Bénéfices attendus de la campagne de vaccination

[invite7a0a8d2e]

On peut appliquer le raisonnement à tous les vaccins qu'on a utilisé à l'échelon planétaires depuis des décennies et sur des trucs bien pires que le Covid.
A ce jour, on n'a pas de super-virus de la variole, de la rougeole ou de la polio qui échappe au vaccin.

Vous avez des sources pour vous permettre d'affirmer une chose pareille (surprenante qui plus est...) ?
je vous rappelle que les théories personnelles sont interdites sur Futura.
Merci.
-----

[Thierry Grenet]

Je corrige le message précédent, je n'ai pas pris le bon facteur : en mars-avril on est passé de 3 à 0,8 ... ce qui fait une réduction par un facteur 3,75 et pas 3, au temps pour moi ! Donc on passe de 5,1 à 1,36 puis (en étant un peu optimiste sur l'immunité) à 1,16. C'est plus proche de ce que tu as estimé. Ca fait un doublement tous les mois.
J'écris 2 chiffres significatifs, mais ça n'a pas grand sens. Avec les marges d'erreur on peut retenir en effet qu'on pourrait ne pas être trop loin du contrôle (et on pourrait être aidé par le retour du printemps).

[Flyingbike]

Vous avez des sources pour vous permettre d'affirmer une chose pareille (surprenante qui plus est...) ?
je vous rappelle que les théories personnelles sont interdites sur Futura.
Merci.

Euh, c’est plutôt d’affirmer le contraire qui serait une théorie personnelle. Vous connaissez des cas de virus de variole ou rougeole résistants aux vaccins ?

Votre rappel de la charte est malvenu, et vous êtes assez mal placé pour vous permettre ce genre de remarque.

Ceci est un avertissement

[Thierry Grenet]

@Archi3 et @Yves95210

Suivant votre bon conseil j'ai regardé les simulations dans le dernier rapport du conseil scientifique. Probablement la différence des conditions d'apparition d'un pic vient de leur hypothèse (réaliste) d'une campagne de vaccination non optimale : 90% d'efficacité du vaccin et une extension du groupe vacciné quand seulement 70% du groupe ciblé précédemment a été vacciné. Peut-être anticipent-ils qu'une fraction de personnes vulnérables est non vaccinable ou refuse de l'être ? La hauteur du pic de cas critiques (et de décès) doit être assez sensible à la valeur de ces paramètres.

[jiherve]

bonsoir
les corona et influenza mutent et donc il faut toujours faire de nouveaux vaccins. Pour la grippe c'est entré dans les mœurs pour la covid il suffit d'attendre.
J'ai déjà posté de nombreux liens, en anglais je suis désolé, qui anticipent ce fait.
pour la route :
https://www.sciencemag.org/news/2021...dated-vaccines
https://www.nature.com/articles/d41586-021-00031-0
Donc ce n'est pas si binaire.
JR

[jiherve]

re
un autre mis à jour récemment :https://edition.cnn.com/2021/01/12/h...ant/index.html

E484K is called an "escape mutant" because it's been shown it might be able to escape some of the antibodies produced by the vaccine.

think a little about it !
JR

[invite7a0a8d2e]

Euh, c’est plutôt d’affirmer le contraire qui serait une théorie personnelle. Vous connaissez des cas de virus de variole ou rougeole résistants aux vaccins ?

Pourquoi tronquez-vous l'affirmation de pm42 ?

Il dit :

On peut appliquer le raisonnement à tous les vaccins qu'on a utilisé à l'échelon planétaires depuis des décennies et sur des trucs bien pires que le Covid.
A ce jour, on n'a pas de super-virus de la variole, de la rougeole ou de la polio qui échappe au vaccin.

Sur des trucs, biens pires que le covid et pas uniquement la variole ou je ne sais quoi.
C'est profondément méconnaitre nos capacité de nuisance actuelles en matière d'arme biologique.

Or, des programmes militaires de recherche en cours aux Etats-Unis mettent en doute la volonté des Américains de se plier à ces dispositions.

Parmi ces études, l’une porte sur les effets de dispersion des bombes bactériologiques ;

une autre sur la production d’une souche de la maladie du charbon résistante aux vaccins.

Plusieurs diplomates occidentaux présents à la conférence de Genève ont souligné que des essais portant sur ce type de bombe sont en flagrante violation du traité. De même que le développement d’une souche altérée de bacille de charbon (« anthrax » en anglais) ne saurait être qualifié d’arme « défensive ». Professeur de microbiologie à New York University, M. Richard Novick, qui dirige une commission d’enquête sur la défense microbiologique, s’indigne : « Je ne peux imaginer quelque justification que ce soit à la modification de l’antigénicité de l’anthrax comme mesure biodéfensive (4). »

https://www.monde-diplomatique.fr/ca...mesbiologiques

[yves95210]

Je sépare la discussion sur les réas et décès, de celle des contas en général, car c'est très différent.

En partie seulement, le nombre d'entrées en réas et décès dépend du nombre d'infections.
Mais aussi de la répartition par tranches d'âges de celles-ci, car le risque de cas critique ou de décès augmente ~exponentiellement avec l'âge. Donc effectivement, avec une campagne de vaccination qui cible en priorité les plus fragiles (parmi lesquels surtout les plus âgés), le nombre de contaminations peut augmenter sans que les nombres d'admissions en réa et de décès augmentent aussi vite.

