Quel sera l'impact du covid sur la réputation des journaux scientifiques?

[B4lbu]

Je poste ici une réflexion plus qu'une interrogation, mais pour ne pas dériver dans une autre discussion.

Avant le covid, certains aspects du fonctionnement contemporain des journaux scientifiques posaient problème, qui pouvaient mener à des publications incomplètes / falsifiées, par exemple :
- suggestion de reviewers par les auteurs au journal
- pas d'anonymisation des auteurs lors de la review par les pairs
- évaluation (au sens progression de carrière) des chercheurs au nombre de publications


Après la lecture de cet article (au titre un peu trop provocateur), il me semble qu'une nouvelle faille est révélée par la façon dont les journaux scientifiques les plus renommés ont traité la question de l'origine du covid :
beijings-useful-idiots

points clefs de l'article :
- N. Petrovsky (chercheur reconnu par ses pairs) a indiqué très tôt que certains aspects du début de pandémie ne semblent pas correspondre à ce qui est attendu lors d'une zoonose (info que j'ai relayée ici il y a 1 an, avec un impact assez modéré si on compare au potentiel explosif de ces résultats)
- Son article vient d'être accepté dans Nature Scientific Reports au terme de 12 mois de reviews, refus, re-reviews, etc
- Le Lancet a refusé de publier une lettre à l'initiative de chercheurs français et signée par 14 experts internationaux appelant à considérer la fuite de laboratoire comme une origine potentielle du virus

Dans le même temps :
- Nature Medicine publie (en moins d'un mois) la lettre d'opinion, non revue par les pairs, rejetant l'hypothèse de fuite de laboratoire
- Le Lancet publie une lettre d'opinion, toujours sans review, signée par 27 experts appelant à considérer la fuite de laboratoire comme une "théorie du complot à condamner"
- Il apparait depuis que des données incomplètes (pour ne pas dire autre chose) ont été publiées par Nature sur les génomes en rapport direct avec l'origine du SRAS2, ce qui est révélateur (a minima) d'une review insuffisante pour ce niveau de renommée scientifique

L'auteur interprète cette asymétrie de traitement par les journaux entre une origine naturelle / une fuite de laboratoire comme étant due à leur financement en partie par la Chine (évalué à 10 millions de dollars par an). Si c'est avéré, cette crise aura révélé que certains journaux scientifiques, qui sont en outre les plus renommés, sont biaisés sur le traitement de certains sujets à cause de leurs moyens de financements.



Une remarque pour les extrémistes de tous bords (pro et anti "complotistes", bien qu'on sait désormais que ce terme a été utilisé très abusivement dans ce contexte) : concernant la science "de tous les jours", ce modèle de partage (payant) des connaissances entre chercheurs fonctionne plutôt bien, si on juge par l'accélération des avancées technologiques contemporaines. Le problème qui se révèle ici concernerait surtout les sujets de très forte sensibilité politique, i.e. l'origine de plus de 3 millions de décès.
-----

[Archi3]

J'avais dit sur d'autres sujets bien avant le covid que quand la science est mélangée à de la politique, ça ne donne jamais de la bonne science. Si elle est mélangée à des problèmes d'argent, c'est encore pire .

Mais poster ce sujet sur FS revient un peu à afficher les thèses de Luther sur la porte de l'église de Wittemberg

[B4lbu]

Mince, j'espère ne pas me faire excommunier, je n'ai fait que relayer !

Pour avoir plus de détails sur les coulisses du refus de la lettre par le Lancet :
https://disinformationchronicle.subs...-as-censorship

[thich38]

