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Qu'est ce qu'une bactérie?



  1. #1
    piwi

    Qu'est ce qu'une bactérie?

    Bonjour.

    Ce n'est pas tous les jours que j'ouvre une discussion mais très récemment ma curiosité a été interpellée.

    Sans n'avoir jamais été vraiment passionné par la microbiologie j'ai été ammené au cours de mes études à suivre plusieurs enseignements dans cette discipline et la notion de bactérie m'avait toujours été présentée comme quelque chose d'assez clairement établi. Tous les textbooks le disent: une bactérie est un organisme unicellulaire dépourvu de membrane nucléaire (bien qu'il puisse avoir une structure nucléoide), d'organelles, et qui se divise par scissiparité. Il ne possède qu'un unique chromosomecirculaire. Par définition cet organisme est procaryote. Très bien, tout semblait couler de source.
    Puis arrive cette discussion: http://forums.futura-sciences.com/bi...ocaryotes.html, quelqu'un a fait mention de bactéries eucaryotes et un peu plus loin la bactérie Planctomycete , qui possède une forme d'enveloppe nucléaire a été présentée. Michel insiste même sur le fait que selon lui, la notion de procaryote devrait être remisée. Les coups de boutoirs portés sur mes connaissances ont fait que je me suis rendu compte que je n'avais jamais questionné le concept même de ce qu'est une bactérie et de ce que recouvre le terme procaryote. Du coup je me suis collé à la tache et mes lectures se sont avérées passionnantes. J'ai de quoi écrire un petit pavé sur ces questions à présent et je pense que je vais le faire tant il me semble que les enseignements scientifiques et epistémologiques que l'on en tire sont fondamentaux.

    Mais avant cela, et afin d'ouvrir un débat que j'espère animé par tous les esprits curieux, je pose cette simple question: selon vous, c'est quoi une bactérie?

    Cordialement,
    piwi

    -----

    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

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  3. #2
    doubleD

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Salut

    Moi je ferais une pirouette en disant qu'on classe parmis les bactéries les organismes dont les gènes sont ceux d'une bactérie...

    Pour caricaturer, tu fais un 16s et tu vois où il se met: bactérie ou archae ou organelle.

    D'ailleurs c'est comme ça que Woese a différencié les bactéries des archae, avec le polymorphisme du 16s.

    La notion de procaryote doit être remisée dans le sens qu'elle ne correspond pas à un groupe monophylétique. C'est un terme traditionnel, c'est tout. Chez les plantes on a le même problème: gymnospermes on est plus censé l'employer alors que c'est dans tous les bouquins. Encore plus loin, le terme végétal au sens traditionnel est abandonné. On parle de lignée verte pour faire la différences avec certains organismes unicellulaires photosynthétiques qui n'ont rien à voir.
    Dernière modification par doubleD ; 09/04/2010 à 15h04.

  4. #3
    kamor

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Je suis le "coupable" qui ait parlé de ces bactéries Eucaryotes sur l'autre sujet. Je dois l'avouer j'en avais entendu parler par hasard et donc je m'étais renseigné tellement ça m'avait paru étrange et loin de ce que j'apprenais.
    Pour moi, ça m'avait plus semblé être une notion à reclasser niveau systématique qu'autre chose. J'ai donc placé ça ici parce que du point de vue systématique, il y a des bactéries Eucaryotes, mais surtout car je voulais confronter d'autres points de vue.

    Après... bienvenue dans le joyeux monde de la microbiologie La plupart des notions ou classements datent du début du XX siècle, et sont donc à revoir.
    Je prends exemple sur mon sujet d'étude, bactérie découverte avant 1940, en 1980, en regardant l'ADN on remarque que certaines souches sont des espèces différentes, puis maintenant un biotype de ces bactéries qui étaient considérées comme non pathogènes, contiendraient en fait des bactéries tout autant sinon plus pathogènes que les autres biotypes d'après des recherches qui ont moins de 10 ans.
    Pour moi la microbiologie est en pleine mutation, des notions aussi "évidentes" que bactérie par exemple mériteraient presque une remise au point.

    @DoubleD = élégante pirouette mais quels gènes au juste ?

  5. #4
    noir_ecaille

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Quand on n'est pas dans les labos...

    Pour moi, un procaryote est (était ?) une cellule dépourvu de compartimentation : c'est-a-dire sans membrane nucléaire, sans organite, sans vacuole.

