Covid-19 : discussion générale

[yves95210]

Il faut faire attention au fait que les critères qui ont conduit à décider l'hospitalisation des patients sur le porte-avions ne sont pas forcément les mêmes que dans un hôpital civil. J'ai aussi remarqué que dans cette étude sont considérés comme cas confirmés ceux chez qui la PCR a détecté le virus OU ceux qui présentent certains symptômes, alors que la défintion de l'OMS repose uniquement sur la PCR.

J'avais remarqué ça aussi. Mais les symptômes qu'ils ont choisis sont assez spécifiques (anosmie et/ou agueusie). Pas forcément moins fiable que le PCR (faux négatifs) surtout s'il est pratiqué trop tardivement.
Mais ça doit avoir pour effet de diminuer le % d'asymptomatiques (puisque par définition les cas qui ont été confirmés selon ce critère sont tous symptomatiques).

D'autre part, si je compte bien, l'essentiel des cas confirmés (1001 sur 1064) l'ont bien été par PCR :

Sur 1568, 1064 marins (67,9%) étaient des cas confirmés COVID-19.
Quatre profils de patients avec des RT-PCR positives ont été décrits : les asymptomatiques (13,0% ; n=130) ; les symptomatiques ayant des symptômes aspécifiques (8,1% ; n=81 - patients symptomatiques mais ne présentant ni fièvre, ni toux, ni anosmie, ni agueusie) ; les symptomatiques ayant des symptômes considérés comme spécifiques du COVID-19 (76,3% ; n=764) ; les cas graves (2,6% ; n=26), qui ont nécessité un recourt à l’oxygène.

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[BioBen]

Ca sent vraiment pas bon du coté de Kawasaki

In the past month we found a 30-fold increased incidence of Kawasaki-like disease.
A similar outbreak of Kawasaki-like disease is expected in countries involved in the SARS-CoV-2 epidemic.

https://www.thelancet.com/journals/l...103-X/fulltext

La cohorte est petite mais l'augmentation est impressionnante : 19 cas en 5ans, 10 cas en 1mois1/2

[FabiFlam]

Il faut faire attention au fait que les critères qui ont conduit à décider l'hospitalisation des patients sur le porte-avions ne sont pas forcément les mêmes que dans un hôpital civil. J'ai aussi remarqué que dans cette étude sont considérés comme cas confirmés ceux chez qui la PCR a détecté le virus OU ceux qui présentent certains symptômes, alors que la défintion de l'OMS repose uniquement sur la PCR.

Voilà du coup ça me semble un peu inutile d'essayer de faire des calculs, les pourcentages eux-mêmes n'étant pas encore établis sur des critères très bien contraints, on ne peut que tenter de trouver des facteurs explicatifs plausibles. Le sexe me paraît être un. Un autre pourrait-être que la médecine militaire est plus "riche" (proportionnellement aux besoins bien sûr) que la médecine à laquelle la population générale a accès et hospitalise plus facilement les malades au moindre soupçon de gravité.

FabiFlam

[yves95210]

Voilà du coup ça me semble un peu inutile d'essayer de faire des calculs, les pourcentages eux-mêmes n'étant pas encore établis sur des critères très bien contraints, on ne peut que tenter de trouver des facteurs explicatifs plausibles.

As-tu vu mes deux réponses, sur le nombre de cas confirmés par PCR (1001 sur 1064), et sur l'impact limité du ratio H/F sur le pourcentage de cas autres que critiques (cf. les données de l'étude publiée par l'institut Pasteur) ?

[yves95210]

L'étude épidémiologique dont le preprint avait été mis en ligne par l'institut Pasteur a été publiée officiellement, avec des chiffres légèrement revus :
Estimating the burden of SARS-CoV-2 in France, avec une annexe contenant la description de la méthode utilisée, les figures et les tables.

Les différences notables :

R₀=2,9 (au lieu de 3,3)
R_confinement=0,67 (au lieu de 0,5)
hospitalisés / infectés=3,6% (au lieu de 2,6%)
taux de létalité=0,7% (au lieu de 0,53%), allant de 0,001% pour les <20 ans à 10,1% pour les >80 ans.

