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Qu'est ce qu'une bactérie?



  1. #31
    invité576543
    Invité

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    Le terme procaryote ne recouvre plus ici qu’une caractéristique morphologique. C’est ici que s’installe l’immense mal entendu qui demeure encore aujourd’hui.
    Sans chercher à faire dériver le fil de cette discussion, je me permets de faire remarquer que ce type de malentendu est assez général. Il est très bien illustré par le documentaire "Espèces d'espèces", à propos duquel je me suis permis une grosse râlante sur ce forum.

    Pendant des siècles, et formalisé par Linné, la classification savante du vivant était basée sur des caractéristiques morphologiques. La petite révolution, récente, de la classification phylogénétique n'a pas toujours été bien perçue, et cette classification est souvent présentée, implicitement ou explicitement, comme aussi basée sur des caractéristiques morphologiques, alors que ce n'est pas le cas. (A témoin, le documentaire cité, qui, du coup, a classé les koalas dans les primates, si, si, parce qu'ils ont un pouce opposable...)

    Le malentendu vient de ce qu'on ne précise pas clairement à quel type de classification un taxon correspond. Il y a d'une part les termes phylogénétiques, et d'autre part des termes décrivant des morphologies. Et, malheureusement, il y a des termes qui sont utilisés de manière ambigüe, suite au malentendu...

    Si on se cantonne à utiliser les termes comme "bactéries" ou "procaryotes" comme décrivant un aspect morphologique particulier, comme "quadrupède", il n'y a pas de malentendu. C'est quand on les utilisent comme classification du vivant que le malentendu apparaît.

    Le choix du noms de certains taxons monophylétiques permet d'illustrer la distinction : les serpents ou les autruches appartiennent au clade des "tétrapodes" Manifestement, ce serait une erreur d'y voir là la description littérale d'un aspect morphologique.

    Ce qui est "mal entendu" c'est la logique de la classification phylogénétique, qui ne cherche pas à décrire un taxon par des caractéristiques morphologiques, mais par des relations de parenté. Bien sûr, des caractéristiques morphologiques sont utilisées pour essayer de déterminer ces relations de parenté, mais elles passent en second plan : ce sont des indices, des moyens pour placer un être vivant au sein de sa parenté, ce ne sont plus des critères de classification.

    On peut décrire un taxon phylogénétique sans référence quelconque à des caractéristiques morphologiques : par exemple, on peut définir le clade "tétrapode" par baleine/dipneuste. Cela signifie tous les descendants (vivant actuellement ou ayant vécu, selon les conventions...) du plus récent ancêtre commun aux baleines et aux dipneustes et qui descendent du plus ancien ancêtre de la baleine qui n'est pas un ancêtre des dipneustes. De même Carla Bruni/siamang décrit-il le clade des hominoïdés... (1)(2)

    Pour revenir à "procaryotes", àmha il a toujours recouvert qu’une caractéristique morphologique. Seulement, dans le temps, il était "normal" de classer le vivant selon quelques caractéristiques morphologiques, la nature seulement descriptive de ce terme a été perdue de vue, et la révolution de la classification phylogénétique le réduit, le ramène, à cette nature, qu'il a toujours eu et qui n'aurait pas dû cessée d'être perçue...

    (1) Evidemment, l'énorme défaut de cette approche est qu'elle est inapplicable tant qu'on a n'a pas déterminé avec "certitude" les relations de parenté. Ce qui correspond à deux problèmes distincts : les cas où la connaissance n'a pas encore été acquise, et les cas, non impossibles, où la notion de parenté est insuffisante pour "binariser" l'arbre du vivant. Et plus on remonte vers la base de l'arbre, plus on peut émettre des doutes sur la clarté de la notion de parenté...

    Peut-être bien que pour le moment, et peut-être à jamais, il n'y a pas de notion autre qu'arbitraire, et donc variant d'un auteur à l'autre, de "eubactérie"...

    (2) Je n'ai pas l'originalité de cette saillie, je suis tombé un jour sur un site (je ne le retrouve pas sur le moment) utilisant cette description par inclusion/exclusion, et qui mettait des noms de personnes là où on s'attend à "homo sapiens". J'ai mis un certain temps à comprendre, d'ailleurs...

