Qu'est-ce qui est apparu en premier les virus ou les bactéries !!!

[noir_ecaille]

@ originel

Toute analyse doit être poussée à son "extrémité" ou plutôt menée jusqu'à la fin si on veut obtenir des données exploitables

D'un autre côté, vous vous méprenez sur les "certitudes" des scientifiques. Vous imaginez leurs certitudes, et prenez pour vrai vos suppositions/projections. Hypothèse intéressante mais manquant d'assez de données pour ne pas être probable.

Les scientifiques savent qu'ils ignorent des choses, mais ils savent aussi que ce qu'ils connaissent, ce sont des modèles dont la confrontation au réel valide leur fiabilité. Là est leur certitude : tant qu'un modèle est fiable, ils l'utilisent. Quant aux hypothèses, tant qu'aucun indice ne les contredit, et qu'elles restent réfutables, elles sont tenues pour probables/réalisables. Mais cette démarche est scientifique.


Oh, et s'il y a une chose qui provoque des arguties en règle, c'est bien la mauvaise foi

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Le fait est que l'ADN est plus stable que l'ARN, du moins dans des conditions standard.
Ce qui suppose à ce raisonnement de préciser quelles sont les conditions physiques : Temperature, Pression, Soluté, molecules annexes.
A voir donc si dans certaines conditions physico-chimiques les ARN peuvent être plus stable que les ADN.

En effet, les conditions physico-chimiques au moment de l'apparition des premiers compartiment cellulaire a pu/dû impacter le comportement moléculaire et donc les réactivités des constituants du cytosol primitif.

Toutefois l'ADN n'est pas réactif sur un plan métabolique. On peut supposer que l'ADN est rapidement apparu, mais il est peu probable qu'il soit antérieur à l'ARN si on tient compte de la complexité inhérente à sa synthèse et à son entretien. A moins qu'il n'existe une hypothèse corroborée par des indices qui aille dans cette direction ? (sources souhaitables, ainsi qu'un développement)
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[invite7da3e5f9]

@ originel ...
En effet, les conditions physico-chimiques au moment de l'apparition des premiers compartiment cellulaire a pu/dû impacter le comportement moléculaire et donc les réactivités des constituants du cytosol primitif.

Toutefois l'ADN n'est pas réactif sur un plan métabolique. On peut supposer que l'ADN est rapidement apparu, mais il est peu probable qu'il soit antérieur à l'ARN si on tient compte de la complexité inhérente à sa synthèse et à son entretien. A moins qu'il n'existe une hypothèse corroborée par des indices qui aille dans cette direction ? (sources souhaitables, ainsi qu'un développement)

Les arguments que vous m'envoyez, je peux vous les retourner tels quels, mais arrêtons s'il vous plait ces chamailleries de donneurs de leçon epistémologiques. Ça devient très lourd à la fin ...

@ originel ...
On peut supposer que l'ADN est rapidement apparu, mais il est peu probable qu'il soit antérieur à l'ARN si on tient compte de la complexité inhérente à sa synthèse et à son entretien. A moins qu'il n'existe une hypothèse corroborée par des indices qui aille dans cette direction ? (sources souhaitables, ainsi qu'un développement)

Que l'ADN soit apparu avant ou après l'ARN ne répond pas à la question virus/bactérie. Pourquoi l'ADN et l'ARN ne seraient-ils pas apparus à la fois avant les bactéries et avant les virus ?

[JPL]

Personnellement je ne vois absolument pas la raison de cet énervement sur le sujet ADN/ARN. Chacun a donné ses raisons et à mon avis cela suffit pour que chacun se forge le sien au vu des arguments échangés.

D'autre part je pense qu'il est strictement illusoire avec les connaissances actuelles de prétendre répondre à la question de qui est premier, virus ou bactéries. Cette question n'a d'ailleurs aucun sens car les virus que nous connaissons ne peuvent pas vivre de façon autonome donc ce qui apparu en premier est obligatoirement différent des virus actuels. En plus on peu légitimement douter que le groupe actuellement appelé virus soit monophylétique.

[noir_ecaille]

Pourquoi l'ADN et l'ARN ne seraient-ils pas apparus à la fois avant les bactéries et avant les virus ?

Soit l'interrogation est mal posée, soit elle n'est pas scientifique (recherche de finalité). Reformulation ?

