Bonjour, dans une question on me demande de proposer une hypothèse quand au mécanisme d'action de la LDH d'après ce document :
Lorsque la boucle, qui contient Arg 101, recouvre la coenzyme et force l'extrémité du cycle nicotinamide associé au transfert d'hydrogène à pénétrer profondément dans le site actif, elle sera suffisamment proche du substrat pour que le transfert d'un hydrogène puisse se produire rapidement et facilement.
Une fois que la coenzyme est liée à l'enzyme, un site pour le substrat sera généré. Le substrat se fixera en formant une paire d'ions avec Arg 171 et une liaison hydrogène avec His 195. À ce stade, le substrat (lactate ou pyruvate) est lié par une liaison hydrogène avec His 195 et une paire d'ions avec Arg 171, et le cycle nicotinamide de la coenzyme est à proximité immédiate.
Lors de l'oxydation du lactate, ce dernier accepte un proton de l'His 195 et donne finalement un proton au NAD+ pour former du pyruvate et du NADH. Dans l'oxydation du lactate en pyruvate, l'His 195 agit comme une base générale en retirant un proton du lactate.
Dans la réaction inverse, tout commence par le NADH qui donne un proton au pyruvate. Puis, par une série de transferts (illustrés ci-dessous dans le schéma), le pyruvate donnera un proton à l'His 195, formant ainsi du lactate et du NAD+. Dans cette réaction inverse, le groupe imidazolium de l'His 195 agit comme un acide général.
Mon hypothèse est la suivante : La LDH catalyse la réaction d'oxydoréduction du NAD/NADH,H+ (c'est d'ailleurs une oxydoréductase). Mais elle fait aussi intervenir l'His 195 qui agit comme base générale dans un sens, et comme acide général dans le sens inverse, donc ce serait à la fois un mécanisme d'oxydoréduction et acido-basique ? Est-ce possible ?
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