oui mais c'est parce qu'avant il était très difficile de distinguer des coronavirus entre eux sans analyse d'ARN, sauf que ça fait 15 ans que ça existe et que c'est devenu très routinier maintenant, donc un virus humain ne devrait pas échapper à la détection.Envoyé par yves95210
c'est effectivement un mystère, mais comme je disais plus haut, l'absence de virus sauvage proche de SARS-CoV2 ne rend pas plus plausible l'hypothèse du virus fabriqué par ingénierie génétique. Entre RaTG13 et SARS-CoV2 il y a autour de 1000 mutations ponctuelles et ça n'a pas de sens de modifier un génome de cette manière. On peut arguer que les chercheurs chinois travaillaient sur ce projet depuis longtemps mais ils auraient publié des résultats intermédiaires, il y aurait forcément des traces de ce travail.
Il est clair qu'on n'a pas séquencé tous les coronavirus de chauve-souris , et qu'il est très probable qu'il existe de nombreuses souches plus proches de Sars cov2 que RaTG13 , d'ailleurs on en a trouvé au Laos (cependant toujours aucune ayant le site de clivage par la furine). le virus n'a certainement pas été fabriqué à partir de RaTG13.Mais qui dit que le WIV a publié toutes les souches qu'il a récolté dans les grottes ? si il y a eu contamination accidentelle pendant des études, c'est normal qu'il n'y ait pas eu encore de publications à ce moment là ... et c'est compréhensible qu''il n'y en ait pas eu non plus après !!!
Dernière modification par Archi3 ; 23/11/2021 à 07h10.
Le virus trouvé au Laos est à peine plus proche. La vraie source est toujours manquante.
Routinier ça reste à relativiser un poil quand même.
L'outil mondial de séquençage a été fortement "détourné" vers le covid depuis 2 ans.
Selon wiki ( j'ai pas vérifié ) on était à cet été à plus de 60 000 génomes de covid partagés, par exemple, dont qq centaines pour la France.
Pour séquencer, il faut du matos ( substrat ) frais, quantitatif et qualitatif, c'est mieux.
Le pb d'un virus qui mute beaucoup, c'est que le dernier maillon avant Cov2, il a du muté un peu aussi....
Si par exemple on savait séquencer depuis le 1er novembre 2021, on peinerait presque à identifier le alpha et le delta serait pour nous le maillon de départ.
Les CoV de bat ( et de rongeurs ), je ne sais pas combien il en a été séquencé ces dernières années, mais il n'y en a peut être pas des milliers non plus....
Au minimum plus d'une cinquantaine de virus séquencés, d'après Daszak lui même juste avant la pandémie :
https://twitter.com/PeterDaszak/stat...78am5pYIQ&s=19
Tous ne sont pas publiés puisque la base de données du WIV est toujours inaccessible depuis le début de la pandémie. Cependant le congrès américain va peut-être enquêter sur ecoHealth Alliance, il pourrait par exemple leur réclamer l'ensemble des données que cette ONG a acquis avec le WIV sur financements américains
c'est certainement plus compliqué d'aller la chercher parmi les chauves souris que parmi les humains, c'est pour ça que je trouve improbable l'hypothèse d'une souche ancestrale ayant largement circulé chez les hommes quelques mois ou années avant.
Mais bon si ça se trouve elle se trouve encore dans la grotte interdite d'accès, et peut être même encore dans des échantillons du WIV si ils n'ont pas déjà été tous soigneusement incinérés, va savoir ....on va demander à Peng Shuai ce qu'elle en pense !
ok mais là on parle d'une souche ancestrale très proche du SARS-cov2, justement, donc comment aurait-elle pu passer sous le radar de cet énorme effort de séquençage de tout ce qui pouvait ressembler de près ou de loin à ce virus, si elle circule dans des populations ?
bonjour
Amha il y a longtemps que le ménage(matériel et humain ?) a été fait car si fuite (le coté non coopératif des chinois m'incite à privilégier cette hypothèse) il y a eu et que cela puisse être prouvé certains seraient prompts à présenter l'ardoise qui affiche tout de même de très gros chiffres!