[invite7da3e5f9]

Personnellement je ne vois absolument pas la raison de cet énervement sur le sujet ADN/ARN.

Je suis étonné. Ni moi ni personne d'autre (y compris noir_ecaille) ne s'est énervé autour de ce sujet là. C'est en tout cas le sentiment que j'ai. Disons qu'on en a peut-être un peu trop parlé, et encore ...

D'autre part je pense qu'il est strictement illusoire avec les connaissances actuelles de prétendre répondre à la question de qui est premier, virus ou bactéries.

Je suis assez d'accord, mais pas mal convaincu qu'on arrivera à répondre à la question avec précision, dans un avenir relativement proche.

Cette question n'a d'ailleurs aucun sens car les virus que nous connaissons ne peuvent pas vivre de façon autonome donc ce qui apparu en premier est obligatoirement différent des virus actuels.

N'empêche que la totalité des virus actuels ont cette dépendance. A tel point que je dirais qu'on peut considérer qu'elle fait partie intégrante de la définition du mot "virus". Et si on le considère ainsi, il ne faudrait pas dire "les virus que nous connaissons", mais tout simplement "les virus". Car sinon on risque de penser qu'il aurait existé des virus non dépendants, qui ne seraient donc pas des virus par définition (telle que je l'ai supposée). Il faut donc savoir ce qu'on entend exactement par "virus".

En plus on peu légitimement douter que le groupe actuellement appelé virus soit monophylétique.

Oui, excellente remarque. Les structures des différentes espèces de virus sont tellement radicalement différentes (et d'ailleurs les stratégies aussi) qu'il est assez difficile (pour ne pas dire impossible) de concevoir qu'ils aient eu un ancêtre commun.

[invite7da3e5f9]

Soit l'interrogation [Pourquoi l'ADN et l'ARN ne seraient-ils pas apparus à la fois avant les bactéries et avant les virus ?] est mal posée, soit elle n'est pas scientifique (recherche de finalité). Reformulation ?

Alors là je ne vois vraiment pas où il y a recherche de finalité. Vraiment pas !

On peut imaginer un milieu originel, encore dépourvu de virus et de bactéries, dans lequel auraient évolué des petites entités d'ADN et d'ARN, non ? La question est juste de savoir s'il y a un empêchement théorique majeur à cette hypothèse. Car si cette hypothèse se révélait exacte elle rendrait inutile (dans ce fil en tout cas) la question de la chronologie ARN/ADN.

[invitec0b62935]

En plus on peu légitimement douter que le groupe actuellement appelé virus soit monophylétique.

Dans le cas où les virus pratiqueraient massivement le vol de gènes chez leurs hôtes, la phylogénie des virus pourraient même n'avoir aucun sens sur les grandes échelles de temps. Peut-on dire qu'un virus est l'ancêtre d'un autre si aucun de leurs gènes n'est phylogéniquement lié ?

[JPL]

Oui, en plus j'avais oublié ça ! Mais ce que je voulais dire c'est que par exemple j'ai du mal à imaginer un ancêtre commun entre le virus de la mosaïque du tabac et un bactériophage, pour rester dans des virus qui ont une structure simple.

[invite7da3e5f9]

Dans le cas où les virus pratiqueraient massivement le vol de gènes chez leurs hôtes, la phylogénie des virus pourraient même n'avoir aucun sens sur les grandes échelles de temps. Peut-on dire qu'un virus est l'ancêtre d'un autre si aucun de leurs gènes n'est phylogéniquement lié ?

Les généticiens spécialisés dans ce domaine reconnaissent tout de suite la provenance d'un gène (cellule ou virus), donc ça, ça ne pose pas de problème, on ignore simplement tout ce qui est d'origine cellulaire. Le problème est plutôt lorsque plusieurs virus se combinent entre eux. On reconnait alors facilement les provenances de chaque gène, mais évidemment pour la phylogénie ça devient alors un casse-tête.

[inviteccac9361]

Oui, en plus j'avais oublié ça ! Mais ce que je voulais dire c'est que par exemple j'ai du mal à imaginer un ancêtre commun entre le virus de la mosaïque du tabac et un bactériophage, pour rester dans des virus qui ont une structure simple.

C'est vrai mais probablement pas au point d'avoir un mélange constant des gènes entre virus ?