    Mais comme beaucoup de choses en Science, nos jolis petits tiroirs bien cloisonnés ne recouvrent pas la réalité.

    Donc... Qu'est-ce qu'un "microbe" ?

  6. #5
    Alhec

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par doubleD Voir le message
    Salut

    Moi je ferais une pirouette en disant qu'on classe parmis les bactéries les organismes dont les gènes sont ceux d'une bactérie...

    Pour caricaturer, tu fais un 16s et tu vois où il se met: bactérie ou archae ou organelle.

    D'ailleurs c'est comme ça que Woese a différencié les bactéries des archae, avec le polymorphisme du 16s.

    La notion de procaryote doit être remisée dans le sens qu'elle ne correspond pas à un groupe monophylétique. C'est un terme traditionnel, c'est tout. Chez les plantes on a le même problème: gymnospermes on est plus censé l'employer alors que c'est dans tous les bouquins. Encore plus loin, le terme végétal au sens traditionnel est abandonné. On parle de lignée verte pour faire la différences avec certains organismes unicellulaires photosynthétiques qui n'ont rien à voir.
    J'aurais dit pareil Quant à la notion d'espèce et de souche, si elle peut être pratique, elle s'applique assez mal. Mon prof de microbio nous avait dit qu'on pouvait à la limite considérer l'ensemble des bactéries comme un super-organisme mondial partageant potentiellement le même génome...
    On n'est pas sorti de l'auberge

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    piwi

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    l'ensemble des bactéries comme un super-organisme mondial partageant potentiellement le même génome...

    Là, pour le coup, ça me semble une grosse provocation qu'il doit être difficile de défendre une fois l'effet de surprise passé. Je n'entrevois aucun argument sous tendant cette idée.
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

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  10. #7
    invite986312212
    Invité

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Mon prof de microbio nous avait dit qu'on pouvait à la limite considérer l'ensemble des bactéries comme un super-organisme mondial partageant potentiellement le même génome...
    à l'inverse, est-ce que c'est censé de considérer un métazoaire comme un ensemble d'êtres unicellulaires qui coopèrent? (et ont perdu la possibilité de vivre de façon autonome bien sûr)

  11. #8
    fabien.che

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par piwi Voir le message

    Là, pour le coup, ça me semble une grosse provocation qu'il doit être difficile de défendre une fois l'effet de surprise passé. Je n'entrevois aucun argument sous tendant cette idée.
    Je ne défends pas en particulier la théorie du super-organisme, mais histoire de mettre un peu le bazar, les bactéries ne sont-elles pas les seules à s'échanger naturellement du matériel génétique ? Je pense aux plasmides de résistances aux antibiotiques par exemple.

  12. #9
    Yoyo

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Salut

    La notion de procaryote (qui signifie "avant noyau") pose pas mal de probleme d'un point de vue de l'évolution! Certains pensent meme que les organismes primordiaux auraient pu etre des cellules avec des noyaux qui auraient été perdus par la suite!

    Sinon comme le disait un intervenant au debut de ce fil, actuellement l'identification des bactéries s'effectue par séquencage de l'ARNr 16S. D'ailleurs c'est grace a cela qu'on identifie toutes les especes non cultivées (>90% des bactéries) lors des analyses par métagénomique.

    YOyo

  13. #10
    gorben

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Salut,

    Pour moi "bacterie" reste quand meme une cellule sans noyau. Il y a certes des bacteries avec un "noyau", avec plusieurs chromosomes ou un chromosome lineaire. Cela reste des exceptions. La diversite chez les bacteries est tout de meme phenomenale, quelques exceptions ne devraient pas remettre en cause un concept comme celui la. De plus maintenant, on possede des techniques plus sophistiquees pour le classement des organismes (PCR 16S par exemple).

    De plus, hors l'aspects strutural, les bacteries partagent le meme mode de fonctionnement (replication, transcription, traduction). Ces modes de fonctionnement sont presents dans tous les organismes vivants, mais le mecanisme est different entre les eucaryotes, procaryotes et archees.