Pour la première "urgence", à savoir les décès et les cas graves pouvant engorger les réas, il me semble quand même que c'est la vaccination le moyen le plus efficace. D'ici fin mars une grosse moitié des personnes vulnérables peut avoir été vaccinée si la campagne continue à être ciblée. C'est beaucoup et c'est ça qui peut étouffer dans l'oeuf toute flambée éventuelle de réas/décès.

D'une part ce ne seront pas 100% des personnes vulnérables qui seront vaccinées, et les vaccins ne les protégeront pas à 100% non plus (l'incertitude est encore assez grande sur le taux d'efficacité des vaccins chez les plus de 65 ou 75 ans, car il n'y a pas eu assez de cas durant les essais cliniques pour réduire la marge d'erreur. Et cette incertitude est encore plus grande pour le vaccin AstraZeneca, sans lequel seuls les plus de 75 ans pourront être vaccinés avant fin mars). Si par exemple 80% des personnes vulnérables sont vaccinées et que les vaccins ne sont efficaces qu'à 90% (valeurs optimistes), cela laisse près de 30% de ces personnes non protégées.
D'autre part plus de 10% des admissions en réa concernent des personnes ne faisant pas partie de cette catégorie, et à qui le vaccin ne sera pas proposé avant mai.
Au total, en cas de flambée épidémique non contrôlée, les hôpitaux finiront par être saturés même si ça prend plus de temps qu'en l'absence de vaccin (il faudra peut-être un taux d'incidence 3 fois plus élevé pour en arriver là, mais avec une croissance exponentielle ça peut aller vite).

Dans le même temps l'immunité globale n'aura que peu progressé et n'aura pas un gros effet (elle sera entre 10% et 15% ?).

En prenant les valeurs les plus probables de l'estimation des rapports hospitalisés / infectés par tranche d'âge (selon https://science.sciencemag.org/content/369/6500/208, mais aussi les résultats des études basées sur les tests sérologiques à la fin de la première vague), elle serait actuellement déjà de 16% et pourrait atteindre les 20% avant fin mars.

Si la contagiosité du variant anglais est dans la fourchette haute des estimations actuelles (ce dont je doute, c'est juste pour discuter), la situation serait incontrôlable sans vaccin. On aurait un R0 de 5, divisé par 3 par un confinement type mars-avril (c'est à cette période que je me réfère car je pars du R0, qui caractérise l'épidémie en mode libre à ses débuts). On obtient un R de 1,67 ramené à 1,4 par l'immunité acquise (je prends 15%, je suis optimiste). Ce 1,4 produit un doublement des chiffres toutes les deux semaines. Si on a ça en étant déjà confinés et sans vaccin ... on est mal !

J'ai expliqué dans le message précédent pourquoi je pense qu'il ne faut pas partir de ce Ro=3, mais plutôt du Reff=1,5 constaté en octobre avant le couvre-feu puis le confinement. C'est clair qu'on vivra au moins jusqu'à l'été avec au minimum les mesures qui étaient en vigueur jusqu'en octobre dernier.
C'est donc par rapport à cette valeur de Reff (un peu diminuée grâce à l'augmentation de l'immunité collective depuis octobre) qu'il faut estimer l'impact du nouveau variant, qui au pire (peu crédible?) ferait remonter Reff à 2,5 sans couvre-feu, fermeture des restaurants et des salles de spectacles, etc.

Pour ce qui est de la population générale (hors "vulnérables"), je suis d'accord avec toi la vaccination des quelques mois à venir n'aura quasiment pas d'effet, et comme ces contaminations posent par ailleurs d'autres problèmes il faut continuer d'appliquer et adapter les mesures sanitaires. Dans l'hypothèse du haut de la fourchette de contagiosité comme ci-dessus, on n'éviterait pas une contamination rapide d'une part importante de la population (approche de l'immunité collective). A propos de la vaccination, j'imagine que pour cette population générale l'objectif est de vacciner la majorité des gens d'ici l'automne prochain.

Au vu des prévisions de livraisons des doses de vaccin (en supposant que le vaccin AZ soit autorisé fin janvier), 30 millions de personnes pourraient être vaccinées en juillet. Comme pour le moment il n'est pas question de vacciner les enfants et les ados, les essais des vaccins n'ayant porté que sur les 18 ans et plus (16 ans pour Pfizer), ces 30 millions représentent plus de 60% de la population adulte, à laquelle le vaccin sera proposé.

[invite7a0a8d2e]

Euh, c’est plutôt d’affirmer le contraire qui serait une théorie personnelle.

Ceci dit en passant et vous avez peut-être la mémoire courte, mais on se demandait encore il y a un an si on allait même pouvoir trouver un vaccin contre le COVID.
C'était pas acquis il me semble, si ?
S'il avait été plus polymorphe, c'était mort.
Mais allez savoir s'il ne finira pas par abandonner ses systèmes de réparation, juste pour me donner raison.

[Flyingbike]

Pourquoi tronquez-vous l'affirmation de pm42 ?

