Le variant lambda

[FabiFlam]

Alors celui là je ne l'attendais pas si tôt, mais il est bien présent apparemment :
https://www.ladepeche.fr/2021/07/05/...pe-9652829.php
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[SK69202]

Point de vue d'ailleurs.

Lambda Variant: Another hilarious moment! While the Western scientific idiots and those following them are simply focusing on antibody based therapeutics and vaccines to solve the COVID-19 crisis, the SARS-CoV-2 coronavirus is simply ahead of the game. A new variant that emerged in Peru and is fast spreading globally has now alarmed scientists as some of the mutations found on it has the ability to totally evade vaccine induced immunity.

Le doigt.

[trebor]

Bonjour à tous,
L'épidémie de grippe Espagnole de 1919 à 1920 s'est arrêtée toute seule, ce SARS-CoV2 ne pourrait-il pas s'arrêter de muter ?
C'est peut être pas le même virus ce Covid-19, bien plus coriace et donc pas prêt de nous quitter de lui-même ?
Si c'est le cas, trouver un traitement efficace pour l'éliminer chez les malades.

[polo974]

Point de vue d'ailleurs.

Le doigt.

Bon, pas sûr que ce soient les "Western scientific" qui sont les idiots de l'histoire.
En lisant la suite de l'article, ils ont fait des tests à partir du seul vaccin chinois qui ne perd pas toute sa protection, donc c'est moins grave que l'intro de l'article.

Extrait de l'article en preprint:

Methods We performed a pseudotyped virus neutralization assay and determined the impact of the Lambda variant on infectivity and immune escape using plasma samples from healthcare workers (HCW) from two centers in Santiago, Chile who received the two-doses scheme of the inactivated virus vaccine CoronaVac.



Results We observed an increased infectivity mediated by the Lambda spike protein that was even higher than that of the D614G (lineage B) or the Alpha and Gamma variants. Compared to the Wild type (lineage A), neutralization was decreased by 3.05-fold for the Lambda variant while it was 2.33-fold for the Gamma variant and 2.03-fold for the Alpha variant.

Conclusions Our results indicate that mutations present in the spike protein of the Lambda variant of interest confer increased infectivity and immune escape from neutralizing antibodies elicited by CoronaVac.

Bref, il se situe à peu près au niveau du delta.
Comme les vaccins à ARNm se comportent mieux que le chinois, on n'est pas encore foutus.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Tawahi-Kiwi]

Point de vue d'ailleurs.

Le doigt.

L'autre moment hilarant, c'est que la Thailande, qui a ete pendant tout 2020 au top 10 des pays gerant le mieux le COVID-19 (par simple chance ou grace a des actions efficaces, la question reste ouverte), est maintenant dans le fond du panier avec Bangkok a nouveau en lockdown depuis samedi, un taux de vaccination a 5-6% et a raison de 250000 dose/jour, on est a des annees-lumiere d'une couverture vaccinale satisfaisante.

A mon avis, l'article sort tout droit du bureau de Prof. Sucharit Bakhdi...le gars est assez gratiné...

T-K

[Archi3]

Bonjour à tous,
L'épidémie de grippe Espagnole de 1919 à 1920 s'est arrêtée toute seule, ce SARS-CoV2 ne pourrait-il pas s'arrêter de muter ?
C'est peut être pas le même virus ce Covid-19, bien plus coriace et donc pas prêt de nous quitter de lui-même ?
Si c'est le cas, trouver un traitement efficace pour l'éliminer chez les malades.

justement, avant qu'on fasse des tests PCR et des vaccins à ARNm, la raison principale de l'arrêt des épidémies était que la majorité des personnes sensibles au virus étaient soit immunisées, soit mortes. Après les mutation du virus n'ont plus grande importance, sauf si elles conduisent à de nouvelles souches de caractéristiques tres différentes et échappant à nouveau à l'immunité.
Lorsque la proportion de personnes susceptibles d'en mourir sera devenue assez faible (ce qui arrivera forcément, soit par le vaccin, soit par l'immunité acquise, soit parce qu'elles sont décédées), le virus deviendra un virus peut etre un peu méchant mais pas catastrophique - en pratique, pas assez méchant pour qu'on bloque la société pour lui.

