[Re] fuites à Wuhan ?

[GBo]

Tu oublies les huîtres bien de chez nous, amenées vivantes à la table festive, mangées crues, et source inépuisable d'infections "saisonnières".

https://www.vidal.fr/actualites/2678...en-france.html
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[Liet Kynes]

Il y a le "consortium" DRASTIC qui avait publié des documents fortement évocateurs d'une fuite.
https://drasticresearch.org/2021/11/01/1754/

Oui mais dans ce genre de variantes on ne peut que rester sur l'idée que la présomption n'est pas la preuve, sortir de cette idée n'est pas raisonnable.

[yves95210]

Je sais que je me répète, parce que j'ai dû poster au moins 3 fois déjà ce lien, mais est-ce que depuis cette analyse d'Etienne Decroly ;
https://lejournal.cnrs.fr/articles/l...e-serieusement
les choses ont fondamentalement évolué? Pas l'impression.
Donc oui il est totalement légitime de se poser la question de l'accident de laboratoire.

Decroly n'en a pas l'impression non plus.

[Archi3]

Pour le fun ( bis ), j'apporte qq détails à l'hypothèse.
L'humain chinois a été contaminé dans une grotte / temple bouddhique de Birmanie, Thaïlande, Laos. Contrairement aux populations locales immunisées contre le variant zéro, ce patient zéro revient avec le covid à Wuhan, Shangaï, ou ailleurs.
.

eh oui mais coup de pas bol pour le WIV, il est revenu juste dans la même ville ou le labo avait séquencé le virus le plus proche connu à l'époque !!

NB : bien que le RaTG13 ait été le plus proche connu, il est quand même assez loin pour qu'on soit à peu près certain qu'il y a des souches intermédiaires, au Laos .. ou ailleurs.

[agitateur]

TK, le local de Futura ( enfin le presque local presque au milieu des bat ) ne me contredira pas ( enfin, je crois, sinon qu'il le fasse )

On ne s'imagine pas la situation vu d'ici, sans doute, mais:
La population dans le coin ( grand et inter pays ) vivant ou travaillant à proximité des grottes ( ou DANS la grotte ) de bat s'exprime sans doute en qq centaines de milliers de personnes ( ordre de grandeur ). Population peut être plus ou moins immunisée contre des variants antérieurs bénins ?
Par contre, la population qui fréquente ponctuellement ces grottes pendant quelques dizaines de minutes ou qq heures se chiffre en millions ou dizaines de M annuellement. Population qui pendant ce laps de temps marche dans les merdes de bat avant de remettre ses chaussures à la sortie, on notera aussi quelques fractions de fervents allongés par terre....et si coup de chance, vous pouvez vous prendre un merde de bat sur la gueule ( ça m'est arrivé et je suis plutôt un simple athée... ) Population en grande partie étrangère, dont la première source par nationalité est ...chinoise. Celà c'est pour le cas de transmission directe, à laquelle je crois de plus en plus ( mais vous direz à juste titre, les croyances sur Futura, on s'en fout ).

En cas d'hôte intermédiaire, Pangotruc ou autre, la zone de marché d'animaux vivant est ... à 1000 km prés celle de wuhan en priorité, par les habitudes alimentaires locales.

Enfin, il y a la couverture médicale. Un malade de Wuhan ou de Shangai a beaucoup, beaucoup plus de chance en cas d'affection respiratoire de se retrouver dans un hôpital un peu pointu et d'avoir des prélèvements qui seront potentiellement exportées / analysés qu'un habitant du fin fond du Yunnan, du Sichuan, ou du Xinjang.


Un raisonnement bayesien comme lu plus haut ne peut pas ignorer celà.

[Archi3]

TK, le local de Futura ( enfin le presque local presque au milieu des bat ) ne me contredira pas ( enfin, je crois, sinon qu'il le fasse )

On ne s'imagine pas la situation vu d'ici, sans doute, mais:
La population dans le coin ( grand et inter pays ) vivant ou travaillant à proximité des grottes ( ou DANS la grotte ) de bat s'exprime sans doute en qq centaines de milliers de personnes ( ordre de grandeur ). Population peut être plus ou moins immunisée contre des variants antérieurs bénins ?
Par contre, la population qui fréquente ponctuellement ces grottes pendant quelques dizaines de minutes ou qq heures se chiffre en millions ou dizaines de M annuellement. Population qui pendant ce laps de temps marche dans les merdes de bat avant de remettre ses chaussures à la sortie, on notera aussi quelques fractions de fervents allongés par terre....et si coup de chance, vous pouvez vous prendre un merde de bat sur la gueule ( ça m'est arrivé et je suis plutôt un simple athée... ) Population en grande partie étrangère, dont la première source par nationalité est ...chinoise. Celà c'est pour le cas de transmission directe, à laquelle je crois de plus en plus ( mais vous direz à juste titre, les croyances sur Futura, on s'en fout ).

