Thèse en bioinformatique : besoin de conseils

[curious]

Bonjour,

Je suis actuellement ingénieur en bioinformatique dans un CHU depuis le début de l'année et je suis en plein questionnement sur ma carrière à venir.
Depuis mon stage, j'ai fait principalement de le recherche et j'aimerais réaliser une thèse pour pouvoir publier des articles et devenir un spécialiste dans mon domaine (big data/ia appliqué à la médecine), mais en même temps j'ai peur de louper d'autres choix de carrière.
J'en ai discuté avec les médecins avec qui je travaille au CHU et ce serait possible de faire une thèse, toutefois après en avoir discuté avec eux, ils veulent vraiment me garder et j'ai peur qu'il fassent éterniser la thèse pour pouvoir me garder plus longtemps (un médecin me parlait de plus de 5 ans de thèses ! )

Mon projet sur le long terme est de travailler dans le privé (notamment industrie pharma) et la thèse est un véritable atout pour faire de la R&D dans ce secteur

J'aurais besoin de conseils, merci !
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[Brother95]

Une thèse c est 3ans.
Par exception 4
Jamais 5.
En sciences tout du moins.
Ton médecin n y connaît rien ou te racontes des cracks.
Pourquoi ne pas viser le privé de suite via un cifre ?
Quel est ton cursus ?

[xMeijex]

Brother, les thèses qui dépassent 3 ans ce n'est (malheureusement*) pas si rare. Y compris en sciences, particulièrement en sciences du vivant. Source : le rapport que j'ai récemment partagé https://hal.science/hal-04308895 cf Figure 17 par exemple

* malheureusement, car souvent associé à une mauvaise qualité d'encadrement, ou autre incident de parcours. Et parce que potentiellement une source d'insatisfaction (cf Figure 16 : 25% d'insatisfaits chez les inscrits en thèse depuis 60 mois ou plus). Ce n'est évidemment pas toujours "malheureux" (et ça peut même parfois s'expliquer par un heureux événement, alias congé maternité).

[curious]

Merci pour ta réponse !
Je suis partant pour un CIFRE dans l'industrie, mais compliqué de trouver. Je fais régulièrement des recherches sur la SFBI et Linkedin, si tu as des canaux, je suis ouvert. Par contre des thèses académiques il y en a à foison, mais je perdrais bcp de salaires.
J'ai fait un cursus d'ingénieur génie biologique spécialité bioinformatique (Polytech Nice Sophia).
Au cours de mes stages j'ai acquéri des compétences en stat et machine learning, j'ai déjà publié, ce qui me motive encore plus à faire de la recherche

[A voir en vidéo sur Futura]

[xMeijex]

Je fais régulièrement des recherches sur la SFBI et Linkedin, si tu as des canaux, je suis ouvert.

Pense à surveiller le site de l'ABG (intelliagence),c'est - je pense - le plus actif en offres de thèse

j'aimerais réaliser une thèse pour pouvoir publier des articles

j'ai déjà publié

faire de la recherche = publier des articles. On ne fait pas une thèse pour pouvoir publier. On a le droit de publier avant ou sans (tu en es la preuve), pendant, après... une thèse. En revanche, peut être que tu voulais dire "si j'étais inscrit en thèse, alors je me sentirais autorisé/légitime à consacrer du temps à rédiger, ce que je ne peux pas faire autant que je voudrais dans mon job actuel", c'est ça ?

[agitateur]

il y a la question du financement ( on ne parle pas ici d'une thèse de philo ou d'histoire non financée ), tout rallongement doit se justifier.
Il y a parfois le poste ATER pour maquiller le truc, mais bon.....
4 ans semble le max pratique en science. Ou disons souvent 3 ans et demi, mais c'est vrai trés exceptionnellement 36 mois pile poil.
Il existe aussi ( souvent ?? ) le fait de finir de rédiger et / qq manips finales APRES les 36 mois de financement. Mais l'esclavage n'est pas loin, sauf qu'il est plus ou moins consenti. Dans des cas que j'ai connu, c'est aussi parfois la véritable illustration du décalage de la R publique et de l'étudiant thésard avec le monde "réel" et ne pas prioriser une date de livrable à tenir?. Donc on "veut" toujours en rajouter, faire un poil plus, un poil mieux, etc...
Vaste débat.