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  3. #32
    Yoyo

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    Acaryote n'apporte aucune connotation évolutive, est purement factuel, il me semble s'imposer de lui même. Vous en pensez quoi?
    Je pense qu'on en entends de plus en plus parler, et que c'est le terme utiliser par les personnes du domaine. Mais comme toute evolution, cela se fait doucement, il faut du temps pour perdre les "reflexes" surtout ceux aussi fortement ancrées que procaryote et eucaryote.

    Il n'y a pas beaucoup de dogme en biologie qui ont resisté... un qui tiens encore bien la route est celui qui dit que l'etape ARNm-> proteine est irreversible. mais pour combien de temps?

    YOyo

  4. #33
    kamor

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Après y a peut être une bête question de cout économique. Un rapport entre l'utilité de maintenir ce "mensonge" pour la plus grande partie des gens, et le cout de changer tous les sites, bouquins et autres où est écrit le terme Procaryote. Mine de rien, dans une BU sciences, ça doit représenter un sacré cout

  5. #34
    piwi

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Pour revenir à "procaryotes", àmha il a toujours recouvert qu’une caractéristique morphologique.
    Ce n'est pas ce que j'ai compris de mes lectures. Quand Haeckel propose son ordre Monera, le caractère acaryote est central et inhérant même au concept. Ce n'est pas une caractéristique parmis d'autre. Elle a d'emblée une dimension évolutive supposée prouver l'émergence du vivant à partir du minéral.
    Il faut aussi bien comprendre que l'effort de classification des microbiologistes se faisait à l'aune de la pensée darwiniste. C'est à dire que la classification n'avait de sens que si elle permettait de souligner les liens de parentées entre les espèces. Dans ce contexte, quand Chatton propose les termes procaryote/eucaryote, il est très clair que pour lui il s'agit de deux méta-ordres (je reprends ma nomenclature) du vivant. A ce titre, le terme procaryote n'est pas neutre et traduit bien l'intention. Ce sont les organismes qui, dans l'évolution, se situent avant les cellules nuclées et vont en permettre l'émergence. Quand Stanier et Neil écrivent leur papier en 1962, ils ont perdu l'illusion de classer les bactéries et n'ont plus pour seul objectif que d'en dégager les principales caractéristiques. Seulement quelque part, le papier est mal compris et les caractéristiques qu'ils dégagent sont comprises comme la caractérisation d'un ordre et on ressort à cette occasion la pensée de Chatton.
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  6. #35
    doubleD

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par Yoyo Voir le message

    Il n'y a pas beaucoup de dogme en biologie qui ont resisté... un qui tiens encore bien la route est celui qui dit que l'etape ARNm-> proteine est irreversible. mais pour combien de temps?

    YOyo
    Ah, grosse publi en perspective ? Ou alors je surinterprète !

  7. #36
    piwi

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Je me suis posé la question aussi. Quels arguments sous tendent que cette observation (je préfère à dogme) soit mise en défaut?

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

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  9. #37
    invité576543
    Invité

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    Ce n'est pas ce que j'ai compris de mes lectures. Quand Haeckel propose son ordre Monera, le caractère acaryote est central et inhérant même au concept. Ce n'est pas une caractéristique parmis d'autre. Elle a d'emblée une dimension évolutive supposée prouver l'émergence du vivant à partir du minéral.
    Je n'ai pas écrit qu'elle n'avait pas pris une dimension évolutive (j'ai même plutôt indiqué le contraire), mais c'était quand même le critère, la caractéristique, et elle est morphologique.

    Il faut aussi bien comprendre que l'effort de classification des microbiologistes se faisait à l'aune de la pensée darwiniste. C'est à dire que la classification n'avait de sens que si elle permettait de souligner les liens de parenté entre les espèces.
    A ce que j'en comprends ils n'avaient pas les moyens au début pour cela. Le raisonnement était, il me semble, dans l'autre sens : on prenait un caractère visible bien clair et on supposait qu'il reflétait la parenté.

