Bénéfices attendus de la campagne de vaccination

[yves95210]

@Thierry :

Quoi qu'il en soit, ça serait intéressant d'introduire dans les simulations au moins deux paramètres, dont les valeurs pourraient dépendre des variants du virus :
- la probabilité de réinfection en cas de nouvelle exposition au virus (croissante en fonction du temps écoulé depuis la première infection s'il s'agit du même variant; peut-être constante pour les réinfections causées par un nouveau variant échappant à la réponse immunitaire générée lors de la première infection);
- la probabilité de Covid grave en cas de réinfection (ou le rapport entre cette probabilité et celle lors d'une première infection).

Et également tenir compte de ces paramètres pour les (premières) infections de personnes vaccinées.

J'ai vu que dans ton modèle SEIRD tu as prévu (au moins dans le schéma) le cas où l'immunité n'est pas permanente (avec une flèche R->S). Je ne sais pas si tu l'as implémenté dans ta simulation (même en fixant une durée d'immunité arbitraire).
Cela ne serait peut-être pas trop coûteux d'ajouter une règle du genre P(R->S)=f(t) où t est la date de la transition I->R; avec par exemple f une fonction logistique tendant plus ou moins rapidement vers 1, avec un paramètre dont la valeur permettrait de fixer ce "plus ou moins rapidement" (par ex. la durée au bout de laquelle la f(t) vaut 0,5).
Idem pour la sous-population vaccinée, mais avec possiblement une autre valeur de ce paramètre (puisque la durée de l'immunité procurée par le vaccin n'est pas forcément la même que par une infection).

Sans modifier le modèle ça ne permet pas de modifier la probabilité de cas grave (ou dans ta simu, de décès), mais ça permettrait déjà de se faire une idée de l'impact possible des réinfections sur la progression de l'épidémie.
Pour aller plus loin il faudrait prévoir une sous-population par exemple S_r (susceptible d'être réinfectée), devenant E_r puis I_r, avec un autre taux de décès (paramétrable) que la sous-population S.

Si l'idée te paraît intéressante et si tu as le temps

En particulier la probabilité de réinfection deviendra un facteur non négligeable si les variants sud-africain ou brésilien se répandent. Et comme le but de ces simulations est de pouvoir envisager tous les scénarios, même le pire...
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[yves95210]

L’acceptation est très large dans les centres de vaccination pour les plus de 75 ans et autres personnes vulnérables. Je suis allé me faire vacciner cet après-midi et le couloir était plein de gens qui attendaient. Je suis passé à peu près 30 minutes après l’heure de mon rendez-vous.

Attention, ça ne prouve peut-être rien. Le nombre de créneaux qui étaient disponibles pour la prise de rendez-vous correspond au nombre de doses en stock ou en attente de livraison sous deux semaines, donc au maximum 1,5 million, soit un quart de la population à qui la vaccination est ouverte.
Ce sont évidemment les plus motivés qui ont pris rendez-vous dès l'ouverture. Cela ne dit pas quelle proportion des trois autres quarts est décidée à se faire vacciner. Sans compter le côté parcours du combattant qui peut en décourager certains.

Je pense quand-même que l'acceptation est très large dans cette partie de la population, consciente du risque qu'elle court en cas d'infection. Mais c'est encore difficile de savoir si ça sera 70, 80 ou 90%...

[JPL]

Ce que je sais c’est que dès le surlendemain de l’ouverture des inscriptions beaucoup de personnes ne peuvent plus trouver de rendez-vous disponibles. Donc ça sature et il y a manifestement pas mal de candidats en attente.

[mh34]

Mise à jour des déclarations des effets indésirables ;
https://www.vidal.fr/actualites/2650...en-france.html

[karlp]

Bonjour Marie Hélène

Mise à jour des déclarations des effets indésirables ;
https://www.vidal.fr/actualites/2650...en-france.html

Malheureusement la page est inactive.

[papy-alain]

Bonjour Marie Hélène



Malheureusement la page est inactive.

Elle était visible hier. Rien n'est éternel.

[Mickey-l.ange]

Bonjour,

Chez moi, à 14h49, ça fonctionne...

[JPL]

En effet elle est revenue.

[Thierry Grenet]

@Yves95210

Oui je peux faire quelque chose comme ça (introduire une diminution progressive de la protection immunitaire).