[curious]

Oui, c'est ce que je voulais dire.
En fait les raisons pour lesquelles je veux faire une thèse sont :
1) Je suis passionné par l'ia et l'analyse des données appliqué à la santé
2) Les offres d'emploi qui m'intéressent demandent une thèse (lié à la première raison)
3) Pouvoir pousser la réflexion et légitimer ma recherche

[curious]

En fait, il n'y a pas de problème de financement d'après les conversations que j'ai eues avec les médecins, je resterai sur mon poste et ils me libéreraient du temps sur mon travail pour que je puisse faire la thèse (d'où le rallongement de 5 ans)
En même temps, je resterais sur les mêmes grilles qu'actuellement d'après ce que j'en ai discuté.

Je me pose surtout la question sur la visibilité de mon travail par rapport au monde privé, car je crois pas que ce soit courant de faire une thèse dans un hopital quand on est pas médecin!

[xMeijex]

A priori, sur la base de messages de curious, ça me semble être des raisons saines de faire une thèse, et les conditions semblent acceptables. Attention de bien se faire confirmer (par écrit) par l'école doctorale qu'ils accepteront une inscription en 5ème voire 6ème année de doctorat (certaines y sont très opposées).

[agitateur]

le lieu officiel ( ou réel à 100% ou à 10 % ) est assez secondaire.
J'espère que tout le monde est conscient qu'un hosto à des toubibs, des pharma, et des biologistes. Tout est imbriquée.

Par contre en terme de "lisibilité" il faut voir le rattachement de la thèse et son intitulé.

Si on prends la pharma ( pour changer de domaine sans aller trop loin ) il y a un énorme boulot d'évaluation clinique en milieu hospi. Tu fais pas une thèse en bio info dans un centre automobile non plus, hein.

Pour revenir au thème: il est primordial. La bio info c'est tout aussi large que la bio ( ou que l'info ). C'est le sous sous domaine de ton activité qui va tes spécialiser, te coller une étiquette. A toi de voir si ce sous domaine te semble porteur en offre par la suite ou pas. Travailler sur la modélisation 3D de protéine, ce n'est pas du traitement de data en épidémio ( c'est juste 2 exemples qui me viennent ). Avoir fait une thèse sur le premier thème ne sera certainement pas suffisant en pré requis pour un poste qui porte sur le 2eme thème.

[agitateur]

En fait, il n'y a pas de problème de financement d'après les conversations que j'ai eues avec les médecins, je resterai sur mon poste et ils me libéreraient du temps sur mon travail pour que je puisse faire la thèse (d'où le rallongement de 5 ans)

Ce sera mieux quand tu aura un contrat sous les yeux

[curious]

Merci encore pour vos réponses intéressantes !

Le sujet serait très vaste autour de la "médecine personnalisée".
Mais il va y avoir une réflexion approfondie avec les médecins pour affiner le sujet.
Actuellement je fais de l'épidémio (biostatistiques), mais je m'occupe aussi au déploiement et à la bibliographie sur des pipelines bioinformatiques (génomiques, métagénomiques principalement).
Je vais travailler sur des études cliniques en microbio et cancérologie : identification de biomarqueurs, et résistance aux antibiotiques au niveau du microbiote intestinal, donc très intéressant.
En fait le but est de combiner ces techniques bioinfo pour apporter une carte global du patient et apporter un traitement adapté, car tous les patients ne répondent pas pareil à un antibiotique ou à une chimio (d'où médecine personnalisée).
Je pense globalement que ce sera une thèse très enrichissante en combinant toutes ces compétences.

[xMeijex]

Ca fait plaisir de lire quelqu'un d'enthousiaste, et évidemment il vaut mieux être passionné qu'y aller à reculons. Je ne veux pas doucher ton enthousiasme, mais j'attire juste ton attention sur le fait que (dans mon expérience, et dans les stats, cf rapport dont j'ai donné le lien) une thèse longue... c'est long Ou, autrement dit, une source potentielle de frustrations, de découragements, au moins passagers, bref de "hauts et de bas". Et c'est souvent le cas des thèses "salariées", au sens de ce à quoi tu réfléchis, quand on fait son job normal et sa thèse en même temps, pour le même employeur. Ca peut très bien se passer au final, surtout quand on s'est lancé pour de bonnes raisons et que les bonnes conditions sont réunies, mais réfléchis quand même bien à ce coté "engagement sur la durée" avant de te lancer.

[grivali]

2) Les offres d'emploi qui m'intéressent demandent une thèse (lié à la première raison)

Avez vous candidaté à ces offres qui vous intéressent ? Il arrive que les fiches de poste soient beaucoup plus exigeantes que le vivier de candidats disponible en réalité.


