Quel sera l'impact du covid sur la réputation des journaux scientifiques?

[GBo]

C'est là votre limite, vous cherchez une réfutation à une hypothèse dont même la majorité des experts s'accordent pour dire qu'elle est plausible ... c'est ambitieux (pour ne pas dire prétentieux)

Tu n'as jamais lu Popper ? Pour être scientifique, une théorie doit être réfutable. Toi tu restes dans le mille-feuille argumentatif dont parle très bien le sociologue Gérald Bronner !
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[B4lbu]

Pour être scientifique, une théorie doit être réfutable.

Totalement HS

[invite18230371]

Ce sont vos a priori

Oui, et jusqu’à preuve du contraire.
Et si une nouvelle version officielle apparaît alors je l'a prendrais à mon compte.

Je suis un gros mouton qui change d'avis. Et j'ai même pas honte.
Et ça me dérange pas d'être dans l'erreur en attendant.

Par contre, on a bien compris quels étaient les tiens d'a priori,

Pour la question initiale ça changerait quoi pour les revues scientifiques ?
Rien, ce n'est pas parfait et tout le monde en est conscient.

C'est quand même souvent du coté des auteurs qu'il y a manipulation/erreur...
Les journaux essayant tant bien que mal de faire le tri. Si tu as mieux à proposer n'hésite pas.
+

[B4lbu]

Je [...] change d'avis. Et j'ai même pas honte.
Et ça me dérange pas d'être dans l'erreur en attendant.

C'est tout à votre honneur

Par contre, on a bien compris quels étaient les tiens d'a priori,

Sur ce sujet, je ne crois pas avoir d'a priori, je crois m'être efforcé d'apporter les arguments pour démontrer qu'il faut explorer toutes les hypothèses sans idées préconçues (je n'ai par exemple jamais rejeté l'hypothèse d'une zoonose)

Pour la question initiale ça changerait quoi pour les revues scientifiques ?

Par exemple, concrètement, le Lancet a récemment remanié l'équipe évaluant les soumissions d'articles concernant l'origine du covid

Si tu as mieux à proposer n'hésite pas.

Je n'ai pas cette prétention, je me contente de pointer les défauts du système actuel

Mais je peux en effet m'abstenir si ça n'intéresse personne, toutes les informations que je relaie ici peuvent être trouvées sur le net, notamment sur twitter par un comité qui commence à être connu, "DRASTIC", formé d'experts et d'amateurs éclairés :
https://drasticresearch.org/the-team/

Ou sur le site USRTK :
https://usrtk.org/biohazards/origin-...tion-readings/

[Archi3]

Tu n'as jamais lu Popper ? Pour être scientifique, une théorie doit être réfutable.

c'est un peu dépassé comme épistémologie. En réalité très peu de théorie ont vraiment été réfutées, ce sont plutot des paradigmes qui ont remplacé d'autres paradigmes (Kuhn) parce qu'ils expliquaient plus de choses et mieux, et souvent parce que de jeunes nouveaux scientifiques ont remplacé des vieux qui partaient à la retraite et ont plus facilement adopté de nouveaux paradigmes (c'est rare que les scientifiques changent individuellement d'avis).

En l'occurrence, on ne peut pas vraiment dire qu'une hypothèse explique bien plus de choses qu'une autre.

[Bruno]

Ces affaires ont surtout l'air de mettre sur la place publique ce qui était deja connu des spécialistes. On sait depuis 2005 que la majorité des papiers sont mauvais:

https://journals.plos.org/plosmedici...l.pmed.0020124
https://www.sciencesetavenir.fr/scie...ercheur_125609

[invite18230371]

je crois m'être efforcé d'apporter les arguments pour démontrer qu'il faut explorer toutes les hypothèses sans idées préconçues

C'est très discutable,
Déjà comment définis-tu "toutes les hypothèses" ? Car ça risque de faire beaucoup... Tu as forcément des a priori, il faut limiter le champs d'investigation.
Ensuite tu ne vas pas forcer des chercheurs à étudier des pistes dans lesquels ils ne croient pas. Ce ne sera pas très productif...

Je préfère me fier au compétence/filling/intuition/a priori des chercheurs, qui arriveront (peut être) à trouver des financements pour avancer sur leurs idées/projets.
Il existe qq voie de recherche, certaines plus financée que d'autre (a priori plus intéressante, à la mode,...), et ça me parait normal.

