[Re] fuites à Wuhan ?

[yves95210]

Essayons d'être factuels (PS : je précise que je n'avais aucun a priori perso sur la question et qu'avant de faire le développement ci-dessous, j'aurais été bien incapable de dire quelle hypothèse me semblait la plus probable).

Si on considère que la date de contamination du patient zéro (inconnu) est connue à un mois près, on peut estimer grossièrement les probas relatives (ou plutôt les fréquences relatives) de survenue des différents événements pouvant être à l'origine de la contamination de ce patient, à condition de pouvoir attribuer des valeurs crédibles à tous les paramètres ci-dessous.

Dans l'hypothèse d'une fuite du labo de Wuhan (d'un virus spécifique parmi n donnant lieu à des études dans ce labo), en supposant que la sécurité de ce labo soit ni pire ni meilleure qu'ailleurs dans des labos de la même catégorie :
1/12 * (nombre mondial annuel de personnes contaminées dans un labo / nombre mondial de labos) * (1 / nombre d'expériences en cours à Wuhan)

Dans l'hypothèse d'un patient zéro ayant importé le virus depuis la région du réservoir animal, où le virus serait éventuellement endémique dans la population humaine avec une incidence à peu près constante (grâce à de multiples réintroductions dues à des contaminations par un animal) :
1/12 * (nombre annuel de voyages d'habitants de la région du réservoir vers Wuhan) * (incidence dans la population locale)
+ 1/12 * (nombre annuel de voyages de retour d'habitants de Wuhan depuis la région du réservoir) * (nombre moyen d'habitants de la région avec qui un voyageur est en contact à risque) * (incidence dans la population locale) * P(contamination à l'occasion d'un contact à risque d'un individu naïf avec un infecté)
+ 1/12 * (nombre annuel de voyages de retour d'habitants de Wuhan depuis la région du réservoir) * P(voyageur visite une grotte) * P(contamination directe dans une grotte par aérosol ou contact avec des déjections)

Reste l'hypothèse d'un patient zéro contaminé par un animal sur le marché de Wuhan, animal importé depuis la région du réservoir et porteur du virus ou hôte intermédiaire contaminé par un animal originaire de la région en question. Mais là, je suis sec...

Si vous êtes d'accord avec la démarche "théorique", on peut tenter au moins une estimation d'ordre de grandeur pour comparer entre elles les deux premières hypothèses...

Puisqu'il s'agit de comparer des fréquences relatives, je laisse tomber le facteur 1/12 qui intervient dans chacune des formules ci-dessus.

Pour l'hypothèse d'importation depuis la région du réservoir, on peut partir du nombre annuel de voyages entre Wuhan et Thaïlande indiqué par Tawahi-Kiwi (> 500000). La région concernée ne couvre qu'une partie de la Thaïlande mais est à cheval sur plusieurs pays, donc on peut supposer qu'il y a (de l'ordre de) 100000 voyages entre Wuhan et cette région, dont une grande majorité concernent des habitants de Wuhan (au niveau de vie plus élevé) mais au moins quelques milliers (disons 10000) ceux de la région.
On peut estimer qu'un voyageur venant de Wuhan a un nombre de contacts à risque avec des locaux de l'ordre de l'unité (entre 1 et 10) et que, si le contact local est infecté (mais probablement a- ou peu symptomatique), la probabilité de transmission est de l'ordre de 1/10. Si l'incidence hebdomadaire (en gros sur la période où l'infecté est contaminant) dans la population locale est de 1/10000 (*), au facteur 1/12 près les deux premiers termes de la somme ci-dessus sont respectivement de l'ordre de 1 et de 0,1 à 1. Mais l'incidence pourrait être plus élevée dans une population partiellement immunisée où le virus circule à bas bruit à l'occasion de chaque réintroduction, sans provoquer de cas graves (ou trop rares pour qu'ils donnent lieu à investigation sérieuse si le système de santé n'est pas au top dans cette région).
Pour évaluer le troisième terme (la contamination directe dans une grotte), il faudrait avoir une idée des probabilités dont il dépend. Mais si on suppose que quelques % des voyageurs (= quelques milliers) sont des touristes qui visitent ces grottes, la probabilité de contamination directe à cette occasion n'a pas besoin d'être élevée (1/1000 suffit largement) pour que le troisième terme de la somme soit supérieur à 1.
Au total on arrive à un nombre annuel de "quelques" événements (disons de 1 à 10) pouvant donner lieu à une importation du virus par un patient zéro originaire de ou visitant la région du réservoir, ce qui ne rend pas du tout improbable qu'un tel événement soit survenu durant la période d'approximativement un mois à laquelle les épidémiologistes estiment que le patient zéro a été infecté. Mais qui ne le rend pas non plus probable au point de rendre surprenant le fait qu'il n'y ait pas eu de foyers épidémiques à la même époque dans d'autres grandes villes chinoises.