    A+

  14. #11
    Alhec

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par piwi Voir le message

    Là, pour le coup, ça me semble une grosse provocation qu'il doit être difficile de défendre une fois l'effet de surprise passé. Je n'entrevois aucun argument sous tendant cette idée.
    L'idée concerne bien les phénomènes d'échanges génétiques, qui rendent un peu caduque la notion d'espèce chez les bactéries. Il ne s'agissait pas évidemment de dire que toute les bactéries faisaient partie d'une même entité. Malheureusement, il n'y a pas la référence de la citation dans le cours Je demanderai au prof si j'ai l'occasion.

  15. #12
    doubleD

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Salut
    Citation Envoyé par fabien.che Voir le message
    Je ne défends pas en particulier la théorie du super-organisme, mais histoire de mettre un peu le bazar, les bactéries ne sont-elles pas les seules à s'échanger naturellement du matériel génétique ? Je pense aux plasmides de résistances aux antibiotiques par exemple.
    Ben non, y a des transferts de bactérie à eucaryotes aussi. Et la conjuguaison existe aussi chez les eucaryotes.

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  17. #13
    kamor

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    J'aurais dit pareil Quant à la notion d'espèce et de souche, si elle peut être pratique, elle s'applique assez mal. Mon prof de microbio nous avait dit qu'on pouvait à la limite considérer l'ensemble des bactéries comme un super-organisme mondial partageant potentiellement le même génome...
    On n'est pas sorti de l'auberge
    La fameuse théorie du métagénome... puique les bactéries réagissent les unes aux autres, on peut presque dire que le gène de l'une va activer le gène de l'autre. Oui mais dans ce cas, pourquoi se limiter aux bactéries. Après tout, la "découverte" par notre système immunitaire d'une bactérie va déclencher des mécanismes.

    Elle s'applique car on en a besoin, il est plus facile de discuter de quelque chose quand on peut la nommer et la différencier des autres.
    Dire qu'on a un animal domestique, c'est bien, mais ça peut être un chien, chat, cochon, rat...

  18. #14
    Alhec

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Je critiquais pas la nécessité de classification, je faisais juste une remarque. Sinon oui bonne remarque concernant la conjugaison eucaryote (paramécie non?).
    Peut-être peut-on avancer que ces mécanismes sont largement répandus chez les bactéries?

    On va éviter d'entrer dans des considérations de métagénome, ce serait hors-sujet. Je suis désolé d'avoir lancé le HS avec mon histoire Je ferai quand même des recherches à ce sujet et j'ouvrirai un topic dédié si besoin. Mais à priori, le système immunitaire n'échange pas ses gènes avec les bactéries qu'il rencontre.

    Finalement, la définition de doubleD est peut-être la plus aisée non?

  19. #15
    lumiére é vie

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Quand on n'est pas dans les labos...

    Pour moi, un procaryote est (était ?) une cellule dépourvu de compartimentation : c'est-a-dire sans membrane nucléaire, sans organite, sans vacuole.

    Mais comme beaucoup de choses en Science, nos jolis petits tiroirs bien cloisonnés ne recouvrent pas la réalité.

    Donc... Qu'est-ce qu'un "microbe" ?
    Pas forcément qu'un procaryote soit dépourvu de tout ! sans membrane nucléaire, et même sans organite !!! les bactéries certains, ont des mitochondries...
    Donc, les procaryotes sont dépourvus de mb nucléaire tandis que les eucaryotes ont cette membrane ... c'est la seule différence qu'il y a je pense ?!
    Les bactéries normalement sont classées à être procaryotes et non eucaryotes !
    Les virus sont classés à part ...comme des être vivants !
    "J'aime celui qui rêve de l'impossible" W.Goethe

  20. #16
    lumiére é vie

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Désolée, les bactéries n'ont de mitochondrie, elles ont simplement les ribosomes mais la structure des deux se ressemble !
    "J'aime celui qui rêve de l'impossible" W.Goethe

  21. #17
    Yoyo

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par lumiére é vie Voir le message
    Désolée, les bactéries n'ont de mitochondrie, elles ont simplement les ribosomes mais la structure des deux se ressemble !
    La structure des deux quoi se ressemble? parceque vu ta phrase on pourrait penser que tu dis que les ribosomes et les mitochondries se ressemblent, ce qui serait evidemment une abbération.

