Acide aminé - Débutant

[inviteaec50af4]

Bonjour,

J'étudie en ce moment même les acides aminés et il y a plusieurs points que je ne comprend toujours pas malgré de nombreuses recherches sur internet.

1° Pourquoi certains acides aminés sont hydrophiles? J'ai pu lire que c'était car ils étaient apolaires et en regardant les schémas je vois qu'une partie possède un + et une autre un - donc je me suis dit que ça devait compenser et que c'était apolaire (je ne viens pas de filière scientifique). Mais dans les schémas des acides aminés polaires il en va de même! Je suis totalement perdu!

2° Il s'agit des caractéristiques physico-chimiques. Je ne comprend pas ce qu'est un isomère, une série L et D et surtout qu'est ce que vaut R et H dans un schéma en croix avec en haut COOH, a gauche R, a droite NH2 et en bas H.

3° J'ai regardé comment trouver le pK ici mais je ne comprend pas comment la personne a trouvé 10^-14 en faisant (H3O+) + (OH-). D'où sort ce nombre? Pourriez vous prendre l'alanine par exemple (ou un autre AA) histoire que je puisse voir ce que ça donne en pratique?

4° Un oligomère est constitué de plusieurs protéines (protomères)?


Voila voila je suis débutant et même pas en filière bio (L1 informatique option biologie).
Merci beaucoup pour votre lecture.
Cordialement,
Kiwiiii.
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[kamor]

2) Vous trouverez une très bonne définition sur wikipedia d'isomère.
Pour les formes D et L, il faut se représenter ces molécules dans l'espace, en 3D. Les groupements qui se lient sur un C peuvent être à différents endroits = en haut, en bas,... C'est en fonction de l'emplacement du groupement NH2 par rapport au COOH qu'on détermine si la molécule est de forme D ou L.
NH2- R -COOH, ça doit être la formule généralé définissant tous les acides aminés. Une fonction COOH acide carboxylique, une fonction NH2 aussi appelé aminé, et un Radical, c'est à dire tout le reste de la molécule, qui permet de les différencier et nommer. et H et un atome d'hygrogène

4) un oligomère est un polymère (répétition d'un motif) mais dont le nombre de répétitions est faible

Je laisse les autres aux biochimistes, je dois avouer que j'ai de gros oublis là dessus

[Edelweiss68]

Bonjour,

Pour la première question, cela pourra peut-être t'aider :http://www.cours-medecine.info/bioch...es-amines.html

Mais juste une remarque, une chaîne apolaire est plutôt hydrophobe et non hydrophile comme tu as pu le lire je ne sais pas où!

Bonne lecture,

[inviteaec50af4]

Merci beaucoup pour vos réponses et oui je voulais mettre hydrophobe pardonnez moi

Je suis déjà allez sur le site de médecine pour le cours sur la structure 3D d'une protéine mais malheureusement je n'ai pas le niveau pour tout bien comprendre même grâce a wikipédia!

Cordialement,
Kiwiiii

[A voir en vidéo sur Futura]

[Edelweiss68]

D'accord, alors en gros la structure de base d'un AA est toujours composée : - d'un groupement R (radical)
- d'une fonction acide carboxylique = COOH ou sous forme de carboxylate = COO- (selon le pH de la solution)
- et d'une fonction amine = NH2 ou ion ammonium = NH3+ (selon le pH aussi)

Sachant que tous les AA ne sont pas hydrophiles, la seule chose pouvant faire varier la polarité de l'AA est son groupement R qui diffère d'un AA à l'autre.

Donc c'est en regardant de quels groupements R est composé que l'on sait si l'AA est polaire donc hydophile ou non.

Après, pour cela, on sait qu'une longue chaîne de carbones( =C) augmente l'hydrophobie, que les cycles aromatiques sont hydrophobes alors que les groupements alcools (= OH) et d'autres sont hydrophiles...etc, et de ce fait, on en déduit le côté plutôt hydrophile ou hydrophobe de l'AA.

[Edelweiss68]

...regardé comment trouver le pK ici mais je ne comprend pas comment la personne a trouvé 10^-14 en faisant (H3O+) + (OH-). D'où sort ce nombre? Pourriez vous prendre l'alanine par exemple (ou un autre AA) histoire que je puisse voir ce que ça donne en pratique?

Bon je ne vais pas répondre à toute la question mais déjà pour d'où vient le 10^-14:
- il faut partir du fait que l'eau pure à un pH=7
- puis il faut savoir que le pH correspond à -log[H3O+]
- ce qui fait [H3O+]=10^-7mol.L-1
- il faut savoir que ces ions H3O+ tout comme les ions OH- proviennent de la réaction d'autoprotolyse de l'eau c'est à dire de la réaction de l'eau avec l'eau!
- donc de façon stoechiométrique, si une mole de H3O+ est produite il y aura une mole de OH-produite
- mais ici on vient de calculer qu'il y a 10^-7M de H3O+ donc il y a autant d'ions OH-
- et enfin en faisant le produit de la [H3O+] par [OH-] on a (10^-7)² ce qui donne bien 10^-14

Rq: donc dans ta question ce n'est pas une addition mais une multiplication des deux!