Pour ton sujet, il me semble que les gens ayant l'envie, l'argent, et les compétences d'étudier l'hypothèse "accident de labo" le font, personne ne va les en empêcher.

Et c'est ton droit d'estimer que les efforts fait en ce sens sont insuffisants,
Si j'avais du budget je ne l'utiliserais pas à ça, plutot dans les soins, traitement, vaccins, et un peu dans l'origine est zoonose car si c'est ça il FAUT identifier la réserve animal afin de peut être un jour enrayer la maladie ou éviter de prochaine...

[Archi3]

C'est très discutable,
Déjà comment définis-tu "toutes les hypothèses" ? Car ça risque de faire beaucoup...

il y en a une fondamentale, c'est où a (ont) été contaminé(s) le(s) patients zéro et par quel animal. Il n'y pas tellement de possibilités : animal sauvage, animal d'élevage, animal de laboratoire ...

Et c'est ton droit d'estimer que les efforts fait en ce sens sont insuffisants,
Si j'avais du budget je ne l'utiliserais pas à ça, plutot dans les soins, traitement, vaccins, et un peu dans l'origine est zoonose car si c'est ça il FAUT identifier la réserve animal afin de peut être un jour enrayer la maladie ou éviter de prochaine...

on peut dire la même chose si c'est une contamination en laboratoire, élucider comment elle s'est faite peut éviter de la prochaine ....

[papy-alain]

Toutes les autres pandémies depuis que l'Homme est l'Homme ont été 100% naturelles.

C'est prouvé, ça ?

[invite7a0a8d2e]

C'est prouvé, ça ?

De toutes façons c'est un faux débat.
A partir du moment où la main de l'Homme a mis le pied, "le naturel" (Tout sauf l'Homme) n'est plus.
Le simple fait de se regrouper en village (je ne parle même pas des villes) ou de transporter quelque-chose a une influence sur "la naturalité" des épidémies.

[GBo]

C'est prouvé, ça ?

Bonjour,
Dans la mesure où cela ne fait qu'une dizaine d'années que l'on sait manipuler un génome de virus et y synthétiser de grandes portions sans laisser de traces de la manip, j'ai tendance à penser que c'est juste une remarque de bon sens.
cdlt,
GBo

[invite7f291776]

Envoyé par GBo
Toutes les autres pandémies depuis que l'Homme est l'Homme ont été 100% naturelles.
C'est prouvé, ça ?

Bonjour,

L’origine « artificielle » de la grippe espagnole de 1918-1919 est une hypothèse qui n’a jamais été formellement démentie, au reste toutes les armées étaient à cette époque, en train de fabriquer toutes sortes d’armes de destructions massives exples des gaz maléfiques https://fr.wikipedia.org/wiki/Gaz_de...uerre_mondiale mais aussi certainement des armes bactériologiques non moins destructrices.

Et donc l’idée qu’une fuite ait pu se produire dans des labos ici ou là idem peut-être en 2019, dans les dabos à Wuhan, reste plausible.
Au reste le « patient zéro » fut officiellement enregistré dans les rangs de l’armée américaine, ensuite la propagation fut rapide.

https://fr.wikipedia.org/wiki/Grippe_espagnole :

Le premier cas est officiellement enregistré le 4 mars 1918 dans le camp militaire de Funston (en) dépendant de Fort Riley au Kansas. Le patient zéro aurait été un certain Albert Gitchell, un fermier appelé sous les drapeaux, contaminé par l'un de ses oiseaux, lui-même contaminé par un oiseau sauvage11.

La maladie s'y étend, et dès avril elle apparaît dans un cantonnement britannique à Rouen12. L'épidémie se répand rapidement, par le biais des mouvements de troupes alliées, d'abord à Glasgow en Grande-Bretagne, au mois de mai,13 puis aux États-Unis, et enfin en Italie et en Allemagne, atteignant son apogée durant le mois de juin 1918, moment où les premiers cas sont signalés en Nouvelle-Écosse (Canada)13.

Or à cette époque il n’y avait pas de vaccins ni des confinements drastiques et donc la Nature a pu œuvrer tranquille => courbe en cloche caractéristique et beaucoup de morts (50 ou 100 millions) mais à cette époque il n’y avait « que » en gros 2 milliards d’individus sur la terre (10 milliards prévus en 2050.