Parce que là on a l'impression que vous avez en fait déjà les compétences, puisque ça correspond plus ou moins à votre activité actuelle, et que le doctorat serait surtout un plus formel.

Vous pouvez faire de la recherche et cosigner des publis (j'espère que c'est déjà le cas si vous apportez une contribution significative) sans avoir de doctorat.

Et effectivement si votre projet est de partir dans le privé on peut se demander si votre labo actuel va supporter votre effort de façon constructive.

[agitateur]

je pense qu'il faudrait commencer par mieux analyser les causes de ta non capacité à avoir d'autres postes que tu sembles convoiter.
Peut être qu'un PhD n'est pas une réponse juste, ou pas assez suffisante. Si tu as une thèse qui ressemble à une aide au diagnostic, ça n'intéressera que ceux qui travaillent sur le sujet.

Aprés ta première expé en cours et une thèse en CHU, tu aura bien remarqué à quel point ton profil sera marqué public. Ce n'est pas une maladie, mais certains recruteurs laisseront passer le CV vers la corbeille même s'ils ne le diront pas et l'écriront encore moins. Chacun sait que dans le public il y a plein de grévistes, ils ne savent pas tenir un livrable ni tenir un budget

[Brother95]

Derrière l hôpital je suppose qu il y a une structure universitaire.
C est pas l hôpital qui délivre le doctorat…

Je comprends mieux l histoire des 5ans.
En 2020 la durée d un doctorat en sciences exactes ne dépassait pas 4ans a 94%
C est effectivement plus long en moyenne en sciences du vivant.

Que je comprenne l intérêt du deal.
Curious, tu gardes ton job actuel (mieux payé qu un doctorant ?) mais tu cours 2 lièvres à la fois.
Ou au contraire, tu continues le même job, mais tu es moins payé.
Le partage de valeur ajoutée est à clarifier.
Le départ vers le privé n est pas forcément fermé post doc. Mais tu n as pas intérêt à le crier sur les toits.

Tu as pensé à l étranger ?

5ans… faut tenir la distance.
Si tu es motivé why not.

[Brother95]

Si on fait 2 postulats :
1) ton activité pro et ton travail de thèse seront disjoints
2) pour produire ta thèse, tu devras délivrer un travail identique à celui que tu aurais délivré à temps plein sur 2ans

Tu devras travailler à ta thèse 3jours par semaine.

Pour compléter l équation économique, tu dois considérer 2 aspects :
1) ton salaire sera t il revalorisable au cours des 5 prochaines années. Point à contractualiser.
Et plus encore en période d inflation.

2) par rapport à une thèse classique voire cifre (c est un peu mieux payé mais pas mirobolant).
Qui durerait 3ans Quel jump est nécessaire sur les années 4 et 5 pour que tu t y retrouves.

Sous un autre angle j ai l impression que pour la partie bio, tu auras bcp de matières et bcp de support.
Quid de la partie info/stat ?
Penses tu avoir des progrès à réaliser dans le domaine en recourant aux modèles les plus récents où vas tu te positionner principalement sur l application de modèles déjà maîtrisés a des sujets biologiques nouveaux ?

[agitateur]

Bonne question sur les dernières lignes, faudrait pas que ce soit un CDD standard déguisé, une mission. Une thèse a pour but d'aller à la limite de la connaissance, donc soit c'est en info soit c'est sur le domaine santé, mais il en faut un.

Pour tout dire, cette histoire de 5 ans "t'inquiètes tout va bien" en part time avec un job ( mais en full time enfin on sait pas trop...), c'est un montage que je trouve bancal et curieux.

[grivali]

Je ne connais pas les CHU, mais dans d'autres domaines la préparation d'un doctorat sur le temps de travail peut se faire, notamment pour permettre une progression de carrière (passage IE -> IR). La personne garde son statut et son salaire d'IE. C'est peut être ce que le labo a en tête ? Attention dans ce cas le statut et les missions restent identiques après l'obtention du doctorat.

Encore une fois, j'ai des doutes sur le fait que l'opération soit intéressante si le projet de carrière est de passer dans le privé.

[Brother95]

Instructif mais comme profane je reste sur ma faim.
Progression de carrière ou statu(t) quo.
Cela paraît contradictoire.

Idem sur le 2nd volet.
Aucun marché des phd dans les grands labo suisses, allemands… ?
Ou est ce que c est le thème de la médecine personnalisée qui ne peut se déployer que dans le secteur public ?

[grivali]

Instructif mais comme profane je reste sur ma faim.
Progression de carrière ou statu(t) quo.
Cela paraît contradictoire.

