variant sud africain / omicron

[Archi3]

je suppose qu'il y a eu des essais de modèles type SEIR avec plusieurs variants et immunité croisée (au moins 2 pour commencer ), bien que ça multiplie les paramètres. Non pas que je croie au caractère prédictif de ces modèles dans des situations réelles, parce qu'il y a trop de choses qui peuvent varier au cours de l'épidémie, mais juste pour comprendre quantitativement ce qui fait qu'un variant peut s'installer ou pas.

Intuitivement ça me parait assez différents si on a deux variants en compétition avec R > 1 (les deux croissent mais c'est le plus nombreux qui "gagne" pour bloquer l'autre) ou bien un avec un R>1 et l'autre R<1 : même si le deuxième est initialement plus nombreux, il décroit exponentiellement alors que le premier croit, et doit finir par gagner. Mais ce serait intéressant de vérifier ça sur des modèles quantitatifs.
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[JPL]

Quelqu’un sait-il ce qui se passe. L’évolution de la courbe depuis 2 jours est aberrante : comment peut-on passer le 7/02 de 282 nouvelles hospitalisations (moyenne sur une semaine) à 707 le 8/02 (et 686 le 9) ? Ou alors on a intégré de nouvelles structures d’hospitalisation qui n’étaient pas prises en compte jusqu’à présent ? Ce décrochage brutal s’observe pour toutes les régions, à une ou deux exceptions près et parfois bien plus ample que sur la moyenne nationale.

J’ai du mal à croire que brusquement partout les hospitalisations ont bondi du jour au lendemain. C’est invraisemblable pour une diffusion épidémique.

France entière :

Screen Shot 02-09-23 at 10.53 PM.PNG

C’est énorme en Occitanie par rapport au pic précédent :

Screen Shot 02-09-23 at 11.04 PM.PNG

[polo974]

Il y a un bug...

Ou bien il y a eu une série de transferts (ou sortie + réadmission ou autre re-saisie) pour raison plus ou moins obscure (changement ou maintenance de logiciel, attaque informatique, ...)

Car le nombre total est en légère baisse.

[MissJenny]

peut-être un effet collatéral de la journée de grève de mardi? les cas sont comptés le jour où les données parviennent à Santé publique France. On voit bien par exemple le rythme hebdomadaire avec un trou les dimanches compensé par une bosse les lundis.

[polo974]

non, ce serait étonnant, il y a un facteur 8, c'est énorme (une semaine de retard qui serait rattrapée?). mais en terme d'occupation, il y a une légère baisse, donc il y aurait eu aussi une explosion de sorties.

ça sent l'ajustement administratif, mais pas juste un retard d'une journée...

[MissJenny]

c'est bizarre en effet. OWD montre le même phénomène.

[polo974]

c'est bizarre en effet. OWD montre le même phénomène.

et quand on regarde le nb d'hospitalisés, il baisse... ( https://ourworldindata.org/covid-hospitalizations )

même source de données, même bizarrerie: beaucoup d'entrées et obligatoirement beaucoup de sorties vu quel le nombre total baisse légèrement.
idem pour les admissions en soins intensifs.

[Deedee81]

Salut,

Quelqu'un a les chiffres pour la Belgique (pas trivial à trouver, enfin, pour moi, pas l'habitude) ? On y observe la même bizarrerie ?

[FabiFlam]

(vu que pour l'essentiel on n'a testé plus personne).

Bonjour à tous,
Ça faisait longtemps 😀 j'espère que tout le monde va bien.
Pour ce qui est de la remarque citée :
1) On teste quand même les personnes qui arrivent de Chine
2) On doit quand même être prudent car les tests antigéniques (les plus utilisés) ne sont pas forcément aussi performants pour détecter les nouveaux variants que les anciens non ?
Cordialement,
FabiFlam

[polo974]

tu ouvres le lien https://ourworldindata.org/covid-hospitalizations
tu choisis ta courbe,
tu cliques add country (même pour en virer...)
tu choisis puis ferme
tu déplaces les curseurs des dates pour zoomer.

au passage: Le CHU de La Réunion est touché par une cyberattaque annoncé le 08/02...

