variant sud africain / omicron

[Archi3]

oui donc j'avais raison de ne pas comprendre, la vaccination ne fabrique pas "plus" de variants
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[invite87b659e5]

Hier soir on a passé l'interview du pdg de moderna. A la question sur l'adaptation du vaccin au variant omicron, il a répondu 2 choses.

- si cela est nécessaire, on le fera et on pourrait avoir un nouveau vaccin en quelques mois.
- Les parties annexes du vaccin restent les mêmes mais il faut modifier la structure de l'arnm car ce variant a beaucoup de modifications. Normalement on devrait repasser par d'abord un essai clinique puis les autres étapes. Sauf si l'urgence nous autoriserait à le mettre sur le marché sans cette phase là.

Si j'ai bien compris les vaccins adaptés (pfizer ou moderna) devraient repasser par une phase d'essai clinique car il serait trop modifié par rapport aux vaccins actuels.
Est-ce exact?

[MissJenny]

pour comprendre l'évolution sous pression vaccinale, un peu de théorie ici : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1691350/

[yves95210]

Si j'ai bien compris les vaccins adaptés (pfizer ou moderna) devraient repasser par une phase d'essai clinique car il serait trop modifié par rapport aux vaccins actuels.
Est-ce exact?

Il me semble que les essais cliniques pourraient être limité aux tests d'immunogénicité (vérification de la capacité des anticorps générés à neutraliser le variant), ce qui ne nécessite que quelques centaines de participants (pour qu'ils soient représentatifs d'une population stratifiée par sexe et âge).
D'une part parce que, à part la structure de l'ARNm, le vaccin n'est pas modifié, et la modif de la structure de l'ARNm ne présente pas de risque intrinsèque (celui-ci ne pouvant pas pénétrer les cellules pour se répliquer).
D'autre part parce que, en cas d'urgence, on ne peut pas se permettre d'attendre les résultats d'essais de phase 3 sur des dizaines de milliers de participants, jusqu'à ce qu'un nombre suffisant d'entre eux (de préférence dans le groupe sous placebo...) aient été infectés pour pouvoir donner des résultats statistiquement significatifs. Pas plus qu'on ne fait ce type d'essais sur les nouvelles formules des vaccins contre la grippe (deux par an, une pour chaque hémisphère).

C'est en tout cas l'idée, car sinon cela fait perdre à ces vaccins une partie de leur intérêt, qui est de permettre une adaptation très rapide (y compris celle des chaînes de production) en cas de besoin. Début 2020 les vaccins Pfizer et Moderna ont été développés en quelques mois, les premiers essais ont eu lieu au printemps, et ce sont les essais de phase 3 (évidemment nécessaires sur la première version du vaccin) qui ont multiplié par trois le délai nécessaire avant leur autorisation par rapport à ce qu'on peut espérer aujourd'hui.

Mais attention, ce n'est pas parce qu'une nouvelle version des vaccins sera autorisée dans l'urgence qu'il y aura des milliards de doses disponibles du jour au lendemain; c'est limité par la capacité de production des labos (en capacité annuelle ~4 milliards de doses en 2022 pour Pfizer, ~2 milliards de doses pour Moderna, donc après les (supposés) 3 mois nécessaires pour développer le vaccin et obtenir l'autorisation il faudra encore plusieurs mois pour revacciner ne serait-ce que la partie de la population mondiale qui a déjà bénéficié de ces vaccins.

Nouvelle version des vaccins ou pas, il faut se préparer à vivre avec le variant omicron au moins jusqu'à la fin du S1 2022 comme on vit actuellement avec le variant delta. Mais (espérons) avec une proportion de moins en moins importante de cas graves puisqu'il y aura de moins en moins de gens ne bénéficiant d'aucune immunité contre le SARS-CoV-2, et qu'il semble (ça reste à confirmer) que cette immunité protège aussi contre les formes graves du Covid en cas d'infection par le variant omicron.