• une proportion de population infectée élevée, évaluée à 500 millions soit 27 % de la population mondiale de 1,8 à 1,9 milliard d'habitants en 191835. Ceci s'expliquant par le fait qu'il s'agissait d'un virus grippal de type nouveau vis-à-vis duquel la population ne possédait aucune immunité ;

• un taux de mortalité induit (ce n'est souvent pas la grippe qui tue directement) inhabituellement important pour une grippe, dans une fourchette estimée de 2 à 10 % des personnes infectées. De 20 à 50 millions de personnes selon le site de l'institut Pasteur36, voire jusqu'à 100 millions selon certaines réévaluations récentes, en périrent37,38 ;

• une courbe de mortalité inhabituelle, avec un pic sur les 20–40 ans, notamment aux alentours de 30 ans39,40.

Donc un siècle plus tard nous y sommes et donc rétrospectivement en regardant comment la Nature a géré en quelque sorte la grippe espagnole de 1918, il est possible de se faire une idée de ce qu’aurait pu donner (en termes de morts etc.) la Covid-19 si les vaccins et les confinements drastiques n’avaient pas contrarié, entravé la Nature.

[GBo]

Encore une fois, l'hypothèse des quelques virologues (principalement Étienne Decroly et la bande des "belges" de l'université d'Aix-Marseille) qui pensent encore à une origine artificielle de SARS-CoV-2 font référence explicite à des expériences de gain de fonction dont ils ne trouvent pourtant pas de traces en observant le génome (malgré l'aide du meilleur spécialiste français dont le nom me reviendra), comme si on avait voulu dissimuler la manip, si manip il y eu, notamment en pratiquant des mutations semblant aléatoires un peu partout. On aurait donc à faire une arme biologique très récente, c'est la seule explication "logique" de la piste que suit cette équipe depuis un an en vain, et la raison pour laquelle je n'y crois pas du tout tant que je n'ai pas vu de preuve. Car pourquoi faire une arme 'pandémique' qui se retourne forcément contre tout le monde, y compris son propre peuple ?

[GBo]

J'ai retrouvé, c'est le professeur Didier Casane, biologiste évolutif, qui a aidé à l'analyse du génome dans l'équipe montée par Decroly en 2020 pour voir si tout çà (le génome du SARS-CoV-2 donc) était bien "catholique":
Source: https://youtu.be/13cQTG5lhLk?t=957

[invite7f291776]

… dans ces histoires de pandémies c’est toujours étonnant de voir que les « patients zéro » souvent sont des militaires ou des personnes qui sont + ou - reliées aux armées et rarement des bons sauvages qui vivent dans des forêts près des bêtes et qui élèvent, mangent, tranquilles des chauves-souris et des pangolins.

Ne serait-ce pas plutôt que souvent les volatiles et les rongeurs n’y sont pour rien ou pas pour grand-chose quand d’autrement plus curieux oiseaux, initient les pandémies ?

[FabiFlam]

Moi je crois que les militaires sont bien mieux surveillés médicalement que le reste de la population, par ailleurs ils vivent en collectivité et donc font vite circuler leurs pathogènes, donc s'il y a un virus qui traîne ça me paraît assez logique qu'on le découvre souvent dans les rangs de l'armée.

FabiFlam

[invite7a0a8d2e]

… dans ces histoires de pandémies c’est toujours étonnant de voir que les « patients zéro » souvent sont des militaires ou des personnes qui sont + ou - reliées aux armées et rarement des bons sauvages qui vivent dans des forêts près des bêtes et qui élèvent, mangent, tranquilles des chauves-souris et des pangolins.

On ne retrouve ses clés que sous le lampadaire.

Chacun connaît la blague de l’ivrogne qui cherche ses clés au pied du réverbère, non parce qu’il les a perdues à cet endroit, mais « parce qu’ici du moins, on a de la lumière pour chercher... » Il est permis de rêver autour de cette histoire drôle, et néammoins profonde puisqu’elle rend hommage aux conditions de toute recherche, les moyens d’éclairage. On peut concevoir à partir d’elle deux niveaux de la recherche, et distinguer par exemple de la recherche des clés une méta-recherche, celle qui inventerait d’autres sources lumineuses, ou qui déplacerait le réverbère.

https://www.cairn.info/revue-les-cah...-2-page-40.htm

[B4lbu]