[MissJenny]

en Belgique il y a une remontée régulière des hospitalisations depuis une quinzaine de jours, mais pas cette marche observée en France, qui est assez clairement un artefact, comme relevé par Jpl.

[MissJenny]

2) On doit quand même être prudent car les tests antigéniques (les plus utilisés) ne sont pas forcément aussi performants pour détecter les nouveaux variants que les anciens non ?

il me semble que le test utilise deux antigènes, un sur la spike et un sur une autre protéine d'enveloppe, il doit être assez robuste quand-même (puisqu'il faudrait des mutations sur les deux antigènes, sachant que la spike ne peut pas changer drastiquement de conformation sinon le virus ne fonctionne plus).

[Deedee81]

en Belgique il y a une remontée régulière des hospitalisations depuis une quinzaine de jours, mais pas cette marche observée en France, qui est assez clairement un artefact, comme relevé par Jpl.

Merci beaucoup. Je me disais en effet que cela pouvait être un bon indicateur d'un artefact ou pas.

[Flyingbike]

un artefact sera rapidement rectifié

[Archi3]

Bonjour à tous,
Ça faisait longtemps �� j'espère que tout le monde va bien.
Pour ce qui est de la remarque citée :
1) On teste quand même les personnes qui arrivent de Chine

c'est une fraction infinitésimale de la population, donc pour avoir une chance de détecter un variant, il faut qu'il ait pu se propager pour toucher une fraction notable de la population, c'est à dire pour la chine au moins des millions de personnes.

Mais des millions de personnes, c'est au moins 20 temps de doublement, soit plusieurs mois , donc c'est l'argument que je donnais : la propagation des souches connues a été tellement foudroyante que probablement on a atteint un seuil d'immunité collective qui a fait retomber le nombre de cas bien avant qu'un variant ait eu le temps de se répandre.

L'origine des variants qui ont fait irruption au cours des différentes vagues a toujours été tracée (par extrapolation dans le passé des nombre de cas) bien avant leur détection.

[Archi3]

sinon, si les chiffres venant de Chine sont sujets à caution, ceux venant de tests fait à l'arrivée dans les aéroports comme en Corée sont probablement plus fiables ...

https://www.lemonde.fr/planete/artic...1424_3244.html

Deux mois après avoir mis fin brutalement à sa politique zéro Covid le 7 décembre 2022, la Chine peut se féliciter de voir la première vague de contaminations passée. Vendredi 10 février, la Corée du Sud en a apporté une nouvelle confirmation. A partir de ce samedi, Séoul va de nouveau accorder des visas de court séjour aux voyageurs en provenance de Chine. Elle y avait mis fin, début janvier, comme d’autres pays, en raison du grand nombre de cas de Covid-19 à bord des avions. Les autorités sud-coréennes ont fait savoir que le taux de passagers testés positifs à l’atterrissage après leur départ de Chine avait chuté à 1,4 % contre 20 % au moment de l’introduction des restrictions.

La veille, le Japon avait déjà assoupli les mesures pour les voyageurs venant de Chine car, depuis fin janvier, moins de 1 % des passagers étaient testés positifs. Autre symbole de ce retour à la normale, dans une bonne partie du pays, dont Pékin, les écoles primaires et secondaires, fermées depuis novembre 2022, vont rouvrir lundi, et les élèves n’auront pas à présenter de tests préalables pour y être admis...

La plupart des experts s’attendaient à ce que les congés du Nouvel An lunaire et les centaines de millions de déplacements qu’effectuent les Chinois à cette occasion provoquent une flambée de l’épidémie et, dans les semaines suivantes, de nombreux décès. Il ne semble pas que ce soit le cas. La vitesse de diffusion d’Omicron à partir de novembre a été foudroyante, mais le pic aurait été atteint dès la fin décembre.

je me demande bien quand même sur quels types de calculs les "experts" pouvaient prévoir une vague de contaminations alors que le pic était déjà atteint fin décembre. Je n'ai pas vu une seule simulation qui aurait prédit ça, je serais très curieux de voir comment ça aurait été possible. Si quelqu'un en a vu une ....