En cas d'hôte intermédiaire, Pangotruc ou autre, la zone de marché d'animaux vivant est ... à 1000 km prés celle de wuhan en priorité, par les habitudes alimentaires locales.

Enfin, il y a la couverture médicale. Un malade de Wuhan ou de Shangai a beaucoup, beaucoup plus de chance en cas d'affection respiratoire de se retrouver dans un hôpital un peu pointu et d'avoir des prélèvements qui seront potentiellement exportées / analysés qu'un habitant du fin fond du Yunnan, du Sichuan, ou du Xinjang.


Un raisonnement bayesien comme lu plus haut ne peut pas ignorer celà.

ok je répète : soit la contamination (par exemple celle que tu décris ) est probable et on devrait a priori avoir plein de foyers épidémiques partout dans toutes les villes de Chine, soit elle est improbable et alors c'est une coïncidence assez improbable que la seule observée ait eu lieu juste précisément dans la ville où il y avait un laboratoire allant récolter des échantillons dans ces grottes, ayant séquencé le virus le plus proche connu, et collaborant à des projets de gains de fonction sur ces virus.

Mais peut être que oui, c'est un coup de pas de chance et ils n'y sont pour rien. Ou pas.

[Tawahi-Kiwi]

ok je répète : soit la contamination (par exemple celle que tu décris ) est probable et on devrait a priori avoir plein de foyers épidémiques partout dans toutes les villes de Chine, soit elle est improbable et alors c'est une coïncidence assez improbable que la seule observée ait eu lieu juste précisément dans la ville où il y avait un laboratoire allant récolter des échantillons dans ces grottes, ayant séquencé le virus le plus proche connu, et collaborant à des projets de gains de fonction sur ces virus.

Mais peut être que oui, c'est un coup de pas de chance et ils n'y sont pour rien. Ou pas.

C'est Wuhan, pas une ville reculee au fin fond d'une zone pauvre de la Chine.
Si je prends les chiffres des aeroports de Thailande pour 2019*, le nombre de voyageurs sur les vols Wuhan <--> Thailande se compte a plus d'un demi-million. C'est evidemment un cran plus bas que Shanghai, HongKong ou Guangzhou mais a vu de nez comme ca, ce serait une chance sur 20 (et encore, je n'ai pas pris en compte le transit, qui ne compterait pas) si on utilisait la proposition d'agitateur pour une origine thailandaise transmise a une voyageur non-immunisé.

Que ce soit possible ou pas, je n'en sais rien, mais 1 sur 20, ce n'est pas negligable comme probabilité.

T-K

[Archi3]

C'est Wuhan, pas une ville reculee au fin fond d'une zone pauvre de la Chine.
Si je prends les chiffres des aeroports de Thailande pour 2019*, le nombre de voyageurs sur les vols Wuhan <--> Thailande se compte a plus d'un demi-million. C'est evidemment un cran plus bas que Shanghai, HongKong ou Guangzhou mais a vu de nez comme ca, ce serait une chance sur 20 (et encore, je n'ai pas pris en compte le transit, qui ne compterait pas) si on utilisait la proposition d'agitateur pour une origine thailandaise transmise a une voyageur non-immunisé.

Que ce soit possible ou pas, je n'en sais rien, mais 1 sur 20, ce n'est pas negligable comme probabilité.

T-K

non mais ça veut dire que la coïncidence réévalue d'un facteur 20 le prior sur l'hypothèse initiale (ou plutôt le ratio p / 1-p , "l'évidence") , ce qui n'est pas négligeable non plus, sachant que l'hypothèse d'une fuite de laboratoire n'est pas en elle même très improbable, puisqu'il y a deja eu des cas similaires, pour d'autres coronavirus (SRAS) . Si on estimait par exemple le prior à 50 %, cela réévaluerait la probabilité à 95 % que ce soit lié à l'institut. Si on estimait le prior à 5 %, ça le réévaluerait à 50 %

[Tawahi-Kiwi]

non mais ça veut dire que la coïncidence...