C'est un très vaste sujet qui mérite qu'on s'y attarde en effet.
Le problème se situe à plusieurs niveaux, tous imbriqués :
le public en général a une très mauvaise culture scientifique et épistémologique
les journalistes relayent des informations sans comprendre eux-mêmes ce qu'ils disent
les politiques n'ont aucune culture scientifique (pour ceux qui connaissent Jean-Marc Jancovici dans un autre domaine, l'écouter sur ce sujet est savoureux) et prennent des décisions plus en fonction de leur intérêt que sur des critères scientifiques
Le poids des lobby et la cooptation / copinage / renvoi d'ascenseurs favorisent trop souvent l'effet de troupeau au sein des scientifiques eux-mêmes, qui jouent plus leur carrière que la science
Les journaux scientifiques laissent malheureusement passer de nombreux articles de qualité médiocre malgré le peer-review
Le principe même du peer-review est (parfois) un obstacle à la diffusion d'idées originales et innovantes
la publication de pre-print sur internet autorise tous les commentaires possibles et imaginables de n'importe qui

Bref, dans le système actuel la science est en train de perdre de plus en plus son aura et a tendance à devenir une nouvelle religion où le dogme l'emporte plus souvent que la vérité.

Dans cette jungle hélas on ne peut pas reprocher aux citoyens d'être perdus. La première des choses à faire serait de rappeler que la science n'est pas une citadelle de certitudes mais qu'elle se construit au contraire par la confrontation, le doute, et la remise en cause.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite7f291776]

Le poids des lobby et la cooptation / copinage / renvoi d'ascenseurs favorisent trop souvent l'effet de troupeau au sein des scientifiques eux-mêmes, qui jouent plus leur carrière que la science

Bonjour,

C’est toujours pathétique je trouve, de voir à quel point les journalistes s’ignorent eux-mêmes en tant que meute ou troupeau, ne veulent pas voir ni entendre parler du corporatisme journalistique et donc si vous les branchez là-dessus au moins un brin direct ils raccrochent, vous renvoient balader, non ?

Pathétique vous les voyez parfois qui s’auto-critiquent ou s’auto-flagellent ou s’auto-congratulent mais la petite république journalistique n’est-elle pas plutôt une autocratie qui ne s’ignore pas du tout elle-même, en tant que telle ?

Donc ça ne serait peut-être pas plus mal de renvoyer dans les dents des journalistes, ce que vous dites ici au sujet « des scientifiques eux-mêmes ».

[JPL]

Bref, dans le système actuel la science est en train de perdre de plus en plus son aura et a tendance à devenir une nouvelle religion où le dogme l'emporte plus souvent que la vérité.

Propos de comptoir n’ayant aucun rapport avec ce qui précède.

[JPL]

Je rappelle que cette discussion ne porte pas sur les journalistes et la presse en général, mais sur les revues scientifiques.

[thich38]

Aygline, je suis assez d'accord, mais puisque le sujet était la science je ne voulais pas trop étendre le débat. On pourrait dans ce cas parler des architectes, agriculteurs, coiffeurs ou buralistes ou tout autre corporation.
J'ai cité les journalistes ici uniquement par rapport à leur rôle (le plus souvent théorique) de "passeurs" d'informations et de vulgarisation.

[thich38]

Propos de comptoir n’ayant aucun rapport avec ce qui précède.

C'était un peu caricatural, je reconnais.
Ce que nous suggère B4lbu c'est que le domaine scientifique se rapproche d'une structure de pouvoir assez classique où celui qui finance détient le pouvoir de définir une vérité selon son intérêt. D'où la question, comment garantir l'intégrité et la neutralité de la science? Ce problème qui était largement ignoré (pour le grand public en tout cas) il y a 18 mois vient d'éclater et on doit en tirer les leçons. C'est peut-être une bonne chose pour l'avenir.

[JPL]

où celui qui finance détient le pouvoir de définir une vérité selon son intérêt.

Non, il définit un domaine de recherche, pas les résultats. La recherche publique est financée sur des programmes.

[FC05]

Je rappelle que cette discussion ne porte pas sur les journalistes et la presse en général, mais sur les revues scientifiques.

Oui, mais comme beaucoup de gens se font une opinion sur les revues scientifiques et la science en général à travers "les journalistes et la presse en général" je me permet de penser qu'il est difficile de séparer les deux.

[polo974]

...
Bref, dans le système actuel la science est en train de perdre de plus en plus son aura et a tendance à devenir une nouvelle religion où le dogme l'emporte plus souvent que la vérité.

...

Tu as une référence d'une étude scientifique qui montre ça???