(*) Avec une incidence hebdo moyenne de 1/10000, si le virus est endémique dans la région et qu'il y est présent depuis plusieurs décennies sous la forme d'une souche moins transmissible (transmissible entre humains mais pouvant aussi avoir été réintroduite à de multiples reprises à partir d'un réservoir animal), il peut quand-même avoir infecté quelques dizaines de % de la population locale (des millions de personnes) avant d'évoluer quelque-part en 2019 vers la première lignée du SARS-CoV-2 (contre laquelle la population locale serait restée partiellement immunisée, ce qui, peut-être favorisé par les moyens limités du système de santé local, aurait permis au SARS-CoV-2 de rester sous les radars jusqu'à son arrivée à Wuhan).

Quant à l'autre hypothèse, celle d'une fuite d'un labo, si Archi3 dispose de données fiables je lui laisse le soin d'estimer le nombre moyen d'événements de ce genre qui pourraient avoir lieu à Wuhan et concerneraient spécifiquement l'un des probablement nombreux virus qui y font l'objet d'études ([mode complotiste] à moins de supposer que la plupart de ces études ont justement pour but de fabriquer un coronavirus transmissible entre humains et virulent...[/mode complotiste]).
Mais si par exemple il y a moins de 10 fuites de ce genre par an (**) dans le monde (d'un virus ou autre agent pathogène transmissible entre humains, ayant contaminé au moins une personne non détectée à temps et donc pas mise en quarantaine) parmi une cinquantaine de labos P4 (et des centaines de labos moins sécurisés), il me semble que la probabilité pour qu'il y en ait eu une à Wuhan pile dans la période concernée, et qu'elle ait justement concerné le SARS-CoV-2, n'est certes pas négligeable mais est quand-même assez faible comparée à celle d'un patient zéro, voire plusieurs, revenant de la région du réservoir animal après avoir été contaminé par un humain porteur (plus ou moins sain) du virus ou directement par un animal. A vue de nez, il y a au moins un ordre de grandeur d'écart entre ces deux probas.

(**) Il me semble que si c'était plus fréquent on en aurait entendu parler. Mais je peux me tromper...
-----

[agitateur]

je rajoute que d'aprés les français qui pensaient / devaient collaborer avec WIV, et qui ont définitivement compris que le partenariat était mort, l'activité purement chinoise ( et donc la seule activité ) était a priori très réduite ( notamment en personnel et chercheurs ). Et celà date de trés peu avant la survenue du virus, soit en gros 2018.
Celà n'exclue pas, bien sûr, qu'un activité réduite ait pour autant été menée en mode "border line".

En cas de conta directe, la proba n'est pas nulle que celà tombe à Wuhan, mais elle est faible, certes.

En cas de:
- conta par hôte intermédiaire animal,
- que la population locale autour des bat soit plus ou moins immunisée contre un variant anté alpha peu transmissible et / ou plutôt bénin,
- export de l'hôte vers une région on on exporte du vivant en promiscuité de l'homme, et donc majoritairement la région de Wuhan ( à 1000 km prés )
Alors:
Chacun de ces points ayant une p plutôt supérieure à 0.5, alors l'ensemble cumulé n'est clairement pas improbable.

On peut même dire que, sans contrainte de temps ( le temps qui passe ), la proba tends vers 1. Ce qui doit arrive...un jour.

[JPL]

Point de détail peut-être non négligeable, j’ai lu à plusieurs reprises que les coronavirus étaient manipulés dans des labos P3, et non P4 comme plusieurs l’ont dit ici. À moins qu’on imagine que le labo de Wuhan ait voulu volontairement créer un coronavirus manipulé dans le but d’être très méchant, mais dans quel but ? nécessitant d’être manipulé en P4. Mais là on est dans une hypothèse proche du complotisme et on n’en aura jamais la preuve.

[Archi3]

Si vous êtes d'accord avec la démarche "théorique", on peut tenter au moins une estimation d'ordre de grandeur pour comparer entre elles les deux premières hypothèses...

je ne sais pas si je suis d'accord ou pas, mais ce que tu exposes, c'est une démarche fréquentiste, ce n'est pas la démarche bayesienne. La démarche fréquentiste évalue les probabilités d'occurence des évènements à partir de loi de probabilités dont on suppose qu'on connait les paramètres (qu'on les connaisse plus ou moins bien, c'est une autre question, mais on doit supposer des valeurs comme tu le fais). La démarche bayesienne fait l'inverse, elle sait que l'évènement est arrivé , il est connu, et elle tente d'évaluer les probabilités sur les hypothèses.