JR
l'électronique c'est pas du vaudou!
je suis aussi de cet avis, à moins de révélations d'un "whistleblower" , on a très peu de chances d'apprendre la vérité si la fuite vient du labo. Si c'est une origine naturelle... on va peut être finir par l'identifier mais pour peu que les humains recontaminent des animaux, ça va être compliqué à distinguer les deux.
sauf que les scientifiques ne travaillent généralement pas dans le secret. Ils publient leurs résultats, les présentent dans des congrès, ont des collaborateurs un peu partout dans le monde au courant de leurs travaux. Pour que ce scenario tienne la route il faudrait que la création du virus soit très récente et le fait d'une équipe isolée, éventuellement financée par l'armée, ou quelque-chose dans ce goût. Mais avec ces suppositions on en arrive vite au complotisme...
il est assez improbable que le virus ait été fabriqué à dessein par génie génétique. Mais les expériences de gain de fonction sont connues et publiées, et elles peuvent se faire sur des virus cultivés sur des cellules humaines , qui mutent de manière aléatoire et sont sélectionnés par leur capacité à infecter ces cellules. donc on ne peut pas du tout exclure une expérience qui ait mal tourné, avec un virus qui se soit formé dans un milieu de culture et ait infecté un chercheur ou un laborantin, qui vu la proportion assez grande d'asymptotiques , n'a peut être lui même jamais su (et encore maintenant) qu'il avait fait fuiter le virus à l'extérieur !
dans quelle publication veux tu trouver trace de ce genre d'histoire ?
"On" séquence ce qu'on a sous la main à l'instant T, d'ou le sens de ma remarque sur alpha / delta si le séquençage était un outil de novembre 2021.
A partir du moment ou l'ancêtre le plus proche de CoV2 est supplanté par un variant qui prend le dessus, l'ancêtre disparait du paysage. Et c'est très embêtant.
L'ancêtre humain et l'ancêtre de l'hôte intermédiaire n'existent plus à ce jour en vivant / circulant et tel quel sans dérive et mutation.
Il existe peut être dans des prélèvements gardés au frais, quelque part, par hasard de prélèvement et de cohorte. Mais faut tomber dessus....
re
pour mémoire la catastrophe de Tchernobyl est le résultat d'une manip mal conduite ayant échappée aux manipulateurs.
Chez les bisounours tout se passe comme prévu mais dans la vraie vie il y a bien souvent un grain de sable.
Ce n'est pas du complotisme mais du réalisme.
JR
l'électronique c'est pas du vaudou!
En Chine, c’est certainement beaucoup moins vrai.
La vie trouve toujours un chemin
On peut faire évoluer des virus in vitro mais il faut le vouloir, ça n'apparaît pas tout seul dans les tubes. Donc si le scenario d'Archi3 est correct, c'est que cette évolution a été planifiée et donc faisait partie d'un programme de recherche ayant une certaine finalité, et ayant eu une certaine durée. Ca devrait laisser des traces il me semble.
pour moi on ne peut pas exclure ce scenario mais je le trouve un peu tiré par les cheveux.
Si elle ne circulait que localement, avec une incidence faible (du genre 1/10000), et avant 2020 sans trop de raison de suspecter une infection par un nouveau virus, comme dans cette région le SARS-CoV-2 n'a pas initialement causé une flambée épidémique poussant les autorités à tester massivement la population, il y a peu de chances pour qu'un nombre important d'échantillons issus de cette région ait été séquencé au début de la pandémie.
Par ex. je viens de tomber sur un article de décembre 2020, dans lequel on peut voir que le nombre de séquences du SARS-CoV-2 publiées était de ~40 par 1000 cas en Thaïlande et ~30 au Vietnam (avec un délai moyen entre séquençage et publication respectivement de 82 et 66 jours). 30 ou 40 sur 1000 ça peut paraître beaucoup, mais ça date d'une époque où le nombre cumulé de cas depuis le début de la pandémie était d'environ 3500 en Thaïlande et 1000 au Vietnam; donc en gros ça ne fait que 140 séquences thaïlandaises et 30 vietnamiennes. De plus il est probable que la plupart des échantillons séquencés aient été prélevés sur des patients hospitalisés, et dans l'hypothèse d'un variant antérieur moins virulent dont l'incidence aurait été assez faible pour ne pas provoquer d'épidémies ailleurs à l'occasion de voyages, cela rend peu probable que ces échantillons contiennent ce variant plutôt que le SARS-CoV-2.
D'autre part, depuis le début de la pandémie, les prélèvements séquencés font a priori uniquement partie de ceux qui ont donné préalablement un résultat positif aux tests PCR ciblant le SARS-CoV-2. Il faudrait savoir si ces tests ne sont pas suffisamment sélectifs pour donner un résultat négatif si le prélèvement contient une version antérieure du virus (je suppose que ça dépend d'où se situent les différences entre les deux virus).
