Bonjour à tous et à toutes,
Si vous auriez à mesurer la complexité d`une molécule quel serait les critères que vous choisieriez?
exemples: En fonction des atomes, longueur de liaison, doubles liaisons, arrangement spaciale, rotation etc...
Merci d`avance pour tout commentaire.
Le nombre de modes de vibrations et de rotations.
Bonjour,Envoyé par Cécile
Il n'y en a pas une infinité ?
Faut voir ce qu'on veut faire avec ça, sinon, moi j'aurais choisi la formule développée (à quelques problèmes topoisomériques près ça suffit pour retrouver toute la structure de la molécule) et une complexité à la Shannon pour la complexité (nombre minimum de bits nécessaires pour décrire la formule).
Akla, c'est dans quel but ?
"Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)
donc si on la refroidit , elle perd de sa complexité? peut être!!
Bonjour,donc si on la refroidit , elle perd de sa complexité? peut être!!
Excellente remarque en fait.
Il faut voir ce qu'on désire "modéliser" : la molécule toute nue toute crue ou également sa situation à un moment donné.
"Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)
Bonjour Cecile,
Etes vous sûr que ces paramêtre peuvent représenter la complexité d`une molécule ou bien ceux-ci ferait plus partie de son entropie?
Bonjour BiLLi, j`avoue que c`est une bonne idée, mais en la refrodissant on perd quoi au juste, une partie de ces mouvements donc par concéquent une partie de son désordre et par conséquent une partie de son entropie, et par conséquent elle gagne de l`ordre et ordre n`est qu`une partie de la mesure de la complexité, joué avec la température est certe intéressant mais nous devons calculer la complexité avec une température constante.donc si on la refroidit , elle perd de sa complexité? peut être!!
Bonjour,
Bien dison J`ai juste un petit dilemme pour éclairer en partie la notion de complexité qui m`empêche de poursuivre un raisonnement et j`ai pensé posé la question. En réalité j`essaie d`évalué la position de l`entropie comme paramètre informationnelle dans une molécule.
L'entropie est un concept macroscopique. Tu ne saurais pas le définir pour une molécule.
En gros, on a un état macroscopique (caractérisé par toute une série de paramètres tel que la température, la pression, etc...). Et l'entropie traduit (faut prendre le logarithme) le nombre d'états microscopiques que peut prendre le système pour avoir cet état macroscopique.
Dans ce sens, la réponse de Cécile était la meilleureEt la mienne complètement a coté de lma plaque (car, évidemment, changer la composition donne un état macroscopiquement différent). Et effectivement, il faut prendre en compte la MQ. Ca devient vite compliqué.
Et, oui, il y a un lien entre "information" (au sens de Shannon) et "entropie", mais ce n'est pas si simple comme tu vois. Tu as cherché sur le net ?
"Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)
Ici, tu as les deux pans de l'histoire :
http://fr.wikipedia.org/wiki/Th%C3%A...39;information
http://fr.wikipedia.org/wiki/Entropie
Le lien entre les deux n'est pas trivial.
Il y a ça aussi, je n'ai pas lu mais ça à l'air pas mal (ça vient quand même du CNRS
http://ipht.cea.fr/DocsphtV2//articl...blic/publi.pdf
"Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)
Je suis au même point en réalité, je voulais savoir qu`elle serait la différence entre ce qui était considéré l`entropie et information au niveau d`une molécule, j`avais déjà explorer la théorie de shannon, MQ, l`Index de Beth et autre façon...bref rien qui différencies l`information et l`entropie d`Une molécule. Déjà que le concept d`entropie d`une molécule n`est pas évidente mais réelle car pour moi l`entrepie d`une mole est dépendente de l`entropie d`une molécule.Ici, tu as les deux pans de l'histoire :
http://fr.wikipedia.org/wiki/Th%C3%A...39;information
http://fr.wikipedia.org/wiki/Entropie
Le lien entre les deux n'est pas trivial.