    Ce n'est qu'assez récemment avec le décodage génétique qu'il y a eu suffisamment de caractères comparables pour que puissent être appliquées les méthodes cladistiques et autres, et donc pouvoir "trier" parmi les caractères.

    Dans ce contexte, quand Chatton propose les termes procaryote/eucaryote, il est très clair que pour lui il s'agit de deux méta-ordres (je reprends ma nomenclature) du vivant. A ce titre, le terme procaryote n'est pas neutre et traduit bien l'intention.
    Là encore, je ne dis pas le contraire. C'était "clair pour lui". Mais en fait une supposition... Et en pratique la classification était faite sur le caractère visible...

    Cela a été comme cela dans plein de cas de l'arbre du vivant... (Et c'est d'ailleurs, à mon sens, une des plus belles preuves de la descendance avec modifications que ces choix assez arbitraires aient donné une classification qui se révèle somme toute pas très loin du correct. Les exceptions dont on fait grande presse (hippotames/baleines, oiseaux/dinosaures, etc.) ont tendance à faire oublier qu'il y en a pas tant que ça.)

    Quand Stanier et Neil écrivent leur papier en 1962, ils ont perdu l'illusion de classer les bactéries et n'ont plus pour seul objectif que d'en dégager les principales caractéristiques. Seulement quelque part, le papier est mal compris et les caractéristiques qu'ils dégagent sont comprises comme la caractérisation d'un ordre et on ressort à cette occasion la pensée de Chatton.
    Oui...

    C'est tout le problème de l'établissement de la phylogénie : quand les informations sont insuffisantes, on ne peut que classer arbitrairement, en choisissant des caractères qu'on espère refléter la parenté. Mais il a été rare que ce soit exprimé ainsi : comme dans d'autres sciences travaillant sur des traces limitées du passé (je pense aux fossiles homonines), les spécialistes sautent aux conclusions plutôt que de dire "on ne sait pas".

    Même maintenant on ne peut pas avoir de "certitude" que l'ensemble des caractères utilisés et l'algo appliqué reconstruisent correctement un arbre de parenté. Mais avec des algos bien faits, une évaluation de vraisemblance est fournie, et avec suffisamment de caractères, elle peut être très élevée... Cela n'existait pas dans le temps...

    Je maintiens mon analyse : dans le temps, la classification était faite sur la base de caractères morphologiques choisis, et on espérait qu'elle reflètait la parenté. Maintenant, on peut plus souvent chiffrer la vraisemblance, ainsi guider le choix des caractères, et ne proposer des clades qu'avec assez de certitudes.

    Mais on ne doit plus voir ces clades comme décrits par la morphologie. Même si c'est le cas en pratique (recherches des synapomorphies), les caractères clé ne sont pas "descriptifs", n'ont pas la puissance évocatrices des termes morphologiques utilisés dans le temps.

    D'où ma réaction : le terme procaryote était descriptif et on "pensait" qu'il reflétait la parenté. Maintenant, la parenté exacte, en particulier entre eubactéries, archées et eucaryotes, est "mal établie" (pas d'hypothèse qui obtient une vraisemblance suffisante), et le terme procaryote est descriptif mais on ne se permet plus de le présenter comme reflétant la parenté...

    Je m'étais intéressé il y a quelques temps à la phylogénie des enzymes qui fixent un acide aminé sur le bon ARNt (j'avais mentionné cela sur ce forum dans le temps) : j'ai lu un article détaillé sur le sujet, et très intéressant : il montre en particulier qu'il est nécessaire de supposer un taux très significatif de transferts horizontaux pour expliquer les divergences importantes entre la quelque vingtaine d'arbres. Cela illustre bien, à mon avis, que la difficulté de l'établissement de la phylogénie la plus ancienne...

    [ Et aussi, àmha, devrait amener à se poser la question de la phylogénie de quoi? Classer le vivant, c'est choisir une phylogénie, mais laquelle? Celle des cellules au sens membrane+cytoplame? Les eucaryotes étant vraisemblablement des chimères, la phylogénie du noyau n'est peut-être pas celle du cytoplasme... c'est d'ailleurs évidemment le cas pour la reproduction sexuée ; la parenté du cytoplasme est celle des lignées femelles uniquement, et ne représente pas les relations de parenté du génome. Comment rendre compte dans un arbre binarisé de la parenté par les mâles? Très difficile, comme toute personne ayant essayé de dessiner proprement un arbre généalogique le sait...