Concernant l'hypothèse de l'ADN créé par les Virus, Archées ou autres, ou mieux dit, qui ont développés des systèmes enzymatiques permettant leur "manipulation", il est possible, comme le suggère Patrick Forterre que ceci se soit produit plusieurs fois au cours de l'évolution.

Au contraire, les mécanismes de réplication de l'ADN seraient apparus plusieurs fois indépendamment.
En effet, de nombreuses familles d'enzymes peuvent répliquer les molécules d'ADN, et certaines de ces familles ne semblent absolument pas apparentées.
Ils sont notamment très différents chez les bactéries d'une part, et chez les archæbactéries et les eucaryotes d'autre part.

Si, comme je le propose, l'ADN a été inventé par un virus, on peut imaginer que la réplication de l'ADN a été inventée plusieurs fois chez des virus différents.

En effet, de nombreux virus dont le génome est constitué d'ADN codent leurs propres enzymes de réplication, et ces enzymes sont la plupart du temps extrêmement différentes d'un virus à l'autre et très différentes des enzymes cellulaires analogues.
Cette observation laisse supposer que les systèmes de réplication des virus à ADN sont très anciens, et que les enzymes du métabolisme de l'ADN sont apparues et ont tout d'abord évolué au cours d'un premier âge du monde à ADN, une époque ou coexistaient cellules à ARN et virus à ARN et à ADN.

http://www.larecherche.fr/content/re...ticle?id=13648

[invitec0b62935]

Les généticiens spécialisés dans ce domaine reconnaissent tout de suite la provenance d'un gène (cellule ou virus), donc ça, ça ne pose pas de problème, on ignore simplement tout ce qui est d'origine cellulaire. Le problème est plutôt lorsque plusieurs virus se combinent entre eux. On reconnait alors facilement les provenances de chaque gène, mais évidemment pour la phylogénie ça devient alors un casse-tête.

Tu peux parfaitement imaginer une situation extrême où à force d'emprunts et de délétions, tous les gènes soient d'origine cellulaire.

Et pour les virus à ARN, les taux de mutations sont tels qu'on est souvent incapable d'en établir la phylogénie sur la base d'un alignement de séquence. On est fréquemment obligé de recourir à d'autres arguments, notamment fonctionnels et structuraux : si deux virus sont apparentés et qu'ils ont au même endroit dans leur génome deux protéines de fonctions et de structures similaires, alors elles ont probablement un ancêtre commun. Par contre, ça ne fait pas en cinq secondes par un blast, mais plutôt en cinq ans d'expériences souvent délicates !

[invitec0b62935]

Oui, en plus j'avais oublié ça ! Mais ce que je voulais dire c'est que par exemple j'ai du mal à imaginer un ancêtre commun entre le virus de la mosaïque du tabac et un bactériophage, pour rester dans des virus qui ont une structure simple.

Je pense que les virus ne constituent pas un groupe monophylétique, même en mettant de côté le problème du vol de gènes. Par contre, on a parfois des grosses surprises et certains virus d'eucaryotes supérieurs peuvent partager de façon très claire uin ancêtre commun avec certains phages. Les réovirus (dsRNA), des virus animaux provoquant notamment des maladies du tube digestif sont apparentés au phage phi 6, tandis que les herpesvirus (dsDNA) sont apparentés avec d'autres phages. Par contre, les herpèsvirus et les réovirus ne sont pas apparentés (ou si ils le sont, leur ancêtre commun est bien plus ancien). Il s'agit sans doute de lignées virales remontant à LUCA ou pas loin dont les decendants ont divergé au fur et à mesure que leurs hôtes divergeaient.

[invitec0b62935]

C'est vrai mais probablement pas au point d'avoir un mélange constant des gènes entre virus ?

Les emprunts de gène qui sont sélectionnés sont extrêmement rares. Au sein d'une lignée virale, je dirais que la fréquence est de l'ordre d'un emprunt pour 100 millions d'années. C'est extrêmement peu, mais on parle d'organismes qui peuvent avoir moins de dix gènes. Quand on compare aux 3,8 milliards d'années depuis lesquels la vie (et donc très probablement les virus) existe, on voit qu'on arrive dans une zone où la phylogénie devient un concept flou.