    En revanche une mitochondrie et une bacterie se ressemble en effet et ce n'est pas tres etonnant vu l'origine des mitochondries.

    yoyo

  22. #18
    lumiére é vie

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Citation Envoyé par Yoyo Voir le message
    La structure des deux quoi se ressemble? parceque vu ta phrase on pourrait penser que tu dis que les ribosomes et les mitochondries se ressemblent, ce qui serait evidemment une abbération.

    En revanche une mitochondrie et une bacterie se ressemble en effet et ce n'est pas tres etonnant vu l'origine des mitochondries.

    yoyo
    Il serait évidement de même : une aberration de répétition, si au lieu de "les deux" on remplace par mitochondrie et bactérie !!
    Vu qu'on est dans un sens scientifique, un ribosome ne ressemble ni à une mitochondrie ni à un ribosome
    Cordialement,
    Lumière et vie
    "J'aime celui qui rêve de l'impossible" W.Goethe

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  24. #19
    fabien.che

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    (Moi je trouve pourtant qu'un ribosome ressemble vachement à un ribosome, quand même...)

  25. #20
    lumiére é vie

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Vu que nombreux de nous maitrisent moins le vivant ! Une petite suggestion ajoutée : pourquoi on ne crée pas un coin Labo "Laboratoire" ??! Serait extraordinaire, de cette façon notre imaginaire, savoir faire ainsi nos actes améliorons
    "J'aime celui qui rêve de l'impossible" W.Goethe

  26. #21
    LXR

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    L'imagination est importante en sciences mais elle ne permet pas de dire n'importe quoi. L'imaginaire est déjà hors-contexte scientifique, cela appartient à la littérature.

    Je te rappelle qu'étant sur un forum scientifique, tu ne peux pas dire n'importe quoi sous couvert d'une imagination quelconque. De plus, soutenir des aberrations devant un argumentaire scientifique fort, prouvé et largement accepté n'est pas raisonnable.

    Citation Envoyé par Charte
    6. Ayez une démarche scientifique. Ce forum n'est pas un lieu de discussion sur de soi-disant phénomènes paranormaux ou "sciences" parallèles. Toutes idées ou raisonnement (aussi géniaux soient ils) doivent reposer sur des faits scientifiquement établis et non sur de vagues suppositions personnelles, basées sur d'intimes convictions.
    Merci de repartir sur des bases scientifiques saines.

    LXR pour la modération

  27. #22
    Dreiyan

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    D'après moi une bactérie est une espèce appartenant au taxon Eubacteria, si tant est que celui-ci est monophylétique mais il est actuellement considéré comme tel (sans les archées bien sûr).
    Comme dit précédemment, il est possible de savoir si un organisme appartient au taxon Eubacteria avec des analyses phylogénétiques.

    Que les membres de ce taxon aient ou pas un noyau, forment ou pas des colonies, se différencient ou pas, soient quasiment des organismes multicellulaires ou non (les streptomycètes sont aussi un exemple assez frappant allant à l'encontre de la définition morphologique habituelle de la bactérie, vu qu'ils forment des structures semblables aux mycètes), ce sont tous des bactéries.

    Concernant les procaryotes, ils ne forment déjà pas un groupe monophylétique mais servent à nommer "tout ce qui n'appartient pas aux eucaryotes", les eucaryotes étant un groupe monophylétique ayant comme caractère dérivé un noyau et une compartimentation cellulaire (etc), mais surtout une évolution commune. Mais c'est vrai que s'il s'avère que certaines bactéries ont des noyaux ou structures ressemblantes, la dénomination eucaryotes/procaryote est désuète. Et la pertinence d'un classement du vivant en ces deux grands groupes artificiels est remise en question.