La difficulté est que là on va un peu jouer dans le vide, je n'ai pas d'infos sur la persistance temporelle de la protection immunitaire (à part des infos générales du genre "après 8 mois on est encore protégé"). Mais les visiteurs de ce forum en savent certainement plus que moi sur ce sujet : y -a-t-il des études un peu plus précises ?

Cela va automatiquement augmenter le pic de décès : les personnes ayant perdu leur immunité vont être réinjectées dans S, donc cela va réalimenter E, I, R et aussi D. D'autant plus que la perte d'immunité arrivera avant la fin de la campagne de vaccination.

Je vais essayer de trouver un peu de temps pour regarder.

[Mickey-l.ange]

Bonjour,

Une interrogation.

Dans un reportage dans un vaccinodrome, on entendait un médecin demander à une personne venue se faire vacciner si elle prenait un traitement pour fluidifier le sang.
Y a-t-il des contre-indications ?
Pourquoi cette histoire de fluidification du sang ?
Qu'en est-il quand on est sous Kardégic ?

[Archi3]

J'ai compris qu'on continuerait à obliger ceux qui sont vaccinés à porter le masque. C'est pas très rassurant sur la confiance qu'on a dans la vaccination il me semble !

[pm42]

J'ai compris qu'on continuerait à obliger ceux qui sont vaccinés à porter le masque. C'est pas très rassurant sur la confiance qu'on a dans la vaccination il me semble !

De ce que j'ai compris, la vaccination empêche de développer des formes graves du Covid mais pas la contamination notamment au niveau des muqueuses nasales.
Donc être vacciné n'empêche pas d'être porteur du virus et contaminant.
D'où l'intérêt de porter le masque pour protéger les autres comme c'est le cas actuellement.

Cela n'aurait donc pas grand chose à voir avec la confiance dans la vaccination.

[yves95210]

J'ai compris qu'on continuerait à obliger ceux qui sont vaccinés à porter le masque. C'est pas très rassurant sur la confiance qu'on a dans la vaccination il me semble !

Confiance ou pas, on n'a encore aucune donnée sur la (non-)transmissibilité du virus par des personnes vaccinées puis infectées asymptomatiques ; ni sur le nombre de cas d'infections asymptomatiques dans une population vaccinée comparé à celui dans une population non vaccinée de même taille. Tout ce qu'on sait, c'est que le vaccin réduit le risque d'infection symptomatique. Donc…

Mais même une fois qu'on aura ces données, éventuellement rassurantes, comment faire pour n'imposer le port du masque qu'à une partie de la population et s'assurer que cette mesure est respectée ? Tu vas demander à chaque personne ne portant pas de masque de présenter un certificat de vaccination ?

[yves95210]

Oui je peux faire quelque chose comme ça (introduire une diminution progressive de la protection immunitaire).

La difficulté est que là on va un peu jouer dans le vide, je n'ai pas d'infos sur la persistance temporelle de la protection immunitaire (à part des infos générales du genre "après 8 mois on est encore protégé"). Mais les visiteurs de ce forum en savent certainement plus que moi sur ce sujet : y -a-t-il des études un peu plus précises ?

Merci pour ta réponse.

Je suis d'accord à propos du manque d'info; a priori aujourd'hui on n'a pas mieux que des résultats basés sur la mesure des quantités d'anticorps et de lymphocytes T et B spécifiques chez des personnes infectées durant la première vague, conduisant à estimer que la protection reste bonne 8 mois après l'infection (chez 95% des patients si je me rappelle bien). Sur du plus long terme, il n'y a évidemment pas encore assez de recul. Et ce ne sont que des résultats théoriques; ça serait plus significatif si on pouvait comparer le nombre d'infections pendant les prochains mois sur deux échantillons représentatifs de la population, l'un ayant été infecté par exemple avant avril (9 mois) ou juin (7 mois), l'autre n'ayant jamais été infecté. En France les épidémiologistes disposent d'une assez vaste cohorte sur laquelle des tests sérologiques ont été pratiqués pendant et après la première vague; et vu le taux d'incidence actuel, en deux ou trois mois le nombre de cas de réinfection serait sans-doute assez grand pour fournir des résultats significatifs.

