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Etudier la down-régulation d'une protéine



  1. #1
    Enialix

    Etudier la down-régulation d'une protéine

    Bonjour !

    Petite question pratique. Je me demande, dans le cas ou l'on sait que telle protéine est moins abondante dans les cellules atteintes de telle maladie, quels moyens peuvent être utilisés pour trouver comment elle est down-régulée.
    J'ai pensé a :
    - l’étude de microRNA (méthode ?)
    - l’étude de la stabilité de son ARNm (méthode ?)
    - la stabilité de la protéine (traitement cycloheximide + western-blot en fonction du temps)
    - l’étude de l’activité de son promoteur (test dual luciferase)

    Avez-vous d'autres idées ? Ou connaissez-vous des méthodes pour les deux premiers points ?

    C'est dans le cadre d'un retour en France après un postdoc a l’étranger. J'ai trouvé hier un labo qui voudrais me prendre, et la deadline pour écrire le projet et l'envoyer pour un financement est lundi, je suis donc pris un peu de court !

    Merci d'avance !
    Enialix

    -----


  2. #2
    random_postdoc

    Re : Etudier la down-régulation d'une protéine

    Bon écrire un projet pour ce type de poste on va pas non plus le faire à ta place (en tout cas pas gratos ), mais peut-être quelques pistes de réflexion:

    -Pour les miRNA, oui ça semble une bonne idée. Perso je commencerai tout simplement par faire un array global d'expression des miR cellule saine vs cellules malades, vois ceux qui sont augmentés dans cellule malade, check les databases gratuites type mirbase pour voir ceux qui target potentiellement ta prot d'intérêt, test les in vitro en traitant tes cellules avec premiR ou antagomiR.

    -Si tu veux faire un truc "à la mode" pars du côté des histoires de répression épigénétique de l'expression des gènes type methylation/acetylation des histones/de l'ADN dans la région où se trouve le gène codant ta protéine d'intérêt dans les cellules malades vs saines.

    Bonne chance!

  3. #3
    random_postdoc

    Re : Etudier la down-régulation d'une protéine

    Ah oui j'oubliais (je peux plus éditer le post du dessus donc pardon pour le flood), avant de se lancer dans tout ça faut évidemment mesurer l'expression au niveau mRNA pour avoir une permière idée approximative si le défaut est au niveau transcriptionnel ou non (mais peut être est-ce déjà fait).
    Dernière modification par random_postdoc ; 16/11/2013 à 17h21.

  4. #4
    Enialix

    Re : Etudier la down-régulation d'une protéine

    Bonjour, et merci de ta réponse.
    Je ne veux en aucun cas que quelqu'un le fasse pour moi, je souhaitai juste quelques pistes a explorer, tu m'en a donné quelques unes, et pour ca je te suis reconnaissant.
    En faisant la biblio j'ai vu que les niveaux de mRNA et de prots ont en effet déjà été testés, seule la prot est down-regulee, mes pistes 2 et 4 tombent donc a l'eau ^^.
    Ça va être chaud pour boucler ça pour demain !

    Encore merci !
    Enialix

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