Southern Blot et gel d'acrylamide

[invite441ba8b9]

Bonjour,

J'aimerais savoir pourquoi le gel d'acrylamide n'est pas adapté à un southern blot au contraire du gel d'agarose.

Merci bien.
-----

[Yoyo]

Salut

Les mailles sur polyacrylamide sont beaucoup plus serrées, tu ne verras donc que des tout petits fragments! contrairement aux mailles assez larges de l'agarose qui te permettent d'etre resolutif sur un large gamme de taille.

YOyo

[invite17a570c1]

J'aimerais savoir pourquoi le gel d'acrylamide n'est pas adapté à un southern blot au contraire du gel d'agarose.

Euh, c'est l'inverse : le gel d'agarose n'est pas adapté à un Southern

[Yoyo]

Euh, c'est l'inverse : le gel d'agarose n'est pas adapté à un Southern

biensur que si! les southern et les northern tu les faits sur gel d'agarose malicia! tu confond avec les western qui se font que (ou presque) sur polyacrilamide.

Yoyo

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite17a570c1]

biensur que si! les southern et les northern tu les faits sur gel d'agarose malicia! tu confond avec les western qui se font que (ou presque) sur polyacrilamide.

Yoyo

Oui, je pensais au Western. Désolée j'ai les yeux qui ont fourché...

[invite8c0cc995]

Je me demande s'il n'y a pas aussi un probléme ensuite pour faire sortir les fragments d'un gel polyacrilamide, au vu de la technique employée dans ce papier : http://www.pubmedcentral.nih.gov/art...bmedid=2315030

Pour un gel d'agarose, c'est par simple buvardage, mais pour un gel de polyacrylamide, il y a d'abord une dénaturation à la chaleur, suivie d'un transfert

[invite8c0cc995]

Oui, je pensais au Western. Désolée j'ai les yeux qui ont fourché...

[BLAGUE]
Quand on dit que les femmes n'ont pas le sens de l'orientation
[/BLAGUE]

[invite441ba8b9]

Salut

Les mailles sur polyacrylamide sont beaucoup plus serrées, tu ne verras donc que des tout petits fragments! contrairement aux mailles assez larges de l'agarose qui te permettent d'etre resolutif sur un large gamme de taille.

YOyo

Merci pour ta réponse claire .

[invitea069fc56]

Bonjour,

J'aimerais savoir pourquoi le gel d'acrylamide n'est pas adapté à un southern blot au contraire du gel d'agarose.

Merci bien.

Au contraire, l'acrylamide a même l'avantgae sur l'agarose, que çe soit pour l'ARN (northern) ou l'ADN (southern) mais vu les précautions à prendre en travaillant avec (notamment sa toxicité et sa fragilité), on utilise plus l'agarose.

L'acrylamide est donc bien adapté aux southern et northern mais son utilisation est accompagnée d'un risque et demande beaucoup d'attention. D'où l'utilisation plus courante de l'agarose (rapide, facile à maniper et non toxique).

[gorben]

Au contraire, l'acrylamide a même l'avantgae sur l'agarose, que çe soit pour l'ARN (northern) ou l'ADN (southern) mais vu les précautions à prendre en travaillant avec (notamment sa toxicité et sa fragilité), on utilise plus l'agarose.

L'acrylamide est donc bien adapté aux southern et northern mais son utilisation est accompagnée d'un risque et demande beaucoup d'attention. D'où l'utilisation plus courante de l'agarose (rapide, facile à maniper et non toxique).

Non c'est faux... Comme l'a dit Yoyo, le maillage de l'acrylamide est trop serre, et faire un southern/northern sur de l'acrylamide c'est soit stupide, soit faut avoir une sacree bonne raison ! Sur 5 % c'est deja difficile a migrer un fragmebt de 500-1000 pb, alors un southern...

A+

[invite8c0cc995]

Les gels d'acrylamide sont utlies pour les petits fragments d'ADN, par ex pour vérifier des oligo, des PCR de petits fragments, etc...
Une technique a meme été mise au point pour les southern sur gel d'acry, mais perso j'ai jamais testé : http://www.pubmedcentral.nih.gov/art...bmedid=2315030

[gorben]

Les gels d'acrylamide sont utlies pour les petits fragments d'ADN, par ex pour vérifier des oligo, des PCR de petits fragments, etc...
Une technique a meme été mise au point pour les southern sur gel d'acry, mais perso j'ai jamais testé : http://www.pubmedcentral.nih.gov/art...bmedid=2315030

Oui, mais ici c'est un "high resolution" southern, c'est un cas bien precis. Dans cet article les fragments les plus gros sont a 700 pb... generalement une digestion d'ADNg donne des fragments plus gros !
Un southern sur acrylamide, tout comme un western sur agarose, c'est possible mais c'est loin d'etre le cas le plus courant. C'est reserve pour des cas tres tres precis.

A+

[invitea069fc56]

Un southern sur acrylamide, tout comme un western sur agarose, c'est possible mais c'est loin d'etre le cas le plus courant. C'est reserve pour des cas tres tres precis.

A+

Par exemples?

[Zellus]

Salut,

Par exemples?

Pour les Southerns à partir de gels d'acrylamide, IngDr et gorben ont déjà répondu. Les westerns sont faits sur les gels d'agarose lorsqu'on fait migrer par exemple de gros complexes protéiques comme les fibres de protéines prions. Voici un lien pour ceux que ça intéresse.

[Yoyo]

Salut,


Pour les Southerns à partir de gels d'acrylamide, IngDr et gorben ont déjà répondu. Les westerns sont faits sur les gels d'agarose lorsqu'on fait migrer par exemple de gros complexes protéiques comme les fibres de protéines prions. Voici un lien pour ceux que ça intéresse.

C'est exacte! c'est pas classique comme exemple comment ce fait-il que tu connaisses ?

Yoyo

[Zellus]

Peut-être parce que je travaille sur des protéines prions ...