Et on ne sait évidemment pas ce que devient cette protection face à un nouveau variant du virus qui échappe partiellement à cette immunité : par exemple il est possible qu'il échappe à la première défense (reconnaissance de la protéine S par les anticorps spécifiques), mais qu'après que le virus soit entré dans une cellule et que d'autres de ses composants se soient exprimés, ceux-ci soient reconnus par d'autres anticorps ou par les lymphocytes produits lors de la première infection et que le système immunitaire soit capable d'éviter sa prolifération, rendant éventuellement l'infection moins grave.
Remarque, dans ce cas la protection procurée par un vaccin ciblant uniquement la protéine S serait moins bonne que celle acquise suite à une infection, puisque dans le premier cas le système immunitaire n'a jamais rencontré les autres composants du virus.

Mais le manque d'info n'empêche pas de modéliser ça, de manière paramétrable pour pouvoir tester des hypothèses (par ex. le risque de réinfection en cas de ré-exposition au variant historique passe de 0 à 50% en X mois, avec X>>8; mais en Y mois en cas d'exposition à un nouveau variant échappant partiellement à la réponse immunitaire, comme les actuels variants brésilien et sud-africain).

[yves95210]

Les services de santé israëliens ont commencé à publier les résultats de la vaccination des personnes âgées à grande échelle (50000 patients de 60 ans et plus suivis depuis leur vaccination), statistiquement bien plus significatifs que ceux obtenus durant les essais de phase 3 du vaccin Pfizer.

Jusqu'à 13 jours après la première injection, le taux d'infection grave (hospitalisation) des plus de 60 ans vaccinés reste le même que dans la population non vaccinée. Puis il baisse, et 23 jours après la première injection, soit 2 jours après la deuxième, il n'est plus que d'un tiers. (https://www.timesofisrael.com/israel...r-vaccination/)

Je suppose que si les stats ne sont pas disponible au-delà de ces 23 jours, c'est qu'il n'y a pas encore un nombre assez élevé de personnes ayant reçu leur deuxième injection depuis assez longtemps. Mais il est probable que la réponse immunitaire continue d'augmenter dans les (deux?) semaines suivant la deuxième injection.

On devrait donc bientôt avoir des chiffres plus précis sur le taux d'efficacité des vaccins Pfizer et Moderna sur les personnes âgées (taux qui, suite aux essais de phase 3, étaient communiqués avec une grande marge d'incertitude).

[mh34]

Voici les recos de la société française d'allergologie ;
https://www.dropbox.com/s/uhkomp3zg9...%20V2.pdf?dl=0

[yves95210]

L'agence européenne du médicament vient d'autoriser l'utilisation du vaccin AstraZeneca, sans la limiter aux moins de 65 ans.

Voici un extrait du communiqué :

Les résultats combinés de 4 essais cliniques réalisés au Royaume-Uni, au Brésil et en Afrique du Sud ont montré que le vaccin COVID-19 d'AstraZeneca était sûr et efficace pour prévenir la COVID-19 chez les personnes âgées de 18 ans et plus.
(...)
L'innocuité du vaccin a été démontrée dans les quatre études. Toutefois, l'Agence a basé son calcul de l'efficacité du vaccin sur les résultats de l'étude COV002 (menée au Royaume-Uni) et de l'étude COV003 (menée au Brésil). Dans les deux autres études, il y avait moins de 6 cas de COVID-19 dans chacune, ce qui n'était pas suffisant pour mesurer l'effet préventif du vaccin. En outre, comme le vaccin doit être administré en deux doses standard, et que la deuxième dose doit être administrée entre 4 et 12 semaines après la première, l'Agence s'est concentrée sur les résultats concernant les personnes ayant reçu ce schéma standard.

Ceux-ci ont montré une réduction de 59,5 % du nombre de cas symptomatiques de COVID-19 chez les personnes ayant reçu le vaccin (64 sur 5 258 ont reçu le COVID-19 avec symptômes) par rapport aux personnes ayant reçu des injections de contrôle (154 sur 5 210 ont reçu le COVID-19 avec symptômes). Cela signifie que le vaccin a démontré une efficacité d'environ 60% lors des essais cliniques.