J'ai remarqué que c'est surtout le ratio hospitalisés/infectés des plus de 80 ans qui a fortement augmenté (de près de 50%) entre les deux versions de l'étude, ce qui tire vers le haut le taux de létalité (IFR)pour cette classe d'âge malgré un ratio décès/hospitalisés un peu plus faible dans la deuxième version, et par conséquent aussi l'IFR moyen. Pour les autres classes d'âge l'IFR a très peu été réévalué, ce qui est plutôt rassurant.

Je me demande si ce n'est pas dû au fait qu'un plus grand nombre de résidents d'EHPAD sont maintenant hospitalisés (et meurent à l'hôpital).

[Mickey-l.ange]

dans les cas graves de COVID19 il y a 73% d'hommes et 27% de femmes si j'ai bien noté les pourcentages

Bonjour,

D'une manière générale, les femmes ont-elles un meilleur système immunitaire, ou s'agit-il d'une question d'état général et de comorbidité (tabac, alcool) ?

[yves95210]

D'une manière générale, les femmes ont-elles un meilleur système immunitaire, ou s'agit-il d'une question d'état général et de comorbidité (tabac, alcool) ?

Pour la deuxième partie de ta question, apparemment non :

And a not-yet-peer-reviewed paper posted on the medical research site MedRxiv on April 29 found that, among 14,000 COVID-19 patients from multiple countries, men were at higher risk of coronavirus-related hospitalization, mechanical ventilation, and death, even after adjusting for common risk factors like underlying health conditions. The disparity was particularly apparent among adults 50 and older.

Pour la première question, les chercheurs cherchent.... Ci-dessous quelques extraits du même article du Time (qui contient des liens vers les études mentionnées):

Two sets of researchers—one at New York’s Stony Brook University, and one at California’s Cedars-Sinai Medical Center—are studying whether male COVID-19 patients do better when they’re treated with doses of female sex hormones. Their hunch is that female hormones such as estrogen and progesterone could be providing women some protection against COVID-19, making them a possibly effective therapy.
But some experts say hormones can’t fully explain the disparity. Older women who have gone through menopause, causing their sex-hormone levels drop substantially, are still surviving at higher rates than men their age, as the MedRxiv study pointed out. (The Stony Brook trial is also open to female patients 55 and older.)
(...)
The immune system may hold other clues. Hayes notes that some genes on the X chromosome (women have two, while men have one X and one Y) contribute to immunity. Studies have also long shown that women generally have stronger immune responses than men.

At the Yale School of Medicine, a team led by immunobiologist Akiko Iwasaki is analyzing blood samples from male and female COVID-19 patients, as well as a healthy control group of health-care workers. That control group is crucial, Iwasaki says, because if any of these individuals do end up getting COVID-19, researchers will be able to analyze their immune responses starting from the earliest days of their illnesses. If, for example, the researchers find that women are mounting a stronger immune response shortly after contracting the virus, ultimately leading to shorter and milder cases, researchers could look for drugs, antibodies or other therapies that help men react to the pathogen similarly, Iwasaki explains.

Et un autre article (du NY-Times) au sujet des œstrogènes et autres hormones, avec plus de détails sur les études mentionnées ci-dessus:

Research has shown estrogen may have an effect on a protein known as angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2), for example. The coronavirus uses ACE2 receptors on the surfaces of cells as an entry route, and ACE2 is regulated differently in men and women, said Kathryn Sandberg, director of the Center for the Study of Sex Differences in Health, Aging and Disease at Georgetown University.
In studies with rats, Dr. Sandberg and her colleagues have shown that estrogen can reduce ACE2 protein expression in their kidneys, so it is possible the hormone may reduce ACE2 expression in men as well.
Dr. Nachman said, “We may not understand exactly how estrogen works, but maybe we can see how the patient does,” adding that estrogen plays a complex role, both in the early immune response that can help clear a viral infection, as well as in a secondary clean up or repair response, which can evolve into a cytokine storm.
“While we see women do get infected, their responses are different,” Dr. Nachman said. “We see fewer of them having the second, disregulated immune response.”