Il y a une différence importante, c'est que la démarche bayesienne ne trouve PAS les probabilités absolues. Ce qu'elle évalue, ce sont les réévaluations à partir d'un prior - mais elle ne permet pas d'évaluer le prior. Elle peut paraitre comme moins puissante. Mais elle est souvent plus "juste" parce qu'elle n'utilise que des informations connues et le prior tient compte des connaissances entourant l'évènement. Par exemple je ne sais pas a priori calculer la probabilité de fuite d'un laboratoire, ni le nombre de laboratoires impliqués , P3 ou P4..... En revanche je sais qu'il y a eu des fuites avérées à plusieurs reprises. Donc en réalité ce n'est pas la peine de devoir justifier le calcul de probabilité - l'expérience prouve que ces choses arrivent avec des fréquences de l'ordre de un tous les quelques années. Ca suffit pour donner une estimation, sans autre calcul. La démarche fréquentiste donne une fausse impression de rigueur en calculant des probabilités, mais de toutes façons l'incertitude est contenue dans les lois de probabilité. Par exemple l'industrie nucléaire a "calculé" de manière fréquentiste la probabilité d'occurrence d'un accident majeur à un tous les quelques siècles. Et en réalité ça a été plutôt de un par décennie en ordre de grandeur - parce qu'elle avait oublié ou pas su quantifier des trucs comme l'erreur humaine par exemple.

Donc non je ne sais pas calculer les probabilités que tu demandes, et je ne pense pas que le produit de toutes les probabilités que tu considères soit connu à mieux qu'un ordre de grandeur près. Ce que je dis c'est que
* ces choses là arrivent (c'est connu)
* la probabilité qu'une contamination animale fortuite arrive à coté d'un laboratoire travaillant sur le même type de virus est bien plus faible que la probabilité qu'une contamination de laboratoire arrive à coté d'un laboratoire (qui est proche de 1), donc quelle que soit les prior que tu mets, ce fait doit réévaluer l'hypothèse de la fuite d'un facteur important.

En fait même si ta conclusion était que l'hypothèse d'une fuite de laboratoire "en soi" était 10 fois moins probable que celle d'une contamination animale, le fait qu'il est CONNU que l'épidémie soit arrivée près d'un laboratoire la réévalue a posteriori a une probabilité comparable (au moins).

[Archi3]

je rajoute que d'aprés les français qui pensaient / devaient collaborer avec WIV, et qui ont définitivement compris que le partenariat était mort, l'activité purement chinoise ( et donc la seule activité ) était a priori très réduite ( notamment en personnel et chercheurs ). Et celà date de trés peu avant la survenue du virus, soit en gros 2018.
Celà n'exclue pas, bien sûr, qu'un activité réduite ait pour autant été menée en mode "border line".

En cas de conta directe, la proba n'est pas nulle que celà tombe à Wuhan, mais elle est faible, certes.

En cas de:
- conta par hôte intermédiaire animal,
- que la population locale autour des bat soit plus ou moins immunisée contre un variant anté alpha peu transmissible et / ou plutôt bénin,
- export de l'hôte vers une région on on exporte du vivant en promiscuité de l'homme, et donc majoritairement la région de Wuhan ( à 1000 km prés )
Alors:
Chacun de ces points ayant une p plutôt supérieure à 0.5, alors l'ensemble cumulé n'est clairement pas improbable.

pourquoi dis tu que le vivant exporté en promiscuité de l'homme est majoritairement dans la région de Wuhan ? y a pas d'autres villes chinoises ?

On peut même dire que, sans contrainte de temps ( le temps qui passe ), la proba tends vers 1. Ce qui doit arrive...un jour.

en fait le terme correct n'est pas la probabilité (qui tend vers 1), mais le taux de répétions (ou intervalle de récurrence), c'est à dire le temps T moyen séparant deux évènements de ce genre. La probabilité que ça arrive au bout d'un temps t, est alors (1- exp(-t/T) ) qui tend effectivement vers 1.

Mais dans l'ensemble vous répondez à un argument bayesien par des arguments fréquentistes ...

https://xkcd.com/1132/

[yves95210]

En cas de:
- conta par hôte intermédiaire animal,
- que la population locale autour des bat soit plus ou moins immunisée contre un variant anté alpha peu transmissible et / ou plutôt bénin,
- export de l'hôte vers une région on on exporte du vivant en promiscuité de l'homme, et donc majoritairement la région de Wuhan ( à 1000 km prés )
Alors:
Chacun de ces points ayant une p plutôt supérieure à 0.5, alors l'ensemble cumulé n'est clairement pas improbable.

On peut même dire que, sans contrainte de temps ( le temps qui passe ), la proba tends vers 1. Ce qui doit arrive...un jour.