    Avec plein de transferts horizontaux, essayer faire un arbre binarisé près de la racine du vivant est peut-être aussi vain que de faire un arbre binarisé représentatif des relations de parenté dans une population à reproduction sexuée...]

  10. #38
    invité576543
    Invité

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Ce sont les organismes qui, dans l'évolution, se situent avant les cellules nuclées et vont en permettre l'émergence.
    Un autre point, assez évident... Dire que les eucaryotes descendent des procaryotes est du même genre que dire que l'homme descend du singe...

  11. #39
    kamor

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Je me permets de ressortir des fins fonds du forum ce sujet, car j'ai assisté lors du congrès de la Société Française de Microbiologie à une communication faite par Didier Raoult, dont le but assez provocateur était de malmener 9 définitions largement utilisé en microbiologie, et la première était la distinction Procaryote/Eucaryote. Le truc assez intéressant, c'est qu'en sortant de là, j'entendais les gens discuter et ils avaient tous l'air plutôt d'accord avec cette remise en cause de la définition

  12. #40
    noir_ecaille

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Bonjour,

    Auriez-vous des liens vers les retombées de cette conférences SVP ?
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  13. #41
    N1C0LAS

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Bonjour, je ne suis pas du tout certain d'avoir compris ce que est dit à plusieurs reprises :
    Citation Envoyé par Mmy
    Ce qui est "mal entendu" c'est la logique de la classification phylogénétique, qui ne cherche pas à décrire un taxon par des caractéristiques morphologiques, mais par des relations de parenté.
    J'ai l'impression que ceci est l'équivalent de :
    "Il existe une différence entre la mesure (la descritption morphologique ou de l'ADN) et l'interprétation des mesures (les relations de parentés)."
    D'où mon désapointement.
    "On ne sait jamais de quoi hier sera fait."

  14. #42
    invité576543
    Invité

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par N1C0LAS Voir le message
    "Il existe une différence entre la mesure (...) et l'interprétation des mesures (...)."
    Est-on d'accord que la phylogénie des êtres vivants est un phénomène historique, la description de choses qui se sont déroulées dans le passé?

    La suite suppose que oui.

    Si par "mesures" on entend des indices du passé, et que "l'interprétation des mesures" est la meilleure hypothèse qu'on fait sur comment c'est déroulé le passé, alors, oui, on peut l'exprimer comme ci-dessus.

    Appliquez-vous cette manière manière de voir aux autres sciences portant sur le passé, comme l'évolution de l'Univers, la paléogéologie, l'histoire des sociétés humaines ?

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  16. #43
    LXR

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    En phylogénétique, il y a bien ce qu'on appelle les distances phylogénétiques qui sont sujettes à des interprétations qui peuvent varier suivant le contexte dans lequel on se place : phylogénie moléculaire, génétique, évolution,... Je pense que cela illustre la différence entre mesure objective, et interprétation des résultats qui sont très souvent des extrapolations de l'observation, de la mesure.

  17. #44
    kamor

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Bonjour,

    Auriez-vous des liens vers les retombées de cette conférences SVP ?
    Alors non, ils nous ont filé un CD mais je n'ai pas encore pris le temps de l'explorer.
    Cette conférence s'appelait microbiologie post moderne, par Didier Raoult

  18. #45
    N1C0LAS

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    OK, Michel. Je paraphrasais pour savoir si j'avais bien compris.

    Donc dans cette vision des choses les êtres vivants, y compris les "bactéries", seraient mieux décris, non pas par leurs formes (ADN ou morphologie) mais par leurs relations de parentés.

    Si c'est cela, alors c'est dire que l'interprétation des ressemblances permet un plus grand pouvoir classificatoire que la description (ADN ou morphologie). C'est là que je n'arrive plus à suivre... Pour moi c'est un "faux sens". L'interprétation se base sur la description (=observation postulée objective ici) et non l'inverse. Je ne vois pas comment l'inverse serait possible, à moins que tes remarques se fondent sur le fait que les observations ne soient pas neutres de toutes interprétations implicite et "cachée"(théories, philosophies etc.).