[invite7da3e5f9]

Tu peux parfaitement imaginer une situation extrême où à force d'emprunts et de délétions, tous les gènes soient d'origine cellulaire.

Oui, tout à fait. C'est aussi la raison pour laquelle je m'étonne que les spécialistes savent si bien distinguer les gènes d'origine virale de ceux d'origine cellulaire. Il y a là quelque chose qui m'échappe.

Et pour les virus à ARN, les taux de mutations sont tels qu'on est souvent incapable d'en établir la phylogénie sur la base d'un alignement de séquence. On est fréquemment obligé de recourir à d'autres arguments, notamment fonctionnels et structuraux : si deux virus sont apparentés et qu'ils ont au même endroit dans leur génome deux protéines de fonctions et de structures similaires, alors elles ont probablement un ancêtre commun. Par contre, ça ne fait pas en cinq secondes par un blast, mais plutôt en cinq ans d'expériences souvent délicates !

La fréquence frénétique des mutations des virus à ARN est telle qu'on a inventé le concept de quasi-espèces. Et il est vrai que la phylogénie des virus est un casse-tête assez illusoire.

[invite7825c20b]

En rapport avec le sujet, j'ai pensé que du monde pourrait être intéressé par le dernier journal du CNRS (CNRS International Magazine - No.25 - April 2012, The Origins of Life). Je sais pas s'il y a une version française. C'est en libre accès.

http://www.cnrs.fr/fr/pdf/cim/CIM25.pdf

[invitef781f50e]

Avé

Au fait je pence avoir trouvé la solution a votre problème ...
C est simple ..
Les bactéries sont capable de mutations exceptionnelles elles ont pas exemple inventé les antibiotiques qui "devrais les tué " mais étant donner qu elle y sont immuniser elle inhibe seulement la croissance des colonie de bactérie différentes de la leurs .
J avance alors l hypothèse que le virus est une création de la bactérie qui a échapper a sont contrôle et qui est devenue une entité qui aujourd’hui a la possibilité d évolué d elle même car je pence que non seulement il dévie la machinerie cellulaire pour ce reproduire mais aussi capte et réplique pour sont compte des fragmentent d ADN ou transcrit un brin d ADN en ARN provenant de la cellule hôte ainsi il évolue et gagne des caractères de sa cellule hôte , ce phénomène nous échappe car nous avant du mal a imaginer des virus avec des caractères propre a nos cellules , mais laisser moi vous rappeler qu'une partie infiniment petite de notre génome est exprimé , a partir de ce constat vous comprendrais bien vite que le virus pourrais donc avoir la capacité d exprimé des caractères de notre génome que nous même nous n expriment pas .


J aimerais pouvoir échanger avec vous par rapport a l hypothèse que j avance
XXXXXXXXXXX
merci et a bientôt

[invite91216f15]

Comment le premier ARN donnant un ensemble de proteines fonctionelles s'est il crée ?

Cela ne peut pas être une selection naturelle mis en place par la fonctionalité des proteines parceque le produit (output) ne peut pas être un facteur conditionnant l'input. Pour qu'un ensemble de proteines fonctionelles puisse avoir lieu l'ARN nécessaire à sa création doit être mis en place le 1e.

[Geb]

Salut Double D,

En rapport avec le sujet, j'ai pensé que du monde pourrait être intéressé par le dernier journal du CNRS (CNRS International Magazine - No.25 - April 2012, The Origins of Life). Je sais pas s'il y a une version française. C'est en libre accès.

http://www.cnrs.fr/fr/pdf/cim/CIM25.pdf

J'avais de grandes espérances, mais finalement, je suis franchement déçu par l'article...

L'article sur les origines de la vie (page 20 à 27), est censé refléter l'état de la recherche au moins d'avril 2012.

Cependant, il est parfois en retard de 10 ans sur certains points et ne cite que les hypothèses qui ont eu un "large écho" en France, en faisant fi de l'hypothèse de Russell et al. (par exemple), pourtant poursuivie activement depuis un quart de siècle au Royaume-Uni, et plus récemment en Italie, en Finlande, en Allemagne, aux États-Unis mais aussi, en France (principalement le BIP à Marseille et l'IBS à Grenoble).

