Covid-19 : discussion générale

[yves95210]

Je pose ça ici
Pièce jointe 410644

et en France,

Le nombre de personnes avec délivrance sur ordonnance de Chloroquine/Hydroxychloroquine a fortement augmenté, particulièrement en Île-de-France et en Provence-Alpes-Côte d’Azur.  La région Paca (41,9 pour 100.000) devant l’Ile-de France (30,7 pour 100.000) était la première en termes de prescription d’hydroxychloroquine. Le Grand Est, particulièrement atteint par l’épidémie, se situait juste dans la moyenne pour les prescriptions d’hydroxychloroquine (22,2 pour 100.000)

(source)
Mais je ne connais pas la consommation moyenne d'HCQ "en temps normal".
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[papy-alain]

Le rapport de l'ONU daté d'hier insiste sur le fait que rien ne permet, dans l'état actuel des connaissances, de compter sur une immunité après avoir été infecté. Se croire à l'abri après coup peut générer, selon l'ONU, une nouvelle vague de propagation.

Désolé, il faut lire OMS et non ONU.

[BioBen]

Le rapport de l'ONU daté d'hier insiste sur le fait que rien ne permet, dans l'état actuel des connaissances, de compter sur une immunité après avoir été infecté. Se croire à l'abri après coup peut générer, selon l'ONU, une nouvelle vague de propagation.

Mouais, ils se couvrent beaucoup dans leur formulation je pense, la question c'est plutôt la durée de cette immunisation.
Rien qu'au niveau des soignants, on aurait des preuves évidentes de réinfection si aucune immunité n'apparaissait, deux facteurs entrant en jeu : la fréquence de mutation du virus (les premiers éléments sont plutôt rassurants sur ce front), et la persistance/efficacité de la mémoire/réponse immunitaire (moins de recul et des données encore contradictoires).

[yves95210]

Le rapport de l'ONU daté d'hier insiste sur le fait que rien ne permet, dans l'état actuel des connaissances, de compter sur une immunité après avoir été infecté. Se croire à l'abri après coup peut générer, selon l'ONU, une nouvelle vague de propagation.

Je pense surtout que c'est une mise en garde visant à contrer les tentatives de mesures style "certificat d'immunité" envisagées par certains pays, qui pourraient conduire à une augmentation de la transmission du virus, car les tests sérologiques ne sont pas assez fiables (par exemple 5% de faux-positifs si le test n'est pas assez sélectif, ce qui dans une population où 5% de la population a réellement été infectée pourrait produire à délivrer autant de certificats d'immunité à des personnes n'ayant jamais rencontré le virus qu'à des personnes ayant été infectées et probablement immunisée).

[papy-alain]

Mouais, ils se couvrent beaucoup dans leur formulation je pense, la question c'est plutôt la durée de cette immunisation.
Rien qu'au niveau des soignants, on aurait des preuves évidentes de réinfection si aucune immunité n'apparaissait, deux facteurs entrant en jeu : la fréquence de mutation du virus (les premiers éléments sont plutôt rassurants sur ce front), et la persistance/efficacité de la mémoire/réponse immunitaire (moins de recul et des données encore contradictoires).

Pour ce qui est de la durée de l'immunisation, on n'a pas assez de recul, vu que les personnes malades se confinent encore plus strictement que la moyenne. D'autre part, certaines personnes présentent encore un test positif six semaines après l'apparition des premiers symptômes. Cette saloperie de virus semble réagir très différemment d'un individu à l'autre, et cela va singulièrement compliquer les choses pour la suite.

[yves95210]

tiens une petite comparaison entre la France et la Suède, sur les décès et juste les 3 dernières semaines. Une figure montre les décès cumulés, l'autre les décès quotidiens. On voit que le nombre de morts par jour baisse en France mais pas en Suède.

C'est parfaitement normal vu les stratégies différentes. ça serait quand-même malheureux que pendant le confinement le nombre de décès quotidiens n'ait pas baissé...
La comparaison ne pourra se faire que sur le long terme, avec probablement une progression en marches d'escalier en France (à coup de re-confinements au moins locaux) et linéaire en Suède. Mais si la pente est assez faible, la solution plan incliné peut être préférable à la solution escalier (dans un cas ça roule, dans l'autre moins).