    Je me permet du relatif calme du topic pour demander des précisions qui, je le sais, le tire provisoirement en hors sujet, là n'est pas ma volonté.
    Dernière modification par N1C0LAS ; 08/06/2010 à 19h22.
    "On ne sait jamais de quoi hier sera fait."

  19. #46
    invité576543
    Invité

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par N1C0LAS Voir le message
    Donc dans cette vision des choses les êtres vivants, y compris les "bactéries", seraient mieux décris, non pas par leurs formes (ADN ou morphologie) mais par leurs relations de parentés.
    Mieux, je n'en sais rien. Je me contente de constater que le classement basé sur la phylogénie (telle qu'on la reconstitue) a le vent en poupe. Au positif : décrire la phylogénie (les relations de parenté) est un savoir en lui-même (indépendant de toute usage pour classer), et c'est objectif ; au négatif : c'est instable, puisque la reconstitution parfaite de la phylogénie (c'est à dire, je répète, du passé) n'est pas encore acquise.

    Si c'est cela, alors c'est dire que l'interprétation des ressemblances permet un plus grand pouvoir classificatoire que la description (ADN ou morphologie).
    Cela m'échappe quelle partie de ce que j'ai écrit peut être interprété comme cela. Je ne me rappelle pas avoir parler de pouvoir classificatoire, par exemple.

    Par ailleurs, les techniques de reconstruction de la phylogénie ne se basent pas nécessairement sur les ressemblances.

    Je ne vois pas comment l'inverse serait possible, à moins que tes remarques se fondent sur le fait que les observations ne soient pas neutres de toutes interprétations implicite et "cachée"(théories, philosophies etc.).
    Je ne comprends pas. Je ne dis rien d'autre que l'idée que la phylogénie (l'histoire généalogique des êtres vivants) est une question en elle-même, et la classification une autre question. Je ne vois où une quelconque philosophie se cache là-dedans !

    Je cherchais juste à signaler ce qui me semble une confusion courante, qui consiste à voir les arbres phylogénétiques comme une classification. Certes, ils le sont, mais accessoirement. Leur propos premier est l'histoire du vivant, tout comme la généalogie des rois de France (avec ses "taxons" : capétiens, valois, bourbons, ...) est d'intérêt historique avant d'être classificatoire.

    PS : J'ai l'impression d'un dialogue de sourds, pluriel : ce que je cherche à dire n'est pas reformulé correctement, et je ne comprends pas les réponses.

  20. #47
    N1C0LAS

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    J'ai l'impression d'un dialogue de sourds
    Dialogue de sourd ou divergence... Comme tu dis, c'est peut être une question de mots (mais à laquelle j'attache une (trop ?) grande importance).

    Leur propos (notes de moi : aux classifications) premier est l'histoire du vivant, tout comme la généalogie des rois de France (avec ses "taxons" : capétiens, valois, bourbons, ...) est d'intérêt historique avant d'être classificatoire.
    Oui, mais cela fait quand même depuis 150 ans que cela est bien accepté ( Darwin : "Toute vraie classification est généalogique")alors que tu sembles dire que ce n'est pas évident pour tous actuellement, d'où mon incompréhension de départ.
    Mais il faut que je dise que je ne connais pas le milieu de la science et ne sais pas ce qu'il s'y dit.
    Dernière modification par N1C0LAS ; 08/06/2010 à 21h11. Motif: Lourdeurs inutiles
    "On ne sait jamais de quoi hier sera fait."

  21. #48
    invité576543
    Invité

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par N1C0LAS Voir le message
    Dialogue de sourd
    Non, pas le singulier, pluriel. Vous n'avez jamais reformulé correctement ce que j'essaye d'exprimer. Et je ne comprends pas votre propos : en particulier, s'il y a divergence, je suis incapable de préciser sur quoi.

    Oui, mais cela fait quand même depuis 150 ans que cela est bien accepté
    Certes (et en fait même pas "bien" accepté).