The Stony Brook estrogen trial is recruiting 110 patients who come to the hospital’s emergency room with symptoms like fever, cough, shortness of breath or pneumonia, and who have either tested positive for Covid-19 or are presumed to have the illness, as long as they do not require intubation.
The trial is open to adult men as well as to women aged 55 and older, since they have low levels of estrogen. Half of the participants will be given an estradiol patch for one week, while the other half will serve as a control group, and researchers will follow them to see whether estrogen reduces the severity of their disease.

The Cedars-Sinai study is smaller, with only 40 subjects, all men, half of whom will be a control group. Only hospital inpatients with mild to moderate disease who have tested positive for Covid-19 can participate. (Patients with certain conditions, like a history of blood clots, are excluded for safety reasons.)
The patients will get two shots of progesterone a day for five days. They will be monitored to see if their status is improving, how their needs for oxygen change and whether they go on to require intensive care or mechanical ventilation; their progress will be compared to patients in the control group.
The researchers in Los Angeles are pinning their hopes on progesterone rather than estrogen because research has shown that the hormone reduces pro-inflammatory immune cells, and supports those that fight inflammation, Dr. Ghandehari said. The hypothesis is that progesterone will prevent or dampen a harmful overreaction of the immune system, called a cytokine storm, and will reduce the likelihood of acute respiratory distress syndrome.

Mais avec les même doutes que ceux mentionnés dans le premier article :

If such sex hormones were the primary protective factor for women, then elderly women with Covid-19 would fare as poorly as elderly men, because women’s reproductive hormones plummet after menopause, said Sabra Klein, a scientist who studies sex differences in viral infections and vaccination responses at the Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health.
But that’s not the case, she said.
“We see this bias across the life course,” Dr. Klein said. “Older men are still disproportionately affected, and that suggests to me it’s got to be something genetic, or something else, that’s not just hormonal.”
“Estrogen has immune modulatory properties — don’t get me wrong,” she continued. “You could get a beneficial effect in both men and women. But if women are better at recovery at 93 years old, I doubt it’s hormones.”

PS : désolé pour les citations en anglais, je n'ai pas trouvé l'équivalent en français (mais il y a de bons traducteurs en ligne, par ex. https://www.deepl.com/fr/translator).

[papy-alain]

Me croiriez vous si je vous disais qu'aux USA, les hôpitaux ont licencié 135.000 membres de leur personnel à cause du covid19 ? La cause invoquée : moins de rentrées financières suite à la forte baisse du nombre de patients non-covid !

https://www.rtbf.be/info/monde/detai...ns?id=10501471

[FabiFlam]

As-tu vu mes deux réponses, sur le nombre de cas confirmés par PCR (1001 sur 1064), et sur l'impact limité du ratio H/F sur le pourcentage de cas autres que critiques (cf. les données de l'étude publiée par l'institut Pasteur) ?

Oui, d'accord, le sexe ne joue peut-être pas tant que cela, mais c'est peut-être aussi un peu tôt pour le dire.

Mais pour ce qui est des critères de gravité, sont-ils fiables ? Si je prends mon propre cas: symptômes bénins selon un médecin (et moi-même), modérés voire sévères selon un autre. J'ai l'impression que chaque centre médical/hospitalier, voire un peu chaque médecin peut-être, peut avoir sa propre grille d'interprétation même si (heureusement) il y a des repères communs.

Il y a pas mal de témoignages de personnes (dont beaucoup s'en sont sorties heureusement) qui avaient des symptômes plutôt limites de la gravité et qui ont été maintenues chez elles avec du doliprane. Et même malheureusement, des témoignages des proches de personnes qui ont été renvoyées de l'hôpital à leur domicile et qui sont décédées quelques heures après ...