La question encore ouverte est de savoir si ce point arrivera grâce à une immunité vaccinale suffisante, et dans ce cas on aurait interêt à bloquer le plus possible la transmission du virus en attendant que la couverture soit suffisante , pour minimiser les décès. Ou si il arrivera parce que le virus se sera suffisamment répandu et aura prélevé son dû en décès, dans ce cas, les décès sont inévitables et on a plutot interêt qu'ils arrivent le plus vite possible pour en être débarrassé.

Le côté inconfortable est que les stratégies à appliquer sont assez nettement différentes, voire contradictoires, ce qui peut expliquer la valse -hésitation perpétuelle entre les mesures destinées à freiner la contagion, mais sans non plus les forcer à l'extrême , et en tolérant une circulation non négligeable tant que ça ne sature pas les services.

[MissJenny]

dans ce cas, les décès sont inévitables et on a plutot interêt qu'ils arrivent le plus vite possible pour en être débarrassé..

je suppose que tu t'imagines parmi les survivants.

[Archi3]

je suppose que tu t'imagines parmi les survivants.

ben je verrai bien, si je finis par l'attraper !

mais sinon je te signale que j'ai tenté de lancer un fil sur une autre stratégie possible, celle d'éradication du virus, en ne laissant pas R remonter au dessus de 1 (ce qui par exemple aurait demandé des confinements locaux bien plus stricts aux endroits où le variant delta avait été détecté), et en attendant de vacciner tout le monde ... et tout le monde sur le forum ou presque (y compris toi il me semble) m'a répondu que ce n'était pas possible... donc je suppose que toi aussi tu t'imagines être parmi les survivants ?

[yves95210]

La question encore ouverte est de savoir si ce point arrivera grâce à une immunité vaccinale suffisante, et dans ce cas on aurait interêt à bloquer le plus possible la transmission du virus en attendant que la couverture soit suffisante , pour minimiser les décès. Ou si il arrivera parce que le virus se sera suffisamment répandu et aura prélevé son dû en décès, dans ce cas, les décès sont inévitables et on a plutot interêt qu'ils arrivent le plus vite possible pour en être débarrassé.

Pour que l'immunité vaccinale, complétée par l'immunité post-infection de 30 à 40% des non vaccinés (en supposant que le nombre de cas ne reparte pas fortement à la hausse) suffise à atteindre ce point, il faudrait qu'au moins 75% de la population soient vaccinés. Sachant que les moins de 12 ans (près de 15% de la population) ne le seront pas, ce sont près de 90% des ados et adultes qui devraient l'être.
Et encore, c'est sans tenir compte du fait que les vaccins ne protègent qu'à environ 80% contre l'infection par le variant delta et que, même si les vaccinés infectés risquent moins de transmettre le virus (charge virale plus faible et/ou plus vite éliminée), ce risque n'est pas nul. Il faut donc sans-doute appliquer un facteur ~0,9 au pourcentage de vaccinés (et sans-doute à celui d'immunisés post-infection) pour estimer le pourcentage de la population qui ne risque plus de transmettre le virus. Autant dire qu'il faudrait que quasiment 100% des adultes et ados soient vaccinés (du moins parmi ceux qui n'ont pas déjà été infectés) pour atteindre le seuil d'immunité collective.

Je pense que personne n'imagine qu'on atteindra cet objectif. Vu l'évolution des nombres de primo-vaccinés par tranche d'âge (cf. les courbes sur covidtracker), la couverture vaccinale va plafonner à un peu plus de 90% des 70-79 ans, 80 à 85% des 60-69, 75% des 50-59, 70% des 40-49, 60 à 65% des 18-39 ans et peut-être 50% des 12-17 ans (mais bien sûr 0% des <12 ans). Compte-tenu du délai entre première et deuxième injections ces pourcentages seront atteints vers la fin de l'été.
En comptant les immunisés post-infection (environ 40% des <50 ans, 20% des 50-59, 10 à 15% des plus âgés), environ 85% des adultes, 70% des ados et 30% des <12 ans seront immunisés; au total ça représente un peu plus de 75% de la population. Mais si leur risque d'être infectés et de transmettre le virus n'est réduit que de 90%, l'impact sur la dynamique de l'épidémie sera en fait équivalent à celui d'une immunité complète de 68% de la population. On sera donc encore assez loin des 85% estimés nécessaires pour atteindre l'immunité collective face au variant delta.