Parce que sinon, on pourrait croire que tu essaies de t'auto-convaicre de ce que tu dis et par la même occasion, entraîner quelques autres derrière toi.

[B4lbu]

Non, il définit un domaine de recherche, pas les résultats. La recherche publique est financée sur des programmes.

Je suis d'accord, la recherche publique reste un modèle qu'il faudrait élargir (on observe plutôt l'inverse malheureusement)

Mais on peut citer de nombreux contres exemples où des lobbies ont financé des recherches avec résultats orientés ou détournant volontairement de la vérité : c'est compliqué, on ne sait pas, etc (ex tabac, glyphosate, climatoscepticisme, à ce sujet je conseille le reportage sur arte la-fabrique-de-l-ignorance)

ici le problème qui apparait (si c'est avéré) est qu'un petit groupe de personnes / une nation peut influencer la "ligne éditoriale" de Nature ou du Lancet, facteur d'impact > 40 donc censés être représentatifs de l'élite de la science

Aussi, comment en vouloir aux journalistes (non spécialistes), si les revues de référence (envers qui on devrait pouvoir avoir une confiance "aveugle") ne remplissent plus leur part du contrat?

[GBo]

Pardon pour le HS, sorry

Revenons aux revues scientifiques donc:

Je poste ici une réflexion plus qu'une interrogation, mais pour ne pas dériver dans une autre discussion.
Après la lecture de cet article (au titre un peu trop provocateur), il me semble qu'une nouvelle faille est révélée par la façon dont les journaux scientifiques les plus renommés ont traité la question de l'origine du covid :
beijings-useful-idiots
points clefs de l'article :
- N. Petrovsky (chercheur reconnu par ses pairs) a indiqué très tôt que certains aspects du début de pandémie ne semblent pas correspondre à ce qui est attendu lors d'une zoonose (info que j'ai relayée ici il y a 1 an, avec un impact assez modéré si on compare au potentiel explosif de ces résultats)
- Son article vient d'être accepté dans Nature Scientific Reports au terme de 12 mois de reviews, refus, re-reviews, etc
[...]

Pourquoi ne pas considérer tout simplement que le papier de Petrovsky n'était pas au niveau scientifique requis lors de ses précédentes soumissions, ce qui a été d'ailleurs la première réaction de JPL quand tu as nous as notifié l'existence de sa thèse il y a un an ?

[invite7a0a8d2e]

Mais on peut citer de nombreux contres exemples où des lobbies ont financé des recherches avec résultats orientés ou détournant volontairement de la vérité : c'est compliqué, on ne sait pas, etc (ex tabac, glyphosate, climatoscepticisme, à ce sujet je conseille le reportage sur arte la-fabrique-de-l-ignorance)

Dans le service publique aussi.
Faut pas croire que les autorités vont se tirer une balle dans le pied en engageant des recherches (en mettant vraiment les fonds nécessaires sans faire semblant) qui risqueraient d'amener ces mêmes autorités à dédommager leurs victimes.
Franchement, faut vivre dans le monde des bizounours pour penser le contraire.
Ou alors être ignorant... ça marche aussi.

Justement, à ce propos et pour rester dans la ligne du sujet de ce fil, si à une époque les gens pouvaient penser vivre dans un monde de bizounours, c'était peut-être aussi du fait d'ignorer les informations telles qu'on les trouve aujourd'hui sur Arte etc, relayées sur les réseaux sociaux.

On a donc deux volets :
1* Les médias scientifiques "de qualité" mais qui peuvent aussi contenir des "âneries" (voir les dernières controverses, Lancet ou Nature, il y a matière).
2* Des citoyens informés de ces dysfonctionnements.

Sans le 2* nous serions certainement encore en train de vivre dans le meilleur des mondes.

[B4lbu]

Pourquoi ne pas considérer tout simplement que le papier de Petrovsky n'était pas au niveau scientifique requis lors de ses précédentes soumissions, ce qui a été d'ailleurs la première réaction de JPL quand tu as nous as notifié l'existence de sa thèse il y a un an ?