En outre, il signale, au bas de la page 22 : "-4.2 Ga: the oldest known rocks, discovered in Canada". Hors, ce papier (O'Neil et al., 2008) qui relatait la découverte d'un échantillon de roche daté à ~4,28 Ga au sein de la ceinture de roche verte de Nuvvuagittuq au Canada, a été mis en doute depuis, et daté à ~3,82 Ga, nouvelle datation acceptée par les auteurs de l'étude de 2008. Tout cela bien avant avril 2012 évidemment. Ce qui me pousse à dire que cette information, qui figure pourtant dans l'article, est inexacte.

Cordialement.

[Geb]

Pour qu'un ensemble de proteines fonctionelles puisse avoir lieu l'ARN nécessaire à sa création doit être mis en place le 1e.

L'idée d'une apparition précoce de l'ARN, proposée dès 1976, encouragée par les travaux de Cech et Altman en 1982, et consacrée par l'expression "monde à ARN" en 1986, est largement abandonnée depuis la moitié des années 1990.

Aujourd'hui beaucoup de chercheurs pensent que les acides aminés ont précédé l'ARN, pour une raison simple : les acides aminés sont très faciles à synthétiser de manière abiotique, contrairement à l'ARN (et surtout, le ribose de celui-ci).

Donc, il y a fort à parier que des proto-enzymes riches en clusters fer-soufre, et les premières protéines (sans doute des peptides riches en glycine et en alanine), ont aider à catalyser les réactions qui ont conduit à la première séquence d'ARN, apparue plus tard.

Cordialement.

[Geb]

Salut Sfaxy,

Tout d'abord, je te souhaite la bienvenue sur FSG.

J aimerais pouvoir échanger avec vous par rapport a l hypothèse que j avance

Si tu veux te documenter sur les travaux en matière d'interactions entre les virus et les 3 domaines du vivant, je te suggère de regarder la conférence de Patrick Forterre, en lien au message #31 de cette discussion.

Si tu n'as pas le temps ou l'envie de regarder une conférence de 72 minutes, il y a aussi le papier de la conférence, ou encore, un résumé des travaux de Forterre et de ces collègues sur le site de l'Institut Pasteur (voir "Le génome de LUCA et l’origine des génomes à ADN", au bas de la page).

Cordialement.

[invitef781f50e]

Merci beaucoup =)
Mais par rapport a ce que j ai avancer , est ce que c est invraisemblable ?
Et encore merci

[Geb]

Salut Sfaxy,

Mais par rapport a ce que j ai avancer , est ce que c est invraisemblable ?

Je ne suis pas biologiste, mais il me semble que lorsque tu dis que le virus "capte et réplique pour sont compte des fragmentent d ADN ou transcrit un brin d ADN en ARN provenant de la cellule hôte ainsi il évolue et gagne des caractères de sa cellule hôte", je ne pense pas que ce soit corroboré par les investigations scientifiques sérieuses sur le sujet.

En fait, la capside d'un virus (qu'on pourrait comparer au spermatozoïde d'un homme), réplique son propre code génétique, et pas celui de la cellule qu'il infecte.

De plus, lorsque tu dis : "une partie infiniment petite de notre génome est exprimé", la situation est bien plus compliqué que cela. Ce qu'on appelle la partie non codante de l'ADN est un sujet de recherche extrêmement actif et il en ressort que la partie du génome que tu penses non-exprimée, sert en fait à réguler l'expression des parties codantes. Voir par exemple ici :

Non, l’ADN ne contient pas que des gènes, affirme le programme Encode !

En outre, on s'attache sur ce forum à la recherche scientifique. Si tu ne connais pas des travaux qui corroborent ce que tu racontes, tu verses dans la théorie personnelle qui n'est pas acceptée sur FSG, comme le stipule le point 6 de la charte du forum : "Toutes idées ou raisonnement (aussi géniaux soient ils) doivent reposer sur des faits scientifiquement établis et non sur de vagues suppositions personnelles, basées sur d'intimes convictions".

Aussi, comme le stipule également la charte, la seule vocation de Futura-Sciences étant la vulgarisation scientifique de bon niveau ce n'est pas le lieu pour l'exposé de théories strictement personnelles.

Cordialement.

[invitef781f50e]

Oui je comprend ,
je ferrais mieux plus tard
En tout cas je vous remercie

[Geb]

Oui je comprend ,
je ferrais mieux plus tard
En tout cas je vous remercie

Pas de quoi.