Peut-être que les médecins militaires ont hospitalisé proportionnellement plus de marins que des médecins hospitaliers n'en auraient hospitalisé au vu des mêmes symptômes. Par précaution, parce que c'est une population qui doit rester très en forme et donc très bien suivie.
FabiFlam

[JPL]

Et même malheureusement, des témoignages des proches de personnes qui ont été renvoyées de l'hôpital à leur domicile et qui sont décédées quelques heures après ...

J’ai vu un article avec quelques photos d’autopsies de victimes et ce qui m’a stupéfait c’est la présence d’embolies massives (les caillots sont impressionnants) dans des vaisseaux viscéraux importants. On peut comprendre l’existence de cas où des malades qui semblaient aller beaucoup mieux décèdent brusquement en quelques heures.

[yves95210]

Peut-être que les médecins militaires ont hospitalisé proportionnellement plus de marins que des médecins hospitaliers n'en auraient hospitalisé au vu des mêmes symptômes. Par précaution, parce que c'est une population qui doit rester très en forme et donc très bien suivie.

Je suis d'accord. J'avais aussi évoqué cette hypothèse (et agitateur aussi dans son message #3416). Le pourcentage élevé de "cas graves" n'est peut-être pas significatif.

[yves95210]

Je signale un document intéressant publié par la Haute Autorité de Santé sur la place des tests sérologiques dans la stratégie de prise en charge de la maladie COVID-19.
La longue introduction (le chapitre "Contexte") fait un bon état des connaissances sur la cinétique de détection virale et de production d’anticorps (à partir de la page 7), et se termine par le constat suivant:

Après avoir été infectés par le SARS-CoV-2, la plupart des individus développerait une réponse immunitaire objectivable par la production d’anticorps dirigés contre le virus.

Les tests sérologiques ne permettent pas de statuer si la personne est contagieuse ou pas.

Les personnes ayant été en contact avec le virus, qui ont éliminé le virus et qui ne présentent plus de symptômes, sont considérées comme guéries, comme pour toute infection virale aiguë.

Toutefois, la présence d’anticorps n’est pas synonyme de protection immunitaire (= immunité). En effet, si la présence d’anticorps neutralisants a pu être observée chez certains patients, il n’existe pas encore de corrélat de protection. Une protection certaine à moyen terme, durable ou définitive n’est pas garantie.

La survenue de réinfection ou de réactivation du virus n’est donc pas à exclure, comme c’est le cas pour d’autres coronavirus. Si le risque de développer des formes graves en cas de réinfection serait très faible, une personne présentant des anticorps serait susceptible de se réinfecter et donc de contaminer son entourage.

Par conséquent, à ce jour, les tests sérologiques auraient une place dans la surveillance épidémiologique, dans l’identification des personnes étant ou ayant été en contact avec le virus (en complément de la RT-PCR qui reste le test de première intention pour le diagnostic de la phase aiguë du COVID-19) mais pas pour identifier les personnes potentiellement protégées contre le virus.

[Danaeesigma8]

Cette différenciation est liée à un problème sur le plan mondial qui doit être réglé par le biais du coronavirus. Malheureusement ce sont des personnes qui en paient les frais notamment les plus fragiles, une bien triste affaire dont nous ne connaissons hélas ni les tenants ni les aboutissants. L'avenir nous le dira...... peut être

[BioBen]

Toutefois, la présence d’anticorps n’est pas synonyme de protection immunitaire (= immunité). En effet, si la présence d’anticorps neutralisants a pu être observée chez certains patients, il n’existe pas encore de corrélat de protection. Une protection certaine à moyen terme, durable ou définitive n’est pas garantie.

J'ai l'impression qu'on aime beaucoup se faire peur.
L'absence de cas de réinfection montre bien qu'il y a une immunité acquise, et ce pour au moins quelques mois (on saura avec le temps si c'est plus).

[yves95210]

J'ai l'impression qu'on aime beaucoup se faire peur.
L'absence de cas de réinfection montre bien qu'il y a une immunité acquise, et ce pour au moins quelques mois (on saura avec le temps si c'est plus).