C'est une possibilité, mais son papier vient d'être accepté dans Nature Scientific Reports, ce n'est pas le Lancet ou Nature mais ce n'est pas non plus la première revue prédatrice venue ... par ailleurs d'après l'interview, ses observations n'ont pas l'air d'avoir changé sur le fond :

This acceptance is one more sign of the changing political climate as suddenly it is deemed permissible to discuss the possibility that the virus causing havoc around the world might have emerged from a laboratory.

Et ce n'est qu'un exemple parmi les obstacles qu'ont rencontré plusieurs chercheurs défendant la possibilité d'une fuite de laboratoire.

[GBo]

L'as tu trouvé ? Car il serait intéressant de comparer, voici le premier papier en version 2, c'est bien celui-ci dont tu parles ?
"In silico comparison of spike protein-ACE2 binding affinities across species; significance for the possible origin of the SARS-CoV-2 virus"
Sakshi Piplani, Puneet Kumar Singh, David A. Winkler, Nikolai Petrovsky
Submitted on 13 May 2020 (v1), last revised 21 Nov 2020 (this version, v2)]
https://arxiv.org/abs/2005.06199

[B4lbu]

c'est bien celui-ci dont tu parles ?
"In silico comparison of spike protein-ACE2 binding affinities across species; significance for the possible origin of the SARS-CoV-2 virus"
Sakshi Piplani, Puneet Kumar Singh, David A. Winkler, Nikolai Petrovsky
Submitted on 13 May 2020 (v1), last revised 21 Nov 2020 (this version, v2)]
https://arxiv.org/abs/2005.06199

en effet c'est le preprint datant d'environ 1 an, la dernière version ne semble pas encore publiée, il faudra patienter pour comparer

Faut pas croire que les autorités vont se tirer une balle dans le pied en engageant des recherches (en mettant vraiment les fonds nécessaires sans faire semblant) qui risqueraient d'amener ces mêmes autorités à dédommager leurs victimes.
Franchement, faut vivre dans le monde des bizounours pour penser le contraire.
Ou alors être ignorant... ça marche aussi.

En effet, l'état y est plutôt obligé : voir par exemple les missions de l'ANSES https://www.anses.fr/fr/content/les-missions-de-lagence

[thich38]

Tu as une référence d'une étude scientifique qui montre ça???

Parce que sinon, on pourrait croire que tu essaies de t'auto-convaicre de ce que tu dis et par la même occasion, entraîner quelques autres derrière toi.

J'ai reconnu avoir été caricatural mais c'était pour montrer que le financement des études dites "scientifiques" peut largement influencer les résultats publiés et donc la perception du public. Pour prendre un exemple parmi d'autres, l'industrie du tabac a usé de ses ressources pendant des décennies;
Voici un document éclairant
https://www.who.int/tobacco/resource...ry_fr.pdf?ua=1

extraits:
"
"A la suite de l’examen par la JMPR, les documents montrent que le CORESTA a financé la publication par Vettorazzi d’un article scientifique sur l’évaluation internationale des EBDC. Cet article est paru dans Teratogenesis, Carcinogenesis and Mutagenesis en 1995 sans qu’il soit précisé que sa rédaction avait été soutenue financièrement par l’industrie du tabac.
Diverses organisations de l’industrie ont désigné Vettorazzi pour représenter leurs intérêts lors de réunions des Nations Unies, y compris à la Commission du Codex Alimentarius et pour leur prêter son concours dans le monde entier pour des questions relatives aux pesticides au niveau national. Vettorazzi est toujours consultant du CORESTA."
"En conclusion, le rôle de conseil de Vettorazzi auprès de la JMPR au sujet des EBDC représente une tentative de l’industrie du tabac pour influencer la communauté scientifique tout en dissimulant son rôle et en sapant finalement l’intégrité des décisions de la JMPR."
"Les cigarettiers ont établi des contacts avec les chercheurs du CIRC, généralement à travers des chercheurs extérieurs, afin de réunir des données sur l’étude et influencer l’interprétation des résultats de celle-ci. A
travers ces contacts, ils ont obtenu certains renseignements confidentiels sur l’étude et ses progrès.
• Les cigarettiers ont fait exécuter et encouragé de nombreuses études et conférences destinées à faire planer le doute sur la toxicité de la fumée du tabac ambiante et sur les méthodes utilisées dans
l’étude du CIRC.
• A maintes reprises, les cigarettiers semblent être parvenus à dissimuler avec succès leur rôle dans ces contacts avec les chercheurs du CIRC et dans le financement et la diffusion de travaux de recherche
contradictoires."
Voilà.