Il dit :


Sur des trucs, biens pires que le covid et pas uniquement la variole ou je ne sais quoi.
C'est profondément méconnaitre nos capacité de nuisance actuelles en matière d'arme biologique.


https://www.monde-diplomatique.fr/ca...mesbiologiques

Je n'ai rien tronqué. Mais quel est donc le rapport avec les armes biologiques??

une autre sur la production d’une souche de la maladie du charbon résistante aux vaccins

Vous avez saisi qu'on ne parle pas de souches produites (= artificielles) ? et que donc c'est totalement hors sujet et sans rapport ?

Ceci dit en passant et vous avez peut-être la mémoire courte, mais on se demandait encore il y a un an si on allait même pouvoir trouver un vaccin contre le COVID.
C'était pas acquis il me semble, si ?
S'il avait été plus polymorphe, c'était mort.
Mais allez savoir s'il ne finira pas par abandonner ses systèmes de réparation, juste pour me donner raison.

Encore une fois, quel est le rapport ? Ma mémoire va très bien, merci.
Je me souviens même de vos vacances

[Thierry Grenet]

(@Archi3 et Yves95210, entre autres !)

Voilà, j'ai regardé ce que cela donne avec une campagne de vaccination plus réaliste, en supposant qu'avec l'efficacité imparfaite du vaccin et les personnes qui ne peuvent pas ou ne veulent pas être vaccinées, 30% des vulnérables ne sont pas protégés par la campagne de vaccination. Cela crée un pic de décès en aout. Voir dans la figure ci-dessous ce que cela donne, avec la courbe sans vaccination pour comparaison (gros pic).



Mon timing correspond en gros au scenario le plus tardif des gens de Pasteur. J'introduis le variant anglais de façon à ce qu'il représente 1% des contas au 10 janvier (ce qui correspond à ce qui est estimé) et je le laisse croitre et embellir avec sa propre cinétique. Dans leurs simulations les gens de Pasteur font un truc plus brutal : ils remplacent instantanément tous les variants précédents par le variant anglais à une date arbitraire. Ce que je fais correspond à un variant anglais devenant prédominant début avril.

Conclusion de tout ça (pas très étonnante) : pour éviter les gros ennuis avec un nouveau variant plus contagieux, il faut vacciner le plus vite possible, d'abord les plus vulnérables dont il faut convaincre le maximum de réfractaires du bien fondé de la vaccination. J'ai l'impression que les personnes âgées, conscientes du risque, vont accepter massivement de se faire vacciner. J'en vois beaucoup changer d'avis dans ce sens autour de moi.

[inviteb2d81f20]

Ouawh, ça fout les chocottes!
D'après la courbe, sans le vaccin, on aurait perdu 250 000 de nos compratriotes par le virus dans une troisième vague entre l'été et l'automne prochain. C'est autant que les chiffres les plus alarmistes (et donnés en allocution nationale par le président juste avant le deuxième confinement) concernant la fin 2020 si aucune mesure n'avait été prise depuis le premier confinement, mais alors que aucun variant plus transmissible n'avait montré son nez.

Heureusement que le vaccin est là, maintenant, mais toujours d'après cette courbe, une vague va malgré tout éliminer 60 000 français entre début juin et l'automne 2021 (la moyenne de la courbe est à 400/j sur 5 mois).
C'est énorme, presque l'équivalent du nombre de morts enregistrés aujourd'hui depuis le début.

La figure est parlante, et oui, après l'avoir vue, ça porte chacun à dénuder son bras.

Faut-il retenir aussi de ta courbe, que malgré le bénéfice considérable du vaccin, il faut s'attendre à des mesures drastiques d'isolement avant et tout au long de l'été, afin de faire barrage à cette projection montrant cette troisième vague de morts terrible après vaccination de la population, à contrario de l'été 2020 qui avait été très calme?

[Archi3]

Ouawh, ça fout les chocottes!
D'après la courbe, sans le vaccin, on aurait perdu 250 000 de nos compratriotes par le virus dans une troisième vague entre l'été et l'automne prochain. C'est autant que les chiffres les plus alarmistes (et donnés en allocution nationale par le président juste avant le deuxième confinement) concernant la fin 2020 si aucune mesure n'avait été prise depuis le premier confinement, mais alors que aucun variant plus transmissible n'avait montré son nez.

ton étonnement est à la mesure du mien qu'on continue à considérer ça comme une surprise.

Depuis le début, on parle de stratégie d'étalement et pas d'éradication, en prenant comme postulat que l'éradication est impossible (ce postulat est en lui même discutable à mon avis, et certains pays comme la Chine ont bel et bien appliqué une stratégie d'éradication, mais n'entamons pas le débat ici). Or c'est très clair qu'une stratégie d'étalement consiste à éviter un pic trop important en "étalant" les contaminations et les décès, mais n'a pas pour effet de diminuer le nombre de décès au final. Pour faire simple tant que tu laisses le virus circuler, il finira par toucher plus ou moins tout le monde avant que l'immunité collective agisse (si elle agit..), et tous les gens fragiles susceptibles de mourir vont l'attraper autant que si on n'avait rien fait, mais moins rapidement.

Il n'y a clairement que les vaccins qui peuvent protéger ces populations, mais dans la mesure où ils n'auront été massivement développés qu'au bout de deux ans d'épidémie, il ne serait nullement étonnant qu'on retrouve un bilan final comparable aux projections annoncées au début de l'épidémie.

[yves95210]

Bonjour,

(@Archi3 et Yves95210, entre autres !)