Il y a ça aussi, je n'ai pas lu mais ça à l'air pas mal (ça vient quand même du CNRS
http://ipht.cea.fr/DocsphtV2//articl...blic/publi.pdf
C'est un fait que tu peux définir l'entropie d'une molécule comme l'entropie totale divisée par le nombre de molécules. Mais :
- quel sens donner à une telle entropie ?
- impossible de relier ça à la structure de la molécule
Pour illustrer ce dernier point. Imagine une boite à deux compartiments avec de l'hélium dedans (je choisis l'hélium car c'est plus simple : pas de rotation ni de vibration). C'est une destription très classique. Disons qu'on a 2 molécules confinées dans le compartiment de gauche. J'ouvre la séparation et les 2 molécules se répartissent dans les deux compartiments. Au départ il n'y a qu'une répartition possible (les 2 à gauche) alors qu'après il y en a 4 (2 à gauche, ou 1 à gauche l'autre à droite, etc.). L'entropie augmente de log4 (on prend le logarithme pour avoir une grandeur extensive, additive puisque le nombre d'états sera 2^n pour n atomes d'hélium).
Les atomes (molécules) n'ont pas changé ni leur nombre. Pourtant l'entropie a varié. Donc, manifestement, l'entropie ne dépend pas de la molécule elle-même.
(c'est un peu plus compliqué en réalité car il faut tenir compte des rotations, vibrations, des micro-états, du caractère indiscernable des atomes, etc... Enfin, bref, c'est toute la physique statistique, j'ai un bon livre chez moi sur le sujet et c'est une grosse brique ! ).
Enfin, bref, manifestement il n'y a pas de lien entre une entropie macroscopique et une "entropie" qu'on définirait au niveau moléculaire ou une "entropie par molécule" (en divisant par le nombre de molécules) et "l'information dans une molécule". Rien n'est simple.
"Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)
Merci Deedee81,(...)
Enfin, bref, manifestement il n'y a pas de lien entre une entropie macroscopique et une "entropie" qu'on définirait au niveau moléculaire ou une "entropie par molécule" (en divisant par le nombre de molécules) et "l'information dans une molécule". Rien n'est simple
J`en conviens que si on augmente l`espace du système qu`il y aura variation de l`entropie, Mais prenon un système avec un espace délimité ou il n`y aurait que transfert d`énergie possible et ou il y aurai deux molécules qui réagissent de façon à donner un produit thermodynamiquement favorisé A + B ---> AB, Cette réaction seule dégage de l`énergie qui fait augmenter l`entropie de l`univers et par le même fait augmente la complexité de la matière dans le système. Par conséquent il y a augmentation de l`entropie externe et l`augmentation de la complexité du produit en même temps.
Ne pourrait-on pas dire que l`entropie perdu sous forme d`énergie ce transforme en "information" qui est possiblement quantifiable au niveau de la complexité atteinte de la molécule, de là la raison de mon questionnement: est-il possible de quantifier dans un tel système la différence de la complexité par l`information. ou tout simplement qu`elle paramètre informatif pourrait différencier le gain d`information les sans les confondres avec les variables causant l`entropie d`un système.
Bonjour,
Oui, tu as (en partie) raison. Je n'avais pas pensé à ce point.
C'est lié à la thermodynamique chimique où on tient compte de ce genre de chose. Et oui il doit y avoir une partie de l'info qui se retrouve dans la molécule.
Je dois t'avouer que la thermodynamique chimique n'était pas ma tasse de thé à la fac
Pour le reste (pour décrire le lien exact) il faut creuser mais je crois que ça répond à ta question initiale.
Avec malgré tout le bémol que je donnais plus haut, bien sûr (d'où le "en partie"). Ca permet de faire le lien avec les "potentiels chimiques" plutôt qu'avec l'entropie directement (mais les potentiels chimiques ont un rôle dans l'entropie). Ou (pour voir les choses autrement) ça donnerait la composante "moléculaire" de l'entropie. Le reste étant donné par ce que je décrivais (je savais bien qu'en prenant l'hélium je simplifiais, je l'ai même dit)
Je n'ai pas trouvé d'articles dédiés dans le wikipedia fr et je ne me souviens plus trop comment ça marche au niveau des potentiels. Et il va falloir faire le lien avec la théorie de l'information, etc...