Je mettais juste une valeur approximative sur le terme 'coïncidence assez improbable' que tu as utilisé, ici dans le cas d'une situation hypothétique précise.

[Archi3]

bah 5 % c'est assez improbable, mais plutôt que prendre une estimation du nombre de vols, il faudrait une estimation du % de touristes étrangers visitant ces grottes venant de Wuhan , en supposant que seuls les étrangers auraient pu être contaminés, ce qui n'est pas non plus certain - vu que tous les pays asiatiques ont fini par être touchés.
Ce serait d'ailleurs assez curieux que le virus ait circulé dans les pays d'Asie du Sud Est en immunisant la population, sans toucher la Chine, ni aucun autre pays, vu la rapidité avec laquelle il s'est ensuite répandu partout dans le monde, et sans qu'on ait pu identifier d'autres souches humaines antérieures. Les analyses génétiques pointent vers un variant qui est apparu assez récemment.

[agitateur]

Les analyses génétiques pointent vers un variant qui est apparu assez récemment.

C'est bien le problème, les variants antérieurs au covid19 premier du nom, du moins celui qui a un pouvoir pathogène certain et un R conséquent.

Parmi les premiers patients identifiés en France dans la cohorte Constances, il y aurait eu notament:
- une trentenaire qui n'a pas quitté la France, malade en novembre, prélevé en décembre puis positif Elisa et séroneutralisation
- un couple quadra asymptomatique ayant voyagé en Chine en octobre novembre mais pas à Wuhan, positif sur analyse en septembre 2020 ( avec on peut supposer à ce moment là des moyens d'analyses qui s'étaient affiné ).
- les participants "malades" aux jeux militaires de Wuhan en octobre je crois auraient eu un coronavirus mais non sars cov2 ( idem pour la base de creil qui avait participé à la logistique ).

Il y a probablement un truc qui circulait à bas bruit mais quantitativement de manière significative dés l'automne, une sorte de pré alpha.
La question de la finesse des tests déployés est primordiale, et aussi la base pour analyse ( avoir en stock un aliquot analysable et une cohorte )

[Archi3]

j'ai quelques questions quand même sur la sélectivité des tests sérologiques... en fait les anticorps sont produits de manière aléatoire, qui dit qu'un anticorps actif sur un autre coronavirus ne peut pas réagir à un test sérologique pour les anticorps anti Sars cov ?

Si un prévirus circulait à bas bruit avant jusqu'à toucher la France bien avant décembre , le mystère de l'éruption de cas à Wuhan reste entier ...

[agitateur]

qui dit qu'un anticorps actif sur un autre coronavirus ne peut pas réagir à un test sérologique pour les anticorps anti Sars cov ?

Je ne dirai personnellement ni celà, ni son contraire non plus....
A part le fait d'avoir assez de matos viral et de faire une séquençage, je pense qu'il faut rester prudent sur les tests pseudo routiniers. Trés prudents....
Quand je vois qu'un même échantillon envoyé à 10 labos ( je ne parle pas de covid et c'est hors santé, mais quand même ) donne en PCR quanti une estimation qui varie de 0 à 50 000 bestioles par ml ( des grosses bestioles du genre levure, pas des virus ), c'est une illustration de ce qui est censé être a peu prés juste....ou pas, en analyse dite routinière.

Si un prévirus circulait à bas bruit avant jusqu'à toucher la France bien avant décembre , le mystère de l'éruption de cas à Wuhan reste entier ...

Il a été détecté à Wuhan, et certes sur une personne de wuhan.
Détecté à Wuhan c'est normal, c'est LE labo qui pouvait le trouver.
Que ça concerne une personne de Wuhan, c'est une question de sérum test, d'échantillonnage et de prélèvements. Pour faire un //, si Ebola quittait l'Afrique, il y aurait de bonnes chances que ce soit détecté par le P4 de Lyon, probablement sur un français, peut être probablement sur une fièvre hémorragique suspecte d'un hôpital français et encore plus lyonnais. Une fièvre hémorragique suspecte au fin fond de la patagonie passerait plus facilement sous les radars, si tu vois ce que je veux dire.
D'ailleurs, même si je suppose que les cohortes de prélèvements massifs ne courent pas les pays / états, j'ai l'impression que ne voient plus trop d'analyse phylogénétique comme on en voyait il y a un an. J'ai zappé un truc ( c'est fort possible ), ou bien ?