Si un traitement efficace arrive entre temps c'est peut-être les pays ayant opté pour le confinement qui auront le meilleur bilan (à quel prix par ailleurs ?). Mais sinon...

Les "trous" ont l'air de correspondre aux fins de semaines, mais pas exactement. Je pense quand-même que c'est un artefact du recueil de données.

Oui. Je ne pense pas que la faucheuse parte en week-end.

[papy-alain]

Je pense surtout que c'est une mise en garde visant à contrer les tentatives de mesures style "certificat d'immunité" envisagées par certains pays, qui pourraient conduire à une augmentation de la transmission du virus, car les tests sérologiques ne sont pas assez fiables (par exemple 5% de faux-positifs si le test n'est pas assez sélectif, ce qui dans une population où 5% de la population a réellement été infectée pourrait produire à délivrer autant de certificats d'immunité à des personnes n'ayant jamais rencontré le virus qu'à des personnes ayant été infectées et probablement immunisée).

En effet. Et pour le test sérologique, c'est pas gagné, car d'autres virus circulent dans la population, contre lesquels on produit aussi des anticorps. Comme les symptômes sont très bénins, on n'y fait pas attention (dans le pire des cas, un petit rhume). Mais la réponse immunitaire à ces autres virus peut interférer avec celle du covid19 au niveau du test sérologique.

[FabiFlam]

La génétique, ou une immunité partielle acquise au contact d'autres virus du même type circulant régulièrement dans certaines régions (et pas nécessairement transmise génétiquement).

Tu veux dire qu'on n'est pas capable de faire la différence entre ces deux situations ? Je posais la question sur la génétique des populations parce que ça m'intéresse de connaître la réponse, indépendamment des autres hypothèse pour expliquer que les populations ne sont pas identiquement frappées par les épidémies. Non plus que les individus d'ailleurs, certains sont évidemment mieux armés que d'autres.

Maintenant il y a des choses que j'ai apprises, via la lecture de livres de Albert Jacquart. Par exemple que que le gène de la drépanocytose protège du paludisme. Dans le cas d'un gène reçu d'un seul des parents qui ne rend pas malade car il faut 2 gènes pour être malade. Il y a donc en Afrique une sélection des individus qui résistent le mieux au paludisme, mais qui du coup augmente le taux de drépanocytose. Supposons que le plaudisme disparaisse. On peut imaginer que le gène de la drépanocytose reste néanmoins plus répandu dans certaines populations et que si la malaria reparaît même après de nombreuses années, même après que tout ceux qui l'ont connue soient morts, ces populations résistent mieux au paludisme que d'autres populations.

Bref je crois que c'est possible. Et que cela pourrait jouer un rôle dans le fait que la mortalité déclarée en Chine semble plus faible que ce qui est attendu au regard de la mortalité en Europe. Ce ne sont que des suppositions mais s'il y a des éléments dans ce sens, j'aimerais les connaître.

FabiFlam

[yves95210]

Tu veux dire qu'on n'est pas capable de faire la différence entre ces deux situations ? Je posais la question sur la génétique des populations parce que ça m'intéresse de connaître la réponse, indépendamment des autres hypothèse pour expliquer que les populations ne sont pas identiquement frappées par les épidémies. Non plus que les individus d'ailleurs, certains sont évidemment mieux armés que d'autres.

Je ne prétendais pas répondre à ta question (qui me semble justifiée), mais juste mentionner une autre hypothèse (complémentaire, pas contradictoire).

[SK69202]

on y est allé à la massue, mais on n'a pas vraiment eu d'éléments pour savoir si des mesures moins contraignantes pouvaient avoir un effet similaire pour bloquer l'épidémie exponentielle, mais en nuisant moins à la société.

Le Royaume-Uni donne une idée.