Ou dans le cas où il n'y aurait pas d'hôte intermédiaire autre que la population humaine locale dans laquelle le virus (ou du moins une souche assez proche) circule peut-être à bas bruit depuis des décennies (au moins depuis l'époque où ont été prélevés les échantillons dans lesquels on a identifié la souche de coronavirus de chauve-souris la plus proche du SARS-Cov-2) et a largement eu le temps de muter suffisamment pour évoluer vers la (ou les) première(s) lignée(s) connues du SARS-Cov-2.

Sachant que
- les anticorps ne sont plus détectables au bout d'un certain nombre de mois,
- même s'ils l'étaient il faudrait que les tests soient suffisamment spécifiques pour distinguer les anticorps produits lors de l'infection par tel ou tel variant du virus,
- idem pour les test PCR qu'on pourrait faire sur des prélèvements conservés depuis avant l'automne 2019 (s'il y en avait en quantité suffisante pour détecter un nombre significatif de cas positifs parmi des prélèvements effectués alors que l'incidence n'était peut-être que de 1/10000),
- même si on pousse l'analyse en étudiant les cellules mémoire, comme elles procurent une (certaine) immunité croisée entre différents coronavirus (en particulier les population infectées par un "ancêtre" du SARS-CoV-2 sont probablement partiellement immunisées contre ce dernier, ce qui a peut-être évité qu'il soit aussi transmissible / virulent localement qu'ailleurs, avant l'arrivée du variant delta beaucoup plus transmissible),
... ça ne doit pas être évident d'éliminer cette hypothèse.

Et dans ce cas la recherche d'un hôte intermédiaire animal serait vaine...

Mais je n'ai pas les compétences en virologie (et évolution des virus) et immunologie pour dire si cette hypothèse est crédible (en revanche, d'un point de vue épidémiologique ça ne paraît pas absurde).

[Archi3]

Quant à l'autre hypothèse, celle d'une fuite d'un labo, si Archi3 dispose de données fiables je lui laisse le soin d'estimer le nombre moyen d'événements de ce genre qui pourraient avoir lieu à Wuhan et concerneraient spécifiquement l'un des probablement nombreux virus qui y font l'objet d'études ([mode complotiste] à moins de supposer que la plupart de ces études ont justement pour but de fabriquer un coronavirus transmissible entre humains et virulent...[/mode complotiste]).
Mais si par exemple il y a moins de 10 fuites de ce genre par an (**) dans le monde (d'un virus ou autre agent pathogène transmissible entre humains, ayant contaminé au moins une personne non détectée à temps et donc pas mise en quarantaine) parmi une cinquantaine de labos P4 (et des centaines de labos moins sécurisés), il me semble que la probabilité pour qu'il y en ait eu une à Wuhan pile dans la période concernée, et qu'elle ait justement concerné le SARS-CoV-2, n'est certes pas négligeable mais est quand-même assez faible comparée à celle d'un patient zéro, voire plusieurs, revenant de la région du réservoir animal après avoir été contaminé par un humain porteur (plus ou moins sain) du virus ou directement par un animal. A vue de nez, il y a au moins un ordre de grandeur d'écart entre ces deux probas.

(**) Il me semble que si c'était plus fréquent on en aurait entendu parler. Mais je peux me tromper...

d'ailleurs Yves ce que tu calcules ce sont des probabilités ANNUELLES , par unité de temps (donc l'intervalle moyen entre deux évènements est de l'ordre de 1/p années. Mais avec ton estimation il devrait y en avoir donc régulièrement , or combien de nouvelles épidémies à coronavirus connais tu (moi, trois en 20 ans ...) ? ce n'est pas donc pas spécialement probable.. (mais a coté je ne pense pas non plus qu'il y ait 10 fuites par an de laboratoire, mais un taux au moins comparable).

[MissJenny]

Degroly le dit dans un de ses papiers (ou dans une conférence je ne sais plus) : les deux explications (émergence depuis la faune sauvage ou fabrication dans un laboratoire de virologie) ne sont pas satisfaisantes en l'état parce que dans les deux cas on n'a pas le virus originel. Entre le plus proche virus sauvage et le SATS-CoV2 il manquerait plusieurs décennies d'évolution, dont on ne sait pas dans quel organisme elle aurait eu lieu. Et de l'autre côté, les virologues disent que quand on fabrique un nouveau virus, on part d'un virus bien connu et on ne modifie qu'un seul gène à la fois (sinon on ne sait pas analyser l'expérience). Or il n'y a pas de virus "de laboratoire" qui ait moins d'une centaine de mutations de distance (je cite ce chiffre de mémoire, donc à prendre avec précaution) avec SARS-CoV2.