Je ne sais pas si tu te débrouilles en anglais, mais si tu veux te documenter un peu plus sur la complexité des génomes, je te suggère les travaux de Nick Lane de l'UCL (University College London) sur le sujet :

- Mitochondria: Key to Complexity (2006)
- How did LUCA make a living? Chemiosmosis in the origin of life (2010)
- The energetics of genome complexity (2010)
- Energetics and genetics across the prokaryote-eukaryote divide (2011)

Nick Lane a également écrit un article de vulgarisation à ce sujet :

- Life: Inevitable or fluke? (2012)

Bonne lecture.

[invitef781f50e]

Je suis pas super bon en anglais mais ça va pas me faire du mal =)
merci encore

[invite179e6258]

En fait, la capside d'un virus (qu'on pourrait comparer au spermatozoïde d'un homme), réplique son propre code génétique, et pas celui de la cellule qu'il infecte.

non et non : d'abord la capside n'a pas de code génétique, et ensuite c'est la cellule qui réplique le code génétique du virus.

[Geb]

Salut toothpick-charlie,

Sachant que tes interventions sont généralement d'une grande qualité et que j'ai beaucoup de respect pour tes connaissances en biologie, je dois dire que ta réponse m'a laissé perplexe. Peut-être qu'une réponse plus détaillée de ta part m'aidera à comprendre ton point de vue.

d'abord la capside n'a pas de code génétique

Je sais que Wikipédia est loin d'être la meilleure source possible mais :

Capside

Chez un virus, la capside est la structure qui entoure le génome, l'acide nucléique (ADN ou ARN).

c'est la cellule qui réplique le code génétique du virus.

Tu vas peut-être trouvé que c'est une différence sémantique, mais depuis les travaux fondateurs de Patrick Forterre et Didier Raoult (au moins depuis leur publication de 2008), la cellule infectée EST le virus, la capside ne serait que l'équivalent d'un spermatozoïde chez l'homme.

Cordialement.

[invite179e6258]

chez certains virus, la capside reste à l'extérieur de la cellule, et donc dire que "la capside réplique son propre code génétique" me semble abusif. Quant à l'idée qu'une cellule infectée devient le virus, elle me semble ne pas refléter le cas général, mais j'avoue ne pas connaître bien les travaux de Raoult (je ne suis pas virologue, ni même biologiste).

[Geb]

chez certains virus, la capside reste à l'extérieur de la cellule, et donc dire que "la capside réplique son propre code génétique" me semble abusif.

Oui, en effet. Tout d'abord, j'ignorais que "chez certains virus, la capside reste à l'extérieur de la cellule", donc je reconnais que l'utilisation du terme capside est abusive dans ce cas. Mais l'idée générale ne l'est pas je pense. Voir plus bas.

Quant à l'idée qu'une cellule infectée devient le virus, elle me semble ne pas refléter le cas général, mais j'avoue ne pas connaître bien les travaux de Raoult (je ne suis pas virologue, ni même biologiste).

En substance, Forterre et Raoult ont démontré que, par exemple, chez les cellules eucaryotes infectées, le noyau de la cellule entre en déliquescence. Ce qui réplique le code génétique du virus, ce n'est pas le noyau, c'est ce que Forterre a appelé "l'usine virale". D'où l'idée (révolutionnaire à l'époque) que la capside n'est pas un virus, mais que la cellule infectée en est un.

Continuant sur leur lancée, Forterre et Raoult ont proposé (dont une partie dans un article dans Nature) que :

1) les virus soient considérés comme des êtres vivants à part entière,
2) les organismes vivants soient classés en deux classes : ceux codants pour des capsides (les virus) et ceux codants pour des ribosomes (le vivant cellulaire),
3) l'acronyme "Last Universal Common Ancestor", que Forterre a contribué à promouvoir (à partir de 1996) avec le panel de scientifique qui l'a proposé, soit modifié en "Last Universal Cellular Ancestor", pour prendre en compte le nouveau statut accordé aux virus.

Cordialement.

[invite179e6258]

En substance, Forterre et Raoult ont démontré que, par exemple, chez les cellules eucaryotes infectées, le noyau de la cellule entre en déliquescence.

mais justement je ne suis pas sûr que ce soit général. Je pense même le contraire. Mais si un virologue passe par ici il pourra nous en dire plus.