyane Française, DOM particulièrement intéressant dans les domaines de la biologie et de l’écologie… !
Je poste ce mail car j’ai quelques interrogations concernant les biostatistiques et j’aimerais bénéficier d’avis et d’expériences extérieures afin de valider ma démarche.
L’objectif de mon stage consiste à mettre au point un protocole d’échantillonnage des invertébrés aquatiques basé sur les substrats artificiels dans le but d’élaborer un indice de qualité des eaux adapté à cette partie du globe.
J’ai notamment deux variables à déterminer : le nombre de substrats artificiels et la durée d’immersion optimums.
Après consultation de la bibliographie j’ai décidé de poser 8 substrats, soit 8 réplicats, et ce afin d’anticiper d’éventuelles pertes car 6 sont généralement recommandés dans le cadre d’une étude pilote. J’ai également testé 1,2 et 3semaines d’exposition.
Je me suis intéresser à deux paramètres pour déterminer ce nombre de substrats optimums : la diversité (le nombre de taxons) et l’abondance relative de chacun de ces taxons. Elliot (1977) considère que l’abondance relative et la diversité du nombre de substrat posés ne doivent pas différer de plus de 20% par rapport à celles des 8 substrats (dans mon cas); erreur estimée raisonnable pour les invertébrés benthiques.
J’ai donc calculé les abondances relatives et le nombre de taxons pour chacun des 8 substrats puis pour les 8 réplicats réunis. Je comptais effectuer un tirage aléatoire avec des groupes de 2,3,4,5 voire 6 substrats et regarder au bout de combien de substrat les valeurs obtenues rentrent dans cette plage des 20% du nombre total de taxons et de l’abondance relative. Je voulais déjà savoir si le raisonnement se tenait et vous paraissait cohérent.
Ensuite, j’avais quelques questions supplémentaires à vous poser :
1. Est-il possible d’effectuer un tirage aléatoire ou une AFCVI (je dispose de relevés physico-chimiques de mes stations d’échantillonnages) avec les logiciels StatBox 6.4 ou XLSTAT-Pro 6.1.9 sachant que je n’ai que de ces deux-là. Si oui, pourriez-vous m’indiquer la marche à suivre. Si cela n’est pas réalisable vous-est-il possible de m’indiquer comment faire un tirage aléatoire et une AFCVI sous le logiciel R
2. Dois-je nécessairement traiter ces deux variables que sont l’abondance relative et la diversité indépendamment. N’est-il pas possible, voire plus adapté, de les synthétiser en une seule super-variable comme un indice de diversité alpha type Shannon ou formule de Brillouin (1965) et d’effectuer ensuite la démarche décrite ci-dessus avec les valeurs de cette indice ? Car il est très probable que si je les traite indépendamment je n’arriverai pas au même nombre de substrats pour la diversité et pour l’abondance.
3. La démarche que j’ai décrite plus haut n’équivaudrait-elle pas à :
ü Considérer la diversité et l’abondance des 8 substrats réunis comme théorique.
ü Tirer aléatoirement à l’intérieur de ce jeu de 8 substrats un groupe de 2,3,4,5 voire 6 substrats.
ü Calculer l’abondance relative et la diversité du groupe et les considérer comme observées.
ü Comparer les valeurs observées et théoriques à l’aide d’un test statistique type Ki² en fixant le seuil de confiance alpha a 20%.
4. Sachant que je dois effectuer la même démarche pour le temps d’immersion des substrats (j’ai testé 1,2 et 3 semaines d’exposition) faut-il que la réalise avec les valeurs calculées pour l’ensemble des 8 substrats ou avec celles du nombre de substrats optimums préalablement déterminé
5. Enfin ultime et dernière question, existe-t-il un test statistique miracle qui me permettrait de déterminer la durée d’exposition et le nombre de substrat optimum directement sans passer par le tirage aléatoire et tout le reste en utilisant toujours comme variables réponses l’abondance relative et la diversité ???
Voilà je pense que j’en ai terminé avec tous mes problèmes et interrogations concernant les statistiques.
En vous remerciant par avance.
Cordialement
Clavier Simon
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