augmentation de l'incidence des variants SA et BR en Ile-de-France

[yves95210]

Ah oui. Ennuyeux.

Pas tant que ça : selon ma simu basique, la flambée épidémique à Manaus s'explique par une protection de "seulement" 70% des anciens infectés contre le VOC (avec une transmissibilité du variant BR 50% supérieure à celle des variants antérieurs, mais probablement un peu inférieure à celle du variant UK). Protection largement aussi bonne que celle qu'on espérait des vaccins il y a encore 6 mois, avant que soient publiés les résultats spectaculaires des essais des vaccins à ARNm...
Le tout dans un contexte de relâchement de toutes les mesures de freinage et alors que, même sans parler des réinfections, l'arrivée d'un variant 1,5 fois plus transmissible rehaussait le seuil d'immunité collective (qui ne devait pas être dépassé puisque R(t) restait proche de 1).

D'une certaine façon, mon petit exercice m'a rassuré : même si les variants SA/BR progressent et finissent par être dominants, si les ex-infectés et les vaccinés sont protégés à 70% contre eux, ça ne devrait pas tourner à la catastrophe malgré un allègement des mesures tant que celui-ci reste assez prudent (en gros, ne pas espérer beaucoup mieux l'été prochain qu'en 2020).

Reste à confirmer ça avec les données des prochaines semaines (et si possible des statistiques fiables sur les réinfections), et à l'aide de modèles épidémiologiques plus sophistiqués.
-----

[yves95210]

Bof... Avec des annonces comme celles du pass sanitaire, le gouvernement va à l'encontre de cette perception.

Je suis d'accord. Mais d'un autre côté, si ça peut être une incitation pour les plus jeunes à se faire vacciner, mieux vaut une protection à 60 ou 70% (et sans-doute plus élevée contre les cas graves) que pas de protection du tout...

[yves95210]

Bonjour,

L'augmentation de la part du variant SA en IdF se poursuit : entre 11 et 14% des PCR de criblage réalisés dans la dernière semaine d'avril à Paris et dans la petite couronne (92,93,94) et entre 7 et 9% dans les autres départements étaient positifs pour ce variant (source des données).

En parallèle, sa baisse en Moselle s'est poursuivie, en même temps qu'une augmentation de la part du variant UK.
Les courbes représentant l'évolution du rapport entre les parts des deux variants à Paris et en Moselle sont remarquablement proches d'une exponentielle, croissante à Paris depuis la semaine 12 et décroissante en Moselle depuis la semaine 7 :


Au début des périodes représentées sur les deux graphiques (S7 pour la Moselle, S12 pour Paris), le taux d'immunité de la population était d'environ 25% en Moselle et 50% à Paris (dont une part non négligeable de la vaccination).

Cela permet d'estimer grossièrement les deux paramètres importants que sont le rapport entre les taux de transmission des deux variants R₀^(SA)/R₀^(UK),
et le risque de réinfection par le variant SA, ρ^(SA):
en effet, dans chaque département R^(SA)(t)/R^(UK)(t)=R₀^(SA)/R₀^(UK)(1-i+ρ^(SA)i)/(1-i),
où i est la proportion de la population ayant déjà été infectée, donc 1-i est la proportion susceptible d'être infectée par le variant UK et 1-i+ρ^(SA)i la proportion susceptible d'être infectée (ou réinfectée) par le variant SA.

J'ai été étonné de constater que les seules valeurs compatibles simultanément avec les données des deux départements sont R₀^(SA)/R₀^(UK)≈0,6 et ρ^(SA)≈1
(rien à voir avec les hypothèses faites dans le premier message de cette discussion)

Le variant SA ne serait donc pas plus contagieux que le variant D614G qui circulait en Europe de manière quasiment hégémonique jusqu'à l'automne 2020, mais il serait susceptible de réinfecter 100% des personnes précédemment infectées par les variants antérieurs. Sa forte prévalence relative en Moselle dès janvier/février serait plutôt due au fait qu'il y aurait été introduit avant le variant UK, n'étant alors en compétition qu'avec le variant précédent et étant donc favorisé par sa capacité de réinfection.

C'est compatible avec les observations faites durant les essais de phase 2/3 du vaccin Novavax en Afrique du Sud (source):

Parmi les 2 188 personnes qui ont reçu le placebo, environ 30 % (N=674) avaient, le jour de la 1re injection, des anticorps contre la protéine S du SARS-CoV-2, témoignant d'un antécédent de COVID-19.
Lors du suivi de ces 674 patients, il n'a été montré aucune protection contre une éventuelle réinfection : 5,2 % d'entre eux ont développé un épisode de COVID-19 (14 cas légers, 21 cas modérés) contre 5,3 % (33 cas légers, 47 cas modérés) des personnes qui n'avaient pas d'anticorps contre le SARS-CoV-2 à J0. Lorsque les virus à l'origine de ces cas ont été séquencés, 92,7 % étaient des variants B.1.351. Ainsi, d'après les auteurs de l'étude, la présence d'anticorps contre les variants Wuhan ou D614G (ceux qui précédaient le début de l'étude NOVAVAX) ne protège pas contre une réinfection par B.1.351.
Néanmoins, il est à noter qu'aucune des personnes ayant des anticorps à J0 n'avait développé de forme symptomatique de COVID-19 auparavant (elles avaient déclaré ne pas avoir eu de COVID-19 lors du questionnaire d'inclusion), ce qui soulève la question de la qualité de leur immunité humorale, et qu'aucune d'entre elles n'a eu de forme sévère due à B.1.351.

La dernière observation ci-dessus pourrait sembler rassurante : selon elle les réinfections par le variant B.1.351 donnent rarement lieu à des formes graves (aucun cas grave sur les 35 réinfections recensées dans l'étude). Mais il faut relativiser ce résultat car l'échantillon est trop faible : sur 35 primo-infections dans une population équivalente (seulement 4% de 65-84 ans) on s'attendrait aussi à ce qu'il y ait 0 ou 1 cas grave.

Mais même s'il s'avérait que les réinfections par le variant B.1.351 donnent lieu à moins de cas graves, sa part croissante des infections en IdF et le fait que son incidence n'a pas baissé depuis mi-avril malgré les mesures (contrairement à celle du variant B.1.1.7), resteraient préoccupants car, évidemment, il ne cause pas que des réinfections. Il peut aussi infecter des personnes ne l'ayant encore jamais été et n'étant pas vaccinées(*), et étant donc aussi susceptible de développer une forme grave qu'en cas d'infection par les variants antérieurs.

(*) Il semble que le vaccin Pfizer (et sans-doute aussi Moderna) conserve un assez bon niveau de protection (75%) contre les infections par le variant B.1.351, et surtout contre les cas graves (>90%). Cf. https://forums.futura-sciences.com/c...ml#post6792620.