  28. #23
    piwi

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Ma question était un peu provocatrice j’en conviens. Je remercie tout le monde d’avoir joué le jeu et je vais à présent développer un peu ma pensée et l’objet de cette discussion. Il est intéressant de constater que la notion même de bactérie ne se discute pas. La définition qu’on en donne est très générale, et semble graver dans le marbre le plus solide. On trouve ceci sur wikipedia : Les bactéries (Bacteria) sont des organismes vivants unicellulaires procaryotes (caractérisées par une absence de noyau et d'organites). J’avais la même définition dans mes cours de bactériologies, dans mes livres de biologie cellulaire. A la lire on a l’impression qu’une bactérie appartient au super ordre des procaryotes qui se caractérise entre autres choses par l’absence de noyau cellulaire. Le terme procaryote renvoie donc à une phylogénie et y donne une orientation. Le procaryote c’est l’organisme avant les eucaryotes. C’est d’ailleurs là son fondement, il existe une dichotomie fondamentale dans le vivant qui donne le sens primordial de l’évolution. Si simple et si séduisante que cette présentation soit, elle est pourtant aujourd’hui discutée. Ainsi en 2006, Norman R. Pace proposait dans Nature d’abandonner la dichotomie procaryote/eucaryote et proposait même de retourner au terme microbes pour parler des petits organismes unicellulaires (Pace N.R. (2006) Nature Vol 441 : 286). Dans le numéro suivant, William Martin and Eugène V Koonin lui répondaient en argumentant sur l’utilité du terme procaryote (Martin W. et Koonin E.V. (2006) Nature Vol 442 : 868). Alors ? Qu’est ce qu’une bactérie et que signifie la dichotomie procaryote et eucaryote. Pour essayer de le comprendre je suis allé faire un tour du coté de l’Histoire des sciences.
    La découverte des bactéries remonte au développement du microscope et on la doit à van Leeuwenhoek à l’origine de ce que je pourrais appeler une seconde école de Delft (de manière hors sujet, il est quand même intéressant de noter que la microscopie se développe en même temps que Vermeer utilise des systèmes optiques pour tirer ses perspectives. Si quelqu’un sait s’il y avait une école de verrerie particulière à Delft à cette époque, je suis preneur de cette info). A ce moment là normalement on se dit que la description des bactéries se met en place. Pourtant à bien y regarder, les choses sont nettement moins claires. Trop petits, ces organismes, si ils sont identifiés, ne peuvent pas être correctement décrits, et leur classification reste obscure. Ainsi il a fallu attendre les années 1940 et le développement de la microscopie électronique pour avancer un peu plus sur la description. A y regarder de près, la classification des bactéries est loin d’être une évidence. Rapidement, les bactéries ont été classées dans l’ordre des protistes (organismes unicellulaires). Cependant ce n’est pas loin de cent ans plus tard qu’Haeckel (1834-1919) les a le premier isolées en un groupe à part. Pour lui la caractéristique essentielle était que l’on n’observait pas de noyau. Il faut bien comprendre ici que sa position est presque plus idéologique que scientifique. Comme je l’écrivais plus haut, la présence ou l’absence de noyaux était intranchable à l’époque. On n’en observait pas, mais le débat sur leur existence ou leur absence était tout à fait ouvert et il le restera longtemps. Dans les années 1950, on trouve encore des articles décrivant l’observation au microscope électronique de noyaux dans les bactéries. (Mudd S., and Smith A.G. (1950) J Bacteriol 59 :561-573). C’est dire si la classification de Haeckel reposant sur l’absence de noyau n’allait pas de soit. En fait, Haeckel était moniste, une philosophie qui considère qu’il n’existe pas de limite entre le vivant et le non vivant. Le noyau cellulaire étant perçu comme un moteur de l’hérédité, son absence lui suggérait que les bactéries étaient des organismes émergeant spontanément de la matière minérale. C’est ce lien qu’il recherchait qui donne son sens à sa classification. C’est aussi pourquoi il a appelé son groupe Monera (“The nucleus discharges the functions of reproduction and heredity, and the cytoplasm of the cell body accomplishes the metabolism, nutrition and adaptation”).
    A cette époque, les bactéries restent chez les protistes qui sont eux-mêmes considérés tantôt comme végétaux, tantôt comme animaux. Comme certaines bactéries étaient pigmentées on estimait que les plantes en descendaient et l’étude des bactéries était plutôt dévolue aux botanistes, d’où le fait qu’elles aient été nommées Schizomycetes ou encore Schizophyta [Cohn (1828-1898)]. Même si Haeckel voulait faire de son Monera un super groupe, ce ne se fera que plus tard et c’est Copeland qui en 1938 (!) proposera 4 super groupes: Monera, protiste, végétal, et animal. Une fois encore, la sortie du super groupe Monera va se faire sur deux arguments : (1) l’absence de noyau et (2) le fait supposé que toute vie en descende. A partir de là, les choses se fixent et l’essentiel du travail que l’on pense restant est de caractériser finement les Monera. Deux personnes capitales vont alors entrer en jeu. En 1941 Stainer et van Neil vont ajouter à l’absence de noyau deux nouveaux caractères : l’absence de reproduction sexuée et l’absence de plastes (organelles pigmentés des plantes [ex : chloroplaste]). Dans un premier temps, ils fondront leurs efforts de classification sur le travail d’un autre microbiologiste, Edouard Chatton, qui en 1937, avait proposé une nomenclature pour classer les êtres vivants en deux « meta » groupes : les procaryotes (bactéries) et les eucaryotes (les autres). Il y a chez Chatton un véritable souci de classification au sens darwinnien, c'est-à-dire, une recherche de phylogénèse que Stainer et van Neil reprennent. Ces deux termes ne feront pas grand bruit jusqu’en 1962, année ou ils publient le gros papier intitulé « concept of bacterium ». Là, la dichotomie fait mouche, on redécouvre les travaux de Chatton et d’autres. Cependant, à ce moment là, il y a méprise ! En effet, en écrivant leur papier, Stainer et van Neil mesure à présent pleinement la difficulté d’établir une classification phylogénétique des bactéries. Ils s’y sont employés durant des années sans succès. Par ailleurs, l’observation de bactéries nuclées (artefactuelle ou non, peu importe ici), l’annonce de la recombinaison bactérienne en 1946, ont mis à mal la définition du super groupe Monera. Ainsi, déjà en 1957, van Neil avait rejeté toute velléité de classification des bactéries. Si bien que, quand en 1962 il emploie avec Stanier le terme de procaryote proposé par Chatton, il ne l’emploie pas du tout dans le même but que son prédécesseur. Le terme procaryote ne recouvre plus ici qu’une caractéristique morphologique. C’est ici que s’installe l’immense mal entendu qui demeure encore aujourd’hui.