Voilà, j'ai regardé ce que cela donne avec une campagne de vaccination plus réaliste, en supposant qu'avec l'efficacité imparfaite du vaccin et les personnes qui ne peuvent pas ou ne veulent pas être vaccinées, 30% des vulnérables ne sont pas protégés par la campagne de vaccination. Cela crée un pic de décès en aout. Voir dans la figure ci-dessous ce que cela donne, avec la courbe sans vaccination pour comparaison (gros pic).

Pièce jointe 430559

Mon timing correspond en gros au scenario le plus tardif des gens de Pasteur. J'introduis le variant anglais de façon à ce qu'il représente 1% des contas au 10 janvier (ce qui correspond à ce qui est estimé) et je le laisse croitre et embellir avec sa propre cinétique. Dans leurs simulations les gens de Pasteur font un truc plus brutal : ils remplacent instantanément tous les variants précédents par le variant anglais à une date arbitraire. Ce que je fais correspond à un variant anglais devenant prédominant début avril.

Merci pour le boulot effectué.

Effectivement ça semble plus réaliste. Mais je suis étonné de la date à laquelle le variant anglais devient prédominant. Le graphique correspond-il à une infectiosité du variant anglais supérieure de 75% à celle du variant historique, comme le premier que tu avais posté ? Avec 70%, les épidémiologistes de Pasteur estiment que le variant anglais sera déjà prédominant début mars, dans un scénario où le nombre d'infections par le variant historique reste stable à son niveau actuel (p. 26 de l'avis du CS).

[Archi3]

Effectivement ça semble plus réaliste. Mais je suis étonné de la date à laquelle le variant anglais devient prédominant. Le graphique correspond-il à une infectiosité du variant anglais supérieure de 75% à celle du variant historique, comme le premier que tu avais posté ? Avec 70%, les épidémiologistes de Pasteur estiment que le variant anglais sera déjà prédominant début mars,

c'est aussi l'estimation à laquelle j'étais arrivée (que j'ai posté un peu plus haut), on est à un R de 1 environ (un peu plus maintenant), et un variant 50 % plus contagieux correspond donc à 1,5 . Un R de 3 en début d'épidémie correspondait à un temps de doublement de 4 jours environ, avec 1,5 on est autour d'une semaine, donc on passe de 1% à 100 % au bout de 6 à 7 semaines. Un modèle plus détaillé donnerait des valeurs peut etre un peu différentes mais l'incertitude sur le temps au bout duquel une exponentielle atteint un plafond donné est assez petite (elle ne dépend que logarithmiquement du plafond).

[yves95210]

Heureusement que le vaccin est là, maintenant, mais toujours d'après cette courbe, une vague va malgré tout éliminer 60 000 français entre début juin et l'automne 2021 (la moyenne de la courbe est à 400/j sur 5 mois).
C'est énorme, presque l'équivalent du nombre de morts enregistrés aujourd'hui depuis le début.

La figure est parlante, et oui, après l'avoir vue, ça porte chacun à dénuder son bras.

Faut-il retenir aussi de ta courbe, que malgré le bénéfice considérable du vaccin, il faut s'attendre à des mesures drastiques d'isolement avant et tout au long de l'été, afin de faire barrage à cette projection montrant cette troisième vague de morts terrible après vaccination de la population, à contrario de l'été 2020 qui avait été très calme?

Il y aura forcément des mesures plus drastiques pour contenir la vague (en fait ça a déjà commencé avec le couvre-feu à 18h). D'autant plus que la simulation des épidémiologistes de Pasteur la fait arriver plus tôt, à partir de début mars, époque à laquelle le pourcentage de personnes vulnérables vaccinées sera encore faible (au mieux celles à qui la vaccination est ouverte aujourd'hui).

Mais de toute façon le taux d'immunité ne sera pas suffisant avant l'automne pour éviter à lui seul une nouvelle vague, si le variant anglais est effectivement 70% plus infectieux que le variant historique : sans aucune mesure (comme début mars), le taux de reproduction serait d'environ 5, ce qui met le seuil d'immunité collective à 80%.
Avec "seulement" les gestes barrière et le masque et une limitation de la fréquentation des lieux publics clos mais pas de fermetures (comme l'été dernier et jusqu'à début octobre), en se basant sur sa valeur en octobre (1,5), Reff serait d'environ 2,5, ce qui met le seuil à 60%. D'autre part on a quand-même constaté un petit effet saisonnier, qui a maintenu Reff en moyenne à 1,2 de juillet à septembre alors qu'il a augmenté jusqu'à 1,5 au début de l'automne. Dans cette hypothèse, cet été Reff ne serait que d'environ 2 et le seuil d'immunité collective à 50%.
50 à 60% d'immunité, c'est un objectif atteignable. C'est d'ailleurs pour ça que dans le graphique de Thierry la courbe "avec vaccin" décroit toute seule, alors qu'il n'a pas simulé l'effet de nouvelles mesures de contrôle.

Le problème se pose surtout si la vague provoquée par le nouveau variant arrive plus tôt, comme dans la simulation des épidémiologistes de Pasteur. C'est ça qui justifie les mesures plus drastiques dont on entend parler.