En effet le Royaume-Uni donne une idée.
Ed Conway est journaliste sur Sky News

[Archi3]

En l’occurrence, l'optimisme consiste à penser que l'immunité acquise sera durable, en tout cas suffisamment pour que le virus ait quasiment disparu avant qu'elle soit trop faible. Ou qu'elle sera remplacée à temps par un vaccin.

non ce n'est pas tres optimiste. Il y a forcément une immunité acquise qui permet la guérison, au moins temporaire. Il y a donc une régulation naturelle qui pousse l'immunité vers le seuil critique R~ 1. Si elle décroit, la population se fragilise et on peut avoir des nouvelles poussées mais bien moins importante car le gap à franchir est bien plus faible. On est dans une dynamique proche du tas de sable (qui explique pourquoi tous les tas de sable ont la même pente, quelle que soit leur taille : c'est la pente à la limite de la stabilité de l'éboulement).
Beaucoup de systèmes sont régulés par la limite de l'instabilité : vous n'avez pas remarqué que la société est toujours "au bord de l'explosion "?

[invite9dc7b526]

Tu veux dire qu'on n'est pas capable de faire la différence entre ces deux situations ? Je posais la question sur la génétique des populations parce que ça m'intéresse de connaître la réponse, indépendamment des autres hypothèse pour expliquer que les populations ne sont pas identiquement frappées par les épidémies. Non plus que les individus d'ailleurs, certains sont évidemment mieux armés que d'autres.

la génétique peut jouer un rôle, mais il y a aussi le fait que la propagation d'une épidémie est beaucoup plus aléatoire et chaotique que ce que les gens imaginent, peut-être trompés par la simplicité des modèles à compartiments déterministes dont on parle partout (et d'où est issu le concept de R0).

et quant à la mortalité, elle dépend de plusieurs facteurs qui dépendent de la population: la qualité du système de santé, l'état nutritionnel de la population, les autres pathogènes circulant dans cette population, etc (la proportion de fumeurs semble-t-il dans le cas du covid).

[pm42]

Puisque, en théorie, au départ l'idée était la même qu'en Suède - pour un résultat bien différent.

La stratégie suédoise n'est pas l'immunité de groupe d'après leur premier ministre (interview BBC) :

That is not the strategy … The strategy is to try to confine the spread of the virus and limit the deaths and the disease in the population. The experts tells us they don’t even know 100% when immunity is reached in one individual person.

Et elle commence à douter compte tenu de leur mortalité en maison de retraite notamment :

We have really a big problem with our main strategy that was to protect the elderly and the most vulnerable. We had Covid-19 contagion in the elderly homes and this is something we’re learning from . This is mainly in the Stockholm area. but we see that we are always prepared to take new measures but we have confined the gathering of people to a maximum of 50 people. There’s also a ban on visiting the elderly at elderly care homes. but it’s a mixture of legally bound measures and very strong recommendations

[jiherve]

bonjour
pour le coté génétique deux papiers accessibles aux abonnés PLS dont j'ai extrait un lien:
groupe sanguin et variante sur ACE1 :https://www.sciencedirect.com/scienc...339?via%3Dihub
N’étant pas trop versé (euphémisme) dans la bio je laisse aux sachant la tache d'expliquer .
JR

[pm42]

Ceci dit, elle explique aussi que la stratégie est de mettre en place un jeu de contraintes sociales qui soit tenable sur le long terme pour éviter les problèmes de déconfinement ce qui effectivement tient la route surtout avec une population comme la leur, confiante et disciplinée.
Est ce que cela sera plus efficace que ce qu'on fait les pays voisins est une bonne question.

[GBo]

bonjour
pour le coté génétique deux papiers accessibles aux abonnés PLS dont j'ai extrait un lien:
groupe sanguin et variante sur ACE1 :https://www.sciencedirect.com/scienc...339?via%3Dihub
N’étant pas trop versé (euphémisme) dans la bio je laisse aux sachant la tache d'expliquer .
JR

Merci,
Moi non plus mais je peux citer pourlascience.fr pour cette histoire d'ACE1/ACE2:
https://www.pourlascience.fr/sr/covi...d-19-19281.php

"Dans le contrôle de la tension artérielle, on trouve aux côtés de ACE2, un autre acteur proche, l’enzyme de conversion de l’angiotensine 1 (ACE1). Le gène de cette dernière est sujet au polymorphisme, c’est-à-dire qu’il en existe plusieurs variantes, en l’occurrence D et I. Or à la première, le gène ACE1 D, est associée une faible expression du gène ACE2 : les cellules sont alors moins dotées du récepteur qui permet au coronavirus de les infecter. La fréquence de ACE1 D variant d’un pays à l’autre, notamment en Europe, la distribution géographique de ce variant serait-elle corrélée à la prévalence du Covid-19 ? Refléterait-elle l’épidémiologie de la maladie à l’échelle mondiale ? Oui, à en croire les travaux de Marc de Buyzere, de l’université de Gand, en Belgique, et de ses collègues.

