Le second principe de la thermodynamique.

[mtheory]

Sinon, la digression courante est due à la réaction de Mtheory à l'expression "aucun des mécanismes biologiques n'étant une machine thermique".

Euh, je n'en ait pas le souvenir, je ne suis intervenu que parce que j'avais vu qu'Ettore soutenait agressivement quelque chose de clairement faux en te répondant.
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[Amanuensis]

Je référais au message 3604003, http://forums.futura-sciences.com/de...ml#post3604003, qui répondait à JPL. Mes excuses si j'ai mal interprété la logique des échanges.

[JPL]

@gatsu

Le problème de la biochimie est qu'elle parle du réel Donc avec des problèmes de concentration, de conditions ambiantes...
J'ai intuitivement l'impression que ces raisonnements, qui s'appliquent par hypothèse à des
@gatsu

solutions aqueuses diluées, doivent tenir à peu près la route pour les réactions biochimiques où réactifs, produits et catalyseur sont approximativement libres en solution dans le cytoplasme, mais beaucoup d'enzymes sont fixées sur des membranes ou dans des organites. Cela devient je pense beaucoup plus approximatif si les molécules principales sont fixées, comme la myosine et l'actine du muscle (sauf l'ATP qui passe d'une forme libre à une forme fixée sur la myosine et de l'ADT qui suit le trajet inverse).

Je ne sais pas s'il y a des travaux dans ce sens, mais les livres classiques (disons niveau fac) n'abordent pas cette question et raisonnent par défaut dans le cas de solutions diluées.

[JPL]

Je référais au message 3604003, http://forums.futura-sciences.com/de...ml#post3604003, qui répondait à JPL. Mes excuses si j'ai mal interprété la logique des échanges.

Je pense avoir répondu clairement à mtheory sur ce que j'entendais dans mon propos au message 51.

[Etorre]

qu'Ettore soutenait agressivement quelque chose de clairement faux en te répondant.

Clairement ? Tu pourrais me donner "clairement " le rendement maximum d'une machine a cycle de Carnot ?" Si ta réponse est différente de la mienne (100 %), j'aimerai bien en plus des explications.
cordialement,

[mtheory]

Clairement ? Tu pourrais me donner "clairement " le rendement maximum d'une machine a cycle de Carnot ?" Si ta réponse est différente de la mienne (100 %), j'aimerai bien en plus des explications.
cordialement,

[JPL]

Je rappelle que c'est toi qui as ouvert la discussion sur le problème des réactions en biologie. Je souhaite donc que la réponse qui te sera donnée n'ouvre pas une nouvelle digression sur les machines thermiques.

[JPL]

Croisement avec mtheory.

[philou21]

... les paysages...

Une toute petite remarque, il me semble que les chimistes utiliseront plutôt le terme de surface...

[gatsu]

@gatsu
Le problème de la biochimie est qu'elle parle du réel Donc avec des problèmes de concentration, de conditions ambiantes...

Je ne sais pas si je dois le prendre mal mais je parle aussi du réel.

Mais effectivement tu as raison, dans la plupart des réactions chimiques en milieu dilué la formule que tu donnes marche (même si il faudrait sans doute que tu précises le sens de chacun des termes pour que je sois sûr qu'on dise la même chose).

[gatsu]

Une toute petite remarque, il me semble que les chimistes utiliseront plutôt le terme de surface...

Peut être en français mais en anglais c'est clairement landscape.

[JPL]

(même si il faudrait sans doute que tu précises le sens de chacun des termes pour que je sois sûr qu'on dise la même chose).

Gloup J'ai bêtement recopié la formule à partir de Molecular Biology of the Cell et a posteriori le 0.616 et à m'a paru aberrant : les valeurs étaient données pour 38°C en kilocalories !

Donc je corrige et je vais l'écrire sous une forme plus correcte pour une réaction générale A+B->C+D en joules.



Les valeurs entre crochet étant les concentrations molaires.