Evidemment c'est sans compter sur une flambée de l'épidémie, augmentant fortement le nombre d'immunisés post-infection dans les prochains mois. Tant que le variant prédominant sera le delta, on peut supposer que les personnes infectées durant les prochains mois l'auront été par ce variant, et seront complètement immunisées contre lui dans les mois suivants. Il "suffirait" donc qu'encore 17% de la population (les trois-quarts des ni vaccinés ni déjà immunisés par une infection...) soient infectés durant une nouvelle vague.
Mais ça n'entraînerait probablement pas une charge des hôpitaux plus importante que durant les précédentes, voire moins si ces 17% sont étalés sur plusieurs mois : la population vulnérable étant vaccinée à 80% à 90% (suivant l'âge), ce sont essentiellement les 10 à 20 % de personnes vulnérables non vaccinées qui risquent d'être hospitalisées (ce risque étant réduit de 95% chez les vaccinées). L'incidence pourrait donc atteindre ~5 fois le niveau atteint lors des pics des vagues précédentes, lors desquels environ 3% de la population avaient été infectés en un mois.

De toute façon, cette vague semble avoir déjà commencé; reste à voir les mesures qui seront prises pour la freiner, au moins jusqu'à ce que la couverture vaccinale ait atteint le niveau indiqué ci-dessus, car ça serait quand-même dommage que l'épidémie touche un grand nombre de personnes encore en attente de se faire vacciner, ou de leur deuxième dose.
Mais sachant que d'une part le variant delta ne représente encore que la moitié des nouveaux cas et que sa progression va avoir tendance à encore augmenter R, d'autre part on ne voit peut-être pas encore complètement l'impact des départs en vacances qui, en 2020, avaient fait augmenter R de 30 à 40%, il va bien falloir freiner pour maintenir R dans les mêmes eaux qu'en juillet/août 2020 : environ 1,25 en moyenne, ce qui conduirait à une multiplication par 10 de l'incidence d'ici la mi-septembre et par 30 d'ici la mi-octobre; mais entre temps, entre vaccination et nouvelles infections on devrait approcher de l'immunité collective.
Avec quand-même un gros bémol : j'ai parlé du nombre d'hospitalisations, mais pas du nombre de décès. Celui-ci sera encore important; mais à partir de septembre ça concernera en grande majorité des personnes vulnérables ayant choisi de ne pas se faire vacciner, et qui de toute façon (une fois le virus -probablement- devenu endémique) finiront un jour ou l'autre par être infectées et en supporter les conséquences, puisqu'on peut supposer que leur choix est définitif.

Quoi qu'il en soit, si on ne veut pas se taper des mesures restrictives à répétition pendant encore des années, il n'y a que deux portes de sortie : celle décrite ci-dessus (à plus ou moins long terme : on peut imaginer différer ou étaler la vague quelques mois de plus, mais au total, si la couverture vaccinale n'est pas plus élevée, le bilan sera le même), ou la vaccination de la quasi-totalité de la population adulte (et ado).
Evidemment la deuxième est préférable, même si on n'atteint pas les 100% de vaccinés : si 10% de la population en plus étaient vaccinés, ça en fait 10% de moins qui devraient être infectés avant qu'on atteigne l'immunité collective, et on n'aurait affaire qu'à une vaguelette dans les prochains mois. Sauf que ces 10% seront les plus difficiles à convaincre. Et à défaut de les convaincre il ne resterait que la coercition : obligation vaccinale pour l'ensemble de la population adulte, avec sanctions dissuasives pour les réfractaires... Je pense qu'on n'en arrivera pas là.
Mais si au moins le taux de vaccination pouvait approcher 100% parmi les personnes à risque (comme c'est le cas au R-U. où 100% des 70-79 ans sont vaccinés), cela limiterait drastiquement les dégâts causés par la quatrième vague, ce qui rendrait la première solution plus acceptable. A défaut (je me répète...), s'il y en a qui meurent du Covid après avoir refusé de se faire vacciner, ça ne sera qu'une conséquence de leur choix.