À partir des données de vingt-cinq pays (du Portugal à l’Estonie et de la Turquie à la Finlande), les chercheurs ont montré que c’est, en large partie, le cas. Plus précisément, la variabilité de la prévalence de la maladie est expliquée à 38 % par la fréquence du gène ACE1 D. Plus encore, une corrélation du même type a été observée quant à la mortalité. Les auteurs font également remarquer que deux pays asiatiques sévèrement touchés par le SARS-CoV-2 sont justement caractérisés par une faible présence du gène ACE1 D."

L'article original donne le scatter plot montrant (une vague) corrélation entre fort taux de COVID et faible fréquence de l'allèle ACE1 D :

[FabiFlam]

Comment dire ? il y a plein de mécanismes qui impliquent les gènes, donc de nombreux facteurs de confusion sans doute encore inconnus.

[papy-alain]

Sait on s'il existe une étude sur l'importance du dosage de zinc dans l'organisme ?

[GBo]

Comment dire ? il y a plein de mécanismes qui impliquent les gènes, donc de nombreux facteurs de confusion sans doute encore inconnus.

Oui c'est pour ça que je parlais pour ma part d'une vague corrélation : il faut imaginer le scatter plot sans la droite issue d'un calcul de fit. Et là c'est moins évident.

D'autre part la corrélation entre freq. de l'allèle et mortalité joue dans l'autre sens si je lis bien ???
"The log transformed prevalence of COVID-19 infections inversely correlates with the ACE D allele frequency"
Ca ce qu'on voit au-dessus en effet (avec de l'imagination et/ou le renfort du fit), d'accord, mais plus loin on lit :
"Similarly, a significant correlation could be noted between COVID-19 caused mortality [...] and the prevalence of the ACE1 D-allele"

-> Alors là ils m'ont perdu: corrélation inverse pour le nbre de cas d'infection COVID-19 mais corrélation directe pour la mortalité ?

[yves95210]

"À partir des données de vingt-cinq pays (du Portugal à l’Estonie et de la Turquie à la Finlande), les chercheurs ont montré que c’est, en large partie, le cas. Plus précisément, la variabilité de la prévalence de la maladie est expliquée à 38 % par la fréquence du gène ACE1 D. Plus encore, une corrélation du même type a été observée quant à la mortalité. Les auteurs font également remarquer que deux pays asiatiques sévèrement touchés par le SARS-CoV-2 sont justement caractérisés par une faible présence du gène ACE1 D."

L'article original donne le scatter plot montrant (une vague) corrélation entre fort taux de COVID et faible fréquence de l'allèle ACE1 D :

Les auteurs de la publication ne donnent pas la liste des pays auxquels correspondent les points sur le graphique, c'est fort dommage...
Mais j'ai trouvé cette publication, qui dit que

However, decreasing gradients in ACE1*I allele frequencies, both in centenarians and controls, with concomitant increases in ACE1*D allele frequencies (particularly the ACE1*D/*D genotype) were observed to be statistically significant from Northern to Southern regions of Europe.

Je traduis : la fréquence de l'allèle ACE1 D est plus forte dans les pays du sud de l'Europe que dans ceux du nord.

Or il se trouve que le nombre de tests PCR pratiqués par million d'habitants est (en général) plus fort dans les pays du nord (Allemagne, Scandinavie...), qu'on doit trouver à gauche sur le graphique selon la fréquence de l'allèle, que dans ceux du sud (Italie, Espagne, France...), à droite sur le graphique. Surtout avant le 20 mars (date des données utilisées par la publication), époque où ces derniers testaient encore moins.
Et cela dans un rapport qui va bien de 1 à 5, ce qui augmente mécaniquement le nombre de cas confirmés par million d'habitants.