La plupart des participants à ces études avaient entre 18 et 55 ans. Il n'y a pas encore assez de résultats chez les participants plus âgés (plus de 55 ans) pour fournir un chiffre sur la manière dont le vaccin fonctionnera dans ce groupe. Toutefois, une protection est attendue, étant donné qu'une réponse immunitaire est observée dans cette tranche d'âge et sur la base de l'expérience acquise avec d'autres vaccins ; comme il existe des informations fiables sur la sécurité dans cette population, les experts scientifiques de l'EMA ont estimé que le vaccin peut être utilisé chez les personnes âgées. On attend davantage d'informations des études en cours, qui incluent une proportion plus élevée de participants âgés.

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)

[Thierry Grenet]

Bonjour,

Je cours après le temps, j'ai quand même regardé rapidement ce que peux donner une immunité limitée dans le temps.

J'ai fait au plus simple, c'est à dire que je donne la même cinétique de perte d'immunité à tout le monde (personnes vulnérables ou pas, vaccinées ou immunisées après infection par "l'ancien" ou le "nouveau" variant).

J'ai regardé deux cas de cinétique, représentés par les deux courbes ci-dessous, qui montrent comment, partant d'une population de 1000 personnes immunisées, le nombre de personne ayant perdu leur immunité augmente au cours du temps (abscisse en jours).

perte immun.png

Pour rappel si je reprends le scenario posté la semaine dernière (vaccination selon le calendrier initial de livraison Pfizer et Moderna, avec 70% de la population vulnérable protégée (cf mes posts précédents pour les conditions)) et une immunité éternelle, on avait ça (courbe en trait fin = scenario sans vaccination):

vacimpimmunparfaite.jpg

Avec une immunité limitée selon les deux courbes ci-dessus j'obtiens :

vacimpimmun1an10cycles.jpg

et :

vacimpimmun1an5cycles.jpg

Ce ne sont que deux scénarios parmi une infinité d'autres possibles, ça permet juste de fixer un peu les idées.
Comme attendu l'effet de la perte d'immunité se rajoute au troisième pic lié au nouveau variant.

Si le début de perte d'immunité est repoussé plus tard que les deux exemples, l'effet sur la période simulée devient vite négligeable.

Une perte d'immunité plus précoce que les deux exemples me semble peu probable : elle provoque un changement dans le second pic, ce qui signifie en fait qu'on aurait du observer une part non négligeable de réinfections dans les personnes contaminées depuis septembre.

je réactualiserai peut-être le paramétrage du modèle dans les semaines qui viennent quand on en saura plus sur les vaccins et la durée de l'immunité. Mais ce genre d'approche simple n'est qu'indicatif.

A mon avis le redoux en cours et qui va se maintenir la semaine prochaine, va aider à contrôler la hausse (effet visible probable d'ici 10-15 jours).

[Archi3]

A mon avis le redoux en cours et qui va se maintenir la semaine prochaine, va aider à contrôler la hausse (effet visible probable d'ici 10-15 jours).

euh, la premiere vague de contamination a eu lieu en mars alors qu'il faisait tres beau, ce qui a conduit d'ailleurs par exemple à ce genre de sympathique manifestation ...

https://www.francebleu.fr/infos/poli...lle-1583949490

[Archi3]

sinon je constate avec une certaine satisfaction que tes courbes semblent parfaitement correspondre au temps de divergence entre les solutions que j'avais estimé de 6 R/∆R jours soit de quelques semaines . Bon ça n'a rien de très étonnant, mon raisonnement était tellement simple qu'il etait forcément robuste .

Le problème est que ça s'applique à un modèle déterministe avec R fixé, et comme Obi l'a fait remarquer sur d'autres fils , la réalité est bien différente , avec des populations d'individus qui ont des R tres différents et peuvent stochastiquement déclencher des chaines de contaminations ... ou pas. Du coup même des réalisations stochastiques en partant des mêmes conditions initiales divergent fortement l'une de l'autre. Ca ne remet pas en cause mon estimation, simplement ∆R n'est plus l'écart entre deux simulations mais la dispersion intrinsèque au sein de la population. Dans tous les cas le temps de divergence est de l'ordre de quelques semaines ...

Aussi pour intéressant que soient ces calculs, il me semble que leur intérêt est tres limité au dela de quelques semaines ("très limité" étant ici une litote) . Plutot que de fonder une stratégie sur des calculs déterministes à plusieurs mois, il faut réfléchir à comment réagir dans un temps assez court aux surprises inévitables qui vont se produire, en conciliant l'efficacité et l'acceptabilité sociale, c'est donc un problème qui dépasse largement le cadre de la simple modélisation épidémiologique ...