[B4lbu]

Il n'y a, à ma connaissance, aucune preuve appuyant la théorie d'une population locale immunisée (ni phylogénétique, sérologique, épidémiologique etc)
Par contre, on sait qu'en 2012, parmi 6 mineurs locaux ayant été en contact avec un virus 96% similaire au SRAS2 mais non infectieux, 3 sont décédés (un incident immédiatement détecté et étudié par les services de surveillance de santé chinois). Une immunité locale et un "bas bruit" assez relatifs, donc

[MissJenny]

Mais 96% d'identité de séquence c'est pas très proche (humain vs chimp c'est 99%).

[agitateur]

pourquoi dis tu que le vivant exporté en promiscuité de l'homme est majoritairement dans la région de Wuhan ? y a pas d'autres villes chinoises ?

je l'ai dit plus haut.
Les habitudes "alimentaires" avec des animaux exotiques en cage attendant d'être dégustés, c'est quand même une spécificité assez locale; dans le sens ou ce n'est pas rarissime du tout. J'ai vu des cages de pangolin ( désormais célèbre ) à Guilin, il y en a visiblement pas mal ( en avait du moins ) à Wuhan. A Beijing, Canton, shangai ou HK ( par exemple), tu va pouvoir les chercher un moment....

[B4lbu]

30 000 bases vs 3 Gb il me semble, mais qu'importe, le point est que les populations locales n'apparaissent pas particulièrement plus résistantes aux pneumonies bien qu'elles soient en contact avec des coronavirus type SRAS

[Archi3]

je l'ai dit plus haut.
Les habitudes "alimentaires" avec des animaux exotiques en cage attendant d'être dégustés, c'est quand même une spécificité assez locale; dans le sens ou ce n'est pas rarissime du tout. J'ai vu des cages de pangolin ( désormais célèbre ) à Guilin, il y en a visiblement pas mal ( en avait du moins ) à Wuhan. A Beijing, Canton, shangai ou HK ( par exemple), tu va pouvoir les chercher un moment....

bah pourtant le premier SRAS n'est pas parti de Wuhan ...
et j'imagine que les chinois ont testé tous les animaux de marché imaginables, ça les aurait quand même bien arrangés d'en trouver un porteur d'un virus très voisin, non ?

[Archi3]

Mais 96% d'identité de séquence c'est pas très proche (humain vs chimp c'est 99%).

imaginons que dans les échantillons collectés par le WIV il y ait un cousin très proche du SARS-COV 2, mais pas encore publié, qui aurait pu assez facilement fournir le SARS-COV2 par une petite manipulation ou une expérience de GOF par culture sur cellules humaines ?

Quelle probabilité affectes tu qu'ils vont le dire publiquement, et publier sa séquence ? et qu'ils laissent les observateurs étrangers se balader tranquillement dans la grotte au risque de le retrouver ?

[yves95210]

d'ailleurs Yves ce que tu calcules ce sont des probabilités ANNUELLES , par unité de temps (donc l'intervalle moyen entre deux évènements est de l'ordre de 1/p années. Mais avec ton estimation il devrait y en avoir donc régulièrement , or combien de nouvelles épidémies à coronavirus connais tu (moi, trois en 20 ans ...) ? ce n'est pas donc pas spécialement probable.. (mais a coté je ne pense pas non plus qu'il y ait 10 fuites par an de laboratoire, mais un taux au moins comparable).

Si le nombre annuel d'importations du virus dans la région de Wuhan est de l'ordre de quelques unités comme cela semble plausible avec mes hypothèses et si, avant une mutation récente (par durant le printemps ou l'été 2019) qui a conduit à la première souche identifiée de SARS-CoV-2, le virus était moins transmissible (et éventuellement moins virulent), il peut très bien y avoir eu plusieurs patients index à Wuhan ou ailleurs qui n'ont contaminé personne ou qui ont donné lieu à des chaînes de contamination s'éteignant rapidement. Pour peu que parmi les quelques personnes contaminées il n'y en ait pas eu de vulnérables, ou que les rares cas graves aient été diagnostiqués comme pneumonie (comme probablement en France avant février 2020), ça a très bien pu passer sous les radars.
Dans cette hypothèse, le fait que le virus "ancêtre" ait pu être endémique dans la population locale (mais pas ailleurs) serait plutôt la conséquences de multiples réintroductions à partir du réservoir animal que d'une circulation non-stop de la même souche virale dans la population humaine pendant des décennies.