Cela ne suffirait-il pas à expliquer la corrélation entre la fréquence de l'allèle ACE1 D et le nombre de cas ? Ce ne serait alors qu'une simple corrélation et pas une relation de cause à effet...

[jiherve]

bonsoir
je pense qu'il est utile de faire feu de tout bois et l'exploration des corrélations pourraient apporter un peu de lumière , mème si effectivement corrélation n'est pas raison.
Dans mon ex métier j'ai souvent eu le nez creux pour exploiter des corrélations étranges pour découvrir de jolis bug bien poilus qui avaient échappés à tous les autres.
comme pour les fumeurs :wait and see !
JR

[Archi3]

Pensez vous que ma remarque du #2802 est juste ? c'est à dire que les chiffres de mortalité et de prévalence de la maladie à l'instant t, alors que l'évolution temporelle était rapide, et que les mesures de confinement ont "gelé" la propagation à des moments très différents du développement, ne veulent absolument rien dire ?

Dans ce cas, l'étude citée est juste de la ... en barre non ? (j'ai cherché un mot poli mais j'en ai pas trouvé !)

[BioBen]

Pensez vous que ma remarque du #2802 est juste ? c'est à dire que les chiffres de mortalité et de prévalence de la maladie à l'instant t, alors que l'évolution temporelle était rapide, et que les mesures de confinement ont "gelé" la propagation à des moments très différents du développement, ne veulent absolument rien dire ?

Dans ce cas, l'étude citée est juste de la ... en barre non ? (j'ai cherché un mot poli mais j'en ai pas trouvé !)

Les grands esprits .... cf mon message ici il y a 10j sur le même point

[Archi3]

Effectivement , je l'avais loupé, comme tu dis, on a la même réaction . Est-il mention du "trial factor", c'est à dire du nombre d'allèles qu'ils ont cherché avant de trouver une corrélation? Parce qu'à force de chercher hein, on finit toujours par trouver quelque chose .

https://www.tylervigen.com/spurious-correlations

[invite7b7f1ad0]

Le plus grand soucis qui n'a pas fini de faire parler c'est que l'on est parti sur les chiffres Chinois, je pense que leur mortalité est d'au moins 20 fois plus..
La stratégie d'immunité globale de départ aurait pu être laissée de côté au profit d'une limitation des échanges aériens, quarantaines obligatoires pour les retours de zones infectées, prescription des masques, déclenchement précoce du confinement..
Le dé-confinement Chinois ne renvoyant pas non plus de chiffres cohérents, notre seconde vague risque d'être sous évaluée.
Il faudrait suivre de près les chiffres de l'Italie mais nous n'avons pas un décalage temporelle très important, une attente de 10 jours supplémentaire nous aurait permis d'observer ce qu'il se passe.

[yves95210]

Pensez vous que ma remarque du #2802 est juste ? c'est à dire que les chiffres de mortalité et de prévalence de la maladie à l'instant t, alors que l'évolution temporelle était rapide, et que les mesures de confinement ont "gelé" la propagation à des moments très différents du développement, ne veulent absolument rien dire ?

Dans ce cas, l'étude citée est juste de la ... en barre non ? (j'ai cherché un mot poli mais j'en ai pas trouvé !)

Comme toutes les études qui se basent sur le nombre de cas confirmés par les différents pays,
1) sans tenir compte de sa corrélation avec le nombre de tests pratiqués,
2) sans tenir compte de "l'âge" de l'épidémie dans chaque pays.

Le deuxième facteur vaut aussi pour les études qui se basent sur le nombre de décès. Pour lequel il existe d'autre biais (les règles de comptabilisation des décès attribués au Covid-19 varient d'un pays à l'autre, pas forcément volontairement). Le nombre de décès à l'hôpital est sans-doute le seul indicateur commun, au moins aux pays qui ont les moyens d'hospitaliser tous les patients qui en ont besoin.