[GBo]

Et quel serait l'intérêt financier des meilleures revues scientifiques de ne pas publier (pire, de pratiquer l'omerta si l'on en croit unherd.com) des études pour la simple raison qu'ils porteraient sur l'origine du virus ?

[JPL]

S’agissant de financements par des groupes privés, il est évident que l’éthique des chercheurs sollicités joue un rôle important dans l’acceptation de ces sollicitations et les suites qui y sont données. Donc non, nous ne vivons pas dans un monde de bizounours, mais ce n’est pas une raison pour suspecter toute recherche.

Les choses ne sont d’ailleurs pas toujours simples à analyser. J’ai bien connu le problème de l’amiante à l’époque où un certain nombre de scandales ont éclaté. Il a été avéré que le comité français de l’amiante financé par les industriels "pour améliorer les méthodes techniques de détection et de prévention" était en réalité une opération de manipulation de scientifiques compétents. Je connaissais l’un d’eux et je n’ai jamais douté de sa probité.

Ces crédits lui ont permis d’acquérir des appareils et financer des recherches, mais finalement il s’était fait manipuler, car l’objectif des industriels était de faire perdurer l’usage de l’amiante alors que la seule solution sage était d’en supprimer totalement l’usage. C’est finalement ce qui a été fait et le scientifique en question a collaboré de près au décret d’interdiction. Mais la création de ce comité et l’attente de ses résultats a permis aux industriels de faire passer des messages biaisés et de faire retarder trop longtemps cette mesure d’interdiction.

[B4lbu]

Et quel serait l'intérêt financier des meilleures revues scientifiques de ne pas publier (pire, de pratiquer l'omerta si l'on en croit unherd.com) des études pour la simple raison qu'ils porteraient sur l'origine du virus ?

Tant qu'il n'y a pas d'enquête, ça ne restera que des spéculations

Le constat est que ces revues ont mis en avant une hypothèse au détriment d'une autre, les deux pourtant défendues par un nombre équivalent de spécialistes, avec des témoignages de conflit d'intérêt concernant les reviews du second groupe

Mais on peut aussi se demander quel est l'intérêt pour une nation de financer une revue scientifique

[GBo]

De quel conflit d'intérêt parles tu ? de la part des reviewers de l'article de Kristian G. Andersen ?

[JPL]

Mais on peut aussi se demander quel est l'intérêt pour une nation de financer une revue scientifique

Tu es complètement à côté de la plaque : les revues scientifiques sont éditées par des sociétés privées.

[B4lbu]

Parfois je me demande à quoi ça sert de mettre des sources si les intervenants ne prennent pas la peine de les lire avant d'intervenir :

les revues scientifiques sont éditées par des sociétés privées.

voir message #1 :

China is also spending lavishly around the world to win supremacy in science — which includes becoming the biggest national sponsor of open access journals published by both Springer Nature and Elsevier, owner of The Lancet.

One source estimated that 49 sponsorship agreements between Springer Nature and Chinese institutions were worth at least $10m last year. These deals cover the publishing fees authors would normally pay in such journals, so they smooth the path for Chinese authors while creating a dependency culture.

De quel conflit d'intérêt parles tu ? de la part des reviewers de l'article de Kristian G. Andersen ?

voir message #3 :

After The Lancet rejected our letter, I wrote back, and I put Richard Horton, the Editor-in-Chief, in copy.[...] I was told our letter would be evaluated by a special committee on the virus origins. This special committee has a president, and it is Peter Daszak.
DICHRON: [Laughs]
VAN HELDEN: Yes, it's crazy. So I told her, “OK, but do you realize that there may be a conflict of interest? He is the person who wrote the statement in The Lancet that we are saying was wrong.”