    J’en reste là pour l’instant non sans laisser une petite biblio :
    Sapp J. Two faces of the procaryote concept. (2006) Int Microbiol. (9): 163-172
    Sapp J. The Procaryote-Eukaryote Dichotomie: Meanings and Mythology. (2005) Microbiol. Mol. Biol. Rev. (69): 292-305
    Guerrero R., Berlanga M. The hidden side of prokaryotic cell: rediscovering the microbial world. (2007) Int Microbiol (10):157-168
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  29. #24
    Alhec

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Ok, donc il est plus pertinent de concevoir le vivant en trois parties: eukaryota, bacteria et archeae? (Classé selon ARN 16s ou autre).

    En fait, le titre du topic aurait plutôt dû être "qu'est-ce qu'un procaryote" non? Si j'ai bien suivi

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  31. #25
    piwi

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Oui et non.
    J'assume parfaitement une petite provocation pour rendre le titre un poil plus punchy. En même temps il y a de véritables questions.
    La première est que l'on présente souvent de manière plus ou moins implicite les bactéries comme faisant parties de ce que j'ai appelé un méta-ordre de classification appelé procaryote. Un des buts de ce fil était de montrer que cela est parfaitement faux et que c'était déjà faux dans la tête des auteurs dont on se sert pour légitimer le concept.
    La seconde question est de savoir ce qui groupe les bactéries et comment on les insert dans une classification.
    Tu peux aller voir ce papier http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?t...orrectspelling et regarder la figure 1. Tu y verras une sorte d'arbre phylogénétique présentant les trois super groupes Bacteria, Arche, et eucaryote. On voit qu'à l'intérieur des deux derniers groupes il y a des ramifications. Pas dans le groupe Bacteria. Là il y a juste un tronc dont émerge une myriade de branches séparées. Alors sur quoi s'appuie-t-on pour classer les bactéries ensemble? Ca reste vague. La forme? Certainement non! Comment trouver un point commun entre une spirochete et un cocque? La taille? Non plus. L'absence de noyau? On trouve une certaine forme de nucléation dans certaines bactéries. Le mode de division pas scissiparité? Ca n'a pas l'air d'être toujours le cas. Et d'ailleurs sur ce point on oppose toujours scissiparité et mitose des eucaryotes. On oublie que le mode de division cellulaire est loin d'être systématique au sain des eucaryotes même (j'avais discuté ce point il y a longtemps ici. Il faudrait retrouver le fil). Les bactéries n'ont pas d'organelles? On trouve des bactéries qui développent une certaines forme de plastes. On peut parler de la génomique, mais est ce suffisant pour définir un groupe de manière intéressante si c'est le seul dénominateur commun? Finalement, est ce que nommer l'ensemble des bactéries sous un terme générique a vraiment un sens? C'est aussi un peu le fond de ma question.