Avec un Ro de la souche initiale (de Wuhan) du SARS-CoV-2 estimé à un peu plus de 2 (ce n'est qu'après l'émergence du variant "européen" en février 2020 que Ro a atteint une valeur proche de 3), il suffit que la population de la région d'origine du virus ait été immunisée à ~50% par des infections antérieures causées par un variant moins transmissible/virulent, pour éviter une flambée épidémique lors de l'émergence du SARS-CoV-2 (qui peut avoir été favorisée au sein de cette population justement parce qu'il était plus transmissible). Or si on a affaire à un virus localement endémique (mais peu virulent) depuis des décennies, ça ne serait pas surprenant que la majorité de la population ait été infectée, voire réinfectée à plusieurs reprises, et bénéficie d'une immunité partielle contre le SARS-CoV-2.
Manifestement ça ne suffit pas à la protéger contre un variant deux fois plus transmissible que la souche européenne et trois fois plus que la souche de Wuhan, comme on le constate depuis l'arrivée du delta. Mais justement c'est assez cohérent avec cette hypothèse.

Mais bon, ça fait beaucoup de "si" sans aucune preuve. Mon message avait juste pour but de montrer que, vu le peu de données dont on dispose, on peut aussi bien démontrer (à partir d'inférences fréquentistes...) que cette hypothèse est plus probable que celle d'une fuite d'un labo, que l'inverse...

[B4lbu]

Si on veut discuter statistiques, il me semble utile d'avoir un ordre de grandeur en tête du nombre d'incident de confinement des pathogènes, je remets un lien que j'avais posté dans une autre discussion :
En 2016, il a été déclaré 205 incidents de relâchement ou pertes de pathogènes, soit 4 par semaine en moyenne, aux USA. Voir p27
https://selectagents.gov/resources/p...eport_2016.pdf

(245 déclarations en 2015 aux USA)

[Archi3]

Si le nombre annuel d'importations du virus dans la région de Wuhan est de l'ordre de quelques unités comme cela semble plausible avec mes hypothèses et si, avant une mutation récente (par durant le printemps ou l'été 2019) qui a conduit à la première souche identifiée de SARS-CoV-2, le virus était moins transmissible (et éventuellement moins virulent), il peut très bien y avoir eu plusieurs patients index à Wuhan ou ailleurs qui n'ont contaminé personne ou qui ont donné lieu à des chaînes de contamination s'éteignant rapidement.

ma question, c'est quelle fréquence donnes tu à ce genre d'évènements (apparition d'un nouveau virus par contact avec des animaux ?) , pas spécialement le covid ?

Mais bon, ça fait beaucoup de "si" sans aucune preuve. Mon message avait juste pour but de montrer que, vu le peu de données dont on dispose, on peut aussi bien démontrer (à partir d'inférences fréquentistes...) que cette hypothèse est plus probable que celle d'une fuite d'un labo, que l'inverse...

ce que tu ne comprends pas bien , c'est que ton calcul donne des prior, justement : ces estimations, tu aurais pu les faire AVANT de savoir qu'une épidémie arriverait (comme pour le nucléaire, en essayant de calculer "à l'avance" une probabilité).

Tu n'as pas tenu compte du fait qu'il y a une information nouvelle, c'est que l'épidémie est arrivée précisément à Wuhan , et pas ailleurs.

Ce que te dit la théorie bayesienne, c'est que l'information que l'épidémie ait REELLEMENT démarré à Wuhan doit modifier les probabilités que CET événement particulier soit du à l'une ou l'autre de ces hypothèses, dès que la probabilité qu'il arrive à Wuhan , et pas ailleurs, est différente dans les deux hypothèses. Dans tout ton calcul, il n'y a pas de calcul de la modification de probabilité, due à la connaissance de cet évènement - donc tu manques la partie bayesienne.

[Archi3]

Si on veut discuter statistiques, il me semble utile d'avoir un ordre de grandeur en tête du nombre d'incident de confinement des pathogènes, je remets un lien que j'avais posté dans une autre discussion :
En 2016, il a été déclaré 205 incidents de relâchement ou pertes de pathogènes, soit 4 par semaine en moyenne, aux USA. Voir p27
https://selectagents.gov/resources/p...eport_2016.pdf

(245 déclarations en 2015 aux USA)

c'est effectivement bien plus que ce que j'imaginais, donc ça équilibre encore plus les prior, sans même tenir compte de la réévaluation bayesienne.

[Archi3]

Avec un Ro de la souche initiale (de Wuhan) du SARS-CoV-2 estimé à un peu plus de 2 (ce n'est qu'après l'émergence du variant "européen" en février 2020 que Ro a atteint une valeur proche de 3), il suffit que la population de la région d'origine du virus ait été immunisée à ~50% par des infections antérieures causées par un variant moins transmissible/virulent, pour éviter une flambée épidémique lors de l'émergence du SARS-CoV-2 (qui peut avoir été favorisée au sein de cette population justement parce qu'il était plus transmissible).

mais si des variants très proches circulent déjà dans ces populations, comment ça se fait qu'ils n'ont pas encore été identifiés comme des coronavirus humains ? et que le plus proche connu soit a) assez lointain (sans site de clivage de la furine en particulier) et b) dans un réservoir animal ?

personnellement je ne vois pas de situation réaliste autre que celle où il existe un virus bien plus proche du Sars Cov2, dans un animal (probablement chauve souris), pas encore identifié ou du moins publié ... mais qui aurait trouvé le moyen de se balader à Wuhan

[JPL]

On est actuellement dans des si, si,si,si... Aucun intérêt hormis la sodomisation des drosophiles.