[yves95210]

je me demande bien quand même sur quels types de calculs les "experts" pouvaient prévoir une vague de contaminations alors que le pic était déjà atteint fin décembre. Je n'ai pas vu une seule simulation qui aurait prédit ça, je serais très curieux de voir comment ça aurait été possible. Si quelqu'un en a vu une ....

Faute de connaissance précise de la dynamique de l'épidémie en Chine (faudrait avoir des données pour cela, et détaillées par ville, région, etc.), je ne vois pas comment une telle simulation aurait pu être faite sérieusement : même si le pic de l'épidémie était probablement atteint fin décembre dans certaines grandes villes, rien ne dit que c'était le cas de manière uniforme dans tout le pays, et les déplacements du Nouvel An auraient pu donner lieu à un rebond. D'ailleurs on ne sait pas s'il n'a pas eu lieu : ce n'est pas parce que le taux d'incidence a fortement baissé dans la partie de la population suffisamment aisée pour voyager à l'international (et je suppose essentiellement citadine, vivant dans les grands pôles économiques du pays) qu'il n'a pas pu continuer d'augmenter ailleurs.

Le taux d'incidence parmi les passagers des vols internationaux est un indicateur dont il faut tenir compte (surtout quand c'est le seul dont on dispose...), mais il est fortement biaisé.

[Archi3]

Faute de connaissance précise de la dynamique de l'épidémie en Chine (faudrait avoir des données pour cela, et détaillées par ville, région, etc.), je ne vois pas comment une telle simulation aurait pu être faite sérieusement :

euh mais si il n'y avait pas de modélisations, sur quoi alors se seraient fondés "la plupart des experts" pour " s’attend[re] à ce que les congés du Nouvel An lunaire et les centaines de millions de déplacements qu’effectuent les Chinois à cette occasion provoquent une flambée de l’épidémie" ?

sur l'astrologie chinoise peut être ?

je veux dire sérieusement, y avait des bases scientifiques pour une telle prédiction ? et si oui lesquelles ?

Plus sérieusement, si il y avait un réservoir important de régions où le virus circulait très peu, elles devaient être quand même assez faciles à identifier car même si nous on ne sait pas tout, ils devaient quand même bien avoir des infos sur la saturation des hôpitaux quand même, il est évident que l'arrivée d"une vague aussi énorme ne peut passer inaperçue : donc soit ce réservoir existait et dans ce cas le Nouvel An AURAIT du provoquer cette deuxième vague, ce qui n'est rapporté par personne, soit il n'existait pas, parce que toutes les régions avaient été touchées, et alors je ne vois pas pourquoi ils faisaient cette prédiction.

Autre solution, c'est une invention de journaliste et aucun expert sérieux ne craignait ça en réalité. Juste les experts non sérieux...

[JPL]

Quelqu’un sait-il ce qui se passe. L’évolution de la courbe depuis 2 jours est aberrante : comment peut-on passer le 7/02 de 282 nouvelles hospitalisations (moyenne sur une semaine) à 707 le 8/02 (et 686 le 9) ? Ou alors on a intégré de nouvelles structures d’hospitalisation qui n’étaient pas prises en compte jusqu’à présent ? Ce décrochage brutal s’observe pour toutes les régions, à une ou deux exceptions près et parfois bien plus ample que sur la moyenne nationale.

J’ai du mal à croire que brusquement partout les hospitalisations ont bondi du jour au lendemain. C’est invraisemblable pour une diffusion épidémique.

France entière :

Pièce jointe 474974

C’est énorme en Occitanie par rapport au pic précédent :

Pièce jointe 474975

Le bug a disparu aujourd’hui. Il leur à fallu du temps !

[Deedee81]

Salut,

Le bug a disparu aujourd’hui.

Ils ont eut un virus ?

Merci pour le graphique, c'est instructif. C'est curieux ce comportement en dents de scie. C'est dû à quoi ? Aux variations horaires et des week-end ?

[JPL]

Quand ce faux pic est apparu j’avais vérifié sur https://www.data.gouv.fr/fr/datasets...emie-covid-19/ et aucune explication n’était donnée sur un changement dans la collecte des résultats ou rattrapage de déclarations trop tardives. Là je n’ai pas regardé.