L'as tu trouvé ? Car il serait intéressant de comparer, voici le premier papier en version 2, c'est bien celui-ci dont tu parles ?
"In silico comparison of spike protein-ACE2 binding affinities across species; significance for the possible origin of the SARS-CoV-2 virus"
Sakshi Piplani, Puneet Kumar Singh, David A. Winkler, Nikolai Petrovsky
Submitted on 13 May 2020 (v1), last revised 21 Nov 2020 (this version, v2)]
https://arxiv.org/abs/2005.06199

Il est publié, si vous voulez comparer :
https://www.nature.com/articles/s41598-021-92388-5

[GBo]

Il est publié, si vous voulez comparer :
https://www.nature.com/articles/s41598-021-92388-5

Merci. Il y a beaucoup trop de modifs pour pouvoir déterminer qu'est-ce qui a motivé le refus de publication des versions précédentes, mais la piste des raisons de forme plutôt que des raisons idéologiques tient puisque leur conclusions sont inchangées.

Sur le fond voici un résumé facile à lire :
https://www.eurekalert.org/pub_relea...-cos062421.php
Ce serait bien qu'un biologiste (ou biologiste dans une ancienne vie donne son avis sur ce qui me semble être une démarche d'une naïveté sans nom:

In a paper published in the Nature journal Scientific Reports, Australian scientists describe how they used high-performance computer modelling of the form of the SARS-CoV-2 virus at the beginning of the pandemic to predict its ability to infect humans and a range of 12 domestic and exotic animals.

Their work aimed to help identify any intermediate animal vector that may have played a role in transmitting a bat virus to humans, and to understand any risk posed by the susceptibilities of companion animals such as cats and dogs, and commercial animals like cows, sheep, pigs and horses.

The scientists, from Flinders University and La Trobe University, used genomic data from the 12 animal species to painstakingly build computer models of the key ACE2 protein receptors for each species. These models were then used to calculate the strength of binding of the SARS-CoV-2 spike protein to each species' ACE2 receptor.

Surprisingly, the results showed that SARS-CoV-2 bound to ACE2 on human cells more tightly than any of the tested animal species, including bats and pangolins. If one of the animal species tested was the origin, it would normally be expected to show the highest binding to the virus.

"Humans showed the strongest spike binding, consistent with the high susceptibility to the virus, but very surprising if an animal was the initial source of the infection in humans," says La Trobe University Professor David Winkler.

En gros ils font une simu informatique du virus SARS-CoV-2 qui est la forme humaine pour voir à quel animal ça "colle" le mieuxet ils trouvent surprenant qu'il soit bien adapté à l'homme, bien plus qu'à tout autre animal simulé ? C'est bien ça qu'il faut lire ?

[polo974]

La liste des animaux simulés:

• Homo sapiens (human)
• Macaca fascicularis (monkey)
• Panthera tigris (tiger)
• Bos Taurus (cow)
• Mesocricetus auratus (hamster)
• Felis catus (cat)
• Rhinolophus sinicus (bat)
• Paguma larvata (civet)
• Equus ferus caballus (horse)
• Mustela putorius furo (ferret)
• Canis luparis (dog)
• Mus musculus (mouse)
• Manis javanica (pangolin)
• Ophiophagus Hannah (snake)

Il manque le raton laveur...

Sérieusement, pas de porc, ni de poulet (et/ou autres oiseaux)... un peu dommage, car je pense qu'il y en a plus que de chevaux par exemple.

D'un autre coté, la conclusion (de l'abstract), c'est:

This study highlights how in silico structural modelling methods can be used to rapidly generate information on novel viruses to help predict their behaviour and aid in countermeasure development.

et non pas la recherche/désignation du "coupable"...

[GBo]

La liste des animaux simulés:
[...] D'un autre coté, la conclusion (de l'abstract), c'est: ["This study highlights how in silico structural modelling methods can be used to rapidly generate information on novel viruses to help predict their behaviour and aid in countermeasure development"] et non pas la recherche/désignation du "coupable"...

Exact, alors que la conclusion de l'abstract sur la version antérieure (déposée sur arxiv.org) était celle-ci:

Our data indicates that the earliest isolates of SARS-CoV-2 were surprisingly well adapted to human ACE2, potentially explaining its rapid transmission.

Moi je suis surpris par leur surprise, quelqu'un de plus autorisé peut-il commenter ce qu'ils ont voulu dire, en clair ?

cdlt,
GBo

[Flyingbike]

Exact, alors que la conclusion de l'abstract sur la version antérieure (déposée sur arxiv.org) était celle-ci:


Moi je suis surpris par leur surprise, quelqu'un de plus autorisé peut-il commenter ce qu'ils ont voulu dire, en clair ?

cdlt,
GBo

Je suppose que l'explication la plus simple est que leurs démarches sont celles de non-spécialistes, et donc pas forcément pertinentes.