[Archi3]

D'autre part on a quand-même constaté un petit effet saisonnier, qui a maintenu Reff en moyenne à 1,2 de juillet à septembre alors qu'il a augmenté jusqu'à 1,5 au début de l'automne. Dans cette hypothèse, cet été Reff ne serait que d'environ 2 et le seuil d'immunité collective à 50%.

mais ces situations ne sont obtenues qu'avec un certain nombre de mesures de protections et de limitations qui handicapent la vie, et en plus seraient remises en causes dès qu'on aurait un variant plus contagieux encore, ce qui ne peut pas être exclus. La fin de l'épidémie, ce sera quand on aura repris une vie normale et oublié le virus, et ça , ça revient bien au Ro estimé au début de l'épidémie, donc de l'ordre de 5 avec tes estimations, et donc une couverture immunitaire de 80 %, obtenue soit par vaccination soit par immunisation. Et le nombre de morts à la fin sera la létalité appliquée à la population ayant contracté le virus (non vaccinée), quel que soit la manière dont on y est arrivé.

[yves95210]

c'est aussi l'estimation à laquelle j'étais arrivée (que j'ai posté un peu plus haut), on est à un R de 1 environ (un peu plus maintenant), et un variant 50 % plus contagieux correspond donc à 1,5 . Un R de 3 en début d'épidémie correspondait à un temps de doublement de 4 jours environ, avec 1,5 on est autour d'une semaine, donc on passe de 1% à 100 % au bout de 6 à 7 semaines. Un modèle plus détaillé donnerait des valeurs peut etre un peu différentes mais l'incertitude sur le temps au bout duquel une exponentielle atteint un plafond donné est assez petite (elle ne dépend que logarithmiquement du plafond).

Un peu moins vite : le temps qu'il faut pour qu'en moyenne un infecté contamine R autres personnes est d'environ 6 jours (je pense que les estimations à environ 8 jours au tout début de l'épidémie ne tenaient pas compte du fait - alors inconnu - qu'un infecté est contagieux 2 à 3 jours avant l'apparition des symptômes, et que c'est surtout dans les quelques jours avant et après les premiers symptômes qu'il l'est le plus).
R=1,5 donne donc un temps de doublement de 11 jours (comme par exemple au début de l'automne avant le durcissement des mesures) et il faut à peu près 70 jours pour que le nouveau variant devienne prédominant.
R=1,7 donne un temps de doublement de 8 jours et il faut à peu près 50 jours (en partant du 10 janvier, ça conduit au 1er mars, comme dans l'estimation en annexe de l'avis du CS).

Mais il s'agit de la date à laquelle les deux variants sont "à égalité", et le Reff global est donc la moyenne des R des deux variants. Il faut encore quelques temps de doublement pour que "presque tous" les nouveaux cas soient dus au nouveau variant et que le Reff global soit égal au R du nouveau variant alors que la simulation des épidémiologistes de Pasteur fait passer Reff brutalement de 1 à 1,5. Sur ce point il me semble que la simulation de Thierry est plus réaliste. Sauf que, s'il a pris la valeur haute de l'infectiosité (+70% par rapport au variant historique), je ne vois pas comment il arrive à une prédominance du nouveau variant seulement en avril. Or un mois d'écart donne évidemment un effet très différent de la campagne de vaccination, puisqu'en mars seule une petite partie des 15 millions de personnes vulnérables seront immunisées (d'où la vague bien plus importante que montre la simulation de Pasteur même avec vaccination).

[yves95210]

mais ces situations ne sont obtenues qu'avec un certain nombre de mesures de protections et de limitations qui handicapent la vie, et en plus seraient remises en causes dès qu'on aurait un variant plus contagieux encore, ce qui ne peut pas être exclus. La fin de l'épidémie, ce sera quand on aura repris une vie normale et oublié le virus, et ça , ça revient bien au Ro estimé au début de l'épidémie, donc de l'ordre de 5 avec tes estimations, et donc une couverture immunitaire de 80 %, obtenue soit par vaccination soit par immunisation. Et le nombre de morts à la fin sera la létalité appliquée à la population ayant contracté le virus (non vaccinée), quel que soit la manière dont on y est arrivé.

Je suis d'accord. J'ai dit plus haut que dans tous les cas on aura besoin au moins de maintenir des mesures barrière et le port du masque (du moins dans les lieux clos, mais c'est un autre débat...) après l'été. Le calcul que j'avais fait au début de ce fil ne tenait pas compte de l'augmentation du taux de reproduction du virus dû au(x) nouveau(x) variant(s).

Même en supposant que 80% des 14 millions de personnes les plus vulnérables et 60% des autres adultes soient vaccinés, et en espérant une efficacité de 90% (qui est encore loin d'être certaine pour les personnes âgées, ni même pour les autres qui seront surtout vaccinées avec le vaccin AZ), et que 30% du reste de la population aient été infectés avant mi-2021, ce ne sont au total qu'un peu plus de 50% de la population qui seront immunisés.
Si ensuite on se contente de maintenir R autour de 1 et qu'on s'autorise un taux d'occupation des lits de réa au niveau actuel, il faudra encore un an pour atteindre les 80%, à condition que l'immunité dure assez longtemps et qu'on n'ait pas affaire à de nouveaux variants échappant au vaccin. Par exemple s'il se confirme que les variants sud-africains et brésiliens échappent au moins partiellement à la réponse immunitaire acquise (naturellement ou par vaccination) et augmentent fortement la probabilité de réinfection, et si on laisse ces variants se répandre dans le monde entier (ce qui est possible car ils semblent également qu'ils soient plus infectieux, grâce à la même mutation que le variant anglais), tous ces calculs tombent à l'eau. Il faudrait tenir compte dans les simulations du pourcentage de risque de réinfection d'une personne (ou d'infection d'une personne vaccinée) mise en contact avec le virus, et de la probabilité qu'une telle (ré-)infection donne lieu à un cas grave, potentiellement mortel. Mais ces deux paramètres sont inconnus aujourd'hui.