[Archi3]

je suis d'accord, on est dans le domaine des si, mais éclaircir l'origine d'une épidémie qui a déjà tué au moins 5 millions de personnes, et sans doute bien plus, sans compter les dommages économiques, psychologiques, voire politiques (cf les troubles éclatant un peu partout actuellement), si ça doit conduire par exemple à modifier les règles de manipulation des virus en laboratoire, ne me parait pas totalement dénué d'interêt...

Pour rappel, les catastrophes climatiques font environ 10 000 morts par an en moyenne, soit (au moins) 500 fois moins .

[JPL]

Ce n’est pas ici que ces règles seront définies. Ne nous croyons pas plus importants que nous le sommes.

[yves95210]

mais si des variants très proches circulent déjà dans ces populations, comment ça se fait qu'ils n'ont pas encore été identifiés comme des coronavirus humains ?

S'ils sont assez peu transmissibles (moins que le variant "de Wuhan"), ne donnent pas lieu (ou très rarement) à des cas graves et que la plupart des personnes infectées n'ont que des symptômes semblables à ceux causés par d'autres coronavirus humains (ou plein d'autres virus respiratoires), il est peu probable que les professionnels de santé locaux ait pu prendre conscience du fait qu'ils étaient confrontés à une épidémie causée par un virus inconnu (ni peut-être même à une épidémie tout court) et aient suffisamment investigué pour l'identifier.

Par exemple, deux des quatre coronavirus humains dont on estime pourtant qu'ils circulent depuis des siècles (bien avant les deux SARS-CoV et le MERS) n'ont été identifiés que depuis le début des années 2000 (HCoV-NL63 et HCoV-HKU1).

[Archi3]

S'ils sont assez peu transmissibles (moins que le variant "de Wuhan"), ne donnent pas lieu (ou très rarement) à des cas graves et que la plupart des personnes infectées n'ont que des symptômes semblables à ceux causés par d'autres coronavirus humains (ou plein d'autres virus respiratoires), il est peu probable que les professionnels de santé locaux ait pu prendre conscience du fait qu'ils étaient confrontés à une épidémie causée par un virus inconnu (ni peut-être même à une épidémie tout court) et aient suffisamment investigué pour l'identifier.

Par exemple, deux des quatre coronavirus humains dont on estime pourtant qu'ils circulent depuis des siècles (bien avant les deux SARS-CoV et le MERS) n'ont été identifiés que depuis le début des années 2000 (HCoV-NL63 et HCoV-HKU1).

oui mais ça c'est parce qu'avant les années 2000, on n'avait pas d'outil de séquençage efficace. Maintenant qu'on les a et qu'on séquence de manière quasi routinière tous les variants du Sars Cov 2 qu'on trouve, je ne vois vraiment pas comment un virus circulant assez dans une population pour immuniser la majorité de la population pourrait échapper aux tests qu'on multiplie partout. L'arborescence des mutations du Sars-cov2 a été rapidement établie, comment aurait-on pu louper un ancêtre proche ?

a ma connaissance, on n'a aucune souche ancestrale connue comprenant la séquence de clivage par la furine, dans ton scénario, elle serait apparue où, et quand ?

[Archi3]

Ce n’est pas ici que ces règles seront définies. Ne nous croyons pas plus importants que nous le sommes.

euh, je pense que ça s'applique à tous les débats du forum ça ...

[B4lbu]

[Virus ancestraux] assez peu transmissibles
ne donnent pas lieu (ou très rarement) à des cas graves

Ce serait donc un virus suffisamment proche au niveau génomique du SRAS 2 "Wuhan" pour être son ancêtre, tout en étant suffisamment éloigné pour ne provoquer que des rhumes, c'est un peu le grand écart!

Par exemple, (HCoV-NL63 et HCoV-HKU1).