[Archi3]

Merci pour le graphique, c'est instructif. C'est curieux ce comportement en dents de scie. C'est dû à quoi ? Aux variations horaires et des week-end ?

sur le dernier graphique l'échelle est de 3 ans, les données sont certainement lissées au moins sur une semaine et il n'y a pas d'artefact de déclaration, c'est vraiment le nombre d'hospitalisations moyennes en fonction des vagues du virus. Ca illustre juste le mécanisme de rétroaction sociale qui a fait qu'on a durci les mesures quand une vague arrivait et qu'on les relâchées quand elle s'amortissait, donnant un comportement classique dans les systèmes à feedback oscillant autour d'une valeur moyenne, déterminée par les capacités du système hospitalier à soigner les malades.

C'est le même mécanisme qui assure que la moyenne du taux de reproduction R tende mathématiquement et inévitablement vers 1 (j'avais posté la démonstration mathématique assez simple quelque part dans un fil, je ne sais plus où).

[polo974]

...

C'est le même mécanisme qui assure que la moyenne du taux de reproduction R tende mathématiquement et inévitablement vers 1 (j'avais posté la démonstration mathématique assez simple quelque part dans un fil, je ne sais plus où).

N'importe quoi...
Ici, il s'agit soit d'un bug de saisie, soit d'un changement temporaire dans les procédure d'entrées/sorties (basculement de système ou autre), car le nombre total n'a pas spécialement évolué.

et quand on regarde le nb d'hospitalisés, il baisse... ( https://ourworldindata.org/covid-hospitalizations )

même source de données, même bizarrerie: beaucoup d'entrées et obligatoirement beaucoup de sorties vu quel le nombre total baisse légèrement.
idem pour les admissions en soins intensifs.

tu ouvres le lien https://ourworldindata.org/covid-hospitalizations
tu choisis ta courbe,
tu cliques add country (même pour en virer...)
tu choisis puis ferme
tu déplaces les curseurs des dates pour zoomer.
...

on y trouve :
How many people are in hospital due to COVID-19 at a given time?
What is the weekly number of new hospitalizations due to COVID-19?

et

How many people are in intensive care (ICU) due to COVID-19 at a given time?
What is the weekly number of new admissions to ICU due to COVID-19?

et pour que ça colle, il faut un paquet de sorties exactement en même temps que les entrées... comme dirait le théoricien de Bayes, ça ne peut être qu'un artefact de comptage.

[Archi3]

N'importe quoi...
Ici, il s'agit soit d'un bug de saisie, soit d'un changement temporaire dans les procédure d'entrées/sorties (basculement de système ou autre), car le nombre total n'a pas spécialement évolué.

je ne parlais pas du bug autour du 10 février mais du graphique sur toute la durée de l'épidémie depuis mars 2020 posté par JPL au message #499, j'ai compris que la question de Deedee81 sur le comportement "en dents de scie" était relative à ce graphique, qui est fait de données réelles et pas bugguées a priori. Ma réponse portait sur le vrai nombre d'admissions en fonction du temps.

[Deedee81]

Salut,

Oui je précise que c'était bien le cas de ma question.

Malentendu dû aux croisements des différentes interrogations

Aujourd'hui au bureau ils viennent d'enlever toutes les affiches covid.
J'espère que ce n'est pas pour faire la place à un nouveau truc machin

[Archi3]

La France a levé l'obligation de tests PCR pour les voyageurs de Chine : https://www.france24.com/fr/asie-pac...ivant-de-chine

L'article ne donne pas les taux de contaminations des tests aléatoires pratiqués mais si on a levé l'obligation c'est certainement qu'ils étaient quasi nuls, sinon ça n'aurait aucun sens.

A coté de ça, le gouvernement chinois se félicite d'avoir remporté une "victoire décisive" contre le Covid : https://www.ouest-france.fr/sante/vi...4-efe6950f1118

victoire décisive ayant essentiellement consisté à laisser l'épidémie évoluer de manière naturelle en faisant mourir la majorité de ceux qui y étaient fragiles, chose qu'ils auraient pu faire il y a 3 ans.