[Mickey-l.ange]

Ca nous ramènera à l'espérance moyenne de vie d'avant la révolution.

Bonjour,

La Révolution a changé l'histoire de la médecine ?

la situation bien connue de la cuirasse et du canon qui a été la "norme" dans la marine pendant au moins un siècle

Hum. Je ne connais pas la situation et la norme bien connues de la cuirasse et du canon dans l'histoire de la marine.

[jiherve]

bonjour,
[HS]
ben c'est pourtant un processus connu :
pseudo code :
LBL1:
cuirasse := cuirasse ++
canon := canon ++
goto LBL1
Ce fut la première course aux armements limitée un temps par le traité de Washington
[/HS]
ici la vaccination ne fabrique pas plus de variants mais sélectionne ceux qui lui échappent,on adaptera donc le vaccin et on sélectionnera ainsi à nouveaux des variants y échappant, donc vraisemblablement une boucle sans fin!
https://www.nature.com/articles/s41579-021-00573-0
JR

[yves95210]

ici la vaccination ne fabrique pas plus de variants mais sélectionne ceux qui lui échappent,on adaptera donc le vaccin et on sélectionnera ainsi à nouveaux des variants y échappant, donc vraisemblablement une boucle sans fin!
https://www.nature.com/articles/s41579-021-00573-0

Mais c'est vrai aussi de l'immunité "naturelle", acquise suite à une infection. Cela se saurait si les quatre coronavirus humains endémiques (contre lesquels il n'existe pas de vaccin), ainsi que plein d'autres virus respiratoires, ne produisaient pas de variants aussi fréquemment que le SARS-CoV-2, leur permettant de contourner l'immunité acquise les années précédentes par une partie de la population.
Sauf que, s'ils ne provoquent pas de maladie grave, c'est que nos systèmes immunitaires ont déjà rencontré ces virus, même sous la forme de variants plus anciens, et que réinfection après réinfection ils ont appris à les combattre même lorsqu'ils réapparaissent sous une forme un peu nouvelle (mais pas trop, cf. les grandes pandémies de grippe du 20e siècle).
De même que les infections de personnes vaccinées contre le SARS-CoV-2 (ou anciennement infectée par un variant plus anciens) renforcent leur réponse immunitaire.

Donc oui, c'est une boucle sans fin, mais pas plus avec la vaccination qu'avec les réinfections qu'entraînent les épidémies saisonnières d'un virus endémique, et probablement avec le même résultat : progressivement (mais plus rapidement que si on ne comptait que sur l'immunisation naturelle) le SARS-CoV-2 va devenir endémique, et le Covid une maladie sans plus de gravité (chez la plupart des gens) que la grippe, voire que les rhumes que causent les autres HCoV endémiques.

[jiherve]

bonsoir
nous sommes parfaitement d'accord mais à mon avis certains"décideurs" n'ont pas encore compris çà!
JR

[JPL]

Il me semble qu’il y a un raisonnement foireux à propos des coronavirus bénins. L’immunité n’est pas héréditaire, donc il n’y a aucune immunité à la naissance. Ceci n’explique donc pas leur caractères systématiquement bénin, même en posant le postulat que les enfants présentent rarement des formes graves.

[yves95210]

Il me semble qu’il y a un raisonnement foireux à propos des coronavirus bénins. L’immunité n’est pas héréditaire, donc il n’y a aucune immunité à la naissance. Ceci n’explique donc pas leur caractères systématiquement bénin, même en posant le postulat que les enfants présentent rarement des formes graves.

Si c'est à mon message que tu fais référence, ce n'est pas ce que j'ai dit. Je n'ai parlé que d'immunité acquise suite à des infections précédentes.
Tu as raison, pour qu'ils soient systématiquement bénins il faut que les enfants ne développent pas de formes graves lors de leur première infection (mais c'est aussi le cas à 99,9%, avec le SARS-CoV-2). Il se peut aussi que ces virus aient évolué vers une moindre virulence puisque leur transmissibilité et leur capacité à contourner l'immunité acquise, ajoutées au fait qu'on ne fait pas grand-chose pour s'en protéger (ce qui ne serait pas le cas s'ils causaient plus de formes graves), leur suffisent pour se propager largement.