Je précise : l'IE prépare une thèse dans le cadre de son travail habituel et de son poste d'IE, avec éventuellement un aménagement - et des heures à rallonge.
Le doctorat obtenu lui permet d'espérer passer au grade d'IR (meilleure grille). La nature du poste ne change pas, ou éventuellement préalablement (par exemple être responsable d'un équipement aidera à obtenir la promotion, mais la responsabilité interviendra avant la promotion).



Mais je ne sais pas si ça se pratique dans les CHU, ni même si curious est effectivement IE titulaire.


Je connais pas le marché des PhD dans le domaine. Je dis que ça vaudrait le coup de candidater en l'état sur les postes qui l'intéressent.

[Brother95]

Au posteur :
Si tu fais une thèse à l étranger tu seras mieux payé mais ce sera sans doute plus long (genre 5ans avec une charge type charge de Td).

Si tu fais une thèse en France à mi temps ben forcément elle va passer de 3 à 5ans.
Je m etonne que tu t en étonnes.
C est du bon sens. Pas besoin de ML
On peut regretter sur les thésards soient mal payes
Mais c est comme ça.
La martingale consistant à faire une thèse en étant payé comme un inge a forcément une contrepartie (= sa durée)

[curious]

Bonjour,

Pour clarifier ma situation, je suis ingénieur hospitalier (je ne suis ni IE ni IR), c’est un statut qui a été créé il n’y a pas longtemps.

D’après ce que j’en ai discuté je resterai sur ce statut, payé dans les 2000 nets, sachant que les thésards à l’université sont payés 1400 nets, ce qui est une misère … pour les augmentations au cours de la thèse ça pourrait être possible si je fais avancer les projets du CHU

Après effectivement mon but est de travailler dans le privé, mon but n’est pas de rester indéfiniment à l’hôpital, la thèse serait rattachée à l’université et j’aurais un encadrant bio informaticien.
De mon côté je regarde d’autres opportunités, y compris à l’étranger, mais candidater à des thèses à l’étranger (notamment EPFL, Suisse) relève du parcours du combattant. Il faut passer plusieurs tests (TOELF, tests de math) payant bien sûr et ~8% des candidats sont pris à la fin, c’est très compétitif. J’ai toutefois mes tuteurs de stage qui sont partants pour me faire une lettre de recommandation donc je tenterai dans tous les cas.
J’hésite quand même car pour la partie bio je serai bien entouré mais il manque une vraie expertise bioinfo au chu, je devrais me fier qu’à moi même et à la bibliographie, ce que je trouve limitant pour une thèse en bioinfo justement … en contre partie, j’ai accès à des données médicales, et à des études cliniques. Il faudra que je pèse le pour et le contre

[curious]

Ah oui et pour préciser, je suis contractuel en CDI mais la titularisation n’apporte quasi aucun avantage.
Il faut savoir que des ingénieurs hospitaliers la ou je suis ont.vu leur salaire stagner pendant des années après leur titularisation, car les RH leur on fait changer de grille mais ont baissé leur échelon (oui c’est possible), ce qui fait mécaniquement stagner leur salaire plusieurs années.
Et de mon côté, j’ai expérimenté la radinerie des RH, voire même leur total non respect des négociations salariales donc ça ne me motive pas non plus à y rester.

[agitateur]

Et de mon côté, j’ai expérimenté la radinerie des RH, voire même leur total non respect des négociations salariales donc ça ne me motive pas non plus à y rester.

Jusqu'ici tout va bien, tu es prêt pour le privé
Le salaire est une affaire individuelle, chacun sa gueule. Ca dépend du chef du moment, et de ce que gagne la boite. En fait le plus gros levier, c'est de changer de boite ou au minimum de poste si ça te plait pas. La base se construit à l'embauche, essentiellement.
L''augmentation CHU possiblement possible si tu fais avancer....mais d'ici là si tu fais avancer, pas de bol, tu le mériterai bien, mais voilà y'a pas le budget

Pour la thèse je ne sais que dire, mais tu n'as rien dit sur mes interrogations. Tu me sembles chercher la thèse pour la thèse, pas forcément par opportunité évidente pro.
Tu pourrai faire une thèse bio info, sur le traitement de data en visée médicale à but diagnostic. Celà correspond il à tes offres que tu as vu ?

