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Southern Blot et gel d'acrylamide



  1. #1
    GottferDamnt

    Southern Blot et gel d'acrylamide

    Bonjour,

    J'aimerais savoir pourquoi le gel d'acrylamide n'est pas adapté à un southern blot au contraire du gel d'agarose.

    Merci bien.

    -----


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  3. #2
    Yoyo

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Salut

    Les mailles sur polyacrylamide sont beaucoup plus serrées, tu ne verras donc que des tout petits fragments! contrairement aux mailles assez larges de l'agarose qui te permettent d'etre resolutif sur un large gamme de taille.

    YOyo

  4. #3
    MaliciaR

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Citation Envoyé par GottferDamnt Voir le message
    J'aimerais savoir pourquoi le gel d'acrylamide n'est pas adapté à un southern blot au contraire du gel d'agarose.
    Euh, c'est l'inverse : le gel d'agarose n'est pas adapté à un Southern
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  5. #4
    Yoyo

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Euh, c'est l'inverse : le gel d'agarose n'est pas adapté à un Southern
    biensur que si! les southern et les northern tu les faits sur gel d'agarose malicia! tu confond avec les western qui se font que (ou presque) sur polyacrilamide.

    Yoyo

  6. #5
    MaliciaR

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Citation Envoyé par Yoyo Voir le message
    biensur que si! les southern et les northern tu les faits sur gel d'agarose malicia! tu confond avec les western qui se font que (ou presque) sur polyacrilamide.

    Yoyo
    Oui, je pensais au Western. Désolée j'ai les yeux qui ont fourché...
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    IngDr

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Je me demande s'il n'y a pas aussi un probléme ensuite pour faire sortir les fragments d'un gel polyacrilamide, au vu de la technique employée dans ce papier : http://www.pubmedcentral.nih.gov/art...bmedid=2315030

    Pour un gel d'agarose, c'est par simple buvardage, mais pour un gel de polyacrylamide, il y a d'abord une dénaturation à la chaleur, suivie d'un transfert

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  10. #7
    IngDr

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Oui, je pensais au Western. Désolée j'ai les yeux qui ont fourché...
    [BLAGUE]
    Quand on dit que les femmes n'ont pas le sens de l'orientation
    [/BLAGUE]

  11. #8
    GottferDamnt

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Citation Envoyé par Yoyo Voir le message
    Salut

    Les mailles sur polyacrylamide sont beaucoup plus serrées, tu ne verras donc que des tout petits fragments! contrairement aux mailles assez larges de l'agarose qui te permettent d'etre resolutif sur un large gamme de taille.

    YOyo
    Merci pour ta réponse claire .

  12. #9
    Biob

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Citation Envoyé par GottferDamnt Voir le message
    Bonjour,

    J'aimerais savoir pourquoi le gel d'acrylamide n'est pas adapté à un southern blot au contraire du gel d'agarose.

    Merci bien.
    Au contraire, l'acrylamide a même l'avantgae sur l'agarose, que çe soit pour l'ARN (northern) ou l'ADN (southern) mais vu les précautions à prendre en travaillant avec (notamment sa toxicité et sa fragilité), on utilise plus l'agarose.

    L'acrylamide est donc bien adapté aux southern et northern mais son utilisation est accompagnée d'un risque et demande beaucoup d'attention. D'où l'utilisation plus courante de l'agarose (rapide, facile à maniper et non toxique).

  13. #10
    gorben

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Citation Envoyé par Biob Voir le message
    Au contraire, l'acrylamide a même l'avantgae sur l'agarose, que çe soit pour l'ARN (northern) ou l'ADN (southern) mais vu les précautions à prendre en travaillant avec (notamment sa toxicité et sa fragilité), on utilise plus l'agarose.

    L'acrylamide est donc bien adapté aux southern et northern mais son utilisation est accompagnée d'un risque et demande beaucoup d'attention. D'où l'utilisation plus courante de l'agarose (rapide, facile à maniper et non toxique).
    Non c'est faux... Comme l'a dit Yoyo, le maillage de l'acrylamide est trop serre, et faire un southern/northern sur de l'acrylamide c'est soit stupide, soit faut avoir une sacree bonne raison ! Sur 5 % c'est deja difficile a migrer un fragmebt de 500-1000 pb, alors un southern...

    A+

  14. #11
    IngDr

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Les gels d'acrylamide sont utlies pour les petits fragments d'ADN, par ex pour vérifier des oligo, des PCR de petits fragments, etc...
    Une technique a meme été mise au point pour les southern sur gel d'acry, mais perso j'ai jamais testé : http://www.pubmedcentral.nih.gov/art...bmedid=2315030

  15. #12
    gorben

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Citation Envoyé par IngDr Voir le message
    Les gels d'acrylamide sont utlies pour les petits fragments d'ADN, par ex pour vérifier des oligo, des PCR de petits fragments, etc...
    Une technique a meme été mise au point pour les southern sur gel d'acry, mais perso j'ai jamais testé : http://www.pubmedcentral.nih.gov/art...bmedid=2315030
    Oui, mais ici c'est un "high resolution" southern, c'est un cas bien precis. Dans cet article les fragments les plus gros sont a 700 pb... generalement une digestion d'ADNg donne des fragments plus gros !
    Un southern sur acrylamide, tout comme un western sur agarose, c'est possible mais c'est loin d'etre le cas le plus courant. C'est reserve pour des cas tres tres precis.

    A+

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  17. #13
    Biob

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Citation Envoyé par gorben Voir le message
    Un southern sur acrylamide, tout comme un western sur agarose, c'est possible mais c'est loin d'etre le cas le plus courant. C'est reserve pour des cas tres tres precis.

    A+
    Par exemples?

  18. #14
    Zellus

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Salut,

    Citation Envoyé par Biob
    Par exemples?
    Pour les Southerns à partir de gels d'acrylamide, IngDr et gorben ont déjà répondu. Les westerns sont faits sur les gels d'agarose lorsqu'on fait migrer par exemple de gros complexes protéiques comme les fibres de protéines prions. Voici un lien pour ceux que ça intéresse.

  19. #15
    Yoyo

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Citation Envoyé par Zellus Voir le message
    Salut,


    Pour les Southerns à partir de gels d'acrylamide, IngDr et gorben ont déjà répondu. Les westerns sont faits sur les gels d'agarose lorsqu'on fait migrer par exemple de gros complexes protéiques comme les fibres de protéines prions. Voici un lien pour ceux que ça intéresse.
    C'est exacte! c'est pas classique comme exemple comment ce fait-il que tu connaisses ?

    Yoyo

  20. #16
    Zellus

    Re : Southern Blot et gel d'acrylamide

    Peut-être parce que je travaille sur des protéines prions ...

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