[inviteca0583eb]

Bonjour.

En voulant faire du politiquement correct en refusant par exemple la nomenclature "covid sudafricain" lui préférant le terme omicron on oublie peut-être les informations essentielles concernant ce virus.
Car s'il est d'origine sud-africaine c'est qu'il a évolué et prospéré dans ce milieu particulier qu'est l'Afrique du Sud.
Ce fait n'est pas anodin.
Un pays composé d'une population jeune et vaccinée à environ 30%.

[Bounoume]

+1

Il me semble qu’il y a un raisonnement foireux à propos des coronavirus bénins. L’immunité n’est pas héréditaire, donc il n’y a aucune immunité à la naissance. Ceci n’explique donc pas leur caractères systématiquement bénin, même en posant le postulat que les enfants présentent rarement des formes graves.

pas tout à fait vrai: les nouveaux-nés bénéficient d' anticorps d' origine maternelle..... temporairement bien entendu.....

[yves95210]

Car s'il est d'origine sud-africaine c'est qu'il a évolué et prospéré dans ce milieu particulier qu'est l'Afrique du Sud.
Ce fait n'est pas anodin.
Un pays composé d'une population jeune et vaccinée à environ 30%.

Mais immunisée sans-doute à environ 90% vu la surmortalité depuis le début de la pandémie. C'est sans-doute plus ça qui fait aujourd'hui la particularité de l'Afrique du Sud, qui pourrait expliquer qu'un variant plus apte à contourner l'immunité acquise s'y soit répandu plus rapidement qu'ailleurs (sans que rien prouve qu'il y soit apparu en premier - l'ancêtre le plus proche connu de l'omicron est un "pré-alpha" datant du printemps 2020).

Quant à la jeunesse de la population et au faible taux de vaccination (il est d'ailleurs moins faible en Afrique du Sud que dans la plupart des autres pays africains) c'est le cas dans quasiment toute l'Afrique.

[JPL]

+1

pas tout à fait vrai: les nouveaux-nés bénéficient d' anticorps d' origine maternelle..... temporairement bien entendu.....

Très temporairement en effet.

[JPL]

Mais immunisée sans-doute à environ 90% vu la surmortalité depuis le début de la pandémie. C'est sans-doute plus ça qui fait aujourd'hui la particularité de l'Afrique du Sud, qui pourrait expliquer qu'un variant plus apte à contourner l'immunité acquise s'y soit répandu plus rapidement qu'ailleurs (sans que rien prouve qu'il y soit apparu en premier - l'ancêtre le plus proche connu de l'omicron est un "pré-alpha" datant du printemps 2020).

Quant à la jeunesse de la population et au faible taux de vaccination (il est d'ailleurs moins faible en Afrique du Sud que dans la plupart des autres pays africains) c'est le cas dans quasiment toute l'Afrique.

Surtout, dans les pays d’Afrique du Sud il y a un nombre considérable d’immunodéprimés à cause du sida. Or une hypothèse sérieuse est que ces malades ayant du mal à éradiquer le virus, même lorsqu’ils "guérissent" celui-ci a tout le temps de se répliquer en masse et donc d’évoluer en variants divers, lesquels en se répliquant à leur tour dans l’organisme, peuvent finir par présenter de multiples mutations.

[inviteeaf0d456]

Je regarde les infos et ils disent que les 4 cas Omicron en France sont doublement vaccinés. Et d'une oreille ils parlaient d'un cluster dans un restaurant (repas d'entreprise) où tout le monde évidemment devait être vacciné. Il se passe quoi? il faut s'inquiéter? je commence à flipper un peu là.

[GBo]

Comment vont-ils ? C'est ça la bonne question.

