Dessiner une molecule en 3D
Bonjour
J'aimerai savoir s'il existe des logiciels permettant de dessiner une molécule en 3D à partir de sa formule developpée en 2D ?
En fait j'aurai besoin de modéliser une molécule organique pour l'insérer apres dans le logiciel Pymol et faire en quelque sorte du docking.
Est-ce que certains d'entre vous connaissent un logiciel qui me permettrait de faire cela?
Merci par avance pour vos réponses.
YOyo
Tu as material studio qui est la rolls (ou Cerius mais c'est sous Unix). Ils te permettront et de modéliser ta molécule et de la docker. Par contre c'est très cher, il faut souvent avoir accès à un réseau de modélisation pour les calculs (cela dépend des calculs que tu veux faire).
m@ch3
Never feed the troll after midnight!
Sinon autre possibilité que je vois, tu écris un .mol ou un .pdb (ou un autre fichier que pymol sait lire) à la main, leur structure n'est pas très compliquée à comprendre et ça devrait aller assez vite si tu n'a pas trop d'atomes.
m@ch3
Never feed the troll after midnight!
si tu n'as pas besoin d'une précision diabolique, tu as ACD/chemsketch qui est gratuit. C'est un outil de dessin à la ISIS, à mon avis pas meilleur ou moins bon. Mais il a une option "optimisation 3D" où à partir d'une structure 2D il détermine les angles, les longueurs de liaison,... et envoie le tout vers RASMOL. D'où une visualisation pas dégueulasse.
Mais il a des limites, l'algorithme est assez simpliste (ne gère pas les formes ioniques par exemple). Si tu veux quelque chose de très précis, la version commerciale inclut des algorithmes de fou.
salut
merci a tous pour vos réponses.
YOyo
Maintenant si tu n'as qu'une ou deux molécules, tu peux me les envoyer...
Tu veux faire du docking avec quoi ? des protéines ?