Pour le moment, le "quelques", c'est deux ou trois (et encore il faudrait qu'un patient infecté en janvier/février à Wuhan ait eu la malchance d'être à nouveau contaminé pendant la quarantaine pour fournir un contre-exemple; même si une réinfection était possible, la probabilité que ce soit déjà arrivé est assez faible). Je comprends que les scientifiques refusent d'annoncer ça comme une certitude.
Mais cette certitude devrait se renforcer assez vite, "grâce à" la circulation du virus en Europe, encore assez élevée : en Italie, en Espagne, en France, si possibilité de réinfection il y a, la probabilité qu'elle se produise dans les prochains mois sur quelques-uns des centaines de milliers de cas confirmés, est déjà plus importante. Si ça ne se produit pas avant par exemple fin juin, ça devrait permettre de conclure que la probabilité d'une réinfection 3 mois après la première est très faible.

Ce qui entretient la peur, c'est plutôt la façon dont les média montent ça en épingle, plutôt que de mettre en avant le fait que, selon toutes les études réalisées, "la plupart des individus développerait une réponse immunitaire objectivable par la production d’anticorps dirigés contre le virus."

[Archi3]

J'ai l'impression qu'on aime beaucoup se faire peur.
L'absence de cas de réinfection montre bien qu'il y a une immunité acquise, et ce pour au moins quelques mois (on saura avec le temps si c'est plus).

je dirais même que c'est prouvé par l'existence de guérisons qui sont les plus courantes , non ? sinon comment se débarrasserait-on du virus ?

[JPL]

J’ai lu quelque part que pour les SRAS première génération et le MERS l’immunité semblait acquise pour 2 ans à peu près.

[BioBen]

Pour le moment, le "quelques", c'est deux ou trois

C'est plus que ça : 2-3 mois c'est la durée avec zéro cas de réinfection. Comme le taux d'anticorps ne va pas décroître chez tout le monde de la même façon, cette durée un minorant de la durée moyenne d'immunisation.

Je pense qu'on peut déjà dire qu'il y a au moins 6 mois d'immunisation post-infection.

[JPL]

Je ne sais pas si la question a progressé mais il n’y a pas très longtemps pour les quelques cas de réinfections signalés on se demandait si c’était réellement des réinfections ou des rechutes de l’infection initiale.

[BioBen]

Je ne sais pas si la question a progressé mais il n’y a pas très longtemps pour les quelques cas de réinfections signalés on se demandait si c’était réellement des réinfections ou des rechutes de l’infection initiale.

Oui c'était en Corée du sud, il a été confirmé qu'il s'agissait de détection de fragments résiduels d'ARN, le virus n'était plus présent.

[papy-alain]

Selon l'OMS, le sars-cov-2 ne sera sans doute jamais éradiqué.

https://www.bbc.com/afrique/monde-52657728

[Archi3]

bah oui, il se rajoutera aux milliers de virus avec lesquels l'humanité s'est habituée à vivre ... ce serait très improbable qu'en 2020 arrive un virus très différent de ceux que l'humanité a rencontré pendant des centaines de milliers d'année ! il faut le répéter : ce qui est vraiment nouveau dans la situation, ce n'est pas le virus, c'est le fait qu'on ne supporte plus l'idée que les personnes âgées et malades puissent mourir d'un virus sans qu'on fasse tout pour en sauver une partie (= en fait, prolonger de quelques années leur vie) , y compris plonger l'économie mondiale dans la récession.

Ce n'est pas très étonnant, puisque c'est la même chose pour la pollution, les catastrophes naturelles, etc ... : on veut bien accepter l'idée de mourir, mais à condition que ce ne soit de rien en particulier .

[FabiFlam]

J’ai vu un article avec quelques photos d’autopsies de victimes et ce qui m’a stupéfait c’est la présence d’embolies massives (les caillots sont impressionnants) dans des vaisseaux viscéraux importants. On peut comprendre l’existence de cas où des malades qui semblaient aller beaucoup mieux décèdent brusquement en quelques heures.

Oui ça fait peur ... quand j'étais malade c'était ma principale angoisse, je me sentais généralement plutôt bien, mais j'avais en tête des images où des gens qui se baladent dans la rue s'écroulent d'un seul coup ... Du coup on peut comprendre que les médecins militaires aient été très prudents peut-être ...