[yves95210]

Bonjour,

Je cours après le temps, j'ai quand même regardé rapidement ce que peux donner une immunité limitée dans le temps.
(...)
J'ai fait au plus simple, c'est à dire que je donne la même cinétique de perte d'immunité à tout le monde (personnes vulnérables ou pas, vaccinées ou immunisées après infection par "l'ancien" ou le "nouveau" variant).
Ce ne sont que deux scénarios parmi une infinité d'autres possibles, ça permet juste de fixer un peu les idées.

C'était mon but (fixer les idées, rien de plus). Merci d'avoir pris le temps de regarder.

Je ne suis pas sûr d'avoir bien compris ce que représentent tes courbes d'évolution de l'immunité. L'ordonnée est-elle le nombre de non-immunisés par 1000 infectés (ou vaccinés) à t=0 et l'abscisse le temps (en jours) ?

Une perte d'immunité plus précoce que les deux exemples me semble peu probable : elle provoque un changement dans le second pic, ce qui signifie en fait qu'on aurait du observer une part non négligeable de réinfections dans les personnes contaminées depuis septembre.

Je suis d'accord, au moins dans les cas ayant donné lieu à hospitalisation : si les personnes sont plus fréquemment asymptomatiques lors d'une réinfection que lors d'une première infection, il est probable que les réinfectés échappent à la détection proportionnellement plus que les primo-infectés (d'autant plus que si tu sais que tu as déjà eu le Covid et que tu n'as aucun symptôme, tu n'as guère de raison d'aller te faire tester, même si un de tes proche est infecté). Cela conduirait à sous-estimer fortement leur nombre, et donc l'impact que les réinfections peuvent avoir sur la dynamique de l'épidémie puisque les asymptomatiques sont contagieux.

D'un autre côté, les asymptomatiques étant moins contagieux (ou plutôt, moins longtemps) que les autres, cela compense peut-être en partie cet impact. Mais cela fait trop de paramètres à gérer, dont les valeurs sont inconnues ou incertaines. Donc ça ne vaut sans-doute pas le coup de compliquer le modèle pour en tenir compte.

A mon avis le redoux en cours et qui va se maintenir la semaine prochaine, va aider à contrôler la hausse (effet visible probable d'ici 10-15 jours).

En tout cas j'ai déjà constaté le début d'un nouveau plateau (ou un pic bien aplati) du nombre d'hospitalisations depuis une semaine, trop tôt pour que ce soit l'effet de la généralisation du couvre-feu à 18h. On devrait en savoir plus dans quelques jours, et il faudra peut-être une semaine de plus pouvoir estimer une nouvelle valeur de R(t) sans trop d'incertitude; si la baisse se confirme, ça vaudra le coup de refaire tourner la simu dans une dizaine de jours (car dans cette hypothèse il n'y aura probablement pas de nouvelle modification des mesures de contrôle dans les prochaines semaines, en tout cas jusqu'à ce que l'impact du nouveau variant fasse remonter le nombre de cas).

[Thierry Grenet]

@Archi3

Bonjour,

D'accord avec deux de tes remarques :

- on peut souvent estimer des ordres de grandeur avant de faire une simulation. D'ailleurs c'est même conseillé de le faire en général, ça permet ensuite de tester le bon fonctionnement de ladite simulation. Un collègue physicien avait l'habitude de dire : "On ne commence pas un calcul tant qu'on ne connait pas son résultat".

- on ne le répètera jamais assez, ça ne montre que des scenarios, toutes choses supposées égales par ailleurs. Et justement à moyen terme les "choses par ailleurs" (les paramètres supposés constants) ne restent pas forcément égales. Donc si on veut décrire ce qu'il se passe il faut sans arrêt réajuster, avec à mon avis une visibilité de deux semaines, pas plus. C'est comme ça que les modélisateurs travaillent pour conseiller des politiques.
Ce que je fais est autre chose, je me place dans l'optique de Yves si j'ai bien compris : faire des simulations pour évaluer l'importance de l'influence de différents paramètres. Pour ça ce genre d'exercice est très utile.

