charge et acide aminé

[invite0c7fb9f9]

bonjour m'sieurs dames,

la charge des acides aminés... un sujet souvent abordé mais j'ai besoin d'un truc précis

Comment calcule-t-on la charge du résidu d'un acide aminés ?
et je précise, savoir qu'il est neutre, positif ou négatif ne me suffit pas... il me faut une valeur en coulomb

à vrai dire je sais même pas si c'est possible

ça dépend forcément du ph du milieu et des atomes qui composent le résidus, mais existe-t-il une zoulie formule qui calcule ça ?

si vous pouvez pas m'expliquer parce que c'est trop long ou trop compliqué j'accepte volontiers un lien
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[invite0c7fb9f9]

je me suis dit que je devais ptet être plus précis...

alors j'aimerai calculer la force d'attraction entre un ion et le résidu d'un acide aminé. Seulement pour le calcul j'ai besoin q(ion) et q(résidu)

bouhouou, est-ce seulement possible ?

[invite0c7fb9f9]

heu... quelqu'un pourrait me dire si c'est possible ?


merci

[philou21]

Bonjour
je ne comprends pas bien, il s'agit de la charge d'un acide aminé dans une protéine par exemple ?

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite0c7fb9f9]

exactement

imagine une hélice alpha avec une partie dans la membrane et une partie vers l'extérieure. si un ion passe juste à coté, je voudrais savoir s'il risque d'être attiré et avec quelle intensité (exemple : un anion qui passe à coté d'une arginine)

je précise que je viens du monde de l'informatique et non de la biochimie.

[philou21]

Oui, ce que tu veux calculer est le potentiel électrostatique de ta protéine.
C'est possible si tu connais la densité électronique de ta molécule :

Le potentiel sera alors


ou repère les noyaux de numéros atomiques

La connaissance de la densité électronique nécessite la résolution de l'équation de Schrödinger pour la molécule.
Une protéine c'est gros mais je pense qu'il existe des méthodes approximatives (genre semi-empiriques) qui peuvent faire le boulot...
Bon maintenant, je ne suis pas spécialiste des macromolécules, peut-être existe-t-il des méthodes empiriques beaucoup plus simples.

[philou21]

Heu... d³r' pour l'intégration bien sûr ....

[invite0c7fb9f9]

hum, hum, mais ça a l'air super simple tout ça

en tout cas merci pour ta réponse

[philou21]

hum, hum, mais ça a l'air super simple tout ça...

Oui, désolé, mais c'est un problème compliqué...
Y-a plein de problèmes compliqués dans la vie.

Cordialement