Si on veut faire un parallèle entre le SRAS2 et ces virus, il faut estimer leur distance évolutive (au moins concernant HCoV-HKU1) :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7166309/

De mémoire, les 4% de différence entre le SRAS2 et RaTG13 correspondent déjà à environ 40 ans d'évolution dans la nature. Un virus tel que HCoV-HKU1 aurait mis au minimum quelques centaines d'années pour évoluer vers le SRAS2. Comme il a déjà été dit, à ce jour il n'y a aucune trace d'une telle évolution

[yves95210]

oui mais ça c'est parce qu'avant les années 2000, on n'avait pas d'outil de séquençage efficace. Maintenant qu'on les a et qu'on séquence de manière quasi routinière tous les variants du Sars Cov 2 qu'on trouve, je ne vois vraiment pas comment un virus circulant assez dans une population pour immuniser la majorité de la population pourrait échapper aux tests qu'on multiplie partout.

Qui circulait assez jusqu'à l'été ou l'automne 2019, avant d'être supplantée par le SARS-CoV-2, plus transmissible (même si pas assez dans sa version originale pour provoquer une flambée épidémique dans une population partiellement immunisée). Donc bien avant qu'on fasse des tests PCR et bien trop tôt pour qu'une enquête par tests sérologiques menée aujourd'hui donne des résultats.

L'arborescence des mutations du Sars-cov2 a été rapidement établie, comment aurait-on pu louper un ancêtre proche ?

Parce qu'à l'époque où on a commencé à séquencer le génome du SARS-CoV-2 (et pas forcément de manière massive dans la région concernée), il devait déjà être largement prédominant parmi les rares cas recensés dans la région, d'autant plus rares et rarement testés si une infection par un variant antérieur procure une immunité suffisante pour rendre les infections par le SARS-CoV-2 asymptomatiques ou bénignes.

Mais arrêtons de spéculer, ce n'est de toute façon pas ici qu'on aboutira à une conclusion solide, quelle qu'elle soit. Et comme je l'ai déjà dit, ce n'était qu'une hypothèse d'école, juste pour montrer que (si elle est crédible scientifiquement - je ne suis pas plus spécialiste que toi donc je n'en sais rien) c'est possible d'en trouver une pas forcément plus improbable statistiquement que la tienne

[yves95210]

De mémoire, les 4% de différence entre le SRAS2 et RaTG13 correspondent déjà à environ 40 ans d'évolution dans la nature. Un virus tel que HCoV-HKU1 aurait mis au minimum quelques centaines d'années pour évoluer vers le SRAS2. Comme il a déjà été dit, à ce jour il n'y a aucune trace d'une telle évolution

Tu as mal lu mon message. Je ne parlais pas d'ancêtres du SARS-CoV-2 à propos de ces HCov, je répondais juste à Archi3 qui jugeait impossible qu'un HCov circulant depuis des décennies n'ait pas été identifié. Ceux que j'ai cité circulent depuis des siècles (on les a tous probablement rencontrés, et éventuellement été infecté à plusieures reprises par eux) et n'ont été identifiés qu'en 2004-2005...

[B4lbu]

Ceux que j'ai cité circulent depuis des siècles

Je crois avoir bien compris, ces virus peuvent "passer sous les radars" pendant une trentaine d'années maxi (invention du séquençage), peut être en partie car ils provoquent la plupart du temps une maladie bénigne.

Cependant les virus connus dont les génomes sont plus proches du SRAS2 sont tous hautement pathogènes chez l'homme (RaTG13 puis SRAS1 par ordre de similitude décroissant), donc intuitivement ça me semble peu probable qu'un ancêtre inséré entre RaTG13 et SRAS2 soit faiblement pathogène. Mais je ne suis pas spécialiste et d'accord pour dire qu'il faut continuer à enquêter dans toutes les directions, pour pouvoir trouver des solutions avant que ça ne se reproduise.

[Archi3]

Qui circulait assez jusqu'à l'été ou l'automne 2019, avant d'être supplantée par le SARS-CoV-2, plus transmissible (même si pas assez dans sa version originale pour provoquer une flambée épidémique dans une population partiellement immunisée).

bah je ne comprends pas bien, tu disais que l'immunité dans ces populations les protégeait du SARS cov-2, comment il aurait pu le supplanter ? de plus les variants du SARS cov-2 deviennent majoritaire dans les contaminations de ce virus, ils n'empêchent pas les autres virus de circuler. Ce qui les empêche de circuler , ce sont les gestes barrières et les confinements, mais dès qu'on les relâche, ils réapparaissent, on le voit avec la bronchiolite et probablement bientôt la grippe. Les coronavirus du rhume n'auront pas disparu après la pandémie !

Donc qu'un virus préexistant, suffisamment contagieux quand même pour se répandre et immuniser toute une population, se soit volatilisé sans laisser de trace et n'ait jamais été détecté, et d'ailleurs soit resté confiné dans une région sans se répandre dans le monde comme la grippe, ça me parait très peu crédible. C'est vraiment des scénarios tarabiscotés pour essayer de discréditer d'autres scénarios bien plus simples à imaginer .