[jiherve]

bonsoir
jolis calculs mais prennent ils en compte une moins grande efficacité de la vaccination vis à vis du virus version lambda ?
en attendant le prochain variant!
Nous vivons typiquement un scenario analogue à une guerre asymétrique qui ont toutes été perdues par les "forts"!
JR

[SK69202]

Nous vivons typiquement un scenario analogue à une guerre asymétrique qui ont toutes été perdues par les "forts"!

Rien d'étonnant, tous les oeufs dans le même panier du vaccin expérimental en interdisant le reste...

[JPL]

En interdisant quoi ?

[mh34]

Rien d'étonnant, tous les oeufs dans le même panier du vaccin expérimental en interdisant le reste...

Alors comme j'en ai un peu marre d'entendre parler d'interdiction, je suis allée voir sur le site du Vidal ; à la page du Plaquénil, section "prescription délivrance prise en charge"...y a marqué ça :

PRESCRIPTION/DÉLIVRANCE/PRISE EN CHARGE
LISTE II
AMM 3400936441460 (2004, RCP rév 21.04.2021).

La mise à jour pour le Plaquenil date du 12 mai 2021.
Pas trace d'interdiction.

[FabiFlam]

On peut revenir au variant lambda svp ?

[yves95210]

Bonjour,

On peut revenir au variant lambda svp ?

Je suggère d'arrêter d'ouvrir des discussions alarmistes sur les nouveaux variants tant que l'OMS ne les a pas qualifié de "variant préoccupant" (ou variant of concern en anglais), ce qu'elle fait dès qu'elle a des preuves solides que le variant répond aux critères suivants :

Un variant préoccupant du SARS-CoV-2 est un variant qui répond à la définition du variant à suivre (voir ci-dessous) et dont on a montré, au moyen d’une évaluation comparative, qu’il est associé à un ou plusieurs des changements suivants, qui ont une certaine importance pour la santé publique mondiale :

Augmentation de la transmissibilité ou évolution préjudiciable de l’épidémiologie de la COVID‑19 ; ou
Augmentation de la virulence ou modification du tableau clinique ; ou
Diminution de l’efficacité des mesures de santé publique et sociales ou des outils de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles.

Aujourd'hui l'OMS ne considère le lambda que comme variant à suivre (ou variant of interest, VOI), soit

qui présente des modifications génétiques dont on sait qu’elles affectent ou dont on prévoit qu’elles affecteront les caractéristiques du virus telles que la transmissibilité, la gravité de la maladie, l’échappement immunitaire, la capacité d’échapper au diagnostic ou au traitement ; ET
qui cause une transmission communautaire importante ou plusieurs foyers de COVID-19, dans plusieurs pays, entraînant une prévalence relative croissante ainsi qu’une augmentation du nombre de cas dans le temps, ou d’autres conséquences épidémiologiques observables qui font craindre un risque émergent pour la santé publique mondiale.

Bref, aujourd'hui on n'en est qu'au stade d'une hypothèse pas encore confirmée (le "on prévoit" ci-dessus), au sujet d'un variant dont il est étonnant qu'il ne se soit pas plus propagé géographiquement s'il possède de tels avantages par rapport à ses concurrents, alors qu'il a émergé au plus tard en décembre 2020.
Pour ce qu'on en sait aujourd'hui, le variant lambda pourrait rejoindre le beta et le gamma dans la liste de ceux qui ne se sont finalement pas propagés largement en Europe, probablement parce qu'ils ne possédaient pas d'avantages suffisants par rapport au alpha (et maintenant au delta).