[papy-alain]

Le plus grand soucis qui n'a pas fini de faire parler c'est que l'on est parti sur les chiffres Chinois, je pense que leur mortalité est d'au moins 20 fois plus..
La stratégie d'immunité globale de départ aurait pu être laissée de côté au profit d'une limitation des échanges aériens, quarantaines obligatoires pour les retours de zones infectées, prescription des masques, déclenchement précoce du confinement..
Le dé-confinement Chinois ne renvoyant pas non plus de chiffres cohérents, notre seconde vague risque d'être sous évaluée.
Il faudrait suivre de près les chiffres de l'Italie mais nous n'avons pas un décalage temporelle très important, une attente de 10 jours supplémentaire nous aurait permis d'observer ce qu'il se passe.

D'autant plus que les recommandations de l'OMS pour permettre un déconfinement sont de tester une majorité de la population afin d'identifier les cas asymptomatiques. Comme ce sera impossible pour la France, il faut évidemment craindre un deuxième vague après le 11 mai.

[yves95210]

D'autant plus que les recommandations de l'OMS pour permettre un déconfinement sont de tester une majorité de la population afin d'identifier les cas asymptomatiques. Comme ce sera impossible pour la France, il faut évidemment craindre un deuxième vague après le 11 mai.

Comme d'habitude, c'est du yakafokon.

Comme on l'a déjà dit ici, à partir du moment où il y a un grand nombre de porteurs du virus (et il y en aura encore des dizaines de milliers le 11 mai) et une circulation du virus importante dans certaines régions, il faudrait re-tester tout le monde toutes les semaines pour s'assurer que les individus PCR-négatifs le sont encore une semaine après.

1) Le test PCR ne détecte pas le virus au début de l'incubation.
2) Il ne détecte pas le virus quand celui-ci n'est pas ou plus présent (ou pas en quantité suffisante) dans les prélèvements naso-pharyngés, une personne infectée n'ayant plus de symptômes depuis quelques jours peut très bien être PCR-négative tout en restant porteuse du virus.
3) Quand aux vrais asymptomatiques, il me semble la probabilité qu'ils soient PCR-négatifs sur un prélèvement nasal est élevée.
4) Sans compter que plus on fait des prélèvements en masse, plus il faut mobiliser de personnel, les professionnels de santé n'y suffiraient pas et la qualité des prélèvements effectués par des personnes recrutées pour l'occasion serait en moyenne moins bonne, conduisant à beaucoup de faux-négatifs

Au total des milliers de cas ne seraient pas détectés même à l'occasion d'un test systématique de la population, et pourraient continuer de transmettre le virus. Donc au bout d'une semaine, retour à la case départ, il faut re-tester tout le monde. Et ainsi de suite. Là ce n'est plus de 500000 ou 700000 tests par semaine qu'on parle, mais de 50 millions... Et même si on concentre les moyens sur les régions à forte circulation du virus, c'est encore 10 millions de tests par semaine qu'il faudrait faire.

Tu ne crois pas qu'il y a une bonne raison pour qu'aucun pays ne se soit lancé dans une telle opération ?

Pour optimiser la capacité de test (même quand elle est grande), il faut cibler la partie de la population dans laquelle la probabilité de trouver des porteurs du virus est élevée (personnes ayant des symptômes et leurs contacts); et je peux te garantir que dans les semaines suivant le 11 mai, ça va faire du monde. Même les pays qui avaient de gros moyens de test au début de l'épidémie n'ont pas fait autre chose.
Tester systématiquement l'autre partie de la population, pour trouver 0,1 ou 0,2 % de porteurs du virus (et en rater au moins autant pour les raisons ci-dessus) serait à peu près aussi efficace que chercher une aiguille dans une botte de foin.

[pm42]

Comme ce sera impossible pour la France

Comme le dit yves95210, c'est impossible et surtout inutile dans tous les pays du monde. Même la Corée du Sud donnée en exemple n'a jamais testé plus que 0,35 personne pour mille (chiffre ECDC).

[invitec522b4c1]

Le 11 mai n'est pas la date où sera prête l'appli que l'on devra obligatoirement avoir activée pour avoir le droit de sortir de chez soi ?
De manière à isoler tous les contacts de tout nouveau cas suspecté et tester cette population limitée.
(Si c'est pas obligatoire trop peu de gens voudront du machin, dans la série « je ne comprends pas le plan du gouvernement ».)