Quant au nombre total de décès, on est d'accord depuis le début… Sauf qu'il serait évidemment bien plus important en l'absence de mesures de contrôle, puisque ça conduirait fatalement à la saturation des hôpitaux.
Finalement ces mesures auront eu pour effet de lisser le nombre de morts sur les deux années (et N vagues de l'épidémie) qu'aura duré l'épidémie, et de permettre que la létalité devienne nettement plus faible dès ce printemps grâce à la vaccination des personnes les plus vulnérable (quand elles sont protégées à 70%, la létalité sera divisée par ~3).
Avec une létalité de 0,7% pendant la première année de l'épidémie, tombant à 0,25% mi-2021 alors qu'il restera 50% de la population non immunisés, le bilan sur deux ans sera probablement d'environ 200000 morts, dont la plus grande partie en 2021. A comparer avec la mortalité annuelle en France, 600000. Mais une grande partie de ces 200000 décès aura concerné des personnes dont l'espérance de vie ne dépassait pas 1 ou 2 ans, donc ça ne se traduira pas par une surmortalité de 15% par rapport aux 1,2 millions de décès "normaux" en 2 ans.

[invite7a0a8d2e]

Pour infos, la fréquence des réinfections (rapportées chez le personnel soignant), n'est probablement pas négligeable.
J'ai vu un mini documentaire récent, où les soignants (une dizaine) étaient en réunion pour discuter du fait qu'ils se feront vacciner ou pas, et deux d'entre eux ont indiqués avoir été malades deux fois.
Ça semblait banal.

Peut-être que ça dépend juste du mutant particulier auquel ils ont fait face.
J'imagine que les variantes (sous-variants ou "mutants") du covid sont très divers et que le personnel soignant est amené à côtoyer de très nombreux mutants.

[Archi3]

Mais il s'agit de la date à laquelle les deux variants sont "à égalité", et le Reff global est donc la moyenne des R des deux variants.

j'ai pas raisonné comme ça, la moyenne n'a pas grand sens car c'est une moyenne pondérée et les effectifs relatifs varient constamment, ce n'est donc en rien une constante. J'ai juste supposé que le R restait proche de 1 pour l'ancien variant avec un nombre de contaminations constant et que le nombre de contaminations du nouveau variant croissait exponentiellement, en estimant le temps où le deuxième rattraperait le premier, donc on doublerait le nombre de contaminations (un seuil que sera probablement proche de celui considéré comme très inquiétant et nécessitant des mesures supplémentaires).

OK pour un temps de doublement de 9 jours, si on veut passer de 1% à 100 % c'est 6,5 temps de doublements dont deux mois, les tests ont été fait mi-janvier donc on vise mi-mars, si rien ne change d'ici là bien sur.

[Archi3]

Pour infos, la fréquence des réinfections (rapportées chez le personnel soignant), n'est probablement pas négligeable.
J'ai vu un mini documentaire récent, où les soignants (une dizaine) étaient en réunion pour discuter du fait qu'ils se feront vacciner ou pas, et deux d'entre eux ont indiqués avoir été malades deux fois.
Ça semblait banal.

c'est aussi l'impression que j'ai avec un cas familial très proche , ce qui me semble improbable si c'était rare, et j'ai entendu des médecins dire qu'ils savaient que les cas de recontamination étaient fréquents, mais comme il y a eu très peu de tests la premiere fois on ne peut pas le prouver.

[yves95210]

Pour infos, la fréquence des réinfections (rapportées chez le personnel soignant), n'est probablement pas négligeable.
J'ai vu un mini documentaire récent, où les soignants (une dizaine) étaient en réunion pour discuter du fait qu'ils se feront vacciner ou pas, et deux d'entre eux ont indiqués avoir été malades deux fois.
Ça semblait banal.

Peut-être que ça dépend juste du mutant particulier auquel ils ont fait face.
J'imagine que les variantes (sous-variants ou "mutants") du covid sont très divers et que le personnel soignant est amené à côtoyer de très nombreux mutants.

Le problème c'est qu'aujourd'hui on ne sait pas quantifier cette fréquence : ça demande un suivi d'une cohorte de patients ayant déjà été infectés (confirmé pendant l'infection par test PCR ou a posteriori par test de la présence d'anticorps), en assez grand nombre et sur une assez grande durée pour donner un nombre significatif de réinfections, et pour que la probabilité d'avoir à nouveau été exposé au virus soit à peu près la même pour les patients réinfectés et pour ceux qui ne l'ont pas été.
Ce suivi nécessiterait de pratiquer régulièrement des tests (les réinfections étant probablement souvent asymptomatiques on ne peut pas se contenter d'attendre qu'un des patients signale des symptômes; d'autre part un des objectifs d'une telle étude devrait être de déterminer la proportion de réinfections asymptomatiques), et idéalement, en cas de réinfection, de séquencer le génome du virus pour le comparer à celui ayant donné lieu à la première infection, ne serait-ce que pour écarter l'hypothèse d'un virus resté "dormant" dans l'organisme du patient.
Il devrait aussi permettre de tracer une courbe représentant la probabilité de réinfection en fonction du temps écoulé depuis la première infection (car ce n'est évidemment pas la même chose si les réinfections ne deviennent fréquentes qu'après 8 ou 10 mois que si elles le sont déjà au bout de 3 mois).