Mais évidemment la presse grand public n'a pas l'habitude de prendre les mêmes précautions que l'OMS quand il s'agit de publier des infos de nature à attirer les lecteurs, et ne se soucie guère de corriger ces infos par la suite s'il s'avère qu'elles étaient prématurées et/ou inutilement alarmistes

[jiherve]

bonjour,
pour le lambda ce n'est pas et surtout pas que la presse grand public, il suffit de faire une recherche avec " covid lambda strain"!
En effet VOI :https://healthpolicy-watch.news/lamb...-29-countries/
mais le bestiau n'a cure de ces subtilités sémantiques.
Moi ce qui me plairait c'est que certains relisent ce qu'il avaient écrit à l’apparition du variant indien, voir même avant lorsqu'ils n’envisageaient même pas les possibilités de mutation dont certaines pouvant échapper à la vaccination etc etc et qu'il deviennent ainsi plus modestes!
JR

[yves95210]

Moi ce qui me plairait c'est que certains relisent ce qu'il avaient écrit à l’apparition du variant indien, voir même avant lorsqu'ils n’envisageaient même pas les possibilités de mutation dont certaines pouvant échapper à la vaccination etc etc et qu'il deviennent ainsi plus modestes!

Est-ce faire preuve de manque de modestie que de se référer à la classification des variants par l'OMS ?

[jiherve]

re
non là n'est pas la question voir le fil variant delta!
je sais bien que l'on apprend au fur et à mesure mais l'anticipation semble absente ,le pire tu prévoiras toujours!
JR

[MissJenny]

il faut se méfier quand on compare la circulation du virus dans des pays différents. Dans une publi récente, encore à l'état de préprint, les auteurs estiment qu'à Kinshasa seul un cas sur 300 a été repéré.

c'est ici : https://doi.org/10.1093/cid/ciab515

[Bruno]

Est-ce faire preuve de manque de modestie que de se référer à la classification des variants par l'OMS ?

La modestie serait peut-être de moins se fier aveuglément aux prises de position de l'OMS compte tenu de leurs nombreuses bourdes passées (pandémie, transmission entre humains, masques...). Leur méthodologie ultra prudente est peut être interessante quand on fait de la bureaucratie, mais complètement inutile pour les aspects opérationnels (et donc gestion des risques AVANT leur materialisation).

[yves95210]

En attendant d'autres études, voici ce que ça donne au Chili (dont près de 70% de la population ont reçu au moins une première dose de vaccin et près de 60% sont complètement vaccinés, contre respectivement 16,5% et 11% au Pérou) et où le variant lambda, ne représente qu'un tiers des nouveaux cas alors qu'il circule depuis plusieurs mois :

[papy-alain]

Ce qui importe, c'est sa transmissibilité. S'il est moins transmissible que le variant delta, il va vite disparaître.

[yves95210]

Autre graphique intéressant pour comparer la situation des deux pays :

(source)

[yves95210]

Ce qui importe, c'est sa transmissibilité. S'il est moins transmissible que le variant delta, il va vite disparaître.

Ou (cf. le cas Chili dans le graphique ci-dessus) moins résistant aux vaccins que le variant gamma, qui n'a pas réussi à devenir majoritaire en France (où il était en concurrence avec l'alpha depuis début 2021 puis avec le delta).

[Archi3]

Autre graphique intéressant pour comparer la situation des deux pays :
Pièce jointe 442955
(source)

ces graphiques montrent assez clairement qu'on ne peut parler du rapport de transmissibilité entre souches comme si c'était une constante universelle. Elle peut dépendre de facteurs comme l'age, l'état d'immunité antérieure par rapport à d'autres souches ou des vaccins, la météo, voire les conditions de vie et de transmission (intérieur vs extérieur, familial ou travail, mesures sociales prises), auxquels les différentes souches peuvent répondre différemment.

[yves95210]

ces graphiques montrent assez clairement qu'on ne peut parler du rapport de transmissibilité entre souches comme si c'était une constante universelle. Elle peut dépendre de facteurs comme l'age, l'état d'immunité antérieure par rapport à d'autres souches ou des vaccins, la météo, voire les conditions de vie et de transmission (intérieur vs extérieur, familial ou travail, mesures sociales prises), auxquels les différentes souches peuvent répondre différemment.

Bien sûr. Mais en l'occurrence je voulais illustrer la corrélation possible entre le taux de vaccination (élevé au Chili, faible au Pérou) et le fait que la part du variant lambda semble avoir cessé d'augmenter puis commencé à décliner au Chili alors qu'elle atteignait pratiquement 100% au Pérou.
Si ces données sont fiables, cela pourrait indiquer que le variant lambda possède un avantage par rapport au gamma dans une population peu vaccinée (mais déjà fortement infectée lors des vagues précédentes, puisque le Pérou comptait déjà 100000 décès dus au Covid fin 2020), mais pas dans une population fortement vaccinée.