[yves95210]

Je regarde les infos et ils disent que les 4 cas Omicron en France sont doublement vaccinés. Et d'une oreille ils parlaient d'un cluster dans un restaurant (repas d'entreprise) où tout le monde évidemment devait être vacciné. Il se passe quoi? il faut s'inquiéter? je commence à flipper un peu là.

Je n'en étais qu'à 3, mais je n'ai pas l'œil (ou l'oreille) rivé sur les chaînes d'info en continu...
Et au moins le premier (testé à sa descente de l'avion au retour du Nigéria) n'était pas vacciné.

Mais il n'y a pas de doute sur le fait que des vaccinés peuvent être infectés (et pas que par le variant omicron), d'autant plus si leur deuxième dose date de plus de 5 ou 6 mois (ce qui justifie la 3e dose). Après ce délai l'efficacité du vaccin Pfizer contre le risque d'infection par le variant delta n'est plus que de ~60% (un peu plus pour Moderna, moins pour AZ).
Aujourd'hui l'important est de savoir si le variant omicron augmente leur risque de faire une forme grave de Covid. Pour le moment ça n'a pas l'air d'être le cas, mais les données ne sont pas encore suffisantes.

[jiherve]

bonsoir
never ending process !
Donc il va bien falloir changer de stratégie car comme il n'y a que les pays riches a être vaccinés en masse et que cette vaccination massive me semble illusoire pour les autres il va falloir privilégier les traitements et au final vivre avec ce truc en attendant le prochain.
JR

[yves95210]

never ending process !
Donc il va bien falloir changer de stratégie car comme il n'y a que les pays riches a être vaccinés en masse et que cette vaccination massive me semble illusoire pour les autres il va falloir privilégier les traitements et au final vivre avec ce truc en attendant le prochain.

Ben oui. Comme pour la grippe, qu'on traite tant bien que mal, et contre laquelle on ne vaccine que les personnes vulnérables, mais qui ne tue "que" 5000 à 15000 personnes par an en France. Mais dont l'évolution des souches virales est sous surveillance permanente car (en plus du besoin d'adapter le vaccin chaque année) on n'est pas à l'abri d'une nouvelle pandémie, telle que celles qu'on a connues au 20e siècle.
L'espèce humaine vit avec des virus par centaines (ou plus généralement des maladies infectieuses) depuis la nuit des temps, c'est juste qu'on avait un peu oublié que ça pouvait tuer, même dans nos pays surprotégés où c'était devenu une cause de mortalité parmi d'autres, et (de loin) pas celle qui cause le plus de décès annuellement ("on"= le grand public, évidemment pas les scientifiques).

[agitateur]

Sans doute bcp moins de VIH en Inde, mais on peut faire un //
Population peu vaccinée, promiscuité de vie, et population nombreuse du pays concerné.
Ca favorise drastiquement le "risque" stat qu'un variant d'intérêt majeur vienne d'un de ces pays.
L'inconvénient ( quelque part ) de l'Af Sud, c'est que c'est un pays qui surpasse ses voisins en terme de surveillance médicale et capacité d'analyse ( même si ça ne concerne pas tous les habitants mais c'est un autre débat ).
Si le virus omicron venait du Botswana en réalité, il n'y aurait sans doute pas détecté ( ou autre pays si vous voulez )

Capacité de détection, population ( nombre ), et taux vacc, voilà de quoi faire une prévision bayesienne sur le pays émergent des futurs Pi et Rho ( celui qui parie sur le Liechtenstein aime les grosses côtes aux paris ! )

[inviteca0583eb]

A noter quand même si je ne m'abuse qu'en France la pandémie grippale annuelle a passé son tour l'année dernière du fait des gestes barrières.
La vaccination anti-grippale n'y est pour rien.