A propos de la météo : malgré ce que tu sembles penser elle joue clairement un rôle et détermine en bonne partie les fluctuations du R autour de sa tendance moyenne. C'est difficile à mettre en évidence au printemps dernier car tout est allé trop vite et on a eu un régime météo printanier assez stable. C'était également plus difficile à voir dans l'été, notamment parce que les marges d'incertitudes sur le R étaient assez élevées. J'ai essayé, d'autres équipes aussi, sans résultat très probant (à mon avis pour les raisons sus-mentionnées).

Mais depuis cet automne c'est assez clair : les grands changements de régime météo accélèrent ou ralentissent l'épidémie (augmentent ou diminuent R). Je pense que tu comprends que ton argument concernant le mois de mars dernier n'en est pas un : il ne montre en rien que si la météo avait été plus froide l'épidémie n'aurait pas grimpé plus vite. Elle l'aurait probablement fait et on a eu du bol.

Ce qu'il faut faire, c'est regarder s'il y a des fluctuations corrélées entre météo et R. Et c'est bien le cas. Je suis ça depuis octobre en Rhone-Alpes, et je ne désespère pas de trouver le temps d'étudier ça d'un peu plus près.
Voici une comparaison du R en Rhone-Alpes et de l'écart à la normale de température mesuré à Lyon :

https://epidemictracking.files.wordp...o-5.png?w=1024

L'effet est clair.

[Thierry Grenet]

@ Yves95210

Oui c'est ça, je prends 1000 personnes qui acquièrent une immunisation à t=0, et je montre comment cette population décroit. Plus précisément les courbes montrent comment croit l'effectif de ceux qui ont perdu leur immunité, en fonction du nombre de jours depuis t=0. C'est la courbe en S que tu as évoqué dans un précédent message.

A propos de la météo, elle a notamment provoqué le plateau de septembre et l'accélération d'octobre, qui ont surpris les gens à l'époque. Pour moi la cause de ses variations de dynamique est maintenant assez claire.

[yves95210]

- on ne le répètera jamais assez, ça ne montre que des scenarios, toutes choses supposées égales par ailleurs. Et justement à moyen terme les "choses par ailleurs" (les paramètres supposés constants) ne restent pas forcément égales. Donc si on veut décrire ce qu'il se passe il faut sans arrêt réajuster, avec à mon avis une visibilité de deux semaines, pas plus. C'est comme ça que les modélisateurs travaillent pour conseiller des politiques.
Ce que je fais est autre chose, je me place dans l'optique de Yves si j'ai bien compris : faire des simulations pour évaluer l'importance de l'influence de différents paramètres. Pour ça ce genre d'exercice est très utile.

Oui, c'était bien ça l'objectif.

A propos de la météo : malgré ce que tu sembles penser elle joue clairement un rôle et détermine en bonne partie les fluctuations du R autour de sa tendance moyenne. C'est difficile à mettre en évidence au printemps dernier car tout est allé trop vite et on a eu un régime météo printanier assez stable. C'était également plus difficile à voir dans l'été, notamment parce que les marges d'incertitudes sur le R étaient assez élevées. J'ai essayé, d'autres équipes aussi, sans résultat très probant (à mon avis pour les raisons sus-mentionnées).

Mais depuis cet automne c'est assez clair : les grands changements de régime météo accélèrent ou ralentissent l'épidémie (augmentent ou diminuent R). Je pense que tu comprends que ton argument concernant le mois de mars dernier n'en est pas un : il ne montre en rien que si la météo avait été plus froide l'épidémie n'aurait pas grimpé plus vite. Elle l'aurait probablement fait et on a eu du bol.

Je suis d'accord. Au début de l'automne (environ deux semaines après le refroidissement brutal qui avait touché progressivement tout le pays fin septembre), j'avais noté une augmentation brutale de l'incidence (via le nombre d'hospitalisations, mais aussi via la carte publiée sur Geodes) dans les départements dont l'altitude moyenne de résidence est la plus élevée (05, 48, etc.). De plus la carte des taux d'incidence par commune de Geodes montrait dans certains départements alpins (05 en particulier), dont les altitudes de résidence s'étagent de moins de 300 à plus de 1500 m, que l'incidence avait augmenté plus rapidement dans les coins les plus hauts, loin des villes principales.
Evidemment le facteur en cause n'était pas l'altitude en elle-même, mais son effet sur la température, qui dans ces coins-là atteignait des valeurs qu'on aurait qualifiées d'hivernales en plaine. Mais je manquais de données météo suffisamment détaillées pour aller plus loin dans l'analyse.