    ( Darwin : "Toute vraie classification est généalogique")
    Cette citation va dans le sens de la "confusion" dont je parlais.

    alors que tu sembles dire que ce n'est pas évident pour tous actuellement
    "Ce" désigne" quoi ? Qu'une "vraie" classification est généalogique ? Si je dis quelque chose, ce serait à la rigueur le contraire ! Mais je ne dis rien de tel, ni dans un sens ni dans l'autre.

    Je vais me répéter plus simplement : il est intéressant de bien faire la part des choses entre la phylogénie et la classification. Entre reconstruire le passé et faire une nomenclature ordonnée du vivant au présent.

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  23. #49
    kamor

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par N1C0LAS Voir le message
    Oui, mais cela fait quand même depuis 150 ans que cela est bien accepté ( Darwin : "Toute vraie classification est généalogique")alors que tu sembles dire que ce n'est pas évident pour tous actuellement, d'où mon incompréhension de départ.
    Mais il faut que je dise que je ne connais pas le milieu de la science et ne sais pas ce qu'il s'y dit.
    Ben justement... la vision de Darwin a ses bons côtés, je veux dire par là que ses intuitions étaient plutôt bonnes quand à l'évolution des espèces supérieures, etc.
    Le problème est que c'est réducteur. D'une, dès qu'on s'intéresse aux bactéries, être obligé de passer dans ce moule entraine quelques problèmes, qui ont été mis en lumière par les bouleversements observés entre les années 60 et 80. Donc on s'est basé sur l'ADN. Le problème est que même avec cet outil, on partait du principe qu'il fallait respecter cette "loi" de Darwin, alors que ce n'est qu'une théorie. Mais même un siècle après, remettre en cause Darwin revient à être Galilée, on est à peu près aussi bien accueilli.
    En tant que scientifique, nous devrions garder l'esprit ouvert. Lors de la conférence à laquelle j'ai assistée, il nous a été présenté des images d'une bactérie (le nom m'échappe faudrait que je parcoure mes notes), Procaryote d'après ses ribosomes, mais avec un noyau.
    Le conférencier nous expliquait que ce n'était pas la première fois que c'était observé, mais c'était impossible d'après la "loi" donc classé comme artefact. Ce genre d'oeillères est assez embêtant je trouve, mais j'en ai surement autant, posées par mon apprentissage de la biologie.

  24. #50
    invité576543
    Invité

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Juste pour être clair...

    La notion même de phylogénie du vivant demande d'accepter que tous les êtres vivants actuels descendent d'un nombre limité d'ancêtres (et plus particulière d'un seul, LUCA), et donc la notion de lignée avec modification ("descent with modification").

    De mon point de vue, dès que quelqu'un (moi inclus) parle de phylogénie, il accepte implicitement la théorie ci-dessus.

  25. #51
    noir_ecaille

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Un petit mot...

    Certains chercheurs considèrent qu'un remaniement cladistique est long, fastidieux, et de faite ne sera jamais complètement à jour, eut égard aux découvertes continuelles en phylogénie.

    C'est pourquoi ils proposent de ne garder que la cladistique "traditionnelle" basée sur les caractère morphologique, et pas forcément rattachée à la phylogénie.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  26. #52
    piwi

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    On ne peut comprendre cette position que si l'on admet que leur souci est plus la classification en elle même que la compréhension de l'évolution. C'est bien d'avoir classé les êtres vivants. Mais ce que l'on veut c'est que cette classification soit un outil pour comprendre l'histoire de l'évolution. Si on ne corrige pas les imperfections, voir les erreurs, je vois mal à quoi sert cet outil.

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  27. #53
    invité576543
    Invité

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    C'est pourquoi ils proposent de ne garder que la cladistique "traditionnelle" basée sur les caractère morphologique, et pas forcément rattachée à la phylogénie.
    Le mot "cladistique" renvoie à la phylogénie, j'imagine qu'il fallait lire "classification"...

  28. #54
    invité576543
    Invité

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    Mais ce que l'on veut c'est que cette classification soit un outil pour comprendre l'histoire de l'évolution. Si on ne corrige pas les imperfections, voir les erreurs, je vois mal à quoi sert cet outil.
    À l'époque de Linné, ils ne pouvaient pas le voir comme un outil pour comprendre l'évolution ; cela a quand même bien servi ! (Ne serait-ce qu'à fournir un langage commun entre zoologues ou botanistes.)