[Archi3]

Il a été détecté à Wuhan, et certes sur une personne de wuhan.
Détecté à Wuhan c'est normal, c'est LE labo qui pouvait le trouver.
Que ça concerne une personne de Wuhan, c'est une question de sérum test, d'échantillonnage et de prélèvements. Pour faire un //, si Ebola quittait l'Afrique, il y aurait de bonnes chances que ce soit détecté par le P4 de Lyon, probablement sur un français, peut être probablement sur une fièvre hémorragique suspecte d'un hôpital français et encore plus lyonnais. Une fièvre hémorragique suspecte au fin fond de la patagonie passerait plus facilement sous les radars, si tu vois ce que je veux dire.

non pas du tout. Ce n'est pas l'Institut de virologie qui l'a détecté et donné l'alerte, c'est à l'hôpital général de Wuhan qu'on s'est inquiété de l'arrivée de malades de pneumonie atypique, en particulier le Dr Li Wenliang qui décédera plus tard du covid, et les autorités ont d'abord chercher à étouffer les signalements. C'est des semaines après que le WiV a séquencé le virus. Si ce que tu disais était vrai, la plupart de nouveaux virus devraient apparaitre près d'un laboratoire de virologie, ce n'est évidemment pas le cas, un laboratoire peut séquences des virus d'échantillons collectés loin de lui évidemment. Tout montre que l'épidémie a bien démarré à Wuhan, il y a peut être eu des cas exportés pendant la phase silencieuse , mais c'est clairement le foyer d'origine.

[MissJenny]

nSi ce que tu disais était vrai, la plupart de nouveaux virus devraient apparaitre près d'un laboratoire de virologie, ce n'est évidemment pas le cas

as-tu une idée du nombre de laboratoires de virologie qu'il y a de par le monde?

[Archi3]

des P4 , d'après wikipedia ( https://ourworldindata.org/covid-cases) , une cinquantaine, mais là il s'agit du laboratoire ayant séquencé la souche la plus proche connue à l'époque du nouveau virus. Plus il y a de laboratoires et plus CETTE coïncidence est improbable, il y en a beaucoup moins qui travaillent sur les coronavirus des chauve-souris.

[MissJenny]

les coïncidences paraissent toujours improbables...

[Archi3]

évidemment, mais la question n'est pas de savoir si elles sont probables ou improbables, dans la formule de Bayes. Elle est de savoir si elle est nettement plus probable ou improbable dans une hypothèse que dans une autre. Les deux probabilités peuvent être petites par exemple, mais avec un ratio très différent de un.

[yves95210]

Sauf que, plus ces probabilités sont faibles, plus elles sont entachées d'une grande incertitude relative, et finalement on peut leur faire dire à peu près n'importe-quoi...

[Archi3]

Sauf que, plus ces probabilités sont faibles, plus elles sont entachées d'une grande incertitude relative

pas nécessairement ...par exemple la probabilité qu'une météorite tombe sur un km^2 de la Terre est faible, en revanche elle est assez précisément calculable.

, et finalement on peut leur faire dire à peu près n'importe-quoi...

non si tu as un bon argument, tu peux bien l'utiliser.

Ce n'est pas une preuve, mais lors de la première épidémie de SRAS ( https://fr.wikipedia.org/wiki/Épidém...S_de_2002-2004 ) , par exemple, le premier patient a été identifié dans la province du Shanxi, sans rapport direct avec aucun laboratoire de virologie bien sûr. Apres les mesures de contrôle, l'épidémie a été controlée, mais il y a eu quelques cas de re-contamination par des animaux (civette). Mais il y a eu un foyer à Pékin de gens qui travaillaient dans un laboratoire de virologie, et de fait, la contamination a bien eu lieu DANS le laboratoire. Ca aurait pu être une coïncidence, car rien n'interdit qu'un chercheur en virologie soit contaminé par une civette, mais une coïncidence était bien moins probable qu'un lien de causalité - et de fait, il y avait bien un lien de causalité.

