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charge et acide aminé



  1. #1
    le_programmeur_en_bio

    charge et acide aminé


    ------

    bonjour m'sieurs dames,

    la charge des acides aminés... un sujet souvent abordé mais j'ai besoin d'un truc précis

    Comment calcule-t-on la charge du résidu d'un acide aminés ?
    et je précise, savoir qu'il est neutre, positif ou négatif ne me suffit pas... il me faut une valeur en coulomb

    à vrai dire je sais même pas si c'est possible

    ça dépend forcément du ph du milieu et des atomes qui composent le résidus, mais existe-t-il une zoulie formule qui calcule ça ?

    si vous pouvez pas m'expliquer parce que c'est trop long ou trop compliqué j'accepte volontiers un lien

    -----

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  3. #2
    le_programmeur_en_bio

    Re : charge et acide aminé

    je me suis dit que je devais ptet être plus précis...

    alors j'aimerai calculer la force d'attraction entre un ion et le résidu d'un acide aminé. Seulement pour le calcul j'ai besoin q(ion) et q(résidu)

    bouhouou, est-ce seulement possible ?

  4. #3
    le_programmeur_en_bio

    Re : charge et acide aminé

    heu... quelqu'un pourrait me dire si c'est possible ?


    merci

  5. #4
    philou21

    Re : charge et acide aminé

    Bonjour
    je ne comprends pas bien, il s'agit de la charge d'un acide aminé dans une protéine par exemple ?

  6. #5
    le_programmeur_en_bio

    Re : charge et acide aminé

    exactement

    imagine une hélice alpha avec une partie dans la membrane et une partie vers l'extérieure. si un ion passe juste à coté, je voudrais savoir s'il risque d'être attiré et avec quelle intensité (exemple : un anion qui passe à coté d'une arginine)

    je précise que je viens du monde de l'informatique et non de la biochimie.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    philou21

    Re : charge et acide aminé

    Oui, ce que tu veux calculer est le potentiel électrostatique de ta protéine.
    C'est possible si tu connais la densité électronique de ta molécule :

    Le potentiel sera alors


    ou repère les noyaux de numéros atomiques

    La connaissance de la densité électronique nécessite la résolution de l'équation de Schrödinger pour la molécule.
    Une protéine c'est gros mais je pense qu'il existe des méthodes approximatives (genre semi-empiriques) qui peuvent faire le boulot...
    Bon maintenant, je ne suis pas spécialiste des macromolécules, peut-être existe-t-il des méthodes empiriques beaucoup plus simples.

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  10. #7
    philou21

    Re : charge et acide aminé

    Heu... d3r' pour l'intégration bien sûr ....

  11. #8
    le_programmeur_en_bio

    Re : charge et acide aminé

    hum, hum, mais ça a l'air super simple tout ça

    en tout cas merci pour ta réponse

  12. #9
    philou21

    Re : charge et acide aminé

    Citation Envoyé par le_programmeur_en_bio Voir le message
    hum, hum, mais ça a l'air super simple tout ça...
    Oui, désolé, mais c'est un problème compliqué...
    Y-a plein de problèmes compliqués dans la vie.

    Cordialement

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