    Ce qui m'interroge c'est d'une part que la notion de bactérie est présentée comme quelque chose de très claire alors que l'on voit qu'elle ne cesse de bouger dans le temps et même encore très récemment (les années 1970 avec les Archés). Il n'est sans doute pas inutile de prendre du recul pour mieux en cerner les limites et pouvoir l'interroger.
    Par ailleurs, cette histoire montre aussi que l'on peut facilement se laisser enfermer dans des concepts presque malgré nous. On voit ici comme la notion de procaryote s'impose d'elle même très rapidement et comment est dispensé alors une sorte de mythe. Je trouve qu'epitémologiquement la leçon est très forte. Ne pas remettre en question une idée, un concept, parce qu'il nous est présenté avec assurance est manifestement une lourde erreur. A titre personnel, penser que je puisse être docteur en biologie et avoir été victime de cela m'invite à une profonde remise en question de ce que je pense savoir dans son ensemble. D'une manière générale, on a souvent l'impression d'être arrivé à un savoir abouti qui n'a plus qu'à être affiné à la marge. Savoir que ca n'est pas le cas et avoir conscience d'un tel exemple vaut son pesant de cacahuètes.

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  32. #26
    kamor

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Je pense que ce travail se fera... un jour
    Il est vrai que c'est toujours dérangeant de voir ce que l'on prend pour une évidence être remis en question. Je me souviens quand mon prof de microbio a commencé son cours en annonçant que l'ATP n'est pas la molécule d'énergie, c'est en fait le rapport ADP / ATP qui représente cette énergie. Je me suis pris une claque, c'était la première fois qu'une chose apprise au lycée, donc 90% de ma culture scientifique à l'époque) m'était présentée comme fausse. Je pense que je comprends mieux le traumatisme du père Noël
    Il faut l'avouer, ce genre de discussions et remise en cause est tenue surtout par de vieux pontes qui après une carrière à prendre certaines choses pour des évidences, les assimilent comme telles. Bien sur, certains arrivent à rester assez critiques pour voir plus loin qu'eux mêmes. Mais là... c'est dur.
    Encore une disgression mais un autre prof nous avait expliqué que si on s'en tenait à la définition d'hérédité, il faudrait expliquer l'ADN, l'ARN et les prions . Notion quand même dérangeante.
    Les notions de Gram - Gram + commencent lentement à disparaitre, mais changer la notion de bactérie, c'est révolutionner la bactériologie.
    Personnellement, je trouve ça fascinant, mais pour les décideurs de ce domaine, l'approche doit être légèrement différente

  33. #27
    doubleD

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    En fait je pense que ce sont des choses qui varient avec le cursus individuel de chacun. Piwi si je me trompe pas tu viens d'une "filière" plus médicale, ce qui fait que tu as surement vu le vivant sous un certain aspect.

    Quand on passe par une filière microbio fondamentale, le concept procaryote est battu en brèche d'entrée, c'est une des premières choses qu'on voie, comme un exemple historique d'ailleurs. Du coup c'est plus vraiment surprenant.

    On a tous en fait une vision vraiment déformée par notre domaine, et c'est compréhensible. C'est lié à la spécialisation de notre domaine d'étude, et là c'est mon avis personnel qui est beaucoup trop mammalocentré dans l'enseignement. On insiste pas assez sur la notion de modèle et de domaine de validité du modèle, ce qui fait qu' on a pas tendance à remettre en question ce que l'on sait.

    Un exemple concret un peu HS, je travaille sur les mitochondries. Pour la plupart des gens, une mito ça a un génome très simple, d'à peu près 16kb. C'est ce qu'on voit à la fac. Sauf que c'est un cas particulier, qui se trouve être celui des animaux. C'est faux partout ailleurs, mais pour tous les gens qui ne travaillent pas dessus, la mito c'est comme ça. Là le cas particulier est devenu la règle dans l'esprit. Pareil pour les introns et plein d'autre chose comme ça.