    Sur le fond, je suis d'accord avec ce que tu dis, mais faut bien avouer que le résultat pour le moment c'est un sacré désordre (un comble pour une discipline, la taxonomie, qui cherche au contraire à mettre de l'ordre). Différents textes de vulgarisation (encyclopédies, etc.) présentent des classifications différentes (suffit de comparer le wiki anglais et le wiki français). Ces textes deviennent obsolètes en quelques années, les noms de nombreux taxons ont un sens étymologiques perdant le rapport avec ce qu'ils désignent, un même nom sert à des taxons différents selon le texte auquel on se réfère, etc.

    Il n'y a pas vraiment de solution. Il me semble que faire l'arbre du vivant est un outil indispensable, comme tu le dis, pour comprendre l'histoire du vivant ; et faire deux classifications "officielles", une stable, l'autre phylogénétique, ne résoudrait qu'une petite partie du désordre.

    Faut faire avec, mais en comprenant pourquoi, c'est à dire en faisant la part des choses entre la phylogénie et la classification...

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  30. #55
    piwi

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Dans mon message j'avais dans un premier temps insisté sur la notion de contexte de la discussion et contexte actuel d'une manière générale. J'aurais sans doute du laisser cette partie en place.
    Il est évident que les premières classifications du vivant ne prenaient pas en compte l'évolution comme critère. Cependant, c'est notre critère aujourd'hui. Le but de chaque noeud est de mettre en lumière un dénominateur (caractère) commun qui diverge dans les branches. De plus en plus, la biologie est intégrée. Je ne fais pas moi même de classification mais il peut m'être utile de l'utiliser. Cependant, si ceux qui ont pour tache de l'établir ne cherchent plus à l'optimiser, je vois mal comment je pourrais lui faire confience...

    En gros, on peut être parfaitement conscient que refonder la classification du vivant est une énorme tache, mais on doit être tout aussi conscient que dans un avenir proche, on n'y coupera pas. Comprendre comment les mécanismes du vivant se sont mis en place, comment ils s'enrichissent et divergent sera une question qu'il va bien falloir adresser de manière systématique. On a bien réussi à séquencer des génomes, on devrait bien réussir ce nouveau défi.
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  31. #56
    kamor

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Le problème, c'est que vous partez du principe que ce qui vont consulter ça sont des experts, ou du moins des personnes avec toutes vos connaissances et que donc ils peuvent voir les limites de cette classification. Hors c'est faux.

    Et comme je l'ai dit aussi, ça crée aussi un piège pour nous. A savoir que si ça ne correspond pas à des définitions de la classe, ordre, famille, etc. à laquelle l'organisme appartient, c'est que c'est un problème d'observation pour beaucoup. Ca nous pose des limites car pour beaucoup ce qui est écrit vaut plus que l'observation ou les résultats d'une manip. Pourquoi? On risque de dévier vers un autre sujet, mais parce que la classification est faite par des gens considérés comme expert.

  32. #57
    noir_ecaille

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Peut-être qu'on peut avoir deux approches complémentaires :
    - l'une morphologique, décrivant des caractères/attributs
    - l'autre phylogénique

    Je ne suis pas sûre que les deux s'excluent. Dire que le scorpion et la mante religieuse sont des carnivores à carapace chitineuse est correct (morpho-description). On peut aussi dire que l'un est un arachnide et l'autre un insecte (axes phylogéniques).

    Je crois surtout qu'il existe, comme souligné plus haut, un problème de vocabulaire. Certains experts ou désignés comme tels redéfinissent certains noms à leur aune, d'autres préfèrent créer de nouveaux vocables afin de marquer la différence. Face à ce manque cruel de refonte concertée, on aboutit à un joyeux bordel où une dénomination peut dire tout et son contraire selon l'auteur/autorité référent(e). Bref. Bilan : on perd beaucoup en lisibilité et en substance.

    Un GIEC de la classification pour remettre un peu d'ordre dans tout ça ?
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

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