Une offre emploi, c'est des pré requis et des points bonus. Selon le contexte il peut y avoir 30 candidats avec les pré requis, les bonus font les différences. Ou zéro candidat pré requis, ça recrute "en dessous" mais les bonus ne sont pas toujours ou tu crois.
Imaginons. Je souhaite recruter un PhD modelisation 3D proteine ( oui je suis tétu ). J'ai personne qui convient. Il est possible ou probable que ton PhD ne m'intéresse pas, et que je me tourne vers un ingé / master en 3D. proteique. Le doctorat ne sera pas la réponse à tous les maux comme tu le crois ( enfin je pense ). Ton diagnostic sur ton employabilité doit être creusé bien d'avantage. Ou alors, tu veux une thèse, go, mais ne cherches pas de raison particulière.

[grivali]

Je souhaite recruter un PhD modelisation 3D proteine ( oui je suis tétu ). J'ai personne qui convient. Il est possible ou probable que ton PhD ne m'intéresse pas, et que je me tourne vers un ingé / master en 3D. proteique. Le doctorat ne sera pas la réponse à tous les maux comme tu le crois ( enfin je pense ). Ton diagnostic sur ton employabilité doit être creusé bien d'avantage.

C'est exactement mon point de vue.
Il ne faut pas se lancer dans une thèse qui va considérablement vous compliquer la vie pendant des années sans être bien sûr que c'est un "game changer" pour votre projet pro.

[MissJenny]

j'ai travaillé dans la recherche publique (mais pas dans un CHU) et j'ai constaté que les ingénieurs (ou même techniciens) qui ont voulu faire de thèses dans l'idée d'obtenir un meilleur poste ont invariablement été déçus : ils ont eu la thèse mais pas le poste. Je pense que dans les CHU les carrières des IT sont encore plus mauvaises qu'au CNRS, donc je conseillerais à curious de plutôt démissioner et faire une thèse ailleurs. D'accord il faut accepter d'être mal payé pendant les 3 années de thèse mais ce sera plus facile de trouver un emploi intéressant (car les thèses qu'on mène à côté de son boulot ne sont pas les mêmes en général)

[Brother95]

De ce que je lis, je sens moyennement l affaire.
Et donc il ne faut pas hésiter à viser large…
Epfl compris.
C est sélectif et alors ?
Ne jamais tout miser sur un seul cheval.
(Que ce soit ton Chu ou epfl)
Tu as un toefl à passer et alors ?
Pour décrocher ton diplôme d inge tu as dû atteindre un niveau plancher.
De toute façon la recherche ça se fait en anglais. Donc ça te fera pas de mal de booster un peu ton niveau.

[curious]

Mon but serait de faire une thèse pour pouvoir postuler à des postes dans le privé (industrie pharma) qui m’intéressent. Les postes de data scientist dans les domaines qui m’intéressent (études cliniques, biostatistiques) demandent une thèse, je dirais autour des 90% des postes que j’ai vu.
C’est dans ce sens là que je trouve qu’avoir une thèse est un atout.
Au CHU l’avantage est que je participe à des études cliniques : en drug discovery, microbiologie et cancérologie. Je ne pense pas que ce soit courant de faire des études cliniques dans les universités ou même dans le privé pour une thèse, et ayant déjà conclu une étude, je sais que c’est ce qui me passionne, et j’ai envie d’en faire mon métier, et je sais que d’autres études vont arriver.
Une thèse me permettra également de valoriser ces publications et vraiment legitimer et devenir un spécialiste dans ce domaine. De plus, dans cet hôpital j’ai accès à un nombre important de données de la vie réelle

[xMeijex]

Une thèse me permettra également de valoriser ces publications et vraiment legitimer et devenir un spécialiste dans ce domaine.

Cet objectif là est pertinent

Les postes de data scientist dans les domaines qui m’intéressent (études cliniques, biostatistiques) demandent une thèse, je dirais autour des 90% des postes que j’ai vu.
C’est dans ce sens là que je trouve qu’avoir une thèse est un atout.

Ce que plusieurs posteurs essaient de te dire (je ne m'étais pas encore exprimée sur cette question, mais je m'y associe) c'est que tu ne dois pas t'arrêter à une simple lecture du "profil rêvé" des annonces : ce n'est pas parce qu'une annonce demande une thèse, qu'elle ne te recruterait pas sans thèse. Peut être que oui, peut être que non, nous on ne sait pas, ça dépend du marché de l'emploi dans ton domaine précis (que nous ne connaissons pas). Seul toi peut savoir en postulant avec ton CV actuel (sans thèse, mais quand même bien ciblé par rapport à une offre donnée). Si effectivement ça tombe à l'eau à chaque fois (=même pas convoqué à l'entretien), alors tu auras ta réponse : oui, ce serait un 2ème bon argument pour faire une thèse.