Et maintenant, même si on séquençait massivement, il est probable qu'on trouve uniquement du variant delta, suite à la flambée épidémique qu'il a provoquée.
Mais j'avais dit que j'arrêtais de spéculer...
ça c'est vrai dans une population naïve où le virus se développe, mais dans une population qui aurait une immunité aux deux virus qui deviendraient endémiques, il n'y a pas d'avantage particulier à l'un ou à l'autre. On ne peut pas à la fois tenter d'expliquer l'absence de propagation du SARS Cov2 dans certaines populations à cause de l'immunité apportée par un autre virus pour dire ensuite que le SARS cov2 s'est propagé tellement vite qu'il a éliminé le premier, ce n'est pas cohérent.
le problème n'est pas de lister tous les scénarios possibles, il y en a plein. Le problème est de savoir lesquels éliminer à partir des faits connus. Tu peux proposer plein de scénarios alternatifs, mais ça ne rend pas improbable le scénario de fuite du labo. Le scénario de fuite de labo serait improbable si un fait connu est très improbable dans CE scénario (et la réponse à cette question ne dépend pas des AUTRES scénarios !). Donc la question est : qu'est ce qui rend improbable le scénario d'une fuite ?
En revanche, le scénario que tu proposes me semble improbable car il suppose une série de conditions pas naturelles, pour expliquer qu'un virus se serait confiné dans une région de l'Asie du Sud est sans s'être propagé ailleurs, et en disparaissant juste opportunément quand on commence à le chercher - sans compter qu'elle ne donne aucune explication claire à la coïncidence de lieu entre l'irruption du SARS cov 2 et le WIV. Tout ça ensemble me parait (à moi) le rendre improbable.
Dernière modification par Archi3 ; 23/11/2021 à 13h45.
quelle genre de maladie garde une incidence faible sans provoquer de flambée épidémique, ni disparaitre selon toi ? pour moi, il ne peut s'agir que d'une maladie causée par des contacts sporadiques avec un réservoir extérieur qui contamine de temps en temps - pas du tout le tableau du coronavirus .
Point 1:
Par définition, quand une bestiole devient plus virulente dans sa propagation, elle écrase le variant précédent qui était plus gentillet. Et quand on commence à chercher, l'ancien gentil est déjà effacé ou presque. Et plus le temps passe, plus le gentil sort du radar.
Point 2 sur la coïncidence de lieu.
Imaginons ( spéculons donc, c'est une obligation liée au thread ) qu'une pneumopathie suspecte arrive en même temps à l'hôpital de Wuhan, dans un hosto parisien, et à l'hopital de Yangon.
Il est trés probable que le WIV de Wuhan soit sur les rangs en premier.
Il est probable que Paris fasse circuler les échantillons et obtienne une réponse dans les semaines qui suivent, mais bien aprés.
Il est certain qu'à Yangon il ne se passera rien pendant 6 mois....J'ai quitté le Myanmar vers le 11 mars 2020, il se trouve que la veille au soir j'ai diné fortuitement avec des internes de l'hosto de Yangon ( rencontre fortuite au hasard de pérégrinations en voyage tourisme ). Ils se lamentaient sur le fait qu'ils ne risquaient pas de trouver un cas positif dans le pays, ils n'avaient aucun test.....
Début janvier, quand la Chine a déclaré le truc au monde entier, il y avait des milliers de personnes porteuses avec ou sans symptômes disséminés sur les 5 continents.
Rappel sur la cohorte constance française: on a prélevé en novembre / décembre 2019 des individus dont certains étaient symptomatiques ou asympto, et dont le côté positif a été connu 6 ou 9 mois plus tard ( et encore, positif en Elisa ou par autre test immuno mais sans analyse génétique ).
Les moyens quanti et quali ( en trace ) sont aujourd'hui énormes en analyse, dont en bio. Mais on cherche ce que l'on veut trouver, qu'on suspecte de trouver, avec les moyens dont on dispose, et avec les "réflexes" de recherche que l'on a. Et ça c'est un biais colossal. Il est cependant parfaitement entendable.
Si un virus de bat ou en réservoir bat devait toucher l'homme un jour, l'hypothèse majoritaire du labo le découvrant serait....Wuhan IV.
Sans préjuger de l'origine, naturelle ou pas.
pourquoi ?
tu crois que la grippe va disparaitre du monde ?
et en plus l'hypothèse de départ est que les anticorps protégeaiant du Sars cov-2, comment un virus qui ne se propage pas peut écraser quoi que ce soit ?