Beaucoup de chercheurs se sont jetés dans l'arène Covid même si c'était largement hors de leur zone de confort, ce qui a conduit a des publications saugrenues (les publications "open" aidant.....)

[GBo]

D'accord, merci, d'où sans doute la publication dans Scientific Report (sous-branche open de Nature) où seul le critère de "scientifiquement correct" joue dans le reviewing, et non dans Nature lui-même, où là il faut aussi une percée significative dans les connaissances pour être admis.

[Archi3]

Exact, alors que la conclusion de l'abstract sur la version antérieure (déposée sur arxiv.org) était celle-ci:


Moi je suis surpris par leur surprise, quelqu'un de plus autorisé peut-il commenter ce qu'ils ont voulu dire, en clair ?

cdlt,
GBo

il semble quand meme que les autres coronavirus à syndrome de détresse respiratoire (SRAS et MRES) , bien que plus mortels, étaient bien moins contagieux, c'est peut être cette "surprise" (d'une adaptation aussi rapide à la transmission humaine à partir d'une contamination animale) que ces auteurs ont voulu exprimer ?

Dans le cas des mineurs "probablement" décédés d'un coronavirus (RaTG13 ?), bien que le WIV ait ensuite dit que ç'était une mycose, il n'y a pas eu de contamination interhumaine. Dans l'épisode de fuite d'un laboratoire du SARS , il y a eu quelques contaminations vite maitrisées (9 cas au total pour 2 contaminations).

[Archi3]

Je suppose que l'explication la plus simple est que leurs démarches sont celles de non-spécialistes, et donc pas forcément pertinentes.

des non-spécialistes de quoi ? simuler l'interaction d'une protéine spike avec des récepteurs ACE-2, ça se bricole quand même pas dans son PC !

[Flyingbike]

des non-spécialistes de quoi ? simuler l'interaction d'une protéine spike avec des récepteurs ACE-2, ça se bricole quand même pas dans son PC !

absolument. Mais on peut être un spécialiste mondial dans la modélisation d'interactions protéines-protéines et ne pas être capable d'expliquer pourquoi un isolat humain de virus présente une bonne affinité avec la protéine humaine, expliquer les sauts d'espèce et l'évolution d'un virus....

La compétence dans un domaine de garantit pas la pertinence dans les autres....

[Archi3]

oui ok bon tu donnes une définition assez étroite de "spécialiste" là .

Mais c'est un problème récurrent, par exemple dans la composition des comités de sélection pour les postes d'enseignants chercheurs, il y a un quota maximum de membres "hors de la discipline" mais il n'y a aucune définition nulle part des contours des "disciplines".

Bref pour revenir au sujet je pense qu'il y a quand meme le sentiment de plusieurs chercheurs que le Sars-cov-2 est bizarrement tres contagieux par rapport aux autres Cov "nouvellement arrivés" dans l'espèce humaine, bien sûr ceux circulant depuis longtemps ont eu le temps de s'adapter.

[polo974]

oui ok bon tu donnes une définition assez étroite de "spécialiste" là .
...
Bref pour revenir au sujet je pense qu'il y a quand meme le sentiment de plusieurs chercheurs que le Sars-cov-2 est bizarrement tres contagieux par rapport aux autres Cov "nouvellement arrivés" dans l'espèce humaine, bien sûr ceux circulant depuis longtemps ont eu le temps de s'adapter.

Bah, il n'était pas au top, le delta a quand même progressé d'un facteur 2 comparé au virus initial...

(Au fait, j'ai pas regardé, c'est du virus alpha ou d'un variant qu'ils parlent?)

[FabiFlam]

Bonjour,
Pour ce qui est de la réputation des revues scientifiques je suis tombée là dessus :
https://www.sciencemag.org/news/2021...-reports-study
Ça me semble intéressant, qu'en pensez-vous ?
FabiFlam

[GBo]

Oui FabiFlam, c'est intéressant cette proposition de mettre l'accent sur la méthode a priori plutôt que les résultats (qui ne seront pas forcément positifs à l'issue de l'expérience). Un résultat négatif est également riche d'enseignements alors que l'ensemble (méthode + résultats négatifs) n'est même pas publiable en l'état actuel des process.