Modifier la structure d'une protéine

[snoopy22]

Bonjour,

je voudrais savoir comment je pourrais modifier la structure d'une protéine A (que j'ai eu à partir de la pdb); je voudrais pouvoir remplacer une partie de cette protéine A par une partie d'une autre protéine, B, d'environ 10 aa que j'ai découpé préalablement.
Je sais que je dois faire alignement et pair fitting, dois-je ensuite enlever la partie que je veux remplacer directement ? Je ne sais pas comment faire pour joindre la partie rajoutée de B à la protéine de base A.

J'espère etre compréhensible, je trouve peu d'informations là dessus.

Merci par avance!
-----

[snoopy22]

J'ai oubli de le préciser mais c'est sur Pymol

[Henrix]

Supprimer de la première entité
Créer
Lier
Pas sûr qu'on puisse mettre deux entités ou partie d'entité dans l'interface

[Henrix]

Et en désespoir de cause: --->: https://www.google.com/search?client...+en+%22.pdb%22

[A voir en vidéo sur Futura]

[Henrix]

Et là, un stock en accès libre--->: https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/biounit/PDB/
Note: il faut supprimer le: "1" de l'extension des fichiers pour que Pymol les lise.

[snoopy22]

Pour le moment j'ai supprimé les parties de la protéine A et j'ai pu créer une liaison entre la protéine A et le morceau B mais la structure ribbon ne suit pas et je ne peux pas faire "clean" pour avoir une belle structure. Quand j'enregistre l'objet en pdb et que je re-ouvre le fichier, des interactions apparaissent entre certains acides aminés.

[Henrix]

Le soft intègre des règles, et tente d'interpréter les actions illégales ( "interactions apparaissent").
Comment fais-tu pour mettre deux entités dans l'interface ? ( "A" et: "morceau de B")

[snoopy22]

En soit j'ai ma protéine "A" et le peptide que je veux ajouter "B" de 5 acides aminés. J'ai ajouter les 2 dans une session Pymol, j'ai fait alignment pour les rapprocher et puis pair fitting pour que le morceau soit là où je veux faire le changement. Mon problème est que je ne sais pas lier A avec B. Quand j'enregistre ma molécule en tant que nouvel objet et que je l'ouvre dans une autre session les "interactions" que je désigne sont des liaisons entre des atomes qui n'ont pas lieu d'être. Peut être que ce n'est pas le chemin approprié pour créer les liaisons peptidiques dont j'ai besoin.

[Henrix]

Tu dois pouvoir supprimer les liaisons qui ne te conviennent pas (bond/ delete)
Ton fragment est-il présent dans la liste proposée ?
Si c'est un "complexe" il faut le fragmenter en ceux proposés, pour le reconstituer.
Le soft ne comprend que ce qu'il propose