FabiFlam

[FabiFlam]

J'ai l'impression qu'on aime beaucoup se faire peur.
L'absence de cas de réinfection montre bien qu'il y a une immunité acquise, et ce pour au moins quelques mois (on saura avec le temps si c'est plus).

Je ne suis pas particulièrement pessimiste mais j'aime bien les choses rigoureuses. Il me semble que seuls les cas graves sont testés en France, et parmi ces cas on ne trouve pas de réinfection. OK, il est aussi vraisemblable que ces personnes sont très surveillées et prennent des précautions à la fois pour ne pas contaminer autrui et aussi pour ne pas se recontaminer.

Mais qu'en est-il de la majorité probable des cas qui ne sont pas passés par l'hôpital, qui n'ont pas eu de PCR et a qui on ne fait pas non plus de sérologie ? En mars mon cabinet médical m'a inscrite sur une liste de personnes à qui faire une sérologie. Maintenant, ils me disent qu'ils n'ont en fait toujours pas la possibilité d'en prescrire (je peux en faire une à mes frais si je veux).

Supposons que je tombe malade le mois prochain, on ne saura jamais si c'est une réinfection ou une première infection.
Tout cela me paraît tellement improvisé ...

FabiFlam

[papy-alain]

Supposons que je tombe malade le mois prochain, on ne saura jamais si c'est une réinfection ou une première infection.
Tout cela me paraît tellement improvisé ...

Le problème du PCR, c'est les 30% de faux négatifs.
Le problème du test sérologique, c'est qu'il t'indique si tu as des anticorps, mais ne te dis pas si tu es encore contaminant.
Les deux tests combinés donnent une probabilité, mais aucune certitude.
Ce qui m'étonne, c'est qu'on n'ait pas encore réussi à améliorer la fiabilité du PCR.

[mh34]

Ce qui m'étonne, c'est qu'on n'ait pas encore réussi à améliorer la fiabilité du PCR.

Pour cela il faudrait commencer par améliorer la fiabilité du prélèvement.
https://www.auvergne-rhone-alpes.ars...R%20Grippe.pdf

[papy-alain]

Pour cela il faudrait commencer par améliorer la fiabilité du prélèvement.
https://www.auvergne-rhone-alpes.ars...R%20Grippe.pdf

C'est juste un problème de prélèvement, ou un problème de sensibilité ?

[arbanais83]

Bon après l'analyse d'une étude faite sur un autre fil, en voilà une autre faite par Médiapart.

https://blogs.mediapart.fr/laurent-m...crise-du-covid

[FabiFlam]

C'est juste un problème de prélèvement, ou un problème de sensibilité ?

D'après ce que je sais il n'y a pas de problème de sensibilité avec les PCR, par conception ça peut détecter de faibles quantités de pathogène. Pour le prélèvement il faut bien entendu qu'il ne soit pas pollué (faux positifs) mais également qu'il prélève dans un tissu où il y a du virus (sinon faux négatif), et là c'est plus coton parce qu'il est possible qu'il y ait du virus dans les poumons mais pas dans le nez par exemple.

Après il peut y avoir un problème de spécificité avec les séquences amplifiées par la PCR, si elles sont mal choisies elles peuvent indiquer la présence d'un autre pathogène qui comporte les mêmes séquences (mais bon je suppose qu'on sait éviter ce problème).

Pour finir, la séquence détectée peut appartenir à du virus mort et inactif qui reste dans les cellules. Ce n'est pas toujours simple je pense de savoir en combien de temps toutes les cellules infectées vont se "remettre à neuf".

FabiFlam

[JPL]

Bon après l'analyse d'une étude faite sur un autre fil, en voilà une autre faite par Médiapart.

https://blogs.mediapart.fr/laurent-m...crise-du-covid

C’est un article essentiellement politique (je ne lui reproche pas) et suspect d’avoir un a priori favorable pour l’hydroxychloroquine.

En tant qu’article politique il n’a pas sa place sur le forum.