[yves95210]

Une première étude sud-africaine (prépubliée) estime le rapport entre les risques de réinfection et de primo-infection par le variant omicron, comparé au même rapport pour les infections par les variants beta et delta, responsables des vagues précédentes en Afrique du Sud :

Design: Retrospective analysis of routine epidemiological surveillance data

Setting: Line list data on SARS-CoV-2 with specimen receipt dates between 04 March 2020 and 27 November 2021, collected through South Africa's National Notifiable Medical Conditions Surveillance System Participants 2,796,982 individuals with laboratory-confirmed SARS-CoV-2 who had a positive test result at least 90 days prior to 27 November 2021. Individuals having sequential positive tests at least 90 days apart were considered to have suspected reinfections.

Main outcome measures: Incidence of suspected reinfections through time; comparison of reinfection rates to the expectation under a null model (approach 1); empirical estimates of the time-varying hazards of infection and reinfection throughout the epidemic (approach 2)

Results: 35,670 suspected reinfections were identified among 2,796,982 individuals with laboratory-confirmed SARS-CoV-2 who had a positive test result at least 90 days prior to 27 November 2021. The number of reinfections observed through the end of the third wave was consistent with the null model of no change in reinfection risk (approach 1).
Although increases in the hazard of primary infection were observed following the introduction of both the Beta and Delta variants, no corresponding increase was observed in the reinfection hazard (approach 2).
Contrary to expectation, the estimated hazard ratio for reinfection versus primary infection was lower during waves driven by the Beta and Delta variants than for the first wave (relative hazard ratio for wave 2 versus wave 1: 0.75 (CI95: 0.59-0.97); for wave 3 versus wave 1:0.71 (CI95: 0.56-0.92)). In contrast, the recent spread of the Omicron variant has been associated with a decrease in the hazard of primary infection and an increase in reinfection hazard. The estimated hazard ratio for reinfection versus primary infection for the period from 1 November 2021 to 27 November 2021 versus wave 1 was 2.39 (CI95: 1.88-3.11).

Conclusion: Population-level evidence suggests that the Omicron variant is associated with substantial ability to evade immunity from prior infection. In contrast, there is no population-wide epidemiological evidence of immune escape associated with the Beta or Delta variants.

[JPL]

Si le virus omicron venait du Botswana en réalité, il n'y aurait sans doute pas détecté ( ou autre pays si vous voulez )

Tu as tout faux :

le premier cas de ce variant est détecté le 9 novembre 2021 au Botswana.

Source : https://fr.wikipedia.org/wiki/Varian..._du_SARS-CoV-2

[agitateur]

Du point de vue bayesien c''est une anomalie

[yves95210]

Du point de vue bayesien c''est une anomalie

Sauf si certaines des suppositions sous-jacentes de ton dernier message sont fausses.

- Certes la prévalence du VIH en Afrique du Sud est très élevée. Mais c'est aussi un des pays où la recherche dans le domaine est la plus active, et dont la population infectée bénéficie très largement de traitements antiviraux (y compris dans la population pauvre). Et sauf erreur de ma part, une personne séropositive mais traitée n'est pas immuno-compromise. Evidemment ça ne prouve pas que parmi les nombreux séropositifs il n'y en a aucun susceptible d'être l'hôte chez qui le SARS-CoV-2 a abondamment muté pendant plus d'un an, mais ça réduit la probabilité de cette hypothèse.

- Le Bostwana dispose d'un labo capable de séquencer le génome du virus, et séquence une centaine d'échantillons par semaine, pour une population de 2,3 millions d'habitants dans laquelle il y a actuellement moins de 100 cas confirmés par jour. Proportionnellement il me semble qu'on est loin d'en faire autant en France, en tout cas jusqu'à récemment... Et le CFR y est très faible, ce qui est en partie due à la jeunesse de la population (mais en Af Sud la pop. est presque aussi jeune et le CFR est bien plus élevé), mais probablement aussi au fait que le nombre de cas confirmés est assez représentatif du nombre réel d'infections (grâce à une politique de tests bien menée ?). Tout ça ne rend pas particulièrement improbable que le premier cas de variant Omicron détecté l'ait été au Bostwana (surtout dans une période de faible incidence du Covid) plutôt qu'en Afrique du Sud, s'il est répandu dans les deux pays mais qu'il a émergé au Bostwana.