[Archi3]

Mais pour repréciser : le but n'est pas d'aboutir à une quantification précise d'une hypothèse ou d'une autre - il est juste de retenir des éventualités dont la probabilité n'est pas ridiculement faible pour de possibles investigations, et il parait clair que l'éventualité d'une fuite du laboratoire de virologie n'est PAS ridiculement improbable.

[agitateur]

l'éventualité d'une fuite du laboratoire de virologie n'est PAS ridiculement improbable.

Bien sûr.
MAIS..un tas d'autres hypothèses non plus....

Sinon, Le début de SARS 2002 est plein sud dans le Guangdong ( pas trop loin des bat plus au sud, d'ailleurs )
Le foyer de contamination de pékin, tardif, depuis un labo, a d'ailleurs été reconnu par l'état a priori. Mais c'est 2 ans aprés, ce n'est pas l'origine.

[Archi3]

Bien sûr.
MAIS..un tas d'autres hypothèses non plus....

sauf que toutes les autres hypothèses supposent une coïncidence rare entre le lieu de l'identification des premiers malades et le laboratoire ayant identifié la souche la plus proche, on revient toujours au même point.

Sinon, Le début de SARS 2002 est plein sud dans le Guangdong ( pas trop loin des bat plus au sud, d'ailleurs )
Le foyer de contamination de pékin, tardif, depuis un labo, a d'ailleurs été reconnu par l'état a priori. Mais c'est 2 ans aprés, ce n'est pas l'origine.

bien sur que Pekín n'est pas l'origine, ce n'est pas ce que je voulais dire; c'est que quand des nouveaux malades ont été détectés et qu'ils avaient un lien avec un labo de virologie, ce n'était pas une coïncidence rare, c'était parce que le virus venait bien de ce labo - en accord avec les conclusions qu'une analyse bayesienne aurait pu fournir. On aurait pu aussi dire que ca POUVAIT être une coïncidence . Oui , les coïncidences existent, mais elles sont rares.

[agitateur]

ce n'était pas une coïncidence rare, c'était parce que le virus venait bien de ce labo - en accord avec les conclusions qu'une analyse bayesienne aurait pu fournir. .

Plus de 99% des premiers malades sur les 24 premiers mois n'avaient aucun rapport avec un labo. L'analyse bayesienne pouvait le prévoir ?
Le bayesien aprés coup, c'est du cherry picking. Facile.

[GBo]

C'est même de la pseudoscience caractérisée, puisque cela a l'apparence de la science mais n'en est pas.

[Archi3]

Plus de 99% des premiers malades sur les 24 premiers mois n'avaient aucun rapport avec un labo. L'analyse bayesienne pouvait le prévoir ?
Le bayesien aprés coup, c'est du cherry picking. Facile.

rien compris, c'est quoi que tu appelles" les premiers malades sur les 24 premiers mois " ?
Il n'y a aucun cherry picking , le cherry picking, c'est quand tu prends un exemple particulier parmi un tas d'exemples. Ici on prend une épidémie dont on s'interroge sur l'origine.

[Archi3]

C'est même de la pseudoscience caractérisée, puisque cela a l'apparence de la science mais n'en est pas.

déclaration parfaitement gratuite, ce n'est pas parce que vous ne comprenez pas un raisonnement qu'il est faux.

Inversons le problème : quel élément connu permet d'exclure avec une grande confiance l'hypothèse que le virus soit issu du WIV ?

[GBo]

A ce stade de la discussion, une saine lecture écrite par un philosophe des sciences assez connu:
"Bayesianism: Science or Pseudoscience?"
http://www.hpsst.com/uploads/6/2/9/3...ayesianism.pdf

[MissJenny]

En inférence bayesienne comme en inférence classique, l'hypothèse doit être formulée avant les observations. Mais c'est un point qu'Archi3 semble ne pas comprendre.

[jiherve]

bonjour
pour sa défense il eut été très difficile de formuler une hypothèse sur l'origine de l’épidémie avant que celle ci ne survint.
La cela aurait dépassé la pseudoscience puisque cela eut été magique!
Mais nombres d'auteurs de SF ont exploité le filon "fuite de labo" qui semble tout de même cohérent avec ce que l'on sait des étourderies* humaines.
*euphémisme!
JR