  34. #28
    piwi

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    C'est vrai que le cursus doit beaucoup jouer. Je pense que ton intervention résume assez bien ce qui c'est passé pour mon cas personnel. Médecine n'a jamais été centré que sur l'homme et même en ayant bifurqué vers la biologie et la recherche, je conserve ce défaut. Cependant, je maintiens ma remarque avec sévérité. Que ce soit à la fac de médecine ou dans les enseignements que j'ai pu avoir avoir dans mon parcours en biologie, c'est une notion fausse qui m'a été présentée. Je ne comprends pas pourquoi il faut qu'elle ne soit expliquée correctement qu'aux seuls microbiologistes. C'est quand même très étrange que j'ai pu apprendre ce qu'est le peptidoglycan, que j'ai appris je ne sais plus trop combien d'espèces bactériennes, que l'on m'ait enseigné le métabolisme du fer chez pseudomonas, et que personne n'ait jugé important de replacer la notion même de bactérie et de procaryote dans son contexte. Ca coutait quoi de le faire?

    Sinon, je reviens à mon message princeps et à la lettre de Martin W. et Koonin E.V. [(2006) Nature Vol 442 : 868] où les auteurs défendent coute que coute le terme procaryote. Si je comprends parfaitement les arguments qui les poussent à défendre la portée de ce que recouvre ce terme, je ne comprends pas pourquoi vouloir le maintenir. Pourquoi personne n'utilise le terme d'acaryote pour les organismes sans noyau puisqu'il est entendu que le terme procaryote est mal choisi? Acaryote n'apporte aucune connotation évolutive, est purement factuel, il me semble s'imposer de lui même. Vous en pensez quoi?

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  35. #29
    Alhec

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    Je suis assez d'accord avec doubleD, mon prof nous avait déjà mentionné l'extraordinaire diversité de ce qu'on appelle bactérie par rapport aux eucaryotes par exemple. Disons que ce que tu me dis Piwi ne me surprend pas outre mesure personnellement, mais il est vrai que je m'intéresse pas mal aux questions de classification (à titre de hobby pour l'instant, je précise, je n'ai pas encore eu l'occasion d'en faire de manière scientifique, je commence l'année prochaine )
    Bel exemple concernant la mitochondrie. En vous lisant, je me dis que je dois avoir des profs exceptionnels, parce qu'ils me semblent qu'ils ont toujours prix la peine d'expliquer les limites de ce qu'ils enseignent.
    Je crois que l'important c'est de rester humble et d'avoir toujours à l'esprit que tout peut être chamboulé (expression de mon prof de microbio, décidément un bon gars ). Il avait d'ailleurs commencé son cours par le diagramme présenté dans l'article que tu cites.

  36. #30
    noir_ecaille

    Re : Qu'est ce qu'une bactérie?

    De même, en filière STL-BGB (baccalauréat technique, sciences et techniques de laboratoire, option biochimie et génie biologique -- pour les non initiés), mes profs ont toujours professé (que c'est beau ) que la Science est faite de postulats, sans cesse remaniés ou remplacés.

    De prime abord, on nous enseignait à ne pas croire ce qu'on apprend, seulement à nous en servir et (cerise sur le gâteau, merci à notre prof de philo ) à rester humble -- que ce soit avec nos modèles devant la réalité, ou tout simplement autocritique face à un ensemble de résultats et les significations potentielles à en tirer.


    J'ai tout de même une remarque sur l'arbre philogénétique des (eu)bactéries : une notion très importante apprise au lycée, les bactéries ont des mutants (au même titre que les eucaryotes entre autres) mais ont aussi des capacités plus ou moins répandues (en tout cas plus visiblement que ches les eucaryotes populairement étudiés) comme :
    - la conjugaison
    - les plasmides
    - la recombinaison active -- ou comment une colonie, issue d'un mutant, et stressée, retrouve une capacité perdue en modifiant son génome "en directe" (sans sélection de nouveaux mutants, à l'aide d'une cascade métabolique que j'ai oubliée depuis, mais surtout qui réactivait/modifiait une voie occulté par une mutation ou un antibiotique).

    Ce ne sont que quelques exemples pour illustrer une idée (bête ?) : si une bactérie peut modifier activement son patrimoine génétique (par tous ces biais et ceux que j'oublie), comment ne pas penser qu'au fil du temps on perd la traçabilité génétique ?

    Est-ce que ce ne pourrait être cela, être une (eu)bactérie ?

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