Mais il faut se méfier des impressions et des anecdotes : par exemple, j'ai été malade en janvier 2020 avec un ensemble de symptômes qui deux mois plus tard m'auraient sans-doute valu d'être considéré comme cas suspect de Covid (mais pas assez grave pour mériter un test à une époque où seuls les cas graves étaient testés). Ce n'est pas pour autant que si je chope le Covid aujourd'hui ce sera une réinfection (même si le virus circulait déjà un peu en France mi-janvier 2020, c'est quand-même très très peu probable que ce soit lui qui m'ait rendu malade à l'époque), alors que si j'avais eu ces symptômes en mars ou avril plutôt qu'en janvier j'aurais tendance à le croire.
Ceci dit, je suppose que les soignants malades (même peu symptomatiques) étaient plus testés que le reste de la population au début de l'épidémie, et que si l'un d'entre eux a été PCR+ durant la première vague, puis à nouveau durant la deuxième, il s'agit effectivement d'une réinfection.

[yves95210]

Quoi qu'il en soit, ça serait intéressant d'introduire dans les simulations au moins deux paramètres, dont les valeurs pourraient dépendre des variants du virus :
- la probabilité de réinfection en cas de nouvelle exposition au virus (croissante en fonction du temps écoulé depuis la première infection s'il s'agit du même variant; peut-être constante pour les réinfections causées par un nouveau variant échappant à la réponse immunitaire générée lors de la première infection);
- la probabilité de Covid grave en cas de réinfection (ou le rapport entre cette probabilité et celle lors d'une première infection).

Et également tenir compte de ces paramètres pour les (premières) infections de personnes vaccinées.

[Archi3]

Le problème c'est qu'aujourd'hui on ne sait pas quantifier cette fréquence : ça demande un suivi d'une cohorte de patients ayant déjà été infectés (confirmé pendant l'infection par test PCR ou a posteriori par test de la présence d'anticorps), en assez grand nombre et sur une assez grande durée pour donner un nombre significatif de réinfections, et pour que la probabilité d'avoir à nouveau été exposé au virus soit à peu près la même pour les patients réinfectés et pour ceux qui ne l'ont pas été.

on en a déjà parlé, le gros problème c'est que le tres faible nombre de tests de la premiere vague (probablement autour de 5 % des malades si on se base sur la létalité apparente) rend l'identification d'un échantillon statistique propre pratiquement impossible. Ces 5 % étaient les patients les plus gravement atteints, 20% d'entre eux sont décédés, et les 80 % restant ne sont probablement pas un échantillon représentatif de l'état immunologique du reste de la population. Les états graves ont pu produire ou meme être produits par une réaction immunitaire forte (orage cytokinique) qui peut mieux les protéger d'une 2e infection si ils survivent par exemple. On ne peut pas faire une étude prospective en sélectionnant a priori des patients "moyens" l'ayant déja eu il y a plus de 6 mois, et si on sélectionne a posteriori par la 2e infection, la réaction sérologique devient ininterprétable ...

Difficile donc d'avoir des données propres donc, mais mon impression "au doigt mouillé" et qu'il y a beaucoup plus de témoignages spontanés de réinfection que ce que les chiffres "rassurants" des études montrent, simplement parce que ces études loupent une fraction importante de la population contaminée. Et dire que l'immunité de groupe ne fonctionne pas en prenant comme exemple Manaus, c'est quand même un aveu que des recontaminations en masse sont possibles... Après il faudrait savoir si c'est une re-contamination par la meme souche avec une immunité qui disparaitrait, ou bien une autre souche qui échappe à l'immunité contre la premiere .

Peut etre qu'il faudrait plutot se baser sur des enquêtes statistiques sur le "vécu" des patients en calibrant indépendamment la fiabilité du "ressenti" de savoir si on l'a déjà eu ou pas par des tests sérologiques en parallèle ?

[Thierry Grenet]

Bonjour,

Je suis aussi un peu surpris de voir le troisième pic se développer un peu tard, mais je pense qu'il faut prendre les amplitudes et timings précis avec des pincettes. Selon le type de distributions de temps caractéristiques qu'on utilise dans le modèle on doit avoir des résultats différents. Les gens de Pasteurs semblent aussi incertains, ils présentent des scénarios en postulant un changement de R en février, mars ou avril.

Quant à l'amplitude du pic de décès, elle dépend fortement du taux d'acceptation du vaccin par les personnes vulnérables, d'un effet de saisonnalité non pris en compte qui peut pas mal changer la donne etc ...

Pour moi ces simulations c'est comme regarder les données climatiques d'un pays dans lequel on s'apprête à partir 15 jours en vacances. Ca donne une idée de ce à quoi on peut être confronté, donc ça aide à faire ses bagages, mais ça ne dit pas quel météo on aura réellement.