- La densité de population du Bostwana est très faible. Mais certains évoquent la possibilité qu'il y existe un réservoir animal, au sein duquel le virus pourrait avoir évolué depuis son prédécesseur connu le plus récent (avril 2020), ce qui aurait peut-être l'avantage d'expliquer plus facilement le nombre de mutations qu'il possède que l'existence d'une population humaine "cachée" (non testée et où le virus aurait fait suffisamment peu de dégâts pour passer sous les radars) et suffisamment isolée (ça serait surprenant que le virus y accumule plus de mutations que dans le reste du monde).

Animal reservoir could be Botswana elephants where a mystery disease killed hundreds in May/June 2020. Liver and neurological damage, no other species affected.
(...)
“Retrospective sequencing of previously confirmed cases among travellers to Nigeria also identified the omicron variant among samples collected in October 2021.”
(...)
"Infected elephants are thought to spread TB when they spray liquid or air out of their trunks"
"Elephants can contract both the human and bovine strains."
"Because elephants can get the disease from humans, they can transmit it back to us."
(...)
Omicron mysteries on Nextstrain. A virus submerges in 04/20, reemerges as Omicron ca. June/July 21. Animal reservoir, elephants? What happened in June/July? Botswana issued 100 hunting licenses.

Voilà une hypothèse intéressante, non ? Reste plus qu'à tester les éléphants pour la réfuter ou la confirmer...

[mh34]

Je regarde les infos et ils disent que les 4 cas Omicron en France sont doublement vaccinés. Et d'une oreille ils parlaient d'un cluster dans un restaurant (repas d'entreprise) où tout le monde évidemment devait être vacciné. Il se passe quoi? il faut s'inquiéter? je commence à flipper un peu là.

Un peu de lecture?
https://www.larevuedupraticien.fr/ar...Actu]-20211203

[yves95210]

Un peu de lecture?
https://www.larevuedupraticien.fr/ar...Actu]-20211203

Très bien, cet article. Merci.

[yves95210]

Retrospective sequencing of previously confirmed cases among travellers to Nigeria also identified the omicron variant among samples collected in October 2021.

A mettre en relation avec le fait que le premier cas de variant Omicron détecté en France métropolitaine soit un voyageur de retour de Nigeria testé à sa descente de l'avion : le variant a probablement été introduit au Nigeria dès octobre, et a pu y circuler suffisamment pour que sa prévalence ne soit pas négligeable aujourd'hui. Cela rend moins improbable qu'un voyageur français séjournant là-bas fin novembre y ait justement rencontré ce variant plutôt que le Delta.

[yves95210]

Une première étude sud-africaine (prépubliée) estime le rapport entre les risques de réinfection et de primo-infection par le variant omicron, comparé au même rapport pour les infections par les variants beta et delta, responsables des vagues précédentes en Afrique du Sud :

A lire (en anglais) un thread twitter intéressant à propos des résultats de cette étude, et des hypothèses qu'on peut en tirer au sujet de la capacité de réinfection du variant Omicron et de sa transmissibilité :

Prof Francois Balloux
@BallouxFrancois 9h
Taking the results at face value, and with the roughest 'guess-triangulation' imaginable under some questionable assumptions would suggest omicron may be 50-60% as intrinsically transmissible as delta, but far more likely to cause reinfection (~350%).
10/

Mais avec un gros bémol (plus loin dans la discussion) :

@ClaasPotthoff En réponse à @BallouxFrancois
I think the study misses test-positive cases vs real-world infection numbers error. After 2nd wave 2.7% had been tested positive. Yet excess deaths suggested 50% infection rate.
When it comes to reinfections that error rate is squared, For triple infections it is cubed.

Cette remarque me semble justifiée. (son auteur donne une explication détaillée dans cet autre fil)