Dernière modification par Archi3 ; 23/11/2021 à 22h15.
Celui qui se propage mieux écrase le précédent, c'est factuel.
Ou ai je dit que la grippe disparaitrait ? Chaque virus trace sa route propre, influenza ou corona.
et en plus l'hypothèse de départ est que les anticorps protégeaiant du Sars cov-2, comment un virus qui ne se propage pas peut écraser quoi que ce soit ?
J'ai pas compris...
réfléchis au mécanisme "d'écrasement" : si tu as un variant moins contagieux mais qui avait un R mettons de 2, ce qui était suffisant pour faire flamber les cas, en quoi le fait que ton voisin ait un autre variant ayant un R de 3 t'empêcherait de continuer à contaminer 2 personnes en moyenne, ce qui est toujours aussi suffisant pour faire flamber le nombre de cas ?
on parlait de l'hypothèse que les populations de l'Asie du Sud est étaient protégées contre les premières vagues du covid parce qu'elles auraient développé une immunité grâce à une ou des souches similaires plus anciennes - donc si elles étaient protégées et que le covid ne s'y est pas propagé (au moins jusqu'au delta), comment aurait il pu supplanter ces anciennes sources ?et en plus l'hypothèse de départ est que les anticorps protégeaiant du Sars cov-2, comment un virus qui ne se propage pas peut écraser quoi que ce soit ?
J'ai pas compris...
ces anciennes souches, pardon ...
Avec de telles valeurs de R, une flambée épidémique ne peut être freinée que par une modification drastique des comportements, qu'elle soit spontanée ou imposée. Le R du virus le moins contagieux va tomber plus rapidement à moins de 1 que celui du plus contagieux.
Et même s'ils étaient l'un et l'autre moins contagieux, par ex. R 1,2 et 1,8 pour conserver le même rapport que ci-dessus, que la flambée épidémique moins rapide fasse moins de dégâts et ne modifie pas les comportements au point de faire tomber les R des deux variants à moins de 1 dans les premières semaines, ce rapport 1,5 fait qu'en un mois la part du plus contagieux dans l'incidence totale va être multipliée par 10 et en deux mois par 100 - comme dans le premier cas. La valeur des R n'y change rien, c'est leur rapport qui compte.
Autrement dit au bout de 2 mois ce n'est que sur plusieurs centaines de séquençages à partir de prélèvements PCR+ pris au hasard que tu as une bonne probabilité d'identifier quelques génomes du variant le moins contagieux. Et au bout de 6 mois, il est probable que tu n'en trouves plus du tout même sur 1000 de séquences (comme en France aujourd'hui pour le variant alpha, environ 1,5 fois moins contagieux que le delta, et dont la part des PCR criblées est tombée à 0,1%).
Regarde le nombre de séquences enregistrées au Vietnam, en Thaïlande, plusieurs mois après l'émergence du variant plus contagieux s'il est bien originaire de la région où on a identifié le réservoir animal (le tableau de décembre 2020 dans lequel j'ai trouvé ces chiffres ne contient pas les pays voisins, mais au Laos ou en Birmanie ce nombre n'est certainement pas plus élevé vu le faible nombre de séquence en provenant dans la base Gisaid aujourd'hui, et d'autre part dans tous ces pays il faudrait savoir combien des échantillons proviennent précisément de la région du réservoir animal).
Regarde aussi de quand datent ces séquences, alors que l'hypothèse d'une émergence locale du SARS-CoV-2 avec une incidence faible jusqu'à qu'il réussisse son exportation, la fait remonter au plus tard à mi-2019.
Penses-tu vraiment qu'il est improbable qu'aucune des séquence corresponde au variant le moins contagieux ?
A propos des trous dans la raquette du séquençage, je viens de regarder de plus près les chiffres du Laos : 0,03/1000 des cas positifs ont été séquencés avec un délai moyen de plus de 400 jours entre prélèvement est publication du résultat. Aujourd'hui le cumul des cas confirmés au Laos dépasse à peine 60000, donc ces 0,03/1000 correspondent à 2 séquences.
absolument. Donc si on suppose que l'immunité présente est suffisante pour empêcher le covid de flamber, comment ce mécanisme peut marcher ? les gens n'ont aucune raison de changer dramatiquement de comportements si l'épidémie n'est pas présente. Et l'hypothèse d'un virus endémique suppose des réservoirs extérieurs, ou une circulation "en boucle" autour de la terre par exemple, donc un ancien virus n'a pas de raison de disparaitre, donc on devrait être capable de le retrouver.