Bref tout se passe comme c'était prévisible une fois qu'ils avaient décidé de lever les mesures anti-covid, et le reste du monde a été suffisamment immunisé auparavant pour que la vague chinoise n'ait aucune influence détectable.

[Lil00]

Bonjour,

victoire décisive ayant essentiellement consisté à laisser l'épidémie évoluer de manière naturelle en faisant mourir la majorité de ceux qui y étaient fragiles, chose qu'ils auraient pu faire il y a 3 ans.

Sauf que le résultat il y a trois ans aurait probablement été pire en gravité, puisque c'était sans vaccins et avant l'arrivée d'un variant moins létal que les précédents.

Bref tout se passe comme c'était prévisible une fois qu'ils avaient décidé de lever les mesures anti-covid, et le reste du monde a été suffisamment immunisé auparavant pour que la vague chinoise n'ait aucune influence détectable.

Même réflexion : s'ils l'avaient laissé filer il y a trois ans, le reste du monde non immunisé aurait sûrement crié à l'assassinat et serait tombé à bras raccourcis sur la Chine (c'est déjà ce qui est un peu arrivé).

[Archi3]

Bonjour,


Sauf que le résultat il y a trois ans aurait probablement été pire en gravité, puisque c'était sans vaccins et avant l'arrivée d'un variant moins létal que les précédents.

oui j'ai juste dit qu'ils auraient pu faire ce choix il y a 3 ans, pas que ça aurait eu exactement la même résultat. Je doute néanmoins que l'ampleur exacte du nombre de morts (forcément inconnu) ait été un paramètre déterminant dans leurs différents choix stratégiques. Je pense qu'ils se sont vraiment illusionnés sur leur capacité à éradiquer le virus, et quand ils se sont aperçus de leur erreur stratégique les conduisant à une impasse, ils ont fait volte face et ont tout laissé filer.

Néanmoins l'année dernière ils avaient deja fait leurs vaccins et il y avait déjà la souche omicron, ils ont quand meme attendu un an pour à peu près rien.

Même réflexion : s'ils l'avaient laissé filer il y a trois ans, le reste du monde non immunisé aurait sûrement crié à l'assassinat et serait tombé à bras raccourcis sur la Chine (c'est déjà ce qui est un peu arrivé).

ça n'aurait probablement rien changé, dans la mesure où il suffit de quelques cas importés pour démarrer une flambée exponentielle, le nombre de cas importé a de toutes façons peu d'influence sur le résultat final. Une exponentielle "multipliée par un certain facteur", c'est juste une exponentielle décalée dans le temps, mais à part ça, ça se ressemble comme deux gouttes d'eau.

[Bounoume]

Aujourd'hui au bureau ils viennent d'enlever toutes les affiches covid.
J'espère que ce n'est pas pour faire la place à un nouveau truc machin

Si ! le truc arrive: la grippe aviaire... à 10 kilomètres d'ici, une oie morte testée positive....-> confinement des poules, canards, oies etc mais pas les humains pour le moment



Question covid, le lien de polo (ourworldindata) ne me semble pas inclure la Chine.
En Europe et USA, pas de problèmes... pas de nouvelle flambée.... et surtout pas de supplément de morts.. OK.
Les chinois disent que c'est pareil chez eux.... pas de problème! (?????)
mais a-t-on des données un peu plus détaillées?
en Chine:
https://www.worldometers.info/corona...country/china/
ne semble pas à jour depuis fin janvier.....

[agitateur]

L'article ne donne pas les taux de contaminations des tests aléatoires pratiqués mais si on a levé l'obligation c'est certainement qu'ils étaient quasi nuls, sinon ça n'aurait aucun sens.

Bayes n'est probablement pas armé pour analyser et prédire les décisions géopolitiques.

A ce jour, si tu veux un Visa Chine, venant de France, tu as nécessité d'un motif sérieusement motivé, ce qui exclut encore le tourisme." de masse".
Inversement, je suppose que les grands magasins parisiens ont des stocks de Vuitton à refourguer....donc on ouvre les vannes.