[gatsu]

Gloup J'ai bêtement recopié la formule à partir de Molecular Biology of the Cell et a posteriori le 0.616 et à m'a paru aberrant : les valeurs étaient données pour 38°C en kilocalories !

Donc je corrige et je vais l'écrire sous une forme plus correcte pour une réaction générale A+B->C+D en joules.



Les valeurs entre crochet étant les concentrations molaires.

Le problème c'est que cette quantité indique des choses sur la situation du système une fois l'équilibre chimique atteint mais malheureusement il manque au moins une équation pour dire des choses sur la cinétique en temps réelle.
Comme la constante d'équilibre est le rapport , on peut trouver par exemple dans le sens que tu as indiqué mais avec réactions/an et un cent million de fois plus petit. Il faut donc la plupart du temps des informations en plus pour deviner quelle est la vraie cinétique.

Par contre ce qui est bien, si je ne m'abuse, est que comme les réactions sont du premier ordre pour chacun des réactifs, effectuer le ratio pour la constante d'équilibre permet vraiment d'obtenir des informations sur le paysage d'énergie libre à "molécules uniques".

[JPL]

Si je ne m'étais pas précipité pour répondre j'aurais été choqué par la valeur numérique que j'avais lue et reproduite. J'ai voulu faire au plus vite sans réfléchir aux unités (et au plus simple, parce que Latex et moi ça fait deux) et
Je précise que je répondais en fait à Amanuensis qui m'avait fait dire, à mon avis, quelque chose que je n'avais pas dit (parce que quand je commets une erreur je le reconnais : la preuve dans cette discussion), pour bien préciser que j'avais parlé d'énergie libre standard et de concentrations. Cela n'impliquait pas que je rentre dans tous les détails réactionnels et en particulier dans la cinétique. Je me bornais à dire quelle est la variation d'énergie libre quand la réaction est parvenue à l’équilibre en fonction de l'énergie libre standard et des concentrations. Ce n'est que la formalisation de mon messages 51 qui était resté quantitatif.

[Etorre]

Les valeurs entre crochet étant les concentrations molaires.

dans le cas ou les activités des espèces sont assimilables au concentrations... approximation pas toujours valable...
réflexion totalement inutile faite juste pour taquiner et faire voir que je m'y connaissais un peu en chimie. sur ceux bonne nuit.

[JPL]

De toutes façons en biochimie on fait de telles approximations sur les conditions qu'on n'est plus à un poil de c.. de mouche près Et sur le plan pédagogique c'est plus que suffisant.

[GillesH38a]

pour revenir à la question initiale, bien sûr que la vie produit de l'entropie, pas seulement pour se reproduire mais simplement pour vivre. Les réactions biochimiques sont irréversibles parce qu'elles dégradent de l'énergie libre. L'origine de cette énergie libre , sur la Terre, est in fine l'énergie solaire , qui arrive sous la Terre sous forme d'entropie tres basse (un corps noir de température 6000 K avec un petit nombre de photons ) , transformé en un corps noir à 300 K avec bien plus de photons, et donc une production d'entropie considérable. Comme toute structure dissipative, la vie ne peut se développer que dans un bain général de production entropique. En quelque sorte, elle "stocke" temporairement la néguentropie ( - S) incidente , par le processus de photosynthèse, en construisant localement des structures de basse entropie (les plantes), qui servent elles mêmes de source de néguentropie pour les animaux, par la nourriture et l'ensemble des réactions biochimiques associées, jusqu'à ce que finalement tout soit consommé et brulé, et réémis dans l'espace. Une structure dissipative n'est qu'un petit détournement de production d'entropie; simplement retardée et canalisée dans des structures appelées êtres vivants.

Un cas particulier : les combustibles fossiles qui ont stocké, à partir d'organismes vivants, pendant des centaines de millions d'années cette néguentropie "en réserve", réserve que nous brûlons actuellement à toute vitesse. C'est réellement un trésor trouvé par hasard dans la cave, que nous dépensons sans compter.