Où est il alors ?
pour le coup, la non détection, ça me semble un vrai argument bayesien pour écarter l'hypothèse d'un virus proche ayant suffisamment circulé avant pour immuniser certaines populations.
Sinon je pense que les variants peuvent être ordonnés par les mutations qu'ils présentent et qu'on serait capables de distinguer par une analyse cladistique si il s'agit d'un cousin ayant un ancêtre commun lointain ou d'un descendant de la souche originelle de Wuhan non ?
En tout cas ce n'est pas un fait attesté : si il l'était, ça défavoriserait l'hypothèse labo, mais tant que ça ne l'est pas, ça ne peut pas être utilisé dans un argument bayesien, qui n'utilise que les faits avérés. , pas les faits "possibles".
Pas si on ne le cherche pas de manière assez exhaustive (sur des milliers de séquençage, sur des prélèvements pas nécessairement PCR+ au SARS-VOV-2) alors que son incidence n'augmente que de manière sporadique suite à des contaminations par des animaux et baisse ensuite rapidement, et que l'incidence du SARS-CoV-2 (ou plutôt du variant delta) est aujourd'hui très supérieure dans tous les pays de la région à ce qu'elle était en 2020.
Quant à ton argument bayésien (le fait qu'il y a un labo qui étudie les coronavirus à Wuhan), il peut éventuellement se retourner : si la pandémie a comme origine une fuite de ce labo, il faudrait évaluer la probabilité qu'il y ait eu des personnes infectées dans d'autres région du monde par un virus assez proche pour donner des résultats positifs aux tests sérologiques avant la date à laquelle on suppose que cette fuite a eu lieu (que son origine soit une fuite ou autre chose, il semble qu'il y ait un consensus à environ un mois près sur la date à laquelle le patient zéro de l'épidémie de Wuhan a été infecté). Ou après mais trop tôt pour donner lieu à un nombre de cas assez important pour qu'on ait des chances de tomber dessus par hasard en analysant a posteriori des prélèvements aléatoires en nombre limité (moins de 1/10000 de la population) conservés depuis l'époque.
A moins d'avoir la preuve(*) que ces tests sérologiques ne sont pas assez sélectifs pour ne pas donner des résultats positifs après une infection par d'autres HCoV plus éloignés (en particulier les quatre qui circulent de manière endémique depuis plus d'un siècle), s'il y en a (par ex. ceux qui ont été réalisés en Europe sur des prélèvements sanguins de routine conservés depuis 2019) c'est a priori parce qu'un variant antérieur assez proche de la souche de Wuhan (mais moins transmissible et probablement moins virulent) circulait déjà sporadiquement.
Je pense en particulier à l'étude menée en France à partir de prélèvements faits périodiquement sur les participants de je ne sais plus quelle cohorte, dont - de mémoire - environ de 3% étaient positifs avant fin 2010 à un des deux tests utilisés, peut-être pas sélectif, mais aussi plus de 1% positifs aux deux tests. Sauf si la combinaison de ces deux tests a une probabilité élevée de donner un résultat positif suite à une infection par un autre HCoV(**), dont il faut, ça fait quand-même beaucoup.
(*) Cette preuve ne doit pas être bien compliquée à établir. As-tu vu passer une publication évoquant par exemple que le type de test sérologique utilisé pour confirmer une ancienne infection par le SARS-CoV-2 peut des résultats positifs suite à une infection par un des HCoV endémiques ? Et si oui, mais pas systématiquement, dans quelle proportion des cas ?
(**) Leur prévalence n'est quand-même pas si élevée que ça, car on estime qu'on est réinfecté par chacun d'entre eux en moyenne tous les 10 ans (sinon ils causeraient au total plus des 20% des rhumes communs qui leur sont attribués). Et au bout de quelques mois le test sérologique a peu de chances d'être positif. Pour que quelques % de la population aient une sérologie "anti-SAR-CoV-2" faussement positive à cause d'une infection par un HCoV endémique, il faudrait que la probabilité d'un tel faux positif soit de l'ordre de 10%.
C'est possible, mais je ne sais pas si ça a été évalué. D'où la question précédente. Si tu sais répondre à cette question en t'appuyant sur des publications et affecter une probabilité d'au moins 10% à un tel événement, je suis prêt à abandonner l'hypothèse d'une contamination d'Européens par un prédécesseur du SARS-CoV-2...