Bref, du boulot en perspective... Bon courrage.
"Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)
ironie du sort:
Dans les années 40 , devant le choix du support de l'information acide nucléique contre protéine , il parut évident que les protéines était le support de l'information car bien plus complexe que l'adn ("Qu'est ce que la vie" d'Erwin Shroedinger)....On connait la suite!!
Le sujet dépasse très nettement mes compétences, mais il me semble que le nombre d'atomes et les énergies de liaison ne sont pas un critère pour évaluer la complexité. Si on prend une longue chaine d'hydrocarbure, il peut y avoir beaucoup d'atomes avec des liaisons très énergétiques mais le schéma de la molécule est très simple et très répétitif. Est-ce que ce n'est pas plutôt dans la complexité du modif de diffraction X (pour les molécules cristalisables) qu'il faut chercher un marqueur de la complexité ; ou pour les molécules biologiques dans la longueur de la chaine de ADN/ARN qui code la molécule ?
Bonjour à tous et à toutes,
Merci pour les suggestions,
BiLLi je ne crois pas qu`en 1940 ils avaient les outil nécessaire pour calculer l`information ou la complexité de la molécule, ceci dit c`est une belle remarque qui m`a porté à réfléchir sur une lien non évident entre le mot complexe et information.
DeeDee81, ses une piste que j`avais déjà exploré et elle est séduisante par sa simplicité mais je me suis retrouvé avec des molécule différente ayant des énergie de liaison et de nombre d`atome identique donc forcément la différence en complexité etait autre.
Prédigny, Je trouve que c`est une très belle option car prendrait en compte la conformation de la molécule et en plus vous êtes sur la même longueur d`onde concernant la recherche de marqueur de complexité... qui ne ce confond pas avec un caractère entropique.
qu'appelles tu par complexité ?donc si on la refroidit , elle perd de sa complexité? peut être!!
Si tu parles de ces propriétés, ca m'etonnerai --> voir expérience des atomes froids !
Je n'ai pas de définition bien claire de la complexité, si ce n'est ma difficulté à appréhender un sujet. En limitant les mouvements d'une molécule on enlève une dimension concernant la description de cette molécule donc on la rend plus simple à décrire. A toi de nous expliquer "l'expérience des atomes froids"
Je ne sais pas si on arrivera à comprendre quelque chose, mais c'est un bon exercice de réflexion!
Ce problème de la complexité des molécule me rappelle un peu celui de la complexité des noeuds, et si je me souviens bien, c'est pas simple ! On ne sait même pas facilement dire si on à un noeud ou pas et un noeud qui parait très complexe, peut (avec des petits doigts habiles) se transformer en une simple boucle. Une protéine très complexe se réduit à une séquence linéaire d'acides aminés elle est donc en fait assez simple mais la façon dont elle va se replier est formidablement complexe et c'est pourtant ce qui va définir ses propriétés. Je souhaîte bien du plaisir à ceux qui veulent quantifier cette complexité !
Bonjour labostyle,
Qu`entendez vous par propriété? est ce dans un sens réactionnel?
Bonjour BiLLi,
C`est vrai elle devient plus simple, elle perd du mouvement, par conséquent l`entropie d`une molécule dois faire partie de l`information concernant la complexité d`une molécule, ce qui voudrait dire que la molécule aurait une partie d`information physique entropique sous forme de mouvement et une partie d`information au niveau structurale atomique et conformationel.
Bonjour predigny,
J`aime bien vos exemple, car mettent en relation la notion de complexité et la conformation des molécules, dans votre discussion j`ai remarqué que vous aussi utilisé le mot propriété qui m`est très important dans une définission d`une complexité.