[gatsu]

Si je ne m'étais pas précipité pour répondre j'aurais été choqué par la valeur numérique que j'avais lue et reproduite. J'ai voulu faire au plus vite sans réfléchir aux unités (et au plus simple, parce que Latex et moi ça fait deux) et
Je précise que je répondais en fait à Amanuensis qui m'avait fait dire, à mon avis, quelque chose que je n'avais pas dit (parce que quand je commets une erreur je le reconnais : la preuve dans cette discussion), pour bien préciser que j'avais parlé d'énergie libre standard et de concentrations. Cela n'impliquait pas que je rentre dans tous les détails réactionnels et en particulier dans la cinétique. Je me bornais à dire quelle est la variation d'énergie libre quand la réaction est parvenue à l’équilibre en fonction de l'énergie libre standard et des concentrations. Ce n'est que la formalisation de mon messages 51 qui était resté quantitatif.

Ok au temps pour moi.

Mais sinon pour que je comprenne un peu...un chimiste/biochimiste mesure le et en déduit ou c'est l'inverse ?

[Amanuensis]

Je précise que je répondais en fait à Amanuensis qui m'avait fait dire, à mon avis, quelque chose que je n'avais pas dit

Pourquoi incriminer les autres nominalement pour expliquer ses propres erreurs ? Pour les "justifier" en expliquant qu'elles sont "causées" par d'autres, qu'on en est pas "responsable" ?

Au passage, la charte indique qu'on critique les idées, pas les personnes. J'y déroge ici, mais en réponse à une dérogation de même nature, bien plus claire, puisque nominale.

PS : J'apprécierais que soit effacées les phrases me mentionnant nominalement (messages originaux et citations), et ce message-ci, en conséquence.

[JPL]

Michel, que les choses soient claires : la susceptibilité n'est pas un privilège qui t'es réservé. Moi aussi cela m'arrive, bien que moins souvent. Et ce n'est pas critiquer une personne que de dire que tu m'as prêté des propos faux à partir d'une citation fortement tronquée. Par contre en effet là tu te livres à une attaque personnelle. Or quand j'ai commis une impropriété de terme ou une erreur (en utilisant une formule qui était basée sur des unités périmées) je l'ai reconnu immédiatement.

Dans cette discussion, que certains (pas que toi) aient cru que j'ignorais des choses élémentaires ou que je contestais le rôle de la thermodynamique pour l'analyse du vivant alors que je contestais seulement la trop longue partie de la discussion qui ne concernait manifestement que les machines thermiques, c'est me prendre pour un imbécile et oui ça me vexe. Je te laisse poursuivre sans moi cette discussion, tu es trop supérieur... et tu ne le prives pas pour le faire remarquer.

[GillesH38a]

Ok au temps pour moi.

Mais sinon pour que je comprenne un peu...un chimiste/biochimiste mesure le et en déduit ou c'est l'inverse ?

la notation ∆G est trompeuse, c'est en réalité une dérivée partielle par rapport au degré d'avancement de la réaction , la notation correcte est . C'est une variable intensive associée à l'avancement de la réaction chimique,égale à la différence de potentiel chimique entre produits et réactifs, au même titre que la différence de pression est associée à la variation de volume, ou que la différence de potentiel électrique est associée à la variation de charge électrique. Dans tous les cas, le "mouvement" se produit à cause d'une différence non nulle de la variable intensive (dans le cas de réactions chimiques, le "mouvement" est abstrait et est constitué de l'avancement de la réaction).
Le "∆Go" est la valeur de pour des conditions standards (une référence analogue à une pression "normale" de 1 atm", l'interêt est qu'il peut etre tabulé pour toutes les substances , et qu'on peut ensuite en déduire le ∆G pour d'autres conditions que les conditions standard. L'autre interêt est que la constante d'équilibre est simplement exprimable en fonction du ∆Go.