[FabiFlam]

Je trouve très intéressants ces graphiques où on compare différents variants et me prend à rêver qu'on fabrique un vaccin qui favorise la diffusion d'un variant inoffensif (Au fait, en a ton trouvé ?) au détriment des méchants.

[aygline]

L'épidémie de grippe Espagnole de 1919 à 1920 s'est arrêtée toute seule, ce SARS-CoV2 ne pourrait-il pas s'arrêter de muter ?
C'est peut être pas le même virus ce Covid-19, bien plus coriace et donc pas prêt de nous quitter de lui-même ?

Bonjour,

Le problème du problème est le nombre extrêmement élevé de personnes infectées, all over the world.

Dans les années 1920, il n’y avait (en gros) « que » 2 milliards de pèlerins « intelligents » sur la terre, mais maintenant il y en a de l’ordre de 8 milliards !

Donc fois 4 depuis 1920, donc déjà (mécaniquement, mathématiquement) il y a autrement plus de personnes infectées par le virus chinois dans les années 2020, que dans les années 1920.

Ensuite la difficulté pour enrayer une pandémie virale réside dans le fait que chaque seconde des milliards de mutations ou quelque chose comme ça, se produisent puisque des tas de personnes sont infectées par le virus pandémique.

Donc ça ressemble au mécanisme darwinien qui est une explication (scientifique) possible pour expliquer l’évolution des espèces vivantes sur la terre pendant des millions et des milliards d’années.

Sauf que le temps long (des millions et des milliards d’années) est « singé » en quelque sorte dans une pandémie virale, par le fait que des milliards de mutations se produisent chaque seconde.

Et donc en quelque sorte dans une pandémie virale les milliards ou quelque chose comme ça, de mutations par seconde, agissent en lieu et place des milliards d’années dans le cas de l’évolution des espèces vivantes sur la terre.


… pour ça qu’il faut se méfier du phénomène d’« adaptation au milieu » ou de « pression de sélection » tout de même, se poser la question de savoir si la vaccination généralisée des populations ne va pas favoriser l’émergence et le développement de variants, à terme insensibles à tous les vaccins.

=> dans tous les cas une pandémie est difficile à enrayer mais c’est encore plus le cas en ces temps de mondialisation généralisée puisque maintenant tout le monde circule tout le temps et partout, ce qui n’était pas aussi franchement le cas dans les années 1920.

[trebor]

Bonjour à tous,
@aygline, te poser la question que la vaccination généralisée pourrait peut être rendre les variants insensibles à tous les vaccins ne me semble pas justifiée, car les vaccins ont permis d’éradiquer certaines maladies graves.
De toute façon, nous n'avons que ces vaccins actuelles, c'est bien mieux que rien du tout.
Je suppose que ceux qui ont conçus les vaccins actuelles continues de chercher afin de les améliorer afin de faire face aux variants ?
Ils ne pourront pas dire qu'ils n'avaient pas les moyens financiers pour le faire ou trouver d'autres vaccins ou des traitements pour guérir des maladies virales ou infectieuses ?

[aygline]

les vaccins ont permis d’éradiquer certaines maladies graves

Le poliovirus ( https://fr.wikipedia.org/wiki/Poliomy%C3%A9lite ), digestif, n’a pas eu autant d’occasions de muter que celui de la Covid-19 : ce n’était pas un virus respiratoire et il n’était pas très contagieux => les vaccins ont eu raison du virus de la polio.

Le virus chinois a énormément d’occasions de muter (peut-être des milliards de mutations par seconde ) car il est très contagieux et donc il contamine énormément de personnes.

D’autre part c’est un virus respiratoire et tout le monde doit respirer pour vivre.

D’autres virus ne sont pas respiratoires et font acception de personnes en quelque sorte, de choix de vie : exemple le VIH atteint prioritairement les personnes homosexuelles.

Tout le monde doit respirer pour vivre mais tout le monde, n’est pas homosexuel