(je n'avais pas convaincu obi76, qui m'avait répondu que corrélation n'est pas causalité, mais qu'il allait quand-même se renseigner… Mais il n'a pas donné suite)

Ce qu'il faut faire, c'est regarder s'il y a des fluctuations corrélées entre météo et R. Et c'est bien le cas. Je suis ça depuis octobre en Rhone-Alpes, et je ne désespère pas de trouver le temps d'étudier ça d'un peu plus près.
Voici une comparaison du R en Rhone-Alpes et de l'écart à la normale de température mesuré à Lyon :

https://epidemictracking.files.wordp...o-5.png?w=1024

L'effet est clair.

Effectivement. D'ailleurs cela explique non seulement l'augmentation de R à partir de début octobre, mais aussi le plateau du nombre d'hospitalisations qu'on avait constaté dans la deuxième quinzaine septembre, le mois de septembre ayant été particulièrement chaud avant le refroidissement brutal autour du 25.

PS : je vois que tu viens de poster un nouveau message disant la même chose

[obi76]

Si tu as bien regardé le graphique, Thierry a décalé de deux semaines la courbe des températures.

Je m'en suis aperçu après, du coup j'ai édité mon message... on s'est croisés

Je pense plutôt que c'est l'impact des changements rapides de température (surtout du chaud vers le froid), qui bouscule les habitudes de la population en la poussant à plus se réfugier dans les lieux clos, comme fin septembre quand on a perdu 10 à 15°C en quelques jours. Ce n'est pas forcément le virus en lui-même qui y est sensible...

Ca par contre j'y crois beaucoup plus...

[yves95210]

... et, en passant, quoi qu'en aient dit certains, il y a bien eu un effet "fête de la musique". A peine une petite bosse sur la courbe R(t) ci-dessus, mais si on fait le même calcul uniquement sur les 20-29 ans, voici ce que ça donne :

[invite7a0a8d2e]

Parce qu'à l'époque il n'y avait pas non plus d'explication puisqu'il ne s'est pas avéré saisonnier.
Mais cela dit je ne suis toujours pas convaincu qu'il y ait franchement une corrélation entre les deux...

Ce qui est sûr c'est qu'il y a une corrélation entre l'altitude et les UV.

[obi76]

Je te trouve trop affirmatif. D'abord il peut arriver qu'une corrélation non expliquée puisse être un guide, et permette d'identifier un mécanisme inconnu ou auquel on n'avait pas pensé.

Oui, mais à défaut d'avoir ne serai-ce qu'une idée du dit mécanisme, ça reste une idée en l'air...

D'autre part il me semble que cela n'a rien d'extraordinaire : on attrape bien des rhumes quand il y a des refroidissements, non ?

Le CoViD n'est pas saisonnier (pour l'instant).

[yves95210]

Rien à voir avec les messages précédents, mais plus avec le sujet du fil, voici une bonne nouvelle, qui (pour changer) va sans-doute permettre d'accélérer la campagne de vaccination au deuxième trimestre, et peut-être garantir que les plus vulnérables bénéficient du vaccin a priori le plus efficace :

"Nous continuons à travailler pour augmenter les livraisons à partir de la semaine du 15 février afin d'assurer la livraison contractuelle de la totalité des doses de vaccins au cours du premier trimestre", a déclaré Sierk Poetting, directeur financier et directeur de l'exploitation de Biontech. "Nous pourrions également expédier jusqu'à 75 millions de doses supplémentaires à l'Union européenne au cours du deuxième trimestre."

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)

(source)

15% de ces doses supplémentaires (11,25 millions) revenant à la France, cela devrait permettre de vacciner 5,5 millions de personnes en plus avant fin juin.

[polo974]

"Nous pourrions également expédier jusqu'à 75 millions de doses supplémentaires à l'Union européenne au cours du deuxième trimestre."

Avec ou sans le tour de passe-passe des 6 doses? (j'ai lu dans un journal qu'ils comptaient maintenant 6 doses par flacon, mais l'ont-ils vraiment osé?)