Mutation de la protéine DsRed

[Rabah-Issa]

Bonjour à tous,

j'ai une question qui va peut-être vous paraître bête mais je tente quand même ...
En classe, lors de TP, nous avons étudié la protéine DsRed ainsi qu'une de ses formes mutées. Il s'agissait d'une mutation ayant eu lieu sur l'acide aminé 43 (ou 42? peu importe ...) et qui substituait une Glutamine pour une Asparagine. Il s'agissait donc d'une mutation neutres puisque ces deux acides aminés sont de la même famille. Pourtant la protéine sauvage DsRed fluoresce en rouge alors que sa forme mutée fluoresce en rose clair.
Aussi la mutation n'a pas eu lieu sur les acides aminés responsables de la couleur rouge à l''origine de la protéine. Cette mutation a eu lieu sur AA éloigné (en position 43). Je ne comprends pas pourquoi cette mutation a l'effet d'ammoindrir la fluorescence de la protéine alors que l'acide aminé remplaçant est de la même famille que le substitué. Est-il possible que la mutation ait alors un effet sur la structure de la protéine? A quoi cela pourrait être dû autrement? Que dire de la fonctionnalité de la protéine?

Merci de vos réponses.

Et aussi quelles techniques d'étude de la structure des protéines pourrais-je utiliser pour étudier la structure de DsRed mutée? Les rayons X, le dichroïsme circulaire?
Merci de vos réponses encore ...
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[Svenn]

Le résidu muté est très probablement à proximité immédiate du fluorophore de la DsRed. Le groupement amide situé à l'extrêmité de ces résidus peut alors interagir avec le fluorophore et agir sur sa fluorescence. L'asparagine est plus courte que la glutamine, donc cet amide ne se retrouve pas forcément à la même distance du fluorophore entre le wt et la protéine mutée, ce qui induira des différences de fluorescence.

[vpharmaco]

Un petit coup d’œil a la structure RX montre que c'est une protéine tetrametique http://www.rcsb.org/pdb/explore/expl...ructureId=1GGX
Si le résidu en question participe a l'une des interfaces entre monomères, sa mutation peut induire des modifications structurales de la prot assez importantes pour modifier son spectre de fluorescence.

NB: Le passage d'une fluorescence du rouge vers le rose clair ne veut pas dire que la "fluorescence est amoindrie". Cela indique juste que les lamba max d'absorption/emission ont change. Ce n'est pas la même chose que le rendement quantique de fluorescence qui est le rapport entre le nombre de photons absorbes et le nombre de photons emis par fluorescence.

Pour les methodes structurales, tu peux ajouter la RMN a ta liste