[Archi3]

Au début, la science était une activité d'amateur éclairé, souvent faite par des nobles ou des bourgeois assez fortunés pour s'adonner à leur passion sans réel enjeu financier. Ca n'a d'ailleurs pas empêché quelques querelles et coups bas pas toujours très honorables. Maintenant c'est devenu une activité quasi industrielle voire financière. Il y a une concurrence sévère pour obtenir des crédits, et les enjeux financiers de la publication scientifique sont loin d'être négligeables. Dans l'affaire covid, il est évident que les équipes ayant développé des études sur les virus (en particulier les expériences de gain de fonction) couraient un risque énorme d'assèchement de leurs crédits si on apprenait qu'une fuite de laboratoire avait provoqué des millions de morts. La science est devenue aussi une vitrine poiitique, les succès scientifiques étant présentés souvent comme un honneur national qui peuvent faire partie d'une entreprise de respectabilisation d'un état, comme le sport. Il y a donc évidemment plein de biais potentiels qui peuvent altérer le jugement et la pratique scientifiques. La défense d'une position idéaliste faisant apparaitre la science comme une pratique intouchable, qui ne serait faite que par des purs esprits au dessus de ces contingences, ressemblent beaucoup au discours que les religions ou les mouvements politiques ont sur eux mêmes pour étouffer les critiques qu'on pourrait leur faire. Et exactement comme cette attitude avait besoin d'étouffer toute affaire qui pouvait remettre en cause son infaillibilité (par exemple la querelle de l'héliocentrisme), il est important d'étouffer toute question qui pourrait faire apparaitre que les pratiques scientifiques peuvent être biaisées, parce que si on commence à douter, dieu sait jusqu'où ça pourrait mener ...

[GBo]

Parfois je me demande à quoi ça sert de mettre des sources si les intervenants ne prennent pas la peine de les lire avant d'intervenir :
voir message #3 :

J'ai tout lu de ton message #1 et de ses liens mon cher, et la répétition est la base de la pédagogie, sauf que là ton manque de patience masque mal le fait que tu essaies progressivement d'amalgamer "papier au format scientifique à revoir par les pairs dans une grande revue à comité de lecture" d'un coté, et "lettre d'opinion" de l'autre. Peux t'on traiter un sujet à la fois s'il te plait ?

Car ton premier message et ton titre défendent la thèse (risquée au niveau diffamation) que les grands journaux scientifiques rejettent des papiers au format scientifique sur l'origine du SARS-CoV-2 sous prétexte que les reviewers (et/ou les patrons de ces revues, là aussi tu varies ton discours !) auraient des intérêts financiers et ou politique de pratiquer l'"omerta" (sic de l'article que tu reprends à ton compte).

Je te demande juste d'instruire ton dossier : qui quand comment ? Et tu verras que cela ne tient pas, à moins de théorise su un complot de la part de l'ensemble de ces grands journaux que tu essaies ici de salir sans preuves.

[Archi3]

c'est juste de l'incompétence de la part des reviewers d'avoir refusé un papier qui sera finalement accepté, alors ?

[GBo]

c'est juste de l'incompétence de la part des reviewers d'avoir refusé un papier qui sera finalement accepté, alors ?

On ne sait même pas quel est la teneur des modifications consenties par les auteurs pour que "ça passe" après 12 mois de tententatives, on n'a que la parole d'un journaliste anglais indépendant... Pour le coup même BAlbu l'a reconnu en msg #18...
Et ce n'est pas la même revue, c'est la version "open" à faible réputation car pas les mêmes critères de reviewing, la quantité vs. la qualité, tu sais bien tout ça Archi3, ne fais pas l'innocent...

[MissJenny]

c'est juste de l'incompétence de la part des reviewers d'avoir refusé un papier qui sera finalement accepté, alors ?

C'est l'éditeur qui décide de publier un article, pas les reviewers. Et c'est très courant qu'un article soit refusé par un journal et accepté par un autre.