En tout cas ce que je retiendrais de ces calculs c'est encore une fois l'importance de l'efficacité de la vaccination, et qu'effectivement si le nouveau variant se révèle vraiment on ne sera pas aussi tranquille ce printemps ou cet été qu'on ne l'a été l'année passée.

Qu'on arrive finalement à l'ordre de grandeur de 100 000 - 200 000 décès en France n'est pas si étonnant que ça, à partir du moment où le virus ne nous lâche pas ...

[yves95210]

j'ai pas raisonné comme ça, la moyenne n'a pas grand sens car c'est une moyenne pondérée et les effectifs relatifs varient constamment, ce n'est donc en rien une constante.

Oui, je me suis peut-être mal exprimé : je voulais dire que, à la date où le nombre de cas des deux variants est identique, le R global est la moyenne des R des deux variants, moyenne qui doit en fait être pondérée comme tu le dis (et c'est pour ça que je disais qu'après cette date il faut encore plusieurs temps de doublement pour que le R global approche le R du nouveau variant).

[invite7a0a8d2e]

Quant à l'amplitude du pic de décès, elle dépend fortement du taux d'acceptation du vaccin par les personnes vulnérables, d'un effet de saisonnalité non pris en compte qui peut pas mal changer la donne etc ...

C'est compliqué.
En fait, à chaque injection vaccinale le corps des personnes réellement vulnérables (et qui effectivement seraient en danger de mort s'ils venaient à être contaminés par le virus) est mis à rude épreuve.
Si en plus il faudrait (ou pas) répéter cette opération du fait (éventuel) des variants/mutants (prévisibles mais pas quantifiables) ces personnes très vulnérables ont plus de chance de survie à être isolés qu'à être vaccinés.

C'est d'ailleurs des préconisations faites au cas par cas maintenant, par exemple en Norvège (il me semble) suite à un certain nombre de décès en rapport avec la vaccination (le vaccin n'est pas en cause, c'est le corps qui temporairement et ponctuellement ou définitivement, ne supporte même pas l'effort pour produire la défense immunitaire).

Pour moi ces simulations c'est comme regarder les données climatiques d'un pays dans lequel on s'apprête à partir 15 jours en vacances. Ca donne une idée de ce à quoi on peut être confronté, donc ça aide à faire ses bagages, mais ça ne dit pas quel météo on aura réellement.

C'est même pire que la météo il me semble.
La météo ne dépend pas (ou très peu) de l'intervention humaine.
Alors qu'ici, il suffit de changer les heures de confinement, de confiner, de vacciner plus, moins qui on ne sait pas etc etc etc, pour que le scénario diffère drastiquement.
A noter que s'il diffère drastiquement, c'est aussi parce-qu'on ne travaille pas "dans un puits", mais sur "le fil du rasoir", en tentant de rester "au milieu du guet".
On cherche à maintenir le système dans une sorte d'équilibre instable.
On ne produit pas d'action franche et radicale, mais on veut "ménager la chèvre et chou" (l'économie et la santé, la liberté et la contrainte etc)

[yves95210]

Peut etre qu'il faudrait plutot se baser sur des enquêtes statistiques sur le "vécu" des patients en calibrant indépendamment la fiabilité du "ressenti" de savoir si on l'a déjà eu ou pas par des tests sérologiques en parallèle ?

Mais ce "vécu" est absent si le patient était asymptomatique...
En fait il vaudrait mieux faire le suivi d'une cohorte de personnes testées sérologiquement positives à la fin de la première vague et représentatives de la population. Il y en a eu suffisamment (par exemple celle-ci), mais si ce suivi n'était pas prévu et les prélèvements anonymisés. Et ne retenir que des personnes dont on est à sait qu'ils ont été infectés il y a plus de N mois (par ex. N=6), puis, qu'ils aient ou non des symptômes, les tester périodiquement par exemple pendant les 6 mois suivant (période pendant laquelle ils ont une probabilité assez élevée de rencontrer à nouveau le virus si le taux d'incidence reste au moins au niveau actuel).
Avec plusieurs objectifs : mesurer la décroissance du taux d'anticorps si pas de nouvelle infection, ou constater une nouvelle infection (même en l'absence de symptômes) grâce à l'augmentation soudaine de ce taux; et dans ce cas effectuer un séquençage pour comparer les variants du virus ayant provoqué les deux infections. Et parmi les réinfections, estimer les pourcentages de cas asymptomatiques / modérés / graves (si possible en fonction du variant du virus cause de la réinfection).

Je ne sais pas s'il y a déjà des études de ce genre en cours (de toute façon c'est du long terme si on veut que les résultats soient significatifs); mais même si elles ne produisent des résultats que dans plusieurs mois, ça fournira des données encore essentielles pour simuler les scénarios possibles d'évolution de l'épidémie dans l'année qui suit - car la probabilité de réinfection et la gravité des cas de réinfection seront des paramètres de plus en plus importants de ces scénarios.

[JPL]

Quant à l'amplitude du pic de décès, elle dépend fortement du taux d'acceptation du vaccin par les personnes vulnérables

L’acceptation est très large dans les centres de vaccination pour les plus de 75 ans et autres personnes vulnérables. Je suis allé me faire vacciner cet après-midi et le couloir était plein de gens qui attendaient. Je suis passé à peu près 